圣灵在信徒身上是作什么工作，怎样运行，要达到什么目的，是应当知道的，关系极为重要，所有属灵的成就，生命是长进，永远的荣耀完全在此。因为神救赎的计划，基督救功的作成，都有赖于圣灵在人的身上来实现。否则只有客观的事实，没有主观的经历，只有应许，没有承受。圣灵的功能很多，主要几个方面和途径。
一、光照
圣灵运行在人的身上，首先是作光照的工作，犹如在创造时，首先造光一样（创1：2－3）。这一方面是开了人的眼睛，开了人的心窍，使人能看见、能明白、同时也给人看见福音真理的光，特别显在基督耶稣的面上（林后4：4－6）。因着圣灵的光照，使人能看见神的真实，偶像的虚假，罪恶的可憎，属天的福分，将来的盼望。这也就是说，在听道的同时，看见了听道的内容，是真实可信的。同时也会看到自己的罪恶污秽、败坏，应当沉沦灭亡，结局非常可怕。不能不认罪悔改，深深的自责，懊悔以往的罪行（约16：8）。当扫罗在大马色的路上被光照之后，就变成保罗了。（徒9：1－6）
不但神是光（约壹1：5），基督是光（约1：4、9），圣灵也是光，在宝座前的七盏火灯，就是代表圣灵（启4：5）。在会幕造成的时候，有云彩遮盖会幕，神的荣光充满了会幕，都是预表圣灵，云柱火柱也是这样，表明圣灵有照亮的作用，若没有圣灵的光照，世界是黑暗的，人的里头也是黑暗的（太6：23），黑暗叫人的眼睛瞎了（约壹2：11）。由于受到主的光照我们才由黑暗中归向光明，从撒但的权下归向神，进入神奇妙的光明，成为光明之子。（弗5：8、14；徒26：18；彼前2：9；西1：13）
我们得救之后还需要进一步光照，不住地得到光照，所以保罗为以弗所信徒祷告，求神将那赐人智慧和启示的灵赐给你们，使你们真知道他，并且照明你们心中的眼睛，使你们知道他的恩召有何等的指望，他在圣徒中得的基业，有何等丰盛的荣耀。并知道向我们这信的人，所显的能力是何等浩大（弗1：17－18）。在这一个的光照里，使我们能知道三件极重要的事。真知道这三件事，可以说是灵程上的一次飞跃，是进到更高属灵境界的一个门户，内容是太奇妙丰富了。在以弗所书提到圣灵的七步工作：（一）受圣灵印记（1：13－14）；（二）赐智慧启示（1：17，3：5）；（三）成为神的殿（2：22）；（四）加心里力量（3：16）；（五）在灵里合一（4：3、30）；（六）被圣灵充满（5：18）；（七）用圣灵宝剑（6：17－18）。对于已经得救的信徒来说，求得智慧启示的灵，使心眼得到光照是很关键性的一步，过不去这道关，对属灵的事情总是门外汉，对自己的情况也是容易自欺。多蒙光照，多有进步。
蒙了光照以后，可能要忍受大争战的各种苦难（来10：32）。然而并不是不可能再离弃道理，不过责任更大，报应更重就是了（来6：6－8）。因为已经有分于圣灵，多给谁，就向谁多取。多托谁，就向谁多要（路12：48）。蒙光照的人有责任在光中行（约壹1：7）。行在生命的光中，神话语的光中，神的面光之中（诗56：13，89：15，119：105），好与神相交，并在光明中得到基业。（约壹1：7；西1：12）
二、重生
圣灵在人的里面有一个极重要的工作，就是使人重生。主耶稣说：“人若不重生就不能见神的国。”又说：“人若不是从水和圣灵的就不能进神的国。”（约3：3、5）水，被认为是指受洗说的。但更多认为是指道说的。特指福音的真道（雅1：18；彼前1：23；林前4：15）。圣灵因人真的相信了耶稣是基督，是神的儿子，是从死里复活的，而使人得重生（彼前1：3；约壹5：1；约1：12－13）。这一次的生是从圣灵生的。从灵生的就是灵，虽然重生的经过不是很显著和清楚，但却很真实和能察觉。（约3：6－7）
