一、“三自运动”引发的风波
一九四九年三月三日，解放军进入北京。二月二十三日，北京各教会成立了“北平基督教联合会”，主要工作是讨论如何应付环境，在共产党执政的国家里求得生存。在起初的那一段时间里，许多教会的传道人都处在一种自我恐慌的无序状态中。他们最关心的问题就是：共产党宣扬无神论，新政权上台后，就会铲除一些对自己有妨碍的东西，会不会首先就拿教会开刀？如果共产党对教会采取措施的话，教会该如何应付？
袁相忱却和原来一样，对这一切变化都安然处之，有时有弟兄姐妹把这种担忧与袁相忱交通时，袁相忱就笑着劝大家：“你们太过忧虑了！首先，我们传福音的与政治没有甚么关系，谁掌权我们的工作都一样，谁掌权我们的工作都照样做，因为我们是为神工作，不是为某个人或政权。第二，共产党也并非传言中说的那样，‘共产共妻’，纯粹是没有的事，并且共产党的政策中有一条：宗教信仰自由。解放军进了北京城，一切都很好。在宗教问题上他们也不会乱来的，你们就放心好了。”
这并非是袁相忱用来安慰大家的话，他的的确确是这样认为的。他对共产党颇具好感，认为这是一支纪律严明的队伍，事实也是这样。一九四九年全年，共产党没有对基督教采取任何措施，与传道人也没有过任何接触。然而，现在没有发生的事不等于将来不会发生。
一九四九年冬，袁相忱带着几位信徒在白塔寺大街上打鼓布道。鼓声一响，照例就有许多人围上来。袁相忱就开始向大家传福音，正讲着，忽然人群外围传来几声呼喝：“都散开！不要围在这里！快点散开，别站在马路上！”随着这声音，人们呼拉一下就散开了，有几个穿军服扎皮带的人出现在袁相忱面前，领头的一个问他们：“你们怎么回事？在大街上敲敲打打地干甚么？谁让你们在这里的？”袁相忱马上明白过来了：碰上解放军了。他回答说：“我们是传福音的，以前就一直在这里传。”领头的那个人打量了一下袁相忱，看到是个斯文瘦弱的中年人，就想了一下，说，“不许在这里聚集，跟我们到军管会去。”军管会就是军事管制委员会，是解放初期的一个维持治安的组织，由军人担任。于是就有几个穿军服的人上前来，七手八脚地把袁相忱他们带来的鼓、钗等东西统统拿走，大步地朝当时军管会设在西四的办公地走去。袁相忱他们几个就跟在后面。到了军管会里面，领头的那个人态度就比刚才在大街上好了许多。他问袁相忱：“你是干甚么的？”袁相忱回答说，“我是阜成门福音堂的传道人，叫袁相忱。”那人点点头，就说，“以后不许在大街上布道，明白了吗？”袁相忱就问：“你们共产党不是说有宗教信仰自由吗？”言外之意就是，既然有自由，为甚么又不许我在大街上布道呢？那人楞了一下，口气更加缓和下来，解释说：“宗教信仰的自由是有的，只不过现在刚解放，外面比较乱，现在最好不要在外面。你们可以把自己的东西拿回去了。”袁相忱看那个干部态度很好，就不再说甚么，于是他们几个就抬着鼓回了福音堂。从此以后，袁相忱就不在外面布道了，但每逢聚会，他都把门窗打开，里面唱诗、讲道的声音都能清楚地传到外面，也有行人经常听到这声音就驻足不前了。
北京解放初期，因政局还不是很稳定，所以没有马上处理宗教问题，政府只是一切以安定为出发点，还没有直接染指宗教生活。这一段时期，倒是一段真正的宗教信仰自由的时期，虽然前后只有一年多时间，但现在看来，这段时间是多么宝贵啊！那一段时间，宗教虽然没有和政治紧密结合，但从双方来看，却又都有联合的倾向和条件。在宗教界这方面，解放后随着大批外国传教士的撤离中国，留下了一大堆问题。首先是教会的财产问题，然后是教会医院、教会学校的运作问题。这些机构以前都是由不同宗派的外国人经营管理，或是由外国人监管的，现在一下子好像群龙无首，人心惶惶，这一大摊子该怎么办？该由谁来管理？该怎样领导？另一方面，共产党作为一个标榜无神论的政党，在执政后自然会对与帝国主义有着某些联系的基督教颇具戒心，早就想插手，但又没有合适的时间和机会。
俗话说：物以类聚，人以群分。共产党没有主动来联系宗教界人士，但宗教界中的一些人，却开始积极主动地向政府靠拢。于是中国基督教界进入了一个史无前例的时期，一些对中国宗教政策的发展方向有着重要影响的人物，也开始粉墨登场。这里面，最活跃的就是吴耀宗先生。
