有两个人在林中漫步，忽然在一堆树枝和棕针上面发现一颗玻璃球。当时除了俩人自己的脚步声外，一片沉寂，了无人踪。但由玻璃球这个证据看来，明显可推知有人将它放在那里。俩人中有一位是训练有素、持现代起源观的科学家，另外一位则是科学们外汉。
门外汉说：「如果这颗球再大些，假设圆周有十尺，你仍然会说是有人将它放在这里的吗？」
科学家自然表示：球再大一些，仍然不能改变他的判断。
「那么，假设这球是巨形的，直径一公里？」门外汉继续追问。
科学家朋友回答：不但可确定是有人将它放在那里的，更应当进行调查，找出为什么将它放在那里。
门外汉继续问道：「假设那球跟宇宙一样大呢？如果小球的出现必有成因，大球也有成因，则最大的球岂不更需要有成因吗？」
圣经对宇宙的起源、第一生命的起源、新生命形式的起源等观点，曾经令许多人踌躇不前，不愿接受圣经为真理。现在科学宣称：它们已百分之百证明圣经在这方面的观点错了。进化论被当成事实。到底哪一个对？圣经还是科学？
本章处理这个问题的时候，将先陈述一个基本论证，接著将这论证应用在宇宙、第一生命、新生命形式三种起源问题上。但在此之前，我们必须先明白：什么是进化论，以及现代进化论者如何看起源。
大部分的人以为进化是达尔文(charlesDarwin)于一八五九年发明的，实际上它是一个非常古老的观点，源出自然主义的哲学观。我们在第三章中曾提到无神论者说：宇宙无成因——宇宙一直存在，也会永远存在。所有的物质(不论以任何方式存在)本身都有生命的原则。由这个前提，推衍出：生物出自无生物，自然不成问题，事实上那是无可避免的事。同样，较简单的生命形式进展为较复杂的，也是必有的椎论，因所有的东西都不断奋力要达到完美，实现更高的境界。
现在进化论呈现的进化景观与上述的颇不一样，因为许多科学家都是唯物主义者，他们虽仍持守基本的设计，设计中原有的精神内涵却遭扬弃。然而，缺乏精神层面的引导，系统中将无机制可解释物种的进步。达尔文便趁虚而入。他提供一个机制，进化可单由物质开始，他称之为天择(naturalseletion)。达尔文大部分的说法都已被现代进化论者舍弃且凌驾，但天择的理论仍获保存。
至于宇宙的起源，传统的进化论者说世界是无起源的。塞根的说法表达这观点：「宇宙便是集过去、现在、未来的大成。」(注1)那些跟不上宇宙研究新发现的人如今仍在教这套。进化论者也教导：生命起源于达尔文所谓一个温暖小水池(awarmlittlepool)内的化学反应。过去三十年的实验已证明：只要用少量基本的气体、水，以及一下电击，便可产生生命必须的氨基酸。这使得相信生物可衍生于无生物的人大为振奋。至于新生命形式则经由天择进化而来。当地球的环境变化时，动物衍生新的特征来应付新的挑战，适者生存，不适者灭绝。化石中所发现的已灭绝动物与仍存活物种的相似处曾被用来证实这理论。如果几乎所有的科学家都同意这些原则，并能提出证据加以证明，则我们仍能相信圣经吗？
〖进化论质疑〗
首先我必须声明：我们并非一定要站在宗教立场来辩论。纯然坚持立场地喊：「圣经如此说，我如此相信，事情便如此定案！」这种态度可能很好，但我们也有很好的科学证据来驳斥进化论。相信创造论。事实上，根本的问题在于「科学」到底是什么。
科学的基础在于因果关系：每一事件都有一成因。事情绝不会就这么发生。纵使我们无法说出什么特定的成因造成一特定的事件发生，我们也能因为见到有何种的成果而说出它必定有何种的成因。另外，无论过去造成某种成果的成因是什么，必能在现在也造成同样的成果，我们将这观念称作一致原理(theprincipleofuniformity)。所谓科学，其实便是利用因果关系和一致原理这两个原则来寻找成因。
