当我们想到加尔文在日内瓦当主任牧师时每天所须应付的工作何等繁多，而竟然能产生这许多有价值的著作，确是值得奇异，尤其值得奇异的是这些作品都是在疾病缠身的情形下写成的。他的好朋友和继承者伯撒(TheodoreBeza)告诉我们加尔文自从一五五八年到一五五九年之间患了间歇性热病卧床八个月以后，都不曾恢复过来；可是我们晓得就是在这段期间他把《基督教要义》作一番最详细的修正。到了一五六三年他的病症加重加多，以至于那些关心他的人都奇怪为什么“有如此坚强高贵的心性的人会有如此脆弱的身体。”但根据伯撒所说的，甚至在这种情形下，“没人能劝他休息；即使不得不暂时放下责任(他总是极不情愿)，也仍然在家里替访问他的人解答问题，或口授书记代笔，不顾及自己的疲劳。”这表示他在实际责任方面是何等认真的一个人；同时，当他和自己身体上的疾痛斗争，以期能在死前把自己的思想记录下来，他的书记们都极度地忙碌。虽然他的手和笔在尽最大可能不停息地挥动着，但若非书记们的协助，所有的成就简直就不可能了。
加尔文的作品的特征从每一总题之下所附加的简短说明可以看出一部分。关于历代名著所选各篇将留待以后讨论。在《基督教要义》一书初版以前，他已经有了一些次要的作品问世。一五三一年他那位当律师的朋友度启明尼古拉(NicholasDuchemin)的《斥护教论》(Antapologia)一书出版，这书是替一位法国作家辩护，攻击一位意大利的法学家，是两年前在加尔文的协助之下写成的，并由加尔文代写序言。加尔文的评辛尼加的《宽仁论》(一五三二年)是一部学术性很高，表现这位年青作家研究人文主义的最大成就的作品。一五三四年，当他刚归向复原派以后，他写《灵魂待苏说》(Psychopannychia)一书，驳斥重洗派的灵魂睡眠之说(即认为人死后灵魂入睡眠状态，直到复活的时候)。这部书到一五四二年始行出版。关于他为阿立威坦的新旧约圣经译本所写的序言在前面已经提到。
《基督教要义》各版(自一五三六年至一五五九年)将在下面讨论。加尔文在日内瓦初期的次要作品包括《教会组织条例》(ArticlesfortheOrganizationoftheChurch)及一五三七年的《信仰条文及训导》(InstructionandConfessionofFaith)(法文)。在施塔斯堡期间他写那著名的《答沙杜里多》(ReplytoSadoleto)(一五三九年)。一五四○年他的长篇的圣经译义《罗马人书释义》(CommentaryonRomans)的第一篇问世，翌年有《圣餐短论》(LittleTreatiseontheHolySupper)等作品；当他重返日内瓦的时候，又写有关教会组织问题的《圣会律例》。在一五四二年出版的有特别为儿童准备之修正的《问答》(Catechism)及《祷文及短歌》(TheFormofPrayersandChants)，目的在帮助公共崇拜。一五四三年的许多作品中包括《遗物索引》(InventoryofRelics)一书，这书以后经多次再版，为加尔文最富讽剌性的作品，以一种轻蔑的笔调写出，使人想起伊拉斯母的作风。书中他建议编篡一部基督及诸圣徒的遗物目录，并提出他所知道的无数遗物，指出那些无稽和矛盾的争闹，并嘲笑那些拥有遗物者所相信的。他说：在欧洲各寺院中保存着的所谓十字架的木头需要三百名人夫才抬得动。甚至圣米迦勒的那把“看来象儿童玩具”的短剑，也在法国的两个教堂中展览着。
从约略一五四三年以后，加尔文的新的和再版的著作日渐增多。这些著作多半和过去的辩论有关，其价值亦多属过去的。可是在一五四四年出版的对《所尔波恩神科教授谬论之驳斥》(ArticlesoftheFacultyofTheologyatPariswiththeAntidote)一书中，即使是一首打油诗或一篇与当代学者争论的文章，亦往往包含着他的生动的正面教训。他的《评保罗第三致皇帝训谕》(RemarksonPaulⅢ'sAdmonitiontotheEmperor)一书(一五四五年)为着他所建议的召开基督教议会一事猛烈攻击教皇。比较重要的作品是一五四四年在斯拜尔议会(DietofSpeyer)的演词《论教会改革之必要》(OntheNecessityofReformingtheChurch)；关于这书下面将再加详论。在一五四五年的作品中，有些是攻击重洗派和放任派(Libertines)的。墨兰顿的《教义要点》法文版于一五四六年出版，加尔文在这书上写了一篇赞扬的序言。一五四七年天主教的天特会议的第一期会结束，同年加尔文在他以拉丁文写成的一部书《清除天特会议的条文》(ActsoftheSynodofTrent,withtheAntidote)––上攻击议会所作的决定，这书在一年后亦译成法文。
在“暂时和平”(Interim)以后，当一五四八年，查理第五提出了一个脆弱而卑劣的宗教妥协方案，加尔文把这一充满缺点的文件发表出来，并附一修正案，题为“卑劣的日耳曼暂时和平与教会革新之具体计划”(TheAdultero-GermanInterimandaTruePlanforChristianPacificationandReformoftheChurch)(一五四九年)。此项作品一方面严厉攻击“暂时和平”之非，另一方面以简明理论阐扬革新派对于信与义的主张，并攻击教廷关于教会及圣礼的理论。加尔文的《反占星学》(AdmonitionagainstJudicialAstrology)(一五四九年)一再表现出他对迷信的憎恶。他赞同科学的天文学，但认为以星辰占卜人事是一种邪恶的迷信。他是一五四九年在区利赫签订的合一信条(ConsensusTigurinus)的主要拟稿人，这一协定所牵涉的是和法语区瑞士及德语区瑞士复原教之合一有关的圣礼问题。从一五四九年开始，加尔文的那位能干秘书拉奎尼尔(DennisRaguenier)把他的许多证道辞记录下来，并小心抄录他的笔记。这些材料都由日内瓦的会吏保管，到了加尔文死后才陆续刊印出来。