(一九三七——一九五七)
主后1937年，抗日战争爆发。由此往后的十多年间，中国都羁缠在外战与内战中，政治动荡、经济破产，人民生活极其困苦。基督教会在此亦不能免疫于中国的苦难之外，并且也是在苦难与交困当中挣扎图存。
沦陷区的教会情况
芦沟桥事变，日本发动全面侵华战争。不一年间，整个华东全部陷入敌军手中，中国政府西迁重庆，而与日方转战于华中之间。整个国家遂分成沦陷区与后方两部分。
在北方，天津和北平迅速陷敌，中南部的上海和南京也在数月间失守；故在这些地区的教会根本无太多准备和安排撤退的机会，很快便随着政权的转移而在日本成立的傀儡政府的管治之下。反而在武汉、广州等南方地区，因着要到主后1938年10月才告失守，几乎有一年时间可作各种的部署。因此一些基督教机构、特别是各有传统又有规模的大、小学校，便可以迁到香港、澳门或内陆续办；仍然留在沦陷区的传教士及差会亦得以在之前作出安排，继续发展或将教产挪移做其他用途。
直至主后1941年底为止，英、美等国由于在中日战争中仍保持中立国的地位，故此属于差会所有的教产乃得以保留；甚至在日军未进城前美军已派兵员进驻，保护美人物业，以免受到入城后的烧杀抢掠所波及。传教士也可以自由出入，继续传教工作。不过，除美国差会并未受到什么影响外，其他国家都因欧洲战幔逼近、经济不景而大量削减对华的拨款；在外援短缺的情况下，传教事业被迫缩减。德国差会的情况尤为恶劣，早在欧战爆发前数年，德国政府已严格实行外汇管制，故在华的传教士几乎完全失去接济，传教士被迫返国，教会临时要求自养，教育、医疗及慈惠事业或提高收费、或予以结束。主后1939年欧战开始后，德国更征集所有医护人员返国派赴战场服役，故此所有工场内的医疗事业要遽然中止。
部分有传教士留驻的医院和学校得以继续，但因受着诸多政治制肘，如学校的课程受到日本干预而要作出修改，故亦无大发展。更多的教会学校(因已由中国人充任校长)不欲在敌方控制下续办，毅然将之关闭；传教士乃利用学校的校舍开办当时期最急需的服务：难民救济。各地均有由传教士及教会组成的难民救济会，以教会学校校址辟作难民区，收容因经济或其他原因未能他避的难民，为他们提供食宿教育等服务；至于经费方面，由美国各差会请求美国教会拨款援助。
上海原为全国教会的联络中心，许多差会及机构的全国总部皆设于此。虽然在日治期间并未立即受到打击，但因经济困难、通讯不便，加上政治敏感的缘故，联络中心的地位很快便告失去，一些在那里出版发行的重要教会刊物如ChineseRe-corder及ChinaChristianYearBook在主后1937年后相继停刊。其他刊物也受到伪政权的严格审查，文字工作自亦受严重影响。
主后1941年12月，日军偷袭珍珠港，太平洋战争爆发。英、美两国成了日本的敌对国，传教土来不及逃离中国的，都被关进集中营，据统计约有1，200人。于是沦陷区的教会乃完全由中国牧者及信徒带领。此时日伪政府要求各地教会组织联会，以方便控制。如主后1942年在北平成立的「华北基督教联合促进会」，或委派一位日本牧师前来作顾问，监察教会的情况，如派来香港的是鲛岛隆盛。
后方的发展
所谓后方，除了指华西的四川等省分外，因着日本兵力有限，故即在华东也只能占领主要的大城市，其余县分仍是敌军势力所未到者，这些地方也属于后方。
国府西迁，随同迁移的包括全国的政、经部门、教育机构，以至一大批逃难的人民。在逃难者当中，以青年学生所占的人数最多。他们部分是欲到后方报国，部分则是随同所属的学校迁徒，以继续学业。基于种种原因，他们的家人多未能同往，故仅是孑然一身的流落异乡；并且战火阻隔，音讯断绝，一切的接济亦告中断。面对若后方挤满这样的年轻人，学生救济工作遂极具迫切性。此工作主要由驻重庆的美国援华会(UnitedChinaRelief)委托基督教青年会进行。此外，世界学生联盟与世界基督教学生同盟因鉴于中国学生受战争影响，亦在英、美等地筹款，设立救济基金；他们将款项直接交托时在重庆的青年会全国协会，然后在长沙、重庆、南昌、桂林、广东等地分派。学生在申请而经审查获准后，每月可得寒衣、被服、伙食、医药等补助，学费亦代为缴交。起初补助是免费派发，后期则改为服务性助学金，规定受助学生参与一定数量的社会服务，如医学院组织医疗宣传队到农村进行防疫、宣传卫生等工作，又开办识字班、战时儿童义务学校，及难民服务等。
青年会对学生提供全面的照顾，而学生又因失去家人及亲属关系的支持，对青年会亦极其依赖，如此对学生福音工作的发展也自然很有利。除了青年会及与其有密切关系的「中国基督徒学生运动」(全国总会成立于1931年)外，值得一提的是在主后1945年7月在重庆南山召开的「全国基督徒学生夏令会」，会后成立「全国基督徒大学生联合会」，由赵君影担任总干事。
