圣灵的伟大工作就是使人重生（约三3-6）。
一天晚上，犹太人的官尼哥底母来见耶稣。耶稣对他说，「人若不重生，就不能见神的国从肉身生的，就是肉身，从灵生的，就是灵。」我们的救主知道，我们唯有重生才能信靠和顺服上帝，才能被上帝接纳；所以祂郑重地告诉尼哥底母，重生是必需的。尼哥底母对此十分惊讶，于是耶稣继续向他教导什么是重生。祂说，「人若不重生，就不能见神的国。」(约三5)
重生是「从水和圣灵所生」。圣灵在人的灵里作重生的工作，水是外在的记号。这记号乃是圣约的承诺和印记，当时由施洗约翰传讲。水也可以表示圣灵自己。
约翰告诉我们凡接待基督的，乃是因为是从神生的(约一12，13)。不是人间的遗传，也不是人的意志，能使人重生。重生全部是神的作为(参约三6；弗二1，5；约六63；罗八9，10；多三4-6)。
我们必须记得，三位一体上帝中三个位格都参与重生的工作。这是非常重要的。重生是源于天父的慈爱(约三16；弗一3-6)，出于祂的旨意、目的和计划。重生是上帝慈爱与恩典的工作，由我们的救主耶稣基督买赎给罪人(弗一6)。但实际的「重生的洗和我们灵的更新」乃是圣灵的工作(多三4-6)。
本章主要目的是肯定圣灵这项工作的基本真理，因为有人否认和反对这真理。
旧约中的重生
圣经中有记载，重生的工作在旧约时代从立天地的根基的时候已经完成。但对重生的认识是十分模糊，比不上我们在福音中所明白的。
尼哥底母，以色列的教师，对此也一无所知。「人已经老了，如何能重生呢？岂能再进母腹生出来么？」耶稣也感到惊异，连这位以色列的教师也不明白重生的教义。这教义明明记载在旧约中的应许和其它经文中(我们将会看到)，上帝要祂的子民在心中行割礼，除掉他们的石心，赐给他们肉心。
由于他们的无知，以色列的教师们以为重生只是生活的改革。同样，今天许多人以为重生只不过是致力过一个道德的生活。假如重生只不过是使人成为一个新的道德之士而已，如差不多人人所称赞的那样，那么我们的主耶稣对尼哥底母的一番话不但没有开导他，反而把重生这件事弄得更含糊了。新约非常清楚地指出，圣灵在人的灵里作奥秘和奇妙的作为。假如这奥秘和奇妙的作为只是道德的改进，使人过个更良善的生活，假如只是外在的说服人要改邪归正，那么基督所教导的和整本新约圣经谈及的重生教义都变得难以理解和毫无意义了。
重生和重生的教义在旧约时代已经有了。上帝在每一世代所拣选的人，都是被圣灵重生的。但在基督来到世上之前，这一切都是「在创造万物之神里的奥秘安排的」(弗三9)。但现在这位伟大的医生来到世上，祂医治我们人性中可怕的损伤，这损伤使我们「死在罪恶过犯中」。祂把这伤口打开，给我们看是何等的可怕，告知我们将因此进入死地。祂这样做是要我们对祂给我们的医治感到衷心的感激。因此，没有其它教义比重生的教义在上帝的福音里说得更详尽和清楚。所以，那些否认、蔑视和拒绝接受这教义的人是何等的堕落与腐败。
圣灵一贯的工作
在旧约时代神所拣选的人被重生，其方式并不是与新约时代圣灵重生的人有所不同。所有重生都是同一的方法，靠同一的圣灵。
那些经历神迹而归主，如保罗，或那些归主时获得施行神迹恩赐的人，如许多早期信徒，他们的重生与我们没有两样。我们也接受了同样的恩典与权利。圣灵所赐的神迹恩赐与祂的重生工作无关。有行神迹的恩赐，并不证明一个人已经重生。有许多人得到施行神迹的恩赐，却没有重生；其它人获得重生，却从来没有施行神迹的恩赐。