首先是将人沉睡，黑暗，死寂的灵，醒起来，亮起来，活起来（箴20：27；弗2：1）。使人有二个新的灵，这是里面的人。并赐给一个新心，归向神，并且圣灵来住在人的里面（结36：26－27），使人有新生命，即永远的生命（约3：16，10：28；约壹1：2，5：11－13）。这也叫作从神生的，成为神的儿女（约壹5：1；约1：12－13），和基督一同作神的后嗣（罗8：17；加4：7）。这样重生使人得到神的性情（彼后1：3－4），与原来从亚当来的败坏天性完全不同，可以说是完全相反。因此重生使人的里面有一个极大的改变，不会和重生之前是一样的，应当有具体的表现、凭据和见证。
第一，呼叫阿爸、父（罗8：15－16）。重生的人，作了神的儿女，有圣灵和我们的灵同作见证。我们既受了儿子的灵，就必呼叫阿爸、父（罗8：15－16；加4：6）。这是很自然内心的呼声，觉得神不再是一位不可知的、遥远的、没有关系的、不敢亲近的，乃是自己的父亲了，可以向父呼叫祈求和亲近。如果信徒不肯或不敢向神祷告、呼神为阿爸父、表明还没有神儿子的灵和生命。
第二，爱慕灵奶（彼前2：2）。一个才生的婴孩，别的都不懂得，不会作。但爱吃奶，总是要的、会的、照样，一个刚重生的属灵婴孩，也必定爱慕灵奶，一个不肯读经，不爱听道，对属灵的事毫无兴趣的人，很难证明是一个已经重生的人。
第三，行出公义（约壹2：29）。神的儿女必有神的性情。神是公义的，神所生的，也必行公义。如果一个重生的信徒，对于公义没有感觉，毫无义行，仍然自私自利。行事为人不正直、不诚实、无仁慈，无信实，则不是一个重生的人所有的表现。
第四，不肯犯罪（约壹3：9）。犯罪的是属魔鬼的。凡从神生的就不犯罪。因为神的道（或作“种”）在他心里。虽然他外面的肉体还有犯罪的倾向，但里面的人却喜欢神的律（罗8：22）。恨恶罪恶，与罪相争。所以凡习惯犯罪，故意犯罪，显明不是神的儿女。（约壹5：18）
第五，乃有爱心（约壹4：7）。爱是从神来的，凡有爱心的都是由神而生，重生的人必爱神和爱弟兄（约壹4：21，5：1）。没有爱心的不是神的儿女。
第六，必有信心（约壹5：4）。从神生的能胜过世界，这是因为有信心的缘故，完全没有信心的人，决不是神的儿女。
第七，大有盼望（彼前1：3－4）。重生的人一定有活泼属天的盼望，对于那真正永远的家和不朽的基业、毫无羡慕和盼望，表明根本没有重生（西3：1；腓3：20；来11：16）。
重生是一个起点，还要吃灵粮，走灵程、有灵交、经灵战、得灵恩、享灵福，这是真正的生命，应当持定。
三、更新
一个在基督里的信徒就是一个新造的人，旧事已过，都变成新的了（林后5：17）。这不只是一个地位，也应当是属灵实际的情况，而这一个改变更新的过程，就是圣灵所要作的工作（多3：5）。圣灵不但使我们灵活过来，成为一个新灵，与神能有交通，直接认识神，恢复了良心的作用。而且要更新我们的悟性，即心思以及情感和意志都要更新（罗12：2；弗4：23）。心思的更新非常重要，否则人的思想意念，以及它的方法，内容仍是老一套，是属肉体和世俗的。在属灵的事上，就毫无长进和用处了（罗8：6－7；弗4：17－18），这样人的灵与魂和它的所在地心都得到更新和改变，就能在实际上穿上新人披戴基督，一举一动有新生的样式，像基督借着父的荣耀从死里复活一样（罗6：4）。有真理的仁义和圣洁（弗4：24；加3：27；罗13：14），而且在知识上越发更新，直到完全有神的形象。（西3：10）