科学家如培根(FrancisBacon)、开普勒(JohannesKepler)、牛顿(IssasNewton、克尔文(willianKelvin)等人在把科学原则发展成为科学方法时，曾将主因和次因区分。主因(primarycause)便是可解释单一事件的第一因(单一事件是指仅发生一次。无自然解释的事件〕。次因(secondarycause)被认为是管理事物正常运作方式的自然成因和自然律。不幸的是，刚开始时有些科学家用超自然成因去解释自然的非常规事件「例如地震和大气现象(如虹、旋风、雹、流星等)]，但当发现这些事件的真理后，科学家们又全然排除主因的可能性，寻求以自然成因解释每一件事物。超自然主义者用主因来解释普通事件，固然犯错，自然主义者用自然成因去解释所有的单一事件，同样在以驴唇兜马嘴。
现代科学始祖中的创造访者
开普勒（JohannesKepler）
巴斯噶（BlaisePascal）
波义耳（RobertBoyle）
牛顿（IsaacNewton）
斯蒂诺（Steno）
法拉第（MichaelFaraday）
巴贝奇（Babbage）
阿加西（Agassiz）
辛普森（Simpson)
孟德尔（GregorJohannMendel）
巴斯德（LouisPasteur）
克尔文（WilliamKelvin）
李斯特（JosephLister）
马克士威（JamesClerkMaxwell）
赖姆塞（WilliamRamsay）
——天文学（Astronomy）
——流体静力学（Hydrostatics)
——化学（chemistry）
——物理学（Physics）
——地层学（stratigraphy）
——磁学（Magnetictheory)
——电脑（computers）
——鱼类学（Ichthyology）
——妇科医学（Gynecology）
——遗传学（Genetics)
——细菌学（Bacteriology）
——热力学（Thermodynamics)
——消毒法外科（Antisepticsurgery）
——电气力学（Electrodynamics)
——同位化学（Isotopicchemistry）
〖运作科学和起源科学的区别〗
运作科学处理事物正常运作的方式，它检视这个世界现在如何正常运作，研究以常规和重复方式一再发生的事件。运作科学的答案可藉著重复实验加以测试，如果成因并非不变地引出同样成果，则提出的答案可被证明为伪(falsifiable)；它的结论应当可供预测将来的实验会有何结果。运作科学喜欢凡事非常规律、可预期，没有改变，没有惊奇，当然也就强烈排拒超自然成因偶然可能出现搅和事物这样的观点。因此，运作科学通常为所研究的事件寻找自然成因(次因)。
起源科学并非以证据来支持创造论的学术代名词，而是一种不同的科学。起源科学研究过去的单一事件，而非现在的正常事件；关注的乃事件如何开始，而非它们如何运作。研究的事件按性质来说必然是只此一次，下不为例。既是不同类型的科学，就需要用不同的研究方法。它并非像物理或生物是实验科学(empiricalscience)，乃是辩论科学(forensicscience)。有一个关于一位医学检验员的电视节目，每个星期主角昆西(Quincy)都会藉著检验结果(死尸)，以及判定是那类事件引起的，来找出:什么人和什么东西导致过去那单一事件(一个人死亡)。这便是起源科学尝试作的。
起源科学与运作科学有不同的原则。因为它所研究的已成过去，今日无法重演，所以它需要用我们今日可见的因果关系和所研究的个案进行类比。同时，起源科学无从提供确定的答案，仅能提供似乎颇可捺信的解说。我们并未观察到事件的开始，我们也无法使它重演(正如昆西无法叫谋杀者再次杀死受害者一样」，因此必须研究所留下的证据，看哪一种说法最能解释证据。正如运作科学会承认：某些事件必有「智慧的主因」一样，起源科学在证据要求之下也会接受有「智慧的主因」。