以为圣灵过去藉神迹奇事使罪人重生，现在却不用这样神迹式的方法，而是用说服的方法告诉我们不悔改认罪是非常不合理的，这种假设是愚不可及的。如果我们思考接受下列的经文，我们就不会犯这样的错误。
所有没有重生的人的景况都是一样的。不是有些人比别人更需要或更不需要重生。所有人都是与神为敌，所有人都在神的咒诅之下(诗五一5；约三5，36；罗三19；五15-18；弗二3；多三3，4)。
当然在不重生的人当中，其罪恶过犯的确有不同的程度，正如重生的人当中其圣洁也有不同程度。无论如何，所有没有重生的人其景况都是一样，都需要圣灵在他们身上作同样的工作。
经过重生的人进入了同一的景况。没有人会比别人更为重生，虽然他可能在成圣上比别人更甚。肉体的出生也一样，每人都是一样从父母所生，虽然有些生下来比别人更快成长和有能力。这与所有从神而生的道理一样。
圣灵重生人，是以同样的的恩典与能力。事实上，有人蔑视新生，因为他们蔑视新生命。谁恨恶为上帝而活的观念，就恨恶被上帝重生这观念。但是全人类最后都要被审判，回答这个问题：「你曾否从神而生？」
对重生的误解
第一，重生不是单单接受洗礼，和说「我已认罪悔改」。洗礼的水只不过是外在的标记(彼前三21)。水本身只能把你弄湿，洗净你「肉体的污秽」。但这外表的标记表明「借着耶稣基督复活，在神面前有无愧的良心」(彼前三21；参来九14；罗六3-7)。
使徒保罗清楚地分辨外表的圣礼与重生的工作之间的不同(加六15)。假如接受洗礼和认罪悔改就是重生，那么所有受了洗，而说他们已经认罪悔改的人就必定重生。但明显地，事实并非如此(徒八13，21，23)。
第二，重生不是指外表道德归正的生活和行为表现。举个例子来说，假设有一个人他改邪归正，表现出归正的道德行为来。他不再偷窃，开始工作。但在他外表道德行为中的义不是从一个喜爱公义的新心和新本性中发生出来。唯有借着重生的改变，才能把一个堕落、罪恶和公义的恨恶者改变成为喜爱公义和喜悦施行公义的人。
有人讥笑重生是道德、公义和归正的敌人，但他们将要发现他们是大错特错的。
认为重生只不过是生活上道德的归正，这想法是源于否定原罪，和我们都有罪性的事实。假如我们不是性本恶，假如我们心底里是性本善的，那么我们不需要重生。
重生不产生主观经验
重生与个人感到欣喜若狂、兴奋莫名、听到天籁或其它这类的经验完全无关。
当圣灵在人心施行重生的工作时，祂不是用祂大能的感觉和情绪落在那人身上，使之无可抗拒。祂不像邪灵鬼魂一样去缠附在人身上。对一个相信圣经的话语，和接受真理的灵的人，圣灵的工作是容易理解和说明的。不信的世人不能接受真理的灵。耶稣对尼哥底母说，「风随着意思吹，你听见风的响声，却不晓得从哪里来，往哪里去。」圣灵的重生工作也是如此。
重生的本质
重生是把一个崭新、真实的生命的属灵律、亮光、圣洁与公义放在人的灵魂里，致使所有一切对上帝的恨恶和对抗完全一笔勾销。
重生是内心产生奇妙的改变。「若有人在基督里，他就是新造的人。」重生不是由于道德观念改变而形诸外行为，重生与此截然不同(加五6；六15)。
重生是神大能的创造工作。圣灵在我们生命里创造一新的原则或律(诗五一10；弗二10)。这个「新创造」不是使我们培养新的习惯，而是一种新的力量，新的能力；因此被称为「神的性情」(彼后一4)。这个新的创造，乃是神在我们里面创造了新性情，新力量，这新的性情带有神的形像(弗四22-24)。
