自晚清以来，中国知识界震惊于西方的船坚炮利及科学技术的进步，不免对科学的作用过分高估，以为科学可以决定一切。有人甚至提出"科学救国"、"科学万能"之类的口号，这实系过甚之词。西方的科学家们却并不认为科学如此神通广大，凌驾一切。也不以科学排斥宗教信仰。很多著名的科学家都是虔诚的基督徒。盖洛普氏曾对过去三百年间三百位著名科学家的信仰进行调查，其中除三十八人因无法查明其信仰而不计以外，其余二百六十二位科学家中，不信神者仅二十人，占总数之百分之八，信神者则有二百四十二人，占百分之九十二。其中包括几乎所有曾对科学发展作出重大贡献的科学巨擘，如法拉第、伏特、欧姆、安培、麦克斯威尔、孟德尔、巴斯德等。也包括爱迪生、栾琴及现代原子能专家普莱特、康普敦、弗米等。在历史上哥伯尼和伽利略因确信地球及各行星均系绕日运行而受到当时天主教会的**，但他们自己并不认为他们的科学工作违反宗教信仰。（当时的天主教会相信宇宙以地为中心，所有天体均绕地运行，因而把他们两人的观点视为异端邪说而加以**。但实际上"地中心说"并非出自圣经，而是古希腊人的观点，天主教会把它和基督教义混杂起来当作教会的信仰而铸成大错。最近，天主教罗马教廷已正式为伽利略平反）。达尔文早年极力倡导进化论而被奉为进化论的开山师，但他晚年却幡然悔悟而成为热心的基督徒，并对自己似是而非的进化学说深感愧悔。就是苏联推崇备至的生理学家巴甫洛夫，其实也是一个虔诚的信徒，尽管苏联官方对此讳莫如深。在科学家中最典型的例子是牛顿和爱因斯坦。牛顿是经典物理学的奠基大师，几乎所有近代科学都是在牛顿的基础上发展起来的。然而牛顿毕生的主要精力却用于神学的探讨，他视科学为余事，不过是要证明神造物之功的伟大而已。他在临终前面对人们对他的伟大科学成就的称颂，却谦虚地说，他的工作与神的伟大创造相比，不过如一个小孩子在大海过偶然拣得一两片美丽的贝壳而已。在牛顿之后因创立相对论而对现代物理学作出划时代贡献的爱因斯坦也是信神的，他说："无限高超的神在我们微弱心智所能觉察的琐细小事上显示他的存在，我对之心悦诚服。我的信仰由此构成。在我心灵深处，确信有个超越的智能彰显在不可思议的宇宙中，这构成我们对神的信念。"（注＃１）牛顿爱因斯坦是科学界的泰斗，是光耀千秋的巨星，他们在科学上的造诣和成就，以及对科学发展的贡献，迄今无人能望其项背。但科学并没有使他们背离神，而是加深了他们对神的祟敬。对比以上这些光辉的范例，令人深感惊讶的是，为什么居然还会有那么多人轻率地以科学为口实去否定神的存在。如果科学与神的存在果真是水火不容那么首先否定对神的信仰的就应当是牛顿和爱因斯坦等人，然而事实却恰恰相反。这是为什麽呢？难道牛顿和爱因斯坦等还并不真正懂得科学，而只有那些无神论者才真正领悟科学的真谛吗？无神论者当中又有几个科学家差堪与牛顿和爱因斯坦相比呢？
不可否认，确实也有一些科学家不信神，但这也只是"人各有志"而已，实与科学无关，更不表示这些人的科学工作能够否定神的存在，因为这是根本不可能的。一则因为从逻辑上说，否定一事物的存在要比肯定它困难得多，例如设想有人宣称世界上存在着一种珍贵的东西叫做珍珠。要肯定这一点，只要出示一颗珍珠即可。即使他并无珍珠在手，只要能提供一些合理的旁证，诸如珍珠的照片，生产珍珠的珠母贝，或是见过珍珠的人证等等，也有一定的说服作用。至于别人信与不信，则只能听各人自便，无人能够相强。但如果你想根本否定珍珠的存在，则绝非易事。