质疑进化论的基本论证第一步是指出它用错了研究方法。进化论使用运作科学的原则去研究起源科学，为只发生一次的事件寻找规则、重复的成因。进化论强用现行在世界中运作的原则，来解释这个世界当初是如何开始的，这样一来，虽还没正式研究，却等于已预作结论，认为世界乃由一过程所产生的。但宇宙或第一生命的开始乃是特殊、单一的事件，不应当认为也要按照研究规律、重复过程的方式来研究，否则就是混淆界域了。我们若要了解起源，必须用起源科学，而非运作科学。
要求「有智慧主因」的证据
这论证的第二部分如下：因为起源科学不受次因(运作宇宙的自然成因)的限制，有时会发现证据指向一个「有智慧的主因」。在上述的电视节目中，昆西必须决定：他是在找寻一个自然死亡的成因，还是一位谋杀者(一个「有智慧的成困」)。何种证据会显示：一位「有智慧成因」曾介入呢？塞根曾说：只要外太空有一个信息传到，就可以印证他对外太空有生命的信念。换言之，某些正常事件(例如沟通〕必须有一个「有智慧的成因」。这种次序被称为「特定的复杂」(specifiedcomplexi-ty)。
「特定的复杂」不止有设计或有次序，乃是一种性质复杂的次序，具有清楚和特定的功用。一块石英的结晶结合有次序，但那次序是重复的，如同「面、面、面、面」(FACE，FACE，FACE，FACe)这样的信息。一串随意的聚合体（例如：聚合缩氨酸，pVpeptide）固然复杂，并没有任何特定的功用或信息，就像「知复聚体慧」（DLAKICHNAORNVKOEN）一样。但属于「特定的复杂」的次序则非重复的，乃传送一个信息或具有某项清楚的功用，例如：「这是一个意义的句子。」（THISSENTENCECARRIESAMESSAGE）。
三种次序
1．规则(重复)且特定的
61FTGIFTGIFTGIFT
例：结晶、尼龙
2．复杂(非重复〕但非特定的
TGELDHTTBwMHQCPUQXHBT
例：随意的聚合体
3．复杂(非重复)且特定的
AMESSA6ERIDINGONTHISSEQUENCE
例：去氧核糖核酸(DNA)
上述三种设计中有一种有智慧作为的介入，我相信你已心里有数。无论在何处我们见到一个清楚且特定的信息(一个带有特定功用的复杂设计)，那都显然出诸某种形式的智慧的介入，使得自然而然不会成就的事得以成就。自然现象中固定有令人叹为观止的次序，却明显是由自然的力量造成的，例如我们见到大峡谷和尼加拉瓜大爆布时，不会寻找智慧的介入，会看出那是由风和水的力量塑造出来的。然而，国家公园或一座水力发电厂却无法用自然的力量来解释，因为其中清楚可见特定的信息或功用。不论我们看见的是一件雕刻品、沙滩上写的一个名字，或是一阵烟，都会立刻意识到：必定有有智慧的成因，因为那些现象不可能是自然而然地产生的。我们现有的经验都证实这点。现今的世界里如此，因此可以合理地假设过去一向如此。
〖基本论证〗
我们的基本论证已有两点，首先，就显示智慧迹象的事件寻找有智慧的主因是正确的。考古学家一向如此。当他们找到陶器或箭头时，他们直接推论这些必为有智87慧的存有所制造。运作科学只关心自然的成因，但是起源科学不局限于此，乃研究过去特殊事件的适当方法。其次，现在的经验告诉我们：当我们发现「特定的复杂」时，便应寻找一有智慧的成因。这为我们提供了一个标准，可以鉴定：什么事件有有智慧的成因，什么事件没有。科学既可以去寻找主因，也有标准可以鉴定何为主因，则创造的基本论证可叙述如下：
I．研究起源应采用起源科学。
A.科学有两种：运作科学和起源科学，研究起源必须采用其中的一种。
B.运作科学不应当用来研究特殊、不可重复的过去事件，因为运作科学目的是研究现在正常的运作。
