【神的主权】
加尔文是一个有理性的思想家。他着重系统。他深信在圣经中必有一中心的真理，有一基本原则，一切圣经真理均以此原则为主干。他认为圣经的一切教训如同车轮，必有一轴心。加尔文发掘的这中心真理就是神的主权。当他在圣经中遇见如全能的神、万王之王、万主之主有关神性的名词；仔细考察有如洪水、十灾与尼布甲尼撒的降卑等历史事件；又特别注意到以下诸圣经章节(申三23；四35；书十一20；诗九十九1、2；箴十六9；赛十11；但二44；徒十七28；罗九21；弗一11)时，他就发现都屡次着重神的主权，正如一位圣经学者所说：“乃是神绝对的治理，管辖一切的现实。”在他的《基督教要义》中有一标题为“神乃众善之源”并为“治理万物者”。在他教导日内瓦市民的问答中他写道：“神将万事置于他的权能之下；所以他以护理之工管理世界；凭己意制定万事，本着自己看为好的治理众生。”
为了简述此项基本原理，加尔文与失掉神主权真理的天主教对抗。路德曾极端反对天主教的救恩教义，他与他们的争论点乃在于“人如何能从罪中得救”。天主教说人得救虽然靠恩典和基督的赎罪，可是人对于自己的得救也有所贡献；路德则回到奥古斯丁与保罗的教训，说：“不是的，人对于得救的事毫无贡献。人是藉恩因信而得救。”因此信义宗的基本原理就是唯独“因信称义”。而加尔文在天主教关于救恩的严重错误上却有更深入的观察。他看出他们乃是拜偶像。救恩乃是神的工作，惟独是神的工作。假如人在他得救的事上有所贡献，算为自己的功劳，那他就被抬举到与神同等的地位，他也就得了神当得的荣耀。这不啻拜受造之物。为了反抗此项虚伪，加尔文特别强调神的主权，他说：“人若不觉得他在凡事上亏欠神……神对于他乃是众善之源，除他以外别无可求，人就总无法愿意顺服神，向神投降。”基本的真理乃是神的主权。
神主权的性质为何呢?圣经把什么样的主权归给我们的神呢?
(1)是有计划的主权。这主权并不是武断、反复无常的。据说回教的上帝阿拉有此种“武断”的主权。我们的神并非如此。他有一永远的定旨，他按着他“心中的思念”行作万事(诗卅三11)。此主权受神的智慧、公义与圣洁的限制。
(2)此主权以慈爱与恩典为根基。神不是一个恋横的暴君。他没有权势的欲望与辖制别人的意图。他以热爱对待他所造的人，他用无限的能力供给他们的需要。他的慈爱与恩典在他赐给人的一般祝福并特别在赐下他的儿子上有充分的表显。神爱的最大礼物就是赐下他的独生子为世人舍命。
(3)此主权是不受限制，是绝对的。包括神一切的道德受造者(即人类与天使)、历史的程序(诗四十六篇)，与自然界。
(4)此主权并不取消人的责任。神的统治权达于至微细节(你们的头发都被数过，若没有神旨意的许可，连一只麻雀都不会落在地上)，但人不能因此就忽略自己的责任。加尔文说：“如果有人离弃正路……他不能说他错误是因他未能作好；反而言之，他乃是众恶之因，并应自己负完全责任。”