一五四二年至一五四四年，加尔文密切注意日耳曼内部的复杂纠纷。当时复原派的诸侯不能团结。克里维大公(DukeofCleves)——一位复原教信徒——被皇帝查理第五击败；而查理第五，一直到一五四四年九月为止，和法兰西斯一世处在交战状态中，和教皇保罗第三之间亦有严重冲突，且时时恐惧土耳其人之袭击。所以他不得不对复原派教会的要求让步。一五四四年二月帝国议会在斯拜尔举行，开会时间延长到半年之久。议会和路德派所作的妥协招致了教皇对皇帝政策的严重谴责。当议会开会时加尔文“在所有愿意基督统治的人名下”写了一篇谦虚的劝谕文章，呈献给议会议员。该文题为《教会改革之必要》(TheNecessityofReformingtheChurch)，文中加尔文说当上帝兴起路德的那时候，真的教理和真的崇拜正在被普遍忽略。他更讨论当时流行的邪恶和改教家的补救之道，并强调在日耳曼广泛革新之迫切需要。在论真崇拜那一部分，他以明确积极的议论为根据，严厉攻击改革以前的崇拜情形。他说，崇拜应该以承认上帝为“一切德行、公义、圣洁、智慧、真理、权力、至善、仁慈、生命、和拯救的独一源头开始。”祷告、赞美、谢恩、敬拜等，是崇拜中的部分，而仪式之事则处于附属地位。我们在礼拜中高举上帝，即所以谦卑自己，并学习顺服他的旨意。加尔文坚持凡上帝所没有明白命令的崇拜方式，都不是他所喜欢的。这是他用以检举错误崇拜方式的准则。
在这一篇论文中加尔文热烈赞许路德的话是值得注意的。他说：“我们都还在追求能与路德同一目标”，正在寻求教会的洁净。他在文中一贯用“我们”两字，他希望他的主张能够和路德派的主张联系起来。当时路德还活着，他和加尔文同样希望促使日耳曼皇帝和罗马教廷分离。但路德不会赞同加尔文对崇拜所下的狭窄定义，他认为凡没有败坏了的仪式都应该保留，而加尔文却愿废除凡圣经所没有直接命令或例证过的仪式。在实行上这是一大差别。加尔文当然会知道日耳曼的路德派在这件事上不能和他同意，可是他对路德派改教的主要原则备极推尊，这从他所发表的许多言论中可以证明出来。
加尔文对一切弊端如弥撒及神甫制度等仍继续暴露攻击。在说明复原教对这些弊端之纠正的那一部分，对此亦未忽略。加尔文说：“我们以比惯常所用更崇高的辞语宣布上帝的荣耀。”在废除迷信性的崇拜这件事上他认为不只众先知，即众教父亦赞同他的意见。对于祷告问题，已见效果的纠正有三事：即贬损基督地位的圣徒代祷制已被废弃；人得以依靠信心亲近上帝；信徒学习以所熟识的方言祷告。对比较属教义性的问题，加尔文极力为“因信称义”的道理辩护：“我们之所以能得称义，在乎上帝因基督的缘故使我们与他复和，与我们的善工无关。由于白白的恩赐我们不再作罪恶的儿女，而称为神的儿女。”
关于圣礼，都以人民所熟识的语言解释及举行。中世纪时代剥夺人民选举教牧之权，依任命方式指派教牧的制度，今已代之以古代教会所采用的方法，即非有人民同意，上级不得委派教牧。宗教改革已解除了那破坏上帝荣耀以及保罗所卫护之良心自由的那种人为律例的枷锁。加尔文攻击独身的法律，和私下认罪的弊端。星期五日尝一尝肉味也不该受比过一年荒淫生活更重要的惩罚!
有人指责改教领袖夺取教会财产以自肥，加尔文对这种指责并不完全否认，他惋惜宗教改革在处理教会财产方面未能免于弊端；但认为并不如那些懒怠教士之滥用教会基金及掠夺人民财产的情形那样坏。
在这里，如在《答沙杜里多》一文中一样，加尔文坚持复原派教会并非主张**者。可是许多世纪以来，罗马教廷的腐败已使基督圣名为人嘲笑，怎能成为众教会之母?当路德还未脱离教廷的时候，他谦虚地要求教会的改革，终归徒然。而改革的障碍即教廷自身。教皇在力所能及的时候，从不准许各教会联合举行会议。现在教会面临完全破裂的危机，而教廷却告诉我们等待一个实际上没有实现希望的全体会议。让日耳曼皇帝及诸侯在即将到来的帝国议会上以国家的改革方案来打破这僵局吧!“眼见基督的配偶遭受**，……哀求你们的保护，你们还要等多久呢?”加尔文强调危机的急迫：如果日耳曼的掌权者听从那“不祥的话”，以为改革可以从缓，那么日耳曼教会的存在，甚至帝国的存在，就要成问题了。