c.因此，研究起源应当采用起源科学，
因为起源科学的目的在研究特殊、不可重复的事件，而特殊、不可重复正好是起源的定义。
Ⅱ.起源科学承认有智慧主因存在的可能性。
Ⅲ.从「特定的复杂」这迹象上可辨识出有「有智慧的主因」。
Ⅳ.因此，当发现有「特定的复杂」的迹象时，起源科学应当假定有一个「有智慧的主因」。
现在我们将这论式应用于三方面：宇宙的起源、第一生命的起源、新生命形式的起源。
〖宇宙的起源〗
关于起源有两种观点：一说万物发生部可归结于自然成因；另一则寻求超自然的成因。就宇宙的起源这问题来说，宇宙有开始、还是宇宙无开始？如果有开始，则它有成因、还是无成因？如果有成因，则是什么成因导致万物产生？
进化论科学家告诉我们：宇宙不是从无变有凭空出现，就是一直存在的。宇宙永恒说(steadystatetheory)便是这样的一种理论，认为宇宙不断地凭空产生出氢原子。科学家不论采取这两种信念中的哪一种，都要付出极高的代价，因为这两种信念都违反了科学的一个基本定律：因果律。这两种信念都要求科学家相信事件无须成因便可发生。甚至怀疑论者休谟都说：「我从不会提出好像『无成因便可有任何成果』这样荒谬的言论。」(注2)然而这样荒谬的言论却被一生靠因果律吃饭的人所接受。倘若整个宇宙都是无成因的，则为何我们要相信：其中某部分是需要有成因的呢？如果每一部分都是有成因的，则我们有何证据可以说：整体是无成因的呢？因果律的原则绝对不支持这种一无凭据的结论。
相反的，有许多证据支持宇宙有开始的立场。NASA高大德(NASAGoddard)太空研究中心的创始人兼前任总干事杰士托在他的著作《神与天文家》(GodandtheAstronomers)中，为那些证据作总结时说：「有三种证据：银河的运行、热力学定律、星球的生灭历程，共同指向一个结论：宇宙曾有开始。」(注3)我们现在所谈的是宇宙的开始，由无到有，显然这是在无法重复事件的范围内，属于起源科学。
热力学定律
热力学第一定律指出：宇宙间实际的能量维持一定，不会改变。热力学第二定律指出：在任何封闭的系统内(整个宇宙便为封闭的系统)，可用的能量在递减，其间每一件事物趋向混乱，宇宙逐渐走下坡。如果能量的整体不变，可用的能量却逐渐减少，那么我们一开始所拥有的必定不是无限量的能量。无限量的能量是不会递减甚至被用光的。这意谓著宇宙现在是，也一直是有限的。它不可能在永恒的过去曾存在，也不曾在永恒的将来仍存在，因此它必定有一个开始。
银河的运行
科学家同意宇宙并非持守原状，永远不改变它的运行。宇宙在膨胀中，所有的银河系都在向外扩展，好像由一个起源的中心向外扩展一样，并且过去扩展的速度较现在扩展的速度要快。请记住，当我们看太空时，看到的并非现在的景况，而是所距的光年以前的景况。因此由一个相隔七百万光年的星球所放出来的光，告诉我们在七百万光年以前它曾是什么样子、曾经在那里。
至今最完整的研究是由桑基(AllanSandage)用200寸的望远镜完成的。他搜集了四十二个银河系的资料，远至离我们六十亿光年以外的太空。他的测量指出：宇宙过去扩展的速度比现在要快。这结果更支持宇宙乃由爆炸而后存在的信念。(注4)
这种爆炸，有时称为「大爆炸」(theBi9Bang)，是整个宇宙的开端。将宇宙的扩展过程退回去，它将会愈来愈小，直到消失、空无一物。因此可知：宇宙在过去的某一时刻由无变为有。
辐射反射
第三种宇宙有开始的迹象便是：似乎每一事物都会有辐射的「回应」(echo)。起初有人认为那是一种功能故障或是物体的静电。但研究结果发现：到处都有静电——宇宙本身像一个巨形的火球一样，具有从过去某个大灾难而来的低水平辐射。
