基督教内部的争论
种种神学争论
改教派（以后称为基督教，以别于天主教）虽然建立了稳固基础，并且迅速地发展，但内部的问题却日益明显，而天主教国家在政治及军事上对于基督教国家的威胁也越来越大，战争有一触即发的可能。事实上，主后一六一八年天主教与基督教的冲突真的爆发了，随后三十年的战争在欧洲造成很大的伤害。
在路德去世后不久，德国教会在神学的问题上便出现了一些分歧，我们曾经提过，路德的得力助手墨兰顿在气质上与路德很不相同，他是一位温和中庸的人，一方面极力寻求与天主教和解，对于天主教的传统不像路德那样的激烈反对，另一方面，他亦非常欣赏加尔文派的一些观点，尤其是加尔文对圣餐的瞭解。路德在世的时候，他们的感情盖过他们中间存在的分歧。当墨兰顿寻求与天主教和解的可能时，路德也不反对，就是当他觉得墨兰顿与天主教方面讨价还价时让步太多，他也容许。墨兰顿在神学思想上很早便与路德有歧见，特别是他对人的自由意志的看法，他比较接近路德攻击的人文主义者，同时他也相信人的善行是救恩的一部分，虽然人不能靠善行得救，但他却强调信心没有行为是死的。虽然存有这些歧见，但墨兰顿却没有与路德争辩，只是安静、服从的在路德的领导下工作。这种亲密和谐的同工关系在历史上是不常见的。
然而，当路德去世后，问题便开始出现了。路德不在，墨兰顿固然会比较自由地抒发自己的见解，但其他跟随路德的人便不像路德那样对他包容。在主后一五四八年六月，路德死后两年多，查理一世企图促使天主教与基督教的各大门派达成和解，便请不同的神学家共同草拟一份《奥斯堡临时和约》。但这份和约在很多基督徒眼中仍然保留力量太多天主教的传统，因此，虽然在名义上，基督徒的贵族接受了这和约，但却没有真正在他们境内落实推行。为了进一步使天主教和基督教达到真正的和解，墨兰顿便与另一位德国的主教协助毛里斯侯爵草拟另一份和约，称为《莱比锡临时和约》。里面坚持信义宗的一些基本教义，却也同时保留了天主教传统的一部分，例如崇拜时用拉丁文，承认天主教的七项圣礼等。墨兰顿认为在和约中保留的天主教传统是无关重要的（Non-essentials），但对于一些路德的忠实追随者，他们认为墨兰顿出卖了信义宗的信仰，激烈地抨击墨兰顿，由此，信义宗内部的神学争论便渐渐扩大，造成严重的伤害。路德的忠实追随者称自己为纯正路德主义者，而支持墨兰顿的被称为腓力派（因为墨兰顿的全名为腓力·墨兰顿）。除了对天主教抱不同的态度之外，对救恩的看法，他们也有一些分歧。腓力派相信人虽然堕落，但没有完全失去对神感应的能力。纯正路德派却坚持在堕落后，人完全没有对神感应的能力。因此，腓力派认为圣灵与人同工，叫人离罪归向神，而纯正路德派则认为救恩完全是圣灵的工作。在另外一方面，纯正路德派倾向完全否定善行，也倾向否定教会纪律的功效。而腓力派却坚持人在重生后，善行是他得救的明证，并且在成圣的历程中，纪律的约束上及操练是很重要的。除了这些有关救恩的争论以外，还有关于圣礼的争论。墨兰顿觉得路德过于强调基督实质地存在于饼和酒之中，在这一点，他认为路德仍不能摆脱天主教的传统，反过来他却非常欣赏加尔文对圣餐的理解。加尔文认为基督只是在属灵意义上存在于饼和酒之中，亦即是说，饼和酒有基督属灵的能力和恩典，对于接受饼和酒的人有属灵的功效。这样一来，纯正路德派便和认为墨兰顿及他的支持者为"潜伏在信义宗内的加尔文派"，更因此对加尔文派产生恶感，而导致日后彼此不相往来。
