日内瓦的情形自加尔文离开以后每况愈下。虽新请来两位传道者代替加尔文与法勒尔，但他们并不是什么了不起的人物，所以无法应付时艰。天主教的神甫们又溜入城内开始在私人家庭里举行弥撒。天主教的大主教名撒豆利透(Sadoleto)的又给市议会写了封紧急公函，邀请他们重归天主教的怀抱，说他们现今的困难即由于脱离神独一的真教会。(日内瓦竟没有一个人能够予以适当的回答，还得加尔文在斯塔斯堡来担任其事，他的《复撒豆利透书》ReplytoSadoleto被称为改教时期最有力的辩护文。)思想自由派的人们逐渐强大而勇于前进。不法与**事件极为盛行。
日内瓦当局不久即悔悟他们当初驱逐加尔文乃是犯了一项严重的错误。一五三九年就有些人建议再请加尔文回来。一五四○年九月市议会委托一位会员“设法邀请加尔文牧师重返日内瓦”。在以后数月之行内曾发出一封请帖，又派一位代表亲赴斯塔斯堡劝请他回日内瓦。法勒尔此时在纽查台(Neuchatel)，他们也请求他来劝加尔文就道。
加尔文并没有回去的心情。无疑他觉得被请是件尊荣的事，也知道他们到底了解他在那里的工作，但他怕回去。他写信给他的改教同工范来特(Viret)说：“我宁愿忍受千刀万刮，也不愿去背那个十字架……我宁可立刻死去，也不愿在那酷刑室里受刑至死……天下就再没有别处比那里更可怕的……我为什么还要再到那里去流血负伤?”况且他在斯塔斯堡的工作是大受欢迎，人们都爱这位敬虔的牧师。他正从事着适当的工作，一边服事信徒灵性的需要，一边以写作来帮助改教运动。
但在这里有一项重要的考虑，即日内瓦居瑞士与意大利的中心，它比斯塔斯堡重要得多。加尔文对改教运动的感力从这一点来说要比在德国的任一城市都为重要，因为德国政府随时可以干涉该城的自由。所以在责任的压力之下加尔文再度顺服。他写着说：“当我想到这事的时候，我并不是我自己的主人，我乃是将我的心当作祭物奉献给主。”自从那时起，一张开的手掌放着一颗心和一句座名铭“主阿，我愿立刻诚恳地将我的心奉献给你”(“CORMEUMTEOFFEREDOMINEPROMPTEETSINCERE”MyheartIofferthee,Lord,promptlyandsincerely)就成为加尔文主义的徽章。一五四一年九月十三日加尔文重返日内瓦城，受到市议会热烈的欢迎，每年给予五百法郎年薪(约合美金一百二十五元)。这正如圣经所说：“匠人所弃的石头已成为房角的头块石头”。
加尔文本着一个主要的目标与理想回到日内瓦，那就是建设他向来所称的“圣经治理”的社会，也就是说在他心中早有一个模范的社会，在此社会中教会与政府在圣经的原则下互相合作。教会之与政府犹如灵魂之与身体。教会在属灵的事上是独立的，是政府的良心与教师(正如旧约的先知忠告以色列君王：以利亚与亚哈，拿单与大卫等)。政府的任务就是管理俗事，其本分在于“支持对神的外部崇拜，保守宗教的真道，卫护教会制度，约束并惩罚亵渎神明者，给予公共大众机会来信奉宗教”。