除了大爆炸论以外，无法解释这种火球辐射现象。朋吉司(Pen-zias和威尔森(wilson)所发现的辐射波长模式与经过一大爆炸后产生出来的光和热波长的模式完全一样，这项决定性的发现使得最抱怀疑态度的汤姆斯(rhomas)都哑口无言。支持宇宙永恒说的人迫切地想找出另外的解释，却没有成功。(注5)
这种迹象又一次地使人相信宇宙必定有一个开始。
因果律告诉我们：凡事发生，必有原因，所以是什么导致这宇宙开始存在的呢？这个大爆炸很可能不过是一连串爆炸中最后的一个，摧毁了以前所有的证据。但这只不过将问题往后推回几步：「是什么导致第一次的爆炸呢？」另外，宇宙永恒说也有可能说对了：宇宙无开始，且正在不断地凭空产生出氢原子，以维持能量不致耗尽。但这个解释与因果律和证据相冲突。这两种解说都有可能，但都不合理。
按逻辑来说，如果我们寻找一个在这整个自然(宇宙」存在以前便已存在的成因，则我们是在寻找一个超自然的成因。甚至坚持自己为不可知论者的杰土托都说：「我想，我或任何其他人所谓的超自然力量的确在发挥作用，这是现在科学上已被证实的事实了。」(注6)因为他是站在运作科学的角度上说这话的，他的意思可能是：没有任何次因可以解释宇宙的起源。但如果我们采用起源科学，则这个问题可以有一个最合理的解说：一个超自然的主因。杰土托在他的著作《神与天文家》结束时写道：
科学家靠著对理性能力的信心而存活，对他们而言，这个故事的结局似乎是个恶梦。他已攀越过无数的高山，正要征服最高的山峰，当他努力地翻跃过最后一块岩石的时候，受到一群已坐在那里几千年的神学家的欢迎。(注7)
〖第一生命的起源〗
关于起源有两种观点：一说万物发生都可归结于自然成因；另一则寻求超自然的成因。就第一生命的起源这问题来说，它是源自没有智慧外力介入自然的化学变化？还是藉著一位有智慧存有的介入，特别创造而成？
进化论者相信：生命以一种自发的方式开始，从无生命的化学物质经由纯粹自然的过程而来。他们说：在地球降温到合适的程度时，简单的气体，如：氢、氮、氨、二氧化碳等混合在一起，起化学反应，产生基本的氨基酸(aminoacids)，适当的时候便发展成为DNA的链，最终成为细胞。当然，据说这要花费几十亿年的时间，而且有赖太阳额外的能量、火山的作用、雷电、宇宙射线等共同维系这过程的进行。史坦利(StanleyMiller)和欧雷(HaroldUrey)曾经作实验，试图重演这些情况，也成功地制造出生命所需不同的氨基酸。科学界大部分的人据此认为：生命是由一浓汤(Prebioticsoup)状似的化学物质中自然发生的。
然而，我们有一些极好的理由拒绝这种观点。首先，要产生生命必备的早先地球环境，同样可能把生命摧毁掉。实验显示：在反应的时候不能够同时有任何氧气。同时，产生生命需要从阳光和宇宙射线吸取能量，那对所产生的物质实际上有害。在自然产生生命所必须的环境中，生命要素摧毁的速度可能更快于产生的速度。即使正确的化学元素能够产生出来，也没有令人满意的答案来解释：它们是如何得以被适当地安排、包在一个细胞膜里面。这需要另一套完全不同的环境才能发生。
其次，地质证据并不支持这个观点。进化论学者将生命的起"源定为约三十五亿年以前，然而，在南非一块被定为三十一亿年以前的岩石中，发现能够进行光合作用的细胞；在澳洲一块被定为三十五亿年以前的岩石中，辨识出五种不同的细胞。在格陵兰一块被定为三十八亿年以前的岩石中，也看到活细胞的迹象。就地质记录来看，并无任何细胞以前的生命迹象。但如果地球的年龄大约是四十六亿年，在三十五亿年以前时似乎已有丰富的、复杂的、多样化的生命存在，则地球降温和进化的时间大约只有一亿七千万年，这与原来估计的二十亿年相差太远。再加上有愈来愈多的证据显示：早期的地球充满氧气，缺乏氨气——与进化所需正好相反。这发现使得这立场更加复杂。