这一个更新的工作，完全在于圣灵，并需要人的顺从与合作，圣灵更新的方法，主要是借着神的话，除去人的旧的思想意念，以及传统的，世俗的，幻想的各种与在基督里新地位不合的东西。同时也要将新的、出于神的属天的、真实的东西放在我们里面。这一个工作是圣灵一直在那里进行的，直到我们完全成为一个新人，像主一样。圣灵将信徒改变成为主的形状，是借着读经、祷告、与主面对面、能看见主的荣光而进行的（林后3：17－18）。我们读神的话最大拦阻是脸上有帕子，有遮盖的东西。不但世界的情欲、爱好、知识、名利是帕子，我们的骄傲、自恃、成见、理想都是帕子，使我们不能看见主的荣光。这帕子实在说，是在我们的心上、刚硬、背逆、被罪迷惑是很厚的帕子，这些不除掉，就无法与主面对面，只有将心归向主，彻底地与那些主所不喜欢的事绝裂，向着主再没有什么保留。这样帕子就除去了。我们祷告的时候，面貌容易改变（路9：29；出34：29），使我们得以敞着脸看见主的荣光，而我们如镜子一样能反照出主的形状。镜子越清洁、光滑、明亮，反照得越清楚细致、荣美、所以要保守我们的心灵没有**和不洁。以便更好反照主的荣光，变成主的形象。
然而这更新的过程，并不是没有拦阻和拖延的。因为人的肉体和旧人是在那里渐渐变坏，更趋腐朽的。我们也能看见有的信徒，信主的时候很长久，但属灵的光景，却毫无新鲜、变好、长进，反而退后、变坏、坠落。这就是因为他们的肉体太强，使里面的生命完全受到抑制，所以保罗说，我们外体虽然毁坏，内心却一天新似一天。原文作，“我们外面的人虽然毁坏；里面的人却一天比一天更新。”（林后4：16）我们外面的人，即我们这个天然属肉体的生命，常是必须受到打击，剥夺、损伤，失败等等试炼与折磨，才能使里面的人有发展更新的机会。雅各、摩西、约伯、大卫、彼得无不如此。当然里面若没有圣灵的工作，也是白受打击了。这二者常是相辅而行。那也就是说十架，离不开圣灵，圣灵也借十架工作。在我们两方面都是需要的，可是很多人不愿随从圣灵甘背十架来跟随主，以致被勉强地背上更重、更苦、更羞辱的十字架，而荣耀的冠冕却又得不到，何等愚昧，及早醒悟吧！
四、引导
信徒走属灵的路是需要引导的，因为这条路向来没有走过，而且路上会遇见艰难、争战、危险。神在以色列人出埃及进迦南的路上，一直引导他们，最主要的方法是用云柱火柱（出13：21，14：19；民14：14）。如果说火柱代表神的话，是我们脚前的灯和路上的光。（诗119：105、130）那么云柱是代表圣灵的同在和运行了。关于圣灵的引导，圣经不少地方提到，凡被神的灵引导的都是神的儿子（罗8：14），连主耶稣在世时也爱圣灵的引导（太4：1），使徒们也都受圣灵的引导（徒8：29，9：19，11：12，13：14）。圣灵充满是一个开端，圣灵引导是一条道路，入门不能代替走路。（路4：1）
圣灵的引导有正面的引导，也有反面的禁止，而且是常有的（徒16：6－7）。我们都不能轻忽，应当完全顺服，如以色列人随从云柱火柱一样。云彩几时从帐幕收上去，以色列人就几时起行，云柱在哪里停住，以色列人就在那里安营，以色列人遵耶和华的吩咐起行，也遵耶和华的吩咐安营（民9：17－18）。以色列人的眼睛不能看见天气，环境，以及任何人的意见，只能仰望云柱，云柱不上升移动，只有停住等候。照样云柱若行动了，就不能留恋或畏难，无论引到玛拉或以琳，只能跟随前行。（出15：22、27）
