加尔文在他的著作中往往把“上帝的话”和“正典圣经”作同义应用，其实这是一种换喻的用法。关于这一点克拉维尔(HenriClavier)所说的较为准确，他认为加尔文的意思是指上帝的话在圣经里面––不是一种统计上或有形的存在，而是生动地存在于它里面。圣经给我们关于上帝的话的真知识。常有人说加尔文把圣经看作是不可能有错的。其实他所着重的是圣经为“完全可信和权威的”(见第一卷第七章第一节)。他和现代的那些以寻章摘句的方法，来支持某一神学论点或某一预言上的困惑的问题的人，完全不同。相反，他亦常常引用那些可能使反对者用来攻击他的章节，不只引用有利于他自己观点的章节，并以历史和哲学的材料来显示他的解释为合理的。他承认圣经是上帝的话的表现，也承认它是一贯而非自相矛盾的。圣经的每一部分都具有权威，亦都能引来支持教义上的争论。加尔文之引用旧约，似乎往往忽视圣经当中对上帝的观念和道德教训的一种进展。当然他有时候亦明白承认这种进展，并认为新约比旧约有更高的地位；关于这一点的证据以后将讨论到。许多讨论加尔文的作家都忽略了这种证据，那是不足为奇的，因为在加尔文的作品中多半找不到关于这种进展的观点。另一方面，加尔文常作经文中不同句段的比较，把新旧约当中意义相近的句段联系起来，这是有价值的。他很常引用诗篇及先知书的句子；为摩西乃五经作者而辩护。他很谨慎地否认旧约的律法已被废弃之说，却主张福音肯定和承认了旧约的应许(见第二卷第九章第四节)。他对圣经的解释一向严格，认为那原有的和显明的意思就是真的，可是却主张以理智看圣经作者的借喻言词；他亦常常应用预表论(typology)把新旧约联在一起，例如说旧约时代的祭礼是新约属灵崇拜的影子；要不是这样，祭礼就毫无意义了。新约是旧约的实现，这一点从新约同样把旧约传达到天下万邦，非独一族一国，亦可证明。关于论新约地位比旧约高，在第二卷二章十一节有详细的讨论。
加尔文原相信圣经是不能错误的，但当他发现新约因应用七十译本，对旧约的征引有误，而体裁方面也有明显分歧时，不免困惑。这些困难多数发生于经文释义方面，我们在这里不必详论。若有人从加尔文的释义去研究圣经作者的体裁及语言学上的问题，即可看出他治学的认真和在某些问题上有令人惊异的大胆主张，例如在解释彼得后书时(他对这书的体裁没有好的批评)，他认为使徒彼得写这部书时年纪已老迈，而他所聘用的书记比不上前书时所聘用的。
加尔文继而申论圣经中的上帝，他说圣经中的上帝有三种属性是我们所必须知道的，即慈爱(misericordia)、审判(施于不义的人；iudicium)、和公义(以之保守诚信的人；iustitia)。这些属性亦包含他的权力、至善(bonitns)、和至圣。上帝是灵，他要求属灵的崇拜。圣经严禁拜偶像的事。对这一点加尔文引用奥古斯丁所征引过的辛尼加的话，谴责那些把不朽之神装作鬼怪形像，并使他们“披上人和兽的外衣”的人，来支持他的主张。他说教皇贵钩利认神象为“文盲之书”的意见是先知们所反对的(见第一卷第十一章第五节)。制造偶像的结果必然令人有迷信的敬拜，而干犯上帝。加尔文猛烈攻击那些主张神像崇拜者把服事(dulia)和崇拜(latria)说成为两回事。他承认雕刻与绘画也是上帝的恩赐，但它们有它们特定的用途。把它们当作上帝的有形代表是违法的，必然会贬损上帝的荣耀(见第一卷第十一章十至十二节)。
在《基督教要义》第一卷的其他各章作者对“三位一体”说有详尽讨论；对于创造的研究提供了讨论善天使和恶天使的机会，并有几节非常绮美的描写，论及上帝在宇宙中的创造工程；另有一节论及当初人未犯罪时的情境；并讨论神对一切事物的治理，上帝怎样利用不义的人等。在这里我们可以看到加尔文的人性本善而因罪堕落的学说。但甚至在堕落以后，“人因有美丽身体及高尚天禀，仍然为上帝所有创造当中之最高贵的”(见第一卷第十四章第二十节)