第三，支持无生命的化学物质能产生生物的实验本身有缺陷，因为那些实验由有智慧的科学家介入执行的，它们并非真的重演早期地球的情况。好比：当时并没有只收集氨基酸的门瓣设计；当时的化学元素也远远不及实验室中的浓缩，也非为了达到更好的反应事先有一番精心筛选；当时有许多能源同时对化学元素产生作用，并非处于协调状况；能量和光的波长也未经控制。换言之，做这些实验的人只不过在自欺，以为他们在观察一个自然的过程。实际上，因著他们自己的介入，他们已操纵了整个过程。
最后，进化论者从未指出是什么机制在利用能量，去选择氨基酸，将它们分类，构成不同的基因，以发展成一个活的有机体。我们纵有满抽屉的电池，却没有一个手电筒(收容电他的机制」可供放入使用，仍是枉然。DNA的分子非常复杂，事实上它便是我们前面所说的「特定的复杂」。英文有二十六个字母，希腊文有二十四个字母，基因只有四个字母，但它们都是用字母的排列作为沟通方法。资讯科学家姚其(HubertP.Yockey)坚持：「重要的是，我们必须明白我们并非按类比(analogy)来理论。直接适用在蛋白质和基因内容上的排列假说(sequencehypothesis)同样适用在书写语言上，因此在数学上的处理也完全相同。」(注8)实际上，单单一串DNA携带的资讯等于一本百科全书所包含的。就算当时有足够的能量可以成就这样的工作，但据我们所知，唯一可以利用这些能量成就这种工作的系统若非是活的(但生命开始以前没有生物)，就是有智慧的。将一大堆的能量随意打进一系统中，如果你只是想要使它加温的话，那很容易。但如果你想要组织它——按次序将它安置，并制造资讯——则非智慧不可。
什么可以解释生命突然出现，同时提供生物所需的资讯组织？如果我们将一致原理(类比)应用在这个问题上，则我们所知如今经常不变地做这种工作的既是智慧，合理的假设便是：过去也需要智慧才能做成那样的工。一致的经验向我们证明这点，正如休谟所说：「当一律不变的经历相当于证明时，按事实本质而言，我们已可将之视为直接和完整的证明。」也就是生物中与生具有的资讯非智慧的成因不能成就。因为我们这里所说的不可能是人的智慧，更不可能是自然界生物的智慧，则必然是一位超自然的智慧。这的确造成与自然程序脱节，激起大部分科学家反感的莫过于此。然而，我们一旦承认：在宇宙的开始，由无到有的确是一彻底的脱节时，则当证据清楚显示有其他外力介入，这观念便不应当太难以令人接受了。
另有人提出其他的理论，来解释地球上第一生命的起源。其中之一便是犹有新的自然律尚待发现，但科学家只能指出这需要，却无法解释组织的工作是如何作成。另有人说：地球上的生命可能来自宇宙其他的地方，它们或者附在一块陨石上，或者搭乘一艘远古的太空船，但这些解答都只不过将问题往后推一步：。那样的生命又从何而来呢？此外还有人借用泛神论的思想，主张宇宙里的一些精神能够解释生命的起源。海底的热量排气孔或是泥土沉淀都曾被认为是可能蕴育生命的温床。但没有一种观点可以解释：是什么方法使得利用能量构成「特定的复杂」成为可能。最合理的成因是一位超自然的智慧。
新生命形式的起源(各式各样新生命)
关于起源有两种观点：一说万物发生都可归结于自然成因；另一则寻求超自然成因。就新生命形式的起源这个问题来说，它们是不待智慧外力的介入、从天择过程衍化而来的？还是一位有智慧的设计者特别创造成的？
达尔文对进化理论最大的贡献之一，是用农夫和牧场主人的人工选种作为天择的类比。天择的原则成为进化论的招牌，因为它不需要诉诸超自然成因，就能对生命形式新的发展提供一个解释系统。他提出用来支持这个类比的主要证据便是化石记录。从此以后，导论性的生物课本便接受他的观点，生动地描述生命形式由简单而复杂的演进历程。