吴耀宗先生是广东人，一八九三年出生于一个非基督教家庭，一九一八年信主后，先后在纽约协和神学院及尼布尔门下进修，接受了新派的神学思想。所谓新派，简单说就是不相信童贞女生耶稣、不相信复活、不相信三位一体、不相信末日审判、不相信耶稣再来等他们认为不合理性的教义。吴耀宗早在一九三七年就参加了中共组织的保卫中国大同盟，为八路军、新四军募集医疗用品，是具有明显亲共政治倾向的基督徒。吴耀宗先生的思想可用他自己的文章来说明。他在一九五一年七月七日的《天风》上发表题为《共产党教育了我》的文章，文章写道：“在过去三十年中，我的思想经过两次巨大转变，第一次接受基督教——从怀疑宗教到信仰宗教；第二次，接受了反宗教的社会科学理论，把唯物论思想通宗教信仰打成一片。”
吴耀宗先生于一九四九年九月二日，出席了中国人民政治协商会议，成为全国基督教界五位代表之一。然而，这五位代表却并非由基督教团体所选出。一九四九年十一月，以吴耀宗为首的基督教访问团成立。一九五零年五月，基督教访问团在访问北京后，先后在五月二日、六日、十三日三次受到周恩来的接见，会谈的中心内容是：基督教应自动地肃清帝国主义在它里面的力量和影响。也就是说，早从五零年起，中共就为基督教的发展定出了方向，以后的一切行动，都是由基督教界人士出面，按中共所指的方向走的。他们认为，中国的教会目前最该办的两件事就是：一是与帝国主义割断联系，二是要实行三自，即自治、自传、自养。
一九五零年七月二十八日，吴耀宗联合其他发起人，将题为《中国基督徒在新中国建设中努力的途径的宣言》及征求签名的信寄出，开展全国范围内的签名运动，“三自爱国运动”正式开始。此宣言的中心内容是：警惕及肃清基督教与帝国主义间存在的关系，作为政治立场，并在短期内完成教会的自治、自养及自传运动，作为教会革新与发展的基本方针。此宣言在新的任务中明确说明：“中国基督教教会及团体彻底拥护共同纲领，在政府的领导下，反对帝国主义、封建主义及官僚资本主义，为建设一个独立、民主、和平、统一、富强的新中国而奋斗。”
通过这一“宣言”，宗教与政治堂而皇之地正式接轨。
一九五零年八月，中国政府统计，全国约有天主**三百万，其中的百分之八十在农村；基督徒约七十万，百分之七十分布在农村。
一九五零年九月二十三日，《革新宣言》即《中国基督教在新中国建设中努力的途径》发表，同日，《人民日报》发表社论：《基督教人士的爱国运动》，为“三自运动”定性。
一九五零年十月十八日，中华基督教协进会在上海召开第十四届年会，通过了开展三自运动的决定，并选举吴耀宗为副会长。从此吴耀宗正式进入全国基督教界的领导层。
这一时期，三自运动还处于意识状态下，或者是步履艰难的起步期。三自的领导人原计划用五年的时间，在全国范围内实现统一的领导，但没想到的是，一个绝好的机会来了：
一九五零年六月二十五日，朝鲜战争爆发；二十七日，美国参战；七月二十七日，联合国军参战；十月二十五日，中国开始了抗美援朝战争。三自运动的反帝爱国的真正目的，在这一时期完全表明，三自运动利用抗美援朝的战争，加快了国内“三自运动”的步伐，也加强了运动的力度，迫使基督教界迅速作出抉择：你是支持自己的国家呢，还是支持帝国主义？换言之就是：你若不参加三自，就是支持帝国主义，就是不爱国，更甚者，就是**。“三自运动”利用宗教作幌子打政治牌的本质暴露无遗。
“三自运动”这个以在教会内部实行自治、自养、自传为藉口而开展的改革运动，此刻已名正言顺地变成了政治运动。