为了平息争论，两派在主后一五七七年达成协议，彼此接受一项共同草拟的《协同信条》，然而这信条却未能完全消解彼此间的分歧。
在改革宗（ReformedChurch）方面，不同地区的教会在神学上原是非常统一的。不同的地区虽然有自己采用的信条，但这些信条都是大同小异的。然而在十六世纪后期，改革宗内的神学争论首先在荷兰出现。荷兰教会所采用的是主后一五六一年草拟的《比利时信条》及主后一五六三年草成的《海德堡信条》。这两个信条经过里敦大学（UniversityofLeiden）教授容力斯修订后，被荷兰教会正式在安特威（Antwerp）议会、伊顿（Emden）议会、多特（Dort）议会通过接纳为荷兰教会的信仰依据。然而当教牧人员广泛地讨论这些信条内容的时候，问题便开始出现了。当时里敦大学的一位教授高马勒斯（Gomarus）与一些教牧人员在解释神永恒的旨意及谕令上发生争执，高马勒斯认为神拣选及救赎的计划在祂创造及人堕落以先，已经定下。而与他争辩的一些教牧人员却认为神的拣选及救赎计划是在人堕落后才定出的。两派在各持己见中，邀请新任神学教授的亚米念（JacobArminius,1560-1609A.D.）主持公道。经过一番研究，亚米念不单否定高马勒斯的看法，就是连那些教牧人员的看法，他也不能支持，他根本便否定无条件的拣选(unconditionalelection)。这样一来，整个荷兰的教会便像经历地震一样，一场激烈的神学争辩便告展开。一方面，根据加尔文派的传统信仰，神拣选这人，不拣选那人完全是出于神的美意，与人本身的态度、决志无关，就是在某人出生以先，神已经拣选了他。另一方面，按亚米念的看法，人之所以得救，被神拣选，是因为他愿意承认自己的过犯，接纳神的恩典。
渐渐的，跟随亚米念的人也不少，在荷兰形成一种势力。荷兰王企图以政治的权力确立纯正的加尔文主义，而亚米念派却极力相抗。当荷兰王要求境内信徒接受国家所采用的信条，亚米念派便立刻草拟《抗辩信约》(Remonstrance)，内容有五大点：（一）有条件的拣选；（二）无限的赎罪，亦即是说，神的救赎本来是要给每一个人，只要人肯接纳祂的救赎，他便能得救。（三）人性部分败坏，就是说人的堕落没有完全破坏在人里头的神的形象，人虽然败坏，仍保留对神感应的能力；（四）神恩典可能被抗拒，即是说，当神的恩典临到人时，人可以拒绝接受神的恩典。神不会用祂的大能使人对祂的恩典无可抗拒；（五）圣徒可能从恩典中失落，亦即是说重生之后，不保证他绝不会再失落。
面对这五点抗辩，荷兰政府立刻召开多特会议，这会议不单召集荷兰教会的领袖，也召集了所有改革宗的教会领袖，为要对应亚米念主义。会议的结果当然是亚米念主义被完全否定，不少亚米念主义者被逐出教会，议会重新确立《比利时信条》及《海德堡信条》的信仰。而著名的加尔文主义五特点（Five-pointsofCalvinism）便是这时开始盛行于改革宗教会的，这五点针对亚米念主义的五点抗辩的：（一）神的无条件拣选；（二）有效救赎；（三）人性完全败坏；（四）神的恩典无可抗拒；（五）圣徒确保不在恩典中堕落。
信义宗及改革宗内部的神学争论使他们的信仰表达趋于严谨精细，看重推理，因而渐渐变得僵化，缺乏活力，与路德及加尔文时代那种充满生命体验及活力的神学真是大不相同了。基督教的神学于是便进入一种经院式的形态中，而十七、十八世纪的所谓"正统主义"在当时很多人的心目中是一种了无生气的神学思想，使本来亲切而切实的信仰变成客观、抽象的体系：这体系在日后也造成相当严重的后果。