圣灵不仅有关于外面道路的引导，也有关于里面道路的引导。他要引导我们遵行神的旨意，走永生的道路（撒下22：23；诗139：24）。他引导我们走的是一条平坦的义路（诗23：31，27：11）。他的引导没有错误，我们若走自己的道路是黑暗的，迷失的，危险的。我们时时需要圣灵的引导，不敢独自前行。因为我们进入神的国必须经历许多艰难（徒14：22）。路上满有仇敌的网罗和陷阱，常遇到风波和曲折，凭我们自己的智慧和经历是不足以应付、选择、规定前行路程的。自古以来，不知有多少信徒中途失败、跌倒、进入歧途，甚至失足陷落深渊，遗恨千古。罗得、底马都是鉴戒（创13：10－13；提后4：10），而迦勒、路得却是榜样（民14：24，2：12）。实在说来，一切都是神的引导（诗25：4－5、8、12），他要作我们引路的直到死时（诗48：14）。虽然有时引到玛拉和旷野。（出15：23；太4：1）
神的引导常在我们里面，因为我们立志行事，都是神在我们心里运行，为要成就他的美意（腓2：13）。因保惠师是住在我们里面（约14：17；罗8：11），所以神常借着圣灵引导我们。不过我们的心中有灵也有魂，有许多天然的东西。圣灵是住在我们的灵里，好像在至圣所里一样。所以我们常说，心的深处如何，那是指着我们的灵说的，不能认为心中的一切思想、意念、感觉，都是从圣灵来的。而只有心的深处才常是圣灵引导来源的所在。圣灵的引导有时非常柔和，有时也很强烈，有时拦阻我们，有时催促我们（可1：12）。主的羊认得他的声音，不会跟着陌生的人（约10：4－5）。是否出于圣灵的引导，我们是可以知道的，无论是外面的带领或里面的引导，都是引我们到神面前。我们随从圣灵的引导会使我们越与世界远，越与神相近。真是愿主引导我们的心，叫我们爱神，并学基督的忍耐（帖后3：5），爱神是最短的路，忍耐能使我们走到路终。
五、指教
指示和教训是圣灵最常用的方法和常见的工作，虽然有的地方没有明提圣灵，但神的指示和教训大都是借着圣灵作的。神曾用良善的灵教训以色列（尼9：20、30），借着他的灵指示众先知和使徒（太16：7；路12：12；约14：26；摩3：7；徒20：23；来9：8；林前2：13）。新约时代对于信徒的教训，除了借人从外面的教训以外，都是借圣灵在里面的教训，这也是律法放在里面的作用，能够使人从最小的到至大的认识神（来8：10－11）。使徒约翰说：“你们从主所受的恩膏，常存在你们心里，并不用人教训你们，自有主的恩膏，在凡事上教训你们，这恩膏是真的，不是假的，你们要按这恩膏的教训住在里面。”（约壹2：27）
信徒若不晓得恩膏的教训，不从恩膏那里得到滋润、安慰、医治、力量，在灵性上是可怜的，没有长进的。几乎如同瞎眼一般。所以主说：“又买眼药，擦你的眼睛，使你能看见。”（启3：18）不知有多少信徒属灵的光景是枯干的、黑暗的、愚昧无知的，就是缺乏恩膏的教训。虽然有的称为基督徒，可能根本就没有圣灵在里面，但也有的却不认识恩膏的教训，或者没有听从，就如我们读经的时候，圣灵常借着经上的话，向我们重说（来3：7，9：8；启2：7、11），指教我们明白主的道（诗27：11，25：4－5、9－11、14），可是我们的心太迟钝、不集中、有杂声，以致听不见恩膏的教训，听不清圣灵的声音。在我们祷告的时候，圣灵来教导我们怎样祷告，只是因我们已经有了一套话，一些事占满了整个的祷告，没有给圣灵机会教训我们、指示我们、带领我们祷告。
在我们遇到事情的时候，也是凭着我们的常识、聪明、意愿，立刻作出反应，结果常是错误和不幸的，因为我们的天然肉体是跑得快的。很容易出来。圣灵在我们心灵的深处，是重生以后才得到的。尤其是在初信和灵性幼稚的信徒，对圣灵是不熟识，不习惯时，又因为圣灵的意思常和我们自己的看法、想像、欲望不合，所以就不愿听从圣灵的教训和指示了。为此要先不随从肉体，然后才能随从圣灵（罗8：4－6）。所以遇事不能太快作出反应和决定，要给圣灵一个机会，发表意见加以指教，使我们明白和遵行神的旨意（诗143：10）。好不至说错、作错。当然到了进深属灵的地步，也能很快地感觉到圣灵的指教。