一九五零年十二月二十九日，中央人民政府国务院第六十五次会议，公布了《关于处理接受美国津贴的文化教育、救济机关及宗教团体的方针》。一九五一年四月召开了处理接受美国津贴的基督教团体的会议，全国各宗派、各团体的一百五十四名代表参加了这次会议，其中也有一些是与美国差会没有任何关系的教会领袖。三自运动的成员已由接受外国津贴的教会扩大到所有的教会。大会专门用两天的时间，对帝国主义在中国教会中的种种劣行进行了控诉。这次会议还产生了一个新的全国性的基督教领导机构：“中国基督教抗美援朝三自革新运动委员会筹备委员会”，吴耀宗为主席，刘良模为书记，吴耀宗在中国基督教界中的头把交椅正式坐稳。这次会议还通过了《中国基督教会各教会、各团体代表联合宣言》和《处理接受美国津贴的基督教团体办法草案》，并于一九五一年七月二十四日由政务院正式公布。联合宣言中指出：中国教会因倚靠上帝的帮助，藉着毛主席的领导及党政府的鼓励，必能群策群力，发展一种更纯粹、更完全的基督教事业来服务人民。
从此中国基督教界进入一个轰轰烈烈的控诉时期，《怎样开好控诉会》、《我们要控诉》等具有明显政治意味和操作导向的文章，占据了基督教的刊物《天风》的大部份位置。吴耀宗和刘良模等人多次发表文章，在政治意义下重新解释了基督教的“论断”与“重生”等教义，引起了一些维护圣经的基督教界人士的不满。但截至一九五二年九月，已签名拥护三自运动的信徒达三十三万多。三自运动初见成效。
一九五一年十一月，上海开办了第一届基督教三自革新运动干部学习班，对信徒的思想教育及改造藉此开始。然而，全国各地还是有许多人拒绝参加三自运动。当时北京有六十多个宗教团体，但有十一位教会或宗教团体的负责人拒绝参加三自运动。他们拒绝参加的理由很简单：“我们早就是自治、自传、自养了，所以没有参加的必要。”这十一位代表是王明道、袁相忱、毕永琴、王镇、彭宏亮、吴慕迦、王伟明、张周新、陈善理、吴文静、刘秀颖。
袁相忱曾多次对信徒阐述过他为何不参加三自的原因，主要有三点：第一是他的教会早在一九四六年开办之日起，就是三自的，没有加入任何外国差会，也没有做任何机构或团体的附属，以取得支持。他也是北京六十多个教会中唯一的一个租房子聚会的教会，他一家九口人的生活和福音堂的房租，都是由信徒的奉献和他自己做翻译的收入来维持，早就是自治、自传、自养的了，所有没有必要参加三自。第二个原因是他认为基督是教会的头，教会是属神的，是童年，不应该与一切属世的联合。政治和宗教要绝对地分开，神的东西要归给神，该撒的东西要归给该撒。这是两个领域；政治不能利用宗教，教会工作也不应依靠政治。国家用宗教事务局来管理一切宗教活动，认为宗教是人民团体之一，也要在党的领导下为无产阶级政治服务，这是袁相忱无论如何都不能认同的。第三个原因是他对三自某些领导人的信仰不认同，袁相忱具有传统福音派的神学观点，不赞同新派的信仰。他认为吴耀宗先生的新派神学观点虽然承认有神，但这个神是抽象的；袁相忱相信的是有生命、有位格的神，与他们的不一样。所以他就常对别人说：“信的和不信的不可同负一轭，这是圣经上教导我们的。他们信的神和我们信的神不一样，所以我不和他们在一起。”
从一九五一年开始，这十一个人与三自领导人之间的立场，已划分得非常清楚了，参加三自的和不参加的信徒，也渐渐地有了分水岭。也是从一九五一年开始，袁相忱请王明道先生每月去他的阜成门福音堂讲道一次，两人间的联系比以前更加紧密。
这期间不断有信徒带着关于参加三自与否的各种疑惑来请教袁相忱。一次，有一个信徒问袁相忱有没有看过刘良模发表在当年《天风》第十九期上的一篇文章，写的是参加政治学习的感受。文章中说，以前想不通基督徒为甚么要参加政治学习，现在想通了，这种感觉就是基督教里所说的“重生”。这位信徒问袁相忱：“耶稣与尼哥底母所讲的重生是这样的吗？”袁相忱明确地告诉他：“这种说法不对！重生是指我们信耶稣后所获得的新生命，与政治学习毫无关系。只有耶稣的宝血有赦罪的功效，只有信耶稣才能让人获得新生命。”那一段时期，三自的领导们频频在《天风》刊物上发表一些所谓指导性的文章，这些文章大多数都是政治性强、革命性强而属灵性弱：有的是用革命性、政治性的理论，来指导属灵事工，有的干脆就是纯政治性的。信徒们看了，除了不能够得到造就外，还产生许多迷惑。袁相忱就告诉大家：“不要看这些对属灵生命毫无益处的文章，如果有时间的话，就去多读读王明道先生写的文章，王先生的文章都发表在《灵食季刊》上，这样的文章才值得读。”