达尔文自己知道：在人工选种和天择间进行类比存在著极大的问题，但他希望人类在几个世代所能作的，自然在几百个世代中也能作到。然而，这种类比的缺点并非只有时间一项因素。如瑟(E.s.Russell)写道：
达尔文提出「天择」这个名词实在是大不幸，因为它引1发了许多思想上的混乱。他之所以会提出这个理论，当然是因为他经由研究人在家畜和农作物中人工选种的结果，而使得到的。他的用字完全没有问题。但是人工选种的作为与「天择」的作为不但无法类比，而且根本是完全相反的两回事……人有一个既定目标，「天择」则无。人按著他希望延续或加强的特征，来选择人希望**的个体，不惜使尽一切力量，保护它们和它们的后代免受「天择」的运作影响，这样便可加速消除许多畸形变种；他继续积极并有目的地选种，一代又一代，直到达成他的目标(这个目标是可能达成的话)。这一种改变从未、也绝无可能在消灭或保留差异的盲目过程中发生，我们却误将这过程称为「天择」。(注9)
至今这仍是进化论的一个主要问题，相当于我们讨论第一生命起源时指出的那同一问题。被用来证明天择果效的类比，实际上包含著太多智慧的介入，这关键点竟被那些理论家忽略了。农夫或牧场主人根据一个有智慧的计划进行操纵，以便制造出特定的进展。就资讯而言，这是由一个复杂的DNA码层面进入一个更高、或至少更特定的复杂层面。又好像将「她有褐色头发」这样的句子，改成「她那一头赭色的云发地阳光下更加触目」那般复杂的陈述一样。在DNA中增加资讯码需要智慧，就跟原来用来产生生命的资讯码需要智慧，无疑是一样的。老实讲，若说达尔文的类比能证实任何事的话，那么他所证实的是：产生新生命形式的确需要智慧的介入。只要知道我们是在处理起源科学，而非运作科学的问题，一致原理会再度将我们导向这结论。
但是广为人知的化石证据又如何呢？达尔文也意识到这是个问题，他在《物种源始》(TheOriginofSpecies)一书中说：「为何并非每个地质的形成，以及每个地层都充斥了这些中间过渡的接环呢？地质学当然从未显示任何如此精细渐进的器官链锁。这可能是会被用来反对我的理论最明显也最严重的理由。」(注10)自达尔文发表这书至今，一百三十多年来，对他的理论不利的情况有增无减。哈佛著名的古生物学家高卢得(StephenJayGould）写道：「化石中过渡形式的迹象记录极端缺乏，这一直是古代生物学同行间的秘密。装饰我们课本的进化树只有在树枝的尖端和茎节点有资料可凭据。其馀的都是推论，不论是如何合理的推论，都并非化石的证据。」（注ll）艾得（Eldredge）和泰得司（Tattersall）也同意：
我们对生物进化的理解带有太多一厢情愿的色彩，渐染到一个地步，以致有关生物进化最明显的事实——至今物种都未改变——极少真的被纳入任何用来解释，生命到底如何进化而来的科学概念中。如果有神话的话，最大的神话便是进化是一个不断改变的过程。(注12)
化石的证据到底有何意义？进化论者如高卢得，现在支持创造论者，如阿如西(Agassiz)、吉斯(Gisg)等人一向所持的观点：大部分物种化石的历史都显示与循序渐进主义相悖的两大特点：
1．停滞。大部分的物种在地上生存的时期，绝少显出方向性的改变。就反映在化石的记录来说，它们出现时和消失时的形状并无改变；形态上的改变通常是很有限的、非方向性的改变。
2．突然出现在任何地区。一物种的出现并非由它祖先循序转变，渐渐出现；通常都是突然出现，一出现便已「完全成形」。(注13)
化石证据清楚地显示一幅成熟的、功能完全的物种突然出现，持久不变的景象。我们看不到任何由一种生命形式转变成为另外一种完全不同生命形式的情形。上述两个特点看似抵触传统的进化论，但对创造论者而言也不无问题。