圣灵有时警戒我们，责备我们，劝勉我们，在必要的时候，指教我们当说的话（路12：12；出4：12；林前2：13），指明将来要发生的事（徒11：28）。主要的是指示我们明白神的话，以主的道教训我们（诗27：11，51：13，86：11，119：33，143：10），并教导我们祷告，使我们能按照神的意思祈求（罗8：26－28）。圣灵也要在凡事上教训我们，指教我们（约壹2：27；约14：26）。在我们受苦的时候，更要有圣灵的指教，否则不知受苦的意义和目的，就白受苦了（赛30：20）。我们要按恩膏的教训住在主里面，这样主若显现，我们就可以坦然无惧，在他的面前也不至羞愧（约壹2：28），主来的时候近了，求神指教我们怎样数算自己的日子，好叫我们得着智慧的心。（诗90：12）
六、相争
圣灵和肉体在信徒的里面是一直相争的，彼此为敌的（加5：16－17）。肉体代表从亚当遗传下来的旧天性和肢体中犯罪的律，它是毫无良善，与神为敌、不服神的律，也是不能服（罗7：14、18、23，8：7－8）。而圣灵是以神的事为念，凡事要遵照神的旨意，是圣洁、公义、恨恶罪恶的，所以必定彼此为敌，决无妥协。人本是放纵肉体的私欲，随着肉体和心中所喜好的去行。得救之后，有圣灵来居住在里面，就是以信徒的身体为殿，要完全管理掌握，作神的奴仆。因此，必然与原来的肉体和情欲相争，要加以排除。我们若随从圣灵就能胜过，脱离在肉体中罪和死的律（罗8：2）。若随从肉体，则仍然作罪的奴仆，结局是死。凡里面有相争的时候和事情，我们决不可认为无关重要，这乃是生死祸福的关头，必须立刻坚决站在神的一边，随从圣灵的指导，拒绝肉体的冲动和撒但的引诱。
我们天天的生活、言行、思想、意念都是在那里撒种，到时必有收成。撒什么种，有什么收成，归纳起来，只有两种。那就是顺着肉体（情欲原文作“肉体”）撒种，或顺着圣灵撒种。若顺着肉体撒种，必从肉体收败坏，若顺着圣灵撒种，必从圣灵收永生（加6：7－8）。这是决不改变的原则和规律。在自然界和灵界都是这样。我们必须时时作出决定，是要顺着肉体呢，或是顺着圣灵。结果是太严重了，关系我们今生祸福和永远的得失。我们的内心是愿意顺着圣灵的，可是，有时我们连倚靠，随从圣灵的力量也没有，这时仍可以祷告，神会借着他的灵使我们里面的力量刚强起来（弗3：16）。叫我们靠着圣灵治死身体的恶行（罗8：12－13），能够禁戒肉体的私欲（彼前2：11），能够攻克已身，叫身服我（林后9：27）。虽然新旧、灵肉的争战可能持续许久，犹如大卫和扫罗的争战一样，大卫家日渐强盛，扫罗家日渐衰弱（撒下3：1）。我们倚靠神的灵就能更快地得胜。
圣灵对于世界是一直相争的。凡想与世俗为友的，就是与神为敌。住在我们里面的圣灵，是恋爱至于嫉妒吗？（雅4：4、6）人若爱世界，爱父的心就不在他里面了。因为凡世界上的事，就像肉体的情欲，眼目的情欲，并今生的骄傲都不是从父来的，乃是从世界来的，这世界和其上的情欲都要过去，惟独遵行神旨意的，永远长存（约壹2：15－17）。圣灵所要求的是绝对、专一、完全，他不许我们混乱，掺杂得兼。他不喜欢我们心怀二意，事奉二主（雅4：8；太6：24）。圣灵天天在我们心里的工作，就是叫我们不要爱世界，不要与世俗为友，一直在那里争战着，教训我们除去不敬虔的心和世俗的情欲。在今世自守，敬虔度日，等候所盼望的福，并等候至大的神和我们救主耶稣基督的荣耀显现。（多2：12－13）
