新约时代的教会常常需要处理异端，保罗提到许多“不服约束，说虚空话欺哄人，要求信徒行割礼”的人，他说他们“贪不义之财，将不该教导的教导人，败坏人的全家”。所以，保罗要提多“严严地责备他们，使他们在真道上纯全无疵，不听犹太人荒渺的言语和离弃真道之人的诫命”(多1:10－14)。
一、面对异端时要注意的事项
1、严斥散播者：传道人一定要严厉地责备传异端的人，并且指出他们的问题，，保护教会不受异端的影响。
2、爱心劝勉：另一方面，保罗教导提摩太不要争辩，用温柔劝诫那抵挡的人(提后2:16－18)。可能因为提多和提摩太所面对的人也有分别，所以保罗就提出不同的教导方式。
3、灵活面对："处理”异端与极端的作法，并非一成不变。对某些人来说，要了当面指责别人，他可能作得不好，或者根本作不来，那么，他可以切切地为这件事祷告，让其他人去处理，或用其他的方式处理；但是，另一些人却可以轻而易举地作得很好。不但如此，教会的事务牵涉很广，包括信徒的观念、信心，和那些反对者的特性等等，这些都需要考虑，才能找出合适的处理方法。
4、小心谨慎：不管怎样与那些受异端影响的肢体交锋，传道人一定人小心控制自己的脾气，千万别轻易发怒、大动肝火。有时不是三言两语就能够挽回一个迷途的信徒，我们要有耐心，慢慢的分析，让他们看见其中的问题。如果你是急性子的，就当祷告仰望主，求主赐下忍耐的心、智慧的口才，使你帮助迷羊回转。
5、防备异端进入教会：现在内地很多教会都有人出外传道，他们也到其他地方的教会去探访，或是互相观摩学习，再加上海外也有很多信徒回国，教会接触外来信徒或传道人的机会增加了。这些人有什么背景呢？他们所传的是不是真道？我们都需要抱着信心求证的态度加以了解，因为异端很容易从这个管道进入教会。所以，在接待之前，一定要先查清楚他们的信仰状况。(约贰7－11)有的教会干脆定下规矩，不随便接待身份不明的外来讲员。先对他有了一定的认识，了解他的信息和生命，才请他上台讲道。有一教会的作法是在请人讲道之前，先由同工向这位讲员考问信德，了解他的信仰状况。我们可以用七个问题查问这些到来传道的人，明白他的信仰背景：
A、除了圣经，你的教训还有什么根据？(提后3:16－17)
B、你的主要任务是不是传扬耶稣基督的福音？(林前15:3－4；加1:8)
C、你相信耶稣是弥赛亚、是基督，是神的爱膏者、是道成肉身的那一位吗？拿撒勒人耶稣是不是神永活之道？(约贰9)
D、你相信耶稣基督流血的救赎是唯一的赦罪途径吗？(罗3:24－25)
E、你相信耶稣从死里复活吗？(罗10:9－10)
F、你有没有接受耶稣基督做你个人的救主，做你生命的主？
G、什么是你的救恩基础？你是靠自己的行为还是靠神的恩典？
以上七个问题，可以帮助我们准确地测试要来传道的人是不是异端。我们可以问一两个题目，当然也可以全部都问。这样做很直接，不过，最好事先向他解释，表示有责任了解每位讲道者的背景，并且强调是为了防备异端。信仰纯正的讲员一定会谅解，愿意与我们讨论信仰。
二、面对异端的其他方法
1、设立联络员制度：在过滤外来讲员时，除了每间教会自己决定之外，还可以联合其他教会：江苏省某间教会设立了“联络员”制度，各教会联络员每个礼拜有一次聚会，一起观察当地异端的发展情形，知道他们的动向等等。我们强调教会与教会之间要合一，放下门户之见，同心抵挡异端，这也是防备异端的方法。一个教会受到异端的影响，立刻通知其他教会，就可避免别的教会也受影响了。
2、出版书刊：书刊可以保存，又可以散布到很远的地方，保罗当年写的很多教会书信，也就是用文字来指出异端的错误，所以今天我们同样可以针对现代的异端，出版一些澄清、指正的刊物。
3、研究评论异端：如果收到一些评论异端的资料，就先研究，肯定没问题了，便不妨念给弟兄姐妹听，让他们知道怎样面对异端。
4、保护教会：这些防备异端的方法都是为了保护教会，帮助教会持守至圣的真道。我们要简单地介绍异端的主张，并指出他们不对的地方。保罗在圣经里提到异端的时候，也是简单讲几句，其它的内容都是解释真理，关心教会的需要。所以我们不管是在讲台上对信徒说，或是出版书刊来抵挡异端，都要把重点放在真理上，而不是放在异端那里。信徒越明白真理，就越不会受异端的影响，我们要切记这一点。
5、教导信徒真理：防备异端最基本的方法，就是教导信徒明白真理。保罗写圣经是在教导；耶稣在世上工作时，也注重教导。保罗说，我们要切慕作先知讲道的恩赐，就是要教导！不但传道人要努力教导，信徒更要努力学习，渴慕真道。使徒行传记载“庇里亚的人甘心领受这道，天天考查圣经，要晓得这道，是与不是。所以他们中间多有相信的。”要明白真理，必须要研读圣经；要分辨真理和异端也得研读圣经。信徒用心学习，异端就不容易发生作用了。
6、建立防备异端的权威：
A、教导圣经者：杰出的主日学教师和传道人。
B、组织核心小组：消极地批判和处理，积极地教导和建立。
C、成立正式的执事会(圣工小组)：出版书刊，表明立场。
D、教会与教会之间(宗派)的责任：通知其他教会，防止异端传播。