除非你能遍索五湖四海、天涯海角，以确定世界上确实并无珍珠此物存在。珍珠本身之有无姑且不论，仅从技术上说，这就是不可能做到的。一个科学家，不论他的成就多么辉煌，其知识和经验总是有限的。他研究所及的时间和空间也是有限的。一个有限的人，甚至数不清自己的汗毛，又怎能断定创造万物的神不存在？二则因为物质科学本身根本不可能直接判断神灵之有无。我曾看过一些无神论者与基督教学者的辩论。出乎人们的意料之外的是，这些无神论者的论点根本与科学不相干。相反，他们认为科学观点变化无常，谁也不知道一百年后的科学会是什么样子，因此根本不足凭恃。"如果有谁把自己的论点建立在科学之上，那真实危险之至"。但他们这样说，实际上就是承认了一个事实，那就是：科学并不能否定神的存在。如果他们能用明确肯定的科学方法，直接证明神不存在，那么这些无神论者又何乐而不为？正因为他们做不到这一点，所以他们才宁愿从定义和概念着手，去进行抽象的析辩。他们说，犹太教、基督教和伊斯兰教关于神的概念（三者同出一源）本身就是自相矛盾的因而是不可信的；而且所有与神有关的经验都是主观上的，不能构成客观的证据。更何况在实际生活中，我们并不需要神来作最后的依据，没有神，我们照样可以生活得很好，如此云云。有人问，是否因为他们看不到"有神"的具体证据才成为无神论者？他们回答说，"不是"。当然更不是因为他们另有能够证明"无神"的证据。他们说，"无神论"的真正涵义只是"不相信有神"（LackofbeliefinGod），而不是"否定神的存在"（DenialofGod-sexstence）。人们如果"相信"什么，那是需要证据的，但如果只是"不相信"，那就根本不需要证据，所以他们根本无需劳神去提供证据。这就是某些无神论者的辩词。还有一派无神论者不像这一派这么圆滑，他们只是断然宣称，宇宙之中除物质之外别无所有，自然也就无所谓神灵。但怎样肯定这一点呢？那当然也是提不出任何证据的。说到头那也只不过是一种信念，一种类似宗教的，但却远不及宗教信仰更令人信服的哲学信念。这类信念在哲学上属于自我否定（Self-defeating）的范畴。例如，有些人常说："世界上没有绝对真理，一切都是相对的。"这个论点就是自我否定的。因为如果这个论点正确无误，那么它本身就成了绝对真理，因而也就否定了它自己，唯物论也是如此。因为如果宇宙间果然除物质之外别无所有，那么人们的认识就不可能超出物质之外。因此，除物质之外，人们将一无所知，既然一无所知，你又怎能知道除物质之外别无所有？可见唯物论也是自我否定的。凡是自我否定的论证都是不能成立的，所以唯物论也不能成立。"物"诚然存在，但"唯"字却没有根据。
有人说，宗教的产生乃是古时民智未开，人们尚不能正确理解自然现象，在面对诸如洪水、烈火、雷电、地震、山崩、海啸、日蚀等剧烈现象时，不免心生恐惧，进而将这些现象人格化，以致产生神鬼的观念，然后逐渐发展为宗教信仰。所以说，神是人自己造出来的。现今由于科学昌明，人们已经彻底理解了这些现象的本质，自然也就消除了神鬼观念存在的基础。这种说法只是现代无神论者的主观臆断，既不符历史事实，也缺乏现实根据，而且根本颠倒了因果。很多人把本来不是神的东西（各种偶像，包括各种自然物象）当作神明来敬拜，那是对神的误认。其所以会有这种误认，显然是因为他们本来就有神的观念。犹如人必须先有感觉，然后才有错觉，其理至明。只有失去母亲的孩子，才会把其他妇女错认为自己的母亲，其所以会认错，正是因为他心中本来有个母亲的影子。