重生将我们的心思改换一新。心思更新的意思，是我们的思维现在有了一个新的、救赎的、超自然的亮光，使我们能有属灵的思想与行为(弗四23；罗十二2)。信徒因而「在知识上渐渐更新，正如造他主的形像」(西三10)。
新人
重生在我们里面产生的新力量和能力，称为「新人」，因为重生改变我们整个的心灵；我们所有属灵和道德的行为都是来自这改变(弗四24)。「新人」是与「旧人」相反(弗四22，24)。「旧人」是我们败坏的人性，它有能力生出邪恶的思想与行为。「新人」有能力产出虔敬的、属灵和道德的思想与行为(罗六6)。它被称为「新人」，因为「这新人是神所创造的」(弗一19；四24；西二12，13；帖后一11)。这「新人」的创造是立时的，是在一瞬之间的。这就是为什么重生不单单是生活的革新，因为生活的革新是一辈子的事(弗二10)。重生是上帝在我们身上的工作，在我们能向上帝行善之前。我们是上帝的工作，被造为要行善(弗二10)。因此，除非神先在我们里面重造我们，否则我们不能作出任何蒙神悦纳的善工。
圣经说这「新人」乃「照着神的形像造的，有真理的仁义和圣洁」(弗四24)。第一个人里面的上帝的形像不是生活的改革，也不是善行的模式。亚当是在他作善行之前被上帝按照祂的形像所造。上帝的形像，乃是使亚当能真正彰显神的公义与圣洁的能力。在亚当还未开始为上帝而活之前，上帝已经赐给亚当有这能力。我们也是一样。神的形像在我们里面重新再造；这就是「新人」。于是我们便能在我们的生命中再彰显神的圣洁和公义(路六43；太七18)。
神的约
上帝已告诉我们祂如何与我们立约(结三六25-27；耶三一33；三二39，40)。祂先洗涤，洁净我们的本性。祂把我们的石心除掉，赐给我们一个肉心。祂把祂的诫命写在我们的心上，并把圣灵放在我们里面，好让我们能遵守祂诫命。这就是重生的意思。这也被称为成圣，使我们的灵、魂、体全然成圣(帖前五23)。
圣经的考验
圣灵只按照圣经中的方法来工作，不会有任何其它方法。一切自称是圣灵的重生工作，必须通过圣经的考验。
圣灵是全知的，祂完全知道我们的本性。祂知道如何在我们身上工作而不损害我们的本性；也不会用什么方法强迫我们的本性就范祂的旨意。一个被重生的人绝不会在任何时刻感到他被凶恶的力量强迫他违反自己的心意。尽管如此，许多真正重生的人被世人看为疯子，或宗教狂热分子(王下九11；可三21；徒廿六24，25)。
结语
传福音的人和听福音的人都必须学习，清楚明白圣灵重生我们的工作。圣灵借着真正的福音使者重生人心(林前四15；门10；徒廿六17，18)。因此，传道人必须彻底了解重生的真义，才能与上帝和祂的灵同工，带领灵魂进入「新生」。这也是听上帝话语的人的责任，要学习和明白重生的意义(林后十三5)。
上帝把重生之道启示给我们(申廿九29)。因此，不学习了解上帝这项伟大的工作，乃表明我们的愚笨和狂妄。除非我们从上帝而生，我们不能作任何讨上帝喜悦的事，也不能获得任何从祂而来的安慰，也不能认识祂，或明白祂在这世上的作为意旨。
人们一个重大的危险，是在重生这件事上会受骗，以致失去永生。他们错误地以为不用重生也可以上天堂，或者以为重生使他们在地上可以继续犯罪。这些说法明显地违背主耶稣和使徒们的教导(约三5，约壹三9)。