敬虔主义与启蒙运动
正统主义将基督教本来活泼的信仰化成一套僵化、呆板、抽象的教理，而信心变成了对这套教理的宣认，这与当初路德所瞭解的信心很不同，当路德谈到信心时，他所指的是信徒与神之间的活泼的关系，但到了正统主义时代，这种活泼的关系仿佛被信徒遗忘了一样，他们拥有精细地界定的所谓"纯正信仰"，但却缺乏了因信仰而来的生命活力。崇拜时的讲道变得乏味，其余一切的活动，如圣礼，也变得很规条化。
在这种治沉闷的宗教生活中，有不少信徒开始寻求新的方向与经历。主后一六七Ｏ年，一位法兰克福（Frankfort）牧师史宾纳（PhilippJacobSpener）召聚了一小组信徒在他家中读经、祈祷，彼此鼓励追求活泼的属灵生命，他称这小组聚会为敬虔团契（CollegiaPietatis）。以后敬虔主义便由此得名。这种小组聚会在他牧养的教会中成为一种更新的力量。但不久，他被迫离开法兰克福转到德里斯顿（Dresden），在那里他又以同样的方法，在他牧养的教会内组织了更新的团契，其后他又再被迫转到柏林，也同样的组织更新团契。不过，更有力的影响，乃在他所写的一本名为《渴慕敬虔》（Desideria）的书，清楚地呼吁信徒聚在一起研读圣经，摒弃神学的争辩及抽象的理性思维，而在实际的敬虔操练中体验及实践圣经的真理。
在这种更新运动展开的初期，正统主义的神学家已感到不安，当这运动渐渐扩大时，他们便公开反对这运动。然而，主后一六八六年，一位大学的圣经学者弗朗克（AugustFrancke）加入这运动的行列，使这运动扩展得更快。在主后一六八六年，他在莱比锡大学中组织了一个读经团契，有系统的查考圣经，一次在研读约翰福音第二十章三十一节时，深感被圣灵感动，于是便更积极的追求敬虔的操练。在史宾纳指引下，他开始在大学内大力推动敬虔运动，亦因为这缘故，他被迫离开莱比锡。他从莱比锡转到哈尔(Halle)，在刚成立的哈尔大学任教。不久，哈尔便成为敬虔运动的重要基地。
其实，推展敬虔运动最重要的人物应该是亲岑多夫(CountVonZinzendorf,1700-1760A.d.)。他在哈尔受教育时已深受敬虔主义的熏陶，他渴慕圣经纯净的真理，力求活出圣经所要求的简单纯朴的生活，对于传福音也满有热忱。他听到莫拉维亚弟兄会信徒受逼迫，就将部分的土地送给他们，让他们仍在那里建立自己的村庄，以致可以按自己的信仰自由地生活。最后他更加入他们的行列，成为他们属灵的领袖。他们过着基督徒社群的生活，透过工作、读经、祷告、敬拜去操练敬虔。当逼迫临到时，亲岑多夫便四出宣扬敬虔生活操练的重要性，他所到之处都建立起追求敬虔生命的基督徒群体，不单在欧洲如此，在美国也是如此。
然而，在追求敬虔的生命中，敬虔主义者却渐渐将信仰变得极度个人化及内在化。追求敬虔便完全等于追求个人内在属灵经历；他们很强调内在的光照（innerillumination）。于是，敬虔与关怀社会、文化的活动便似乎拉不上关系，有时甚至对立起来。不过在神学上，敬虔主义所带来的问题是，主观的属灵经历往往与客观的启示真理混为一谈，例如有一首诗歌其中一句这样说："你若问我怎知主活着，因祂活在我心。"这便是敬虔主义以主观经历去处理客观启示事实的一个很好的说明。我们要掌握神的真理，主观经历当然很重要，但主观经历却不能成为真理的依据。这一点我们要非常留意。我们可以说，敬虔主义将基督教的信仰变得很个人化和主观化，其实是助长了启蒙运动所标示的个人主义与主观主义，对于日后自由派神学的发展，也有很大的影响。