如果他自幼根本对母亲一无所知，就决不会有这种误认，更不会凭空造出一个母亲的形像。猿猴及其它动物也会对雷电、地震等现象表现恐惧，但为什么却从不见它们有拜神的行为呢？原因很简单，因为它们根本没有神的观念。人类则自古就有敬神的观念，这从古代人类遗物中很早就有各种祭器就可晓得。假如世间根本并无神灵存在，人是不可能凭空制造出神灵的观念的。试想，如果外界根本没有光，人能有青红皂白、风景图画的观念吗？如果外界根本没有声音，人能有琴瑟钟鼓、语言音乐的观念吗？我们知道，凡是寄生在动物体内的寄生虫类，或生活在地下暗河中的水生动物，一概都没有视觉，或根本没有眼睛，因为它们的生活环境中没有光。由此可知，如果世界不没有光和声，人甚至将根本不会有眼睛和耳朵，更不必说有关光和声的观念了。同理，如果根本没有神灵存在，人又怎么能够凭空产生神灵的观念呢？有人会说，中国人不是凭空制造了一个"龙"的观念吗？谁会见过真正的龙呢？然而中国人关于龙的概念并不是"凭空"制造出来的。历史上最早的龙大致是蛇形，无角无爪，只是头部较大而已，后来才逐渐把马的头、鹿的角、鱼的须鳍和鹰的脚爪加上去，成为现今的样子。如果没有这些有关动物的启发，人就不可能造出这样一个龙的形象。从圣经上看，最初的人除了敬拜独一的神以外，并不敬拜偶像。只有在人迷失正途、远离神之后，才开始拜偶像和各种邪神。犹太人如此，中国人也如此。中国人最初对神的观念是"天"，那是天地间独一的最高主宰，而且没有特定的形象，这和圣经中的独一真神很相近，后来才出现多神观念和偶像崇拜。可见拜偶像（包括拜自然物象）非但不是真正宗教信仰的起源，反倒是人本身及其宗教信仰堕落的标志。科学的发展只能显示偶像崇拜行为的谬妄，却无关乎神的存在。基督徒中间科学工作者很多，也不乏著名的科学家，但科学知识却不曾损害他们对神的信念。所以那种认为对自然现象的正确理解将消除人们对神的信仰一类说法是没有根据的。
即使是现在，科学既不能解释所有的现象，也不能解决所有的问题。从千千万万直接或间接的经历中，人们认识到天地间确实存在着超乎人类之上的智能。正是这些不可否定的事实，使人们认识到神灵的存在。不但有神，也不鬼（邪灵）。人类虽号称"万物之灵"，但有一个很大的局限，就是不能预知未来。科学界也有所谓"未来学"，即所谓"科学的预见"。但那不过是根据已知的事物发展规律，对未来的基本趋向作一个盖然的推测，不涉及细节，对个别情况或偶发事件则全然无能为力。那只不过是一种粗率的预估，并不是真正的预知。例如，根据目前人类群体平均寿命的统计观察，以及医学的发展概况，人们可以推测，下一世纪多数人可以活到八十岁左右，少数人可以活百岁以上。但对某一个人的具体寿限及下世纪是否会发生原子大战或其它意外灾祸以致危及多数人的生命，乃至预测者本人明天或后天有什么遭遇之类的问题，人们就完全茫然了。然而神灵则能准确地预知未来，包括偶发事件在内。这是人类所不能做到的。现在举我自己亲身经历的一件事为例。1931年春我本家远房的一位祖母突然精神失常，其表现和一般的精神病很不相同。在乡间人们也知道其间的差别，所以人们并不把这种情况视为"疯颠"，而称之为"中邪"，意即邪崇附身。这位祖母是典型的农村妇女，不识字、极少接触外人。为人温厚端庄、甚得族人敬重。但发病后性情大变，言语举动变得疾厉粗暴。时而污言秽语，时而谈古就今，很多话完全超乎她本人的生活经验和文化水平之外，令人难以想像。家人多方延医诊治，但中医、西医一概束手，因为她所患的根本不是一般的疾病，自然非药石所能奏效。