圣灵不但帮助与罪恶相争（来12：6），与恶魔争战（弗6：10－12），也在世界上拦阻大罪人的显现（帖后2：7）。这是在教会中借着祷告而实行的。教会有捆绑和释放的权柄（太16：18－19，18：18－19）。我们借着圣灵争战所用的兵器是神的话，即圣灵的宝剑（弗6：17）。能以借此胜过撒但（太4：4、7、10），刺入人心（徒2：37），分辨灵与魂（来4：12）。圣灵在我们里面与肉体相争，得胜后要借着我们与撒但争战。我们与圣灵站在一起，就必得胜。我们要顺服神，抵挡魔鬼，魔鬼就必离开我们逃跑了。（雅4：7）
七、担忧
圣灵在信徒里面还有一种情况，就是担忧，这虽然不是一项积极的工作，但也是一项重要的表现。圣灵好像慈母一般地为悖逆之子、流浪之子、愚昧之子担忧。一直在悬念、呼喊、催促我们赶快醒悟、回头。圣灵真是何等地有恩慈、怜悯、爱心、对待我们、体恤我们到无微不至地步。保罗对以弗所的信徒说：“不要叫神的圣灵担忧，你们原是受了他的印记，等候得赎的日子来到。”（弗4：30）由于叫圣灵担忧，信徒心中就没有平安喜乐，必要感到忧闷痛苦，因为圣灵就住在信徒的心中，许多时候，信徒心中的忧愁是从世俗来的，叫人死。然而也有从圣灵来的，意思叫我们懊悔、改正，从此生出来殷勤、自诉自恨、恐惧、想念、热心、责罚。（林后7：9－11）
究竟有哪些事叫圣灵担忧呢？在以弗所书讲到不要叫圣灵担忧的经文，上面说到，要弃绝谎言，各人与邻舍说实话，生气却不可犯罪，不可含怒到日落，不可给魔鬼留地步，从前偷窃的不可再偷，污秽的言语一句不可出口。可见说谎、生气、含怒、偷窃、嚷闹、毁谤、恶毒等，都是叫圣灵担忧的，使徒保罗是有圣灵感动的人。他是大有忧愁，心里时常伤痛，为着以色列人不肯信主（罗9：1－4）。他又为哥林多教会的信徒，怕有分争、嫉妒、恼怒、结党、毁谤、谗言、狂傲、混乱的事，又因许多人以前犯罪行污秽、**、邪荡的事，不肯悔改就忧愁（林后11：20－21）。可以说，保罗的担忧，表明了圣灵的担忧。
悖逆神是最叫圣灵担忧的（诗78：40；赛63：10）。悖逆那位全能的神、慈爱的父、万有的主、会有什么结果呢？神的旨意是最善的，他的目的是最美的，他的话语是最对的，悖逆神是何等的愚昧、不义和错谬。有一棠悛懊悔不及，虽然号哭切求、却得不着门路（来12：17）。若有人不爱主，这人可诅可咒，主必要来（林前16：22）。所以圣灵也为不爱主的人担忧。圣灵要在我们心里说：“然而有一件事，我要责备你，就是你把起初的爱心离弃了。”（启2：4、7）我们也会时常听见主的声音说：“你爱我比这些更深吗？（约22：15）如果在主以外另有所爱，是一定叫圣灵担忧，什么时候叫圣灵担忧，什么时候我们就有错了。将来是大有问题的。因为我们是受了他的印记，直到得赎的日子来到。所以不肯将自己奉献，将身体献上当作活祭，不过一个奉献的生活（林后8：5；罗12：1）。也是叫圣灵担忧的。
“得赎”是指着我们的身体得赎（罗8：23）。那日子是指着主再来迎接我们的日子，那时我们要得到复活的身体和受到善恶的报应（林后5：10）。那时赏罚、荣辱都是根据，现在我们的生活、工作、行为、以及我们与主的关系，属灵的情况而定的。我们怎样知道将来基督台前审判的内容和结果呢？就是借着圣灵，预先向我们的显明，圣灵若在我们里面有所指责，或担忧，表明将来必受责备或报应。圣灵的担忧好像是他最后的工作了，别的工作在我们里面不引起反应，只能担忧了。这情况很可怕，所以不要叫神的圣灵担忧，连使引导我们灵性的人担忧，也是与我们无益的（来13：17）。何况我们叫圣灵担忧，到交帐的那日，我们自己就要羞愧、惧怕、和受责打了。（约壹2：28；路12：46）