有些创造论者说化石记录反映出大洪水的残馀，可能因为有些动物较会逃生，或是死尸沉淀时受水压的影响。这些科学家极欲保持一个年轻的地球理论，因为他们相信：创世记的创造期限是按字义解为六天、一天二十四小时，早期的家谱中没有缺环。另有被称为古老地球创造论者，主张地球并非一定只有几千年之久。他们对化石记录的了解是：它显示创造乃一连串不同的阶段，地层中每一次出现的新的事物便是一个新的直接创造——无脊椎动物首先出现，接著便有一段很长的时间，是自然在下一次创造以前进行自我平衡；接著出现鱼；接著是两栖类；如此类椎，一直到人被创造。这个立场与化石记录吻合，但是创造论者对地球的年龄却无共识。这一个问题广受争议，但不论它如何解决，他们都同意：现有的化石证据支持创造论多于进化论。
有些进化论者试图用中断平衡(punctuatedequilibrium)这个概念，来解释化石证据的问题。这些科学家说：化石记录的飞跃反映出进化中的飞跃，也就是在较短的时间内产生主要的改变。因此，进化并非渐进，乃由一阶段突然飞跃至下一阶段，形成中断现象。这个理论备受非议，因为他们无法找出任何证据可以证明：有一个可能造成这种突然进展的次因机制，他们的理论以致显得好像纯粹建立在过渡化石的缺乏上面。达尔文明白这种突然是创造论的证据。果真那样，创造论者所一向坚持的将更加得到支持——完全成形动物的突然出现是创造的证据。
创造论者认为：基因改变有它的限制，这显示每一种主要的生命形式都是特别创造的。每一种新生命形式的出现都有智慧的介入，指定它的基因资讯，赋与它特别的功能。正如字母的顺序造成不同的字，不同的DNA码也造成不同的物种。如果创作《李尔王》需要智慧对字汇进行挑选和分类，基因资讯的挑选和分类同样地需要智慧，以造成不同的物种，在自然系统中共同生活。这些生命形式的突然出现只能加强我们的证据，显明这个宇宙的形成乃是一位超自然的智慧工作的成果。根据一致原理，这是这个问题最合理的解答。
〖何时开始？〗
我们采取年轻地球、还是古老地球模式，取决于我们对大多数证据(特别是化石证据)如何解释。采取年轻地球说的主要动机是因为支持者认为圣经如此教导。如果创世记第一章所说的一日按字面解释作二十四小时，第五和第十章的家谱是完整的，则创世的时间应当大约为主前四千年。说实在的，只有少数提倡年轻地球说的人会如此地订定一个时间。他们真正想要作的只是指出：进化论所说的长时间不但对进化无益，也缺乏前提。
当然，有许多创造论者支持古老地球说。按圣经来说，「日」这个字甚至在创世记第二章4节已经被用来指，超过二十四小时的时期，因此第六日的创造必然超过二十四小时，希伯来书第四章4至5节暗示：神仍然在他第七日的安息日中。这安息日如果可以如此之长，则其他日子也同样可以很长。按科学来说，这个立场不需要任何新颖的理论来解释它的证据。年轻地球说最大的问题之一来自天文学。我们可以看到相隔一百五十亿光年的星球所发出来的光。辨称神创造它们时已有年龄，并不足以回答它们的光如何射到我们这里来的问题。我们观察到数十亿年以前的星球爆炸，假如宇宙并非有数十亿年的年龄，则我们所见的光是来自从未存在过的星球——因为在创世以前它们都应已消灭了。神为何要用这些迹象来欺骗我们呢？古老地球说似乎与证据较为吻合，也不会造成抵触圣经的问题。
〖结论〗
现在我们有宇宙性质，DNA分子里储存的资讯，以及更多化石方面的证据，阿加西的话因此比一八六O年写成时更显得有力：「(达尔文)显然忽略了最重要、同时也是遍布各处的一点，那就是：与我们自己头脑连作相呼应，自然界中有不可能错过的思想证据，因此对我们有头脑的人而言，事实再清晰不过了，这一切的存在除了归诸智慧的成果以外，再无法用任何其他的原因加以解释。任何忽略这因素的理论都是对自然不忠实。」(注14)
关于起源有两种观点，一说万物发生都可归结于自然成因，另一则寻求超自然成因。多如排山倒海的证据支持创造论者的观点。