正统主义不单刺激了敬虔运动的产生，也间接地刺激了启蒙运动的开展。
因着正统主义对于任何神学思想的偏差都不能容忍，在教会内常引起争端，使基督徒彼此相残，教外的知识分子便对基督教的道理能抱一种轻蔑的态度，并且也使他们觉得应该彼此容纳，你持你的看法，我抱我的见解，彼此尊重，而不应该强硬确立自己所持的见解才是真理，渐渐，他们更开始怀疑，到底有没有绝对真理这回事，于是相对主义便开始形成。
另一方面，正统主义神学家常常强用理性去确立、证明圣经的真理。这本来是无可厚非的，但他们很容易陷溺在理性主义中而不自觉。同时他们护教的方式也往往造成一种错觉，就是假若圣经的真理可以用理性**，那么这些真理便一定不可信了。这样便引起了教外的知识分子力求用理性去批判圣经真理，以求**它的可信性。慢慢地，理性批判成了最高权威，启蒙运动的主要精神便是理性批判是万能的。于是，人开始用自己的理性架构去规限神的启示。
当然正统主义只是间接地刺激了启蒙运动的开展。但启蒙运动的出现，其实是反映了欧洲整个文化的蜕变。其中变得最厉害的，便是欧洲人对人的看法。一直以来，在神所造的宇宙中，人虽为万物之灵，却是非常渺小的，只有神最伟大。但到了十七世纪，情况有所改变了。首先是哥白尼提倡以太阳为中心的天文论，后由加利略肯定并广泛介绍。在表面上，以太阳为中心的天文论将人变得更渺小。以往，欧洲绝大多数的人都以地球为宇宙的中心，而人既是地球的中心，那么人便是整个宇宙的中心了。然而，人在地球上虽是万物之灵，但却无法跳出地球的框框。当哥白尼提出以太阳为中心的学说，情况便不同了。人突然醒觉，原来他可以跳离地球，提升到地球以外来看整个宇宙，看到自己所处的地球原来是太空中很渺小的星球体。人在宇宙中虽然渺小，但却可以凭他的想象力，洞识宇宙的秩序。骤然间，人觉得自己很伟大，活动的范围也从小小的地球伸展到整个太空中。
另一个重要的发现，便是笛卡尔的《我思故我在》。笛卡尔发现，无论我们抱多怀疑的态度来对待一切事物，有一件事无论怎样也无可置疑的，便是人类的思想。我可以怀疑外在的世界是否存在，甚至怀疑自己是否存在，但我却不能怀疑一件事，就是那正是怀疑的我是真实的。是谁在怀疑？是我！而达到这稳固的结论，完全是倚赖人的理性思维。正因如此，人的理性思维是一切信念的基础。因此，任何事与物不能通得过我的理性批判，我便不会相信。于是，理性成为一切真理的依据。而就这样，欧洲人便开始用理性作为尺度去批判神的启示。他们要求神用他们认为合理的方式去启示人，任何启示他们认为不合理性的，他们便不能接纳。由此，圣经的权威便受到严重的质疑。启蒙运动可以说对教会传统的信仰发出很大的挑战。而当时很多的信徒也陷入信心的危机中。同时，教会的神学思想也开始转变。自由主义神学便在这时候产生的。
总之，欧洲教会到了十七世纪末，十八世纪初，可以说是陷入低潮中，与此同时，外面的世界却急剧转变，对于教会的确造成了很严重的考验，在一段短短的时期，教会仿佛失去了过往的活力，看来快要阵脚大乱了，但就在此时，教会"山穷水尽疑无路，柳暗花明又一村。"神却用祂慈爱的手使教会复苏过来。