关于知识问题加尔文的立场刚刚是在奥古斯丁和笛卡儿(Descartes)二人之间。他说：真的智慧存在于对上帝和对我们自己的知识。我们的天禀非出于自己，审察自己可引领我们到对上帝的默想，同样，我们的卑劣、无助、堕落都促使我们去追求上帝。另一方面，除非我们审察上帝，我们无法了解自己，而我们的智慧将显得是愚拙，我们的德行是堕落。对上帝的知识包括两方面，即造物主上帝和救主上帝。对于一班敬神的人，认识上帝是为要崇拜他，服从他。无论何人对上帝都天然有些知识，西色柔(Cicero)肯定地认为没有一个种族会愚笨到对上帝全然无知；浦鲁他克(Plutarch)说人若没有宗教，要比禽兽更为卑劣；他们这样说是对的。那些否认上帝的人常处在恐惧中，因为他们不能摆脱神的观念。可是许多人对神的观念是低下的，他们从和他们相同的阶层，并依照他们自己的虚妄和迷信的幻想，去寻求上帝；再不然，为着寻求他们属世的保障，他们干脆否认有一位上帝，或拒绝服从他们所畏惧的上帝，甚或虚伪地以狂妄方法企图赎罪讨好。
加尔文在内容丰富的一章中申论造物主上帝，有如弥尔顿(Milton)的叙事诗，或音乐大师所奏出的名曲。天与地都充满着上帝的证据，非但对科学家如此，对愚庸的农夫亦然。天上星辰齐整的排列，人体构造的均称美丽，都说明了造物主的智慧。异教诗人歌颂上帝为人类之父，而只有那些感受到他的父爱者情愿奉献本身服役于他。可叹仍有些人忘恩殊深，利用他们从神所受的能力来否认上帝的存在，和以彼古罗派(Epicureans)同一主张，把从神所得到的一切益惠都归之于机遇或自然(见《基督教要义》第一卷第五章第三、四节)。加尔文对于那些因间接倾向于亚里斯多德(Aristotle)学说而反对永生及抢夺上帝特权的人，痛加攻击。那些人使灵魂附属于身体，颂扬自然，贬低上帝圣名。加尔文说：
“心灵的各种巧妙变化，都观测天地，能结合过去与将来，能保留已往的记忆，能运用想象而知有所选择，并能发明及创作各种艺术，这都可以证明在人里面确有神的动作……这岂不是人有不朽的印记，不可涂抹的吗?人既然出自于神，又怎能不承认他的创造者?我们既具有判断力，能分别义与不义，难道在天上没有可判断的吗?”(见第一卷第五章第五节)
说“自然就是上帝”是不正确的：自然是上帝所建立的秩序。加尔文描绘上帝在自然中的作为，并说明他的永恒及自存为一切生命的源头，他的至善“普及于一切他所造的。”在人事上他是无辜者的至亲，是罪的惩罚者。如果他对罪未加惩罚，他的惩罚将留待适当的时候；或则他这样做为的是以无穷仁慈来克服罪人的邪恶。上帝公义的行为及怜恤引领我们去获取有关于他的知识。可叹当我们仰望满天闪烁的星斗，俯视彩色斑烂的大地，竟未忆念造物主宰，或竟将上帝权能的神迹当作自然的轨道!我们固有的知识因罪而受损害，我们不能在自然指示之下找到上帝：“造化指示创造者之荣耀的许多亮光，对我们均属徒然。”证据放在我们面前，但我们因罪堕落，难以明白，若非有圣经的启示，我们将不可避免，亦不可原谅地“以我们自己脑中的幻梦和幻想”，来构成崇拜的对象(见第一卷第五章第十四、十五节)。
我对这一章详加论述，因为加尔文讨论上帝及他待人之道的经义是以这一章为出发点。我们既然丧失了由默察上帝的工作而认识他的能力，他就慈悲地藉着圣经把他的话赐给我们。因加尔文相信新旧约圣经是从上帝来的。上帝是其作者。从圣经，上帝“开启他神圣的口。”(见第一卷第六章第一节)。这一事实并非由教会权威证实的，却由圣经本身的内容证明出是上帝的话。理性无法证明，只有圣灵的内在证明可使我们确信(见第一卷第七章第四节)；是一种不需理性证明的确信，虽然它和最高理性是相符的。真教义的开始是喜悦聆听上帝的话。可是加尔文仍认为值得思索十三种支持圣灵之证明的理由，并谴责那班狂妄之徒，他们把圣经弃置一旁，以自己的幻想作为权威。