她对于基督徒，即使是素不相识者，也甚是怯惧；但对某些挂名"基督徒"却无真正信仰的人，则又骂又打，毫不容情。后来我自己学过精神病学以后，再回顾这位长辈当年的表现，也深感无法用医学知识解释。例如她在发病期间，能随意说出南庄北屯很多不相干的人家的隐私，这已经不是任何正常人所能做到的事，而更令人不可思议的是，她能准确地料人生死。当时在我们家乡有一苏姓乡绅，此人不仅家中饶有田产，且本人又在县城经营钱庄业，并身任全县商会会长，自然声望隆盛。虽非仁厚长者，却也不闻他有何重大罪行劣迹。我那位祖母发病时，有一天突然说："你们别看苏某某那么神气，他还有十二年好运，十二年以后就够他受了。"这话是我亲耳所闻。这种没来由的话，大家只好以疯话视之。以后她的病自行痊愈，病中所说的话自己全不记得。六年后抗日战争爆发，县城论陷，苏某乃回乡下居住，多年平安无事。至1943年春，某夜晚突然有人闯入他的宅院将他杀害，是何原因无人得知。我猛然记起那位祖母病中所说的话，算来恰恰十二个年头，实在令人惊讶。请问此事在科学上如何解释？科学家们能这样断人死生吗？类似这样的实例，只能使人得到一个结论，那就是宇宙间确实存在着超自然的智能，是人类所不及的。这种智能或是神灵，或是邪灵，二者必居其一。但都是科学所难及，也不是科学所能否定的。
另外有些人之所以认为科学否定宗教，当然也不是因为任何科学能直接证明神不存在，而是因为某些"科学观点"与圣经记载不符，于是那些相信科学观点的人便认为科学否定了圣经，因而也就间接否定了神。最显然的例子是关于人的起源之争。圣经说人是神创造的，而进化论则认为人是猿猴进化而来。那些相信进化论的人便认为圣经记载不可信，进而认为没有神。
对此，我们首先应当理解，科学和宗教是两个不同的范畴，不可混为一谈。二者既不宜等同看待，更不能互相取代。科学帮助人认识物质世界（广义地说，也包括人自身在内）；圣经帮助人认识神。科学解决人与物的问题（广义地说，也包括人与人的问题）；圣经解决人与神的问题。对于人与物的问题，圣经仅约略提及，并不作为重点，因为它在人的智能范围之内，并不需要神的启示去解决。所以人不能把圣经当作科学的教科书。反之，人也不能以任何科学著作取代圣经。因为科学不可能解决物质以外的问题。科学只能使人更有知识的力量，不能使人更加正直和善良；科学只能给人以新思想，不能给人以新生命。所以它无法像圣经那样满足人心灵深处的需要。人们对物质世界的认识是逐步发展的，必须不断地修正或更改。如果什么时候科学观点不可改变了，那就意味着科学发展的终结。圣经就其本质来说是不可更改的，但人们对圣经的认识却也随着时间的推移而逐步发展加深。圣经上有好些话，尤其是那些针对未来的预言和涉及远古的记载，至今人们仍不十分明白。圣经固然是神的启示，但它却是用人类的语言并针对人们当时的理解水平写成的。否则它就不能为人类所理解，因而对人也就毫无用处，而且圣经最后一卷《启示录》写成至今也已经近两千年了，但科学的大发展却只是近百余年的事，因此，圣经既不可能、也不必要使用与现代科学相同的语言。如果看来两者之间有所抵触，那只说明人们的认识与客观真理还有距离。或是对物质世界的认识还有出入（科学）；或是对圣经的理解还不准确（神学）。这并不足以说明圣经是错误的，更不能因此便说神不存在。实际上人们对圣经和客观世界的认识越深入，就越会为圣经记载的准确而感到惊奇，越想信圣经的话是出乎神。这里只举几个例子。