传教工作也在此时期积极发展。协进会、青年会及学联均积极从事布道工作。华西神学院亦发起「华西基督徒前进运动」，对信徒的质和量都有增长。不过更重要的倒是边疆传教工作的开展。由于教会西迁，接触到从前鲜有人留意的边疆少数民族，因此亦产生了向少数民族传教的异象。中华基督教会首先在贵州贵让工作；而「边疆服务团」的成立，更专门从事布道及服务性事工，故在此时期云南地区一些少数民族也首次得闻福音。边疆传教工作的异象在抗日战争结束后仍未尝衰减，并且与学生工作给合起来；不少青年立志舍弃一切，终生埋没于蛮荒之中，要将福音传至边疆，其中一位便是写了一篇脍炙人口的「献给无名的传道者」的边云波。
由于缺乏外来援助，加上教会的传教事业如医疗、教育、社会服务等均大为缩减，经济负担较轻，故此时期教会自养较为成功。除了少数原来便在华西工作的传教士外，绝大部分传教士都没有撤退至后方；而在抗战期间后方却成了教会的发展中心，故几全由中国基督徒做策划、领导工作，差会的支持也很有限。
教会的出版事业全面缩减。由于纸张及印刷设备极其缺乏，出版费用高昂，为节省资源起见，各西迁的出版机构如广学会、青年协会书局、田家半月刊社和原在四川的华英书局成立一个联合性的机构，基督教联合出版社(1942年)，但出版数量还是有限。
从复员到内战
主后1945年8月10日，日本宣布无条件投降，绵延八年之久的战争，始告结束。
战胜利后，各已迁徒的教会机构相继返回原地复员，教会学校亦迁回及复课。传教士或从集中营被释、或从外国重返，至主后1947年约共有3，500人。
此时期教会面临最大的困难是在财政方面。一直以来，中国基督教发展得最蓬勃的地方是华东的大城市，经济实力也最雄厚，但是在抗战期间，此等地区又悉数落入日军之手上，房舍财产不少受到严重的破坏，家具仪器被掠一空，可谓百废待举。然而在教会机构亟需大量金钱修残补缺之际，财政来源却又成为严重的问题。经历长期战火的蹂躏，国内民生凋蔽，经济萧条，信徒所能捐献的实在有限。在这种情况下，教会只有更多地仰赖外国差会的援助，尤其是并未受战争破坏的美国。如此，一些有能力寻求外国支援的机构如大、中学校、教会医院等，在此时期对外的依赖是大大地增加了，自养在客观条件上不再可能。故在抗战胜利后，中国教会仰给于西方教会的情况有增无减，比战前退步了很多。
至于那些无法从国外筹集资金的机构，很多便被迫关门。例如教会小学大多数均无法复课，如广州在主后1946年仅有小学十四间；部份且是大、中学校的附属小学，才得保存下来。这是自二十年代收回教育权连动以后教会小学教育所受的另一次严重的打击。教会方面，乡村教会及自立会堂也遭遇极大的经济困难，不少因缺乏金钱而被迫关门，信徒流散。
除了经济困扰外，尚有政治上的问题。这里指的是德国差会所开办的教会。如前所说，战时由于德国实施外汇管制，在华的传教事业已面临极大的困境，以信义会(巴陵会)为例，该会在广束原有十一个基地、四十八个根据点，战后半数根据点已无宗教活动；教会人数由主后1936年的4，644人下降至主后1946年的3，565人，跌了22％。战后，德国人在中国所办的各项事业均被视为敌产，故信义会等差会所设的许多教堂，均被中国军队占领。后经世界信义宗联会(LutheranWorldFederation)派地区监督到中国多番争取，直至主后1948年年底，中国政府才允归还。
在众多困扰之下，教会仍努力于复兴与巩固的工作。主后1946年基督教协进会推行一个「三年奋进运动」，协助国家重建。各宗派及地方教会亦纷纷拟定他们的复员计划。惟在资源有限、时间又不许可的情况下，能否有任何成就，尚属可疑。
所谓时间的不许可，是因为战争胜利事实上并未为中国带来长久的和平安定的局面。首先在经济上，多年来战火摧折，已使经济残破无余，加上战后政府官员的贪污腐败，利用金融波动以营其私，套兑黄金外币，因而导致货币急剧贬值，三年间二易其通货。物价飞涨、金融市场全面崩溃、工商业瘫痪、人民生活极其困苦。经济的破产对教会原来已极窘迫的财政造成进一步打击。以崇真会为例，该会在主后1946年，华人信徒捐献尚及教会收入比例的76％；但主后1947年由于货币贬值，该会总支出由一年前的一亿五千六百万暴增至廿五亿九千多万元。信徒捐献占教会支出的比例乃跌至46％。其余款项乃要由德国差会及美国信义宗(AmericanLutheranMissions)协助。直至主后1949年为止，中国教会极大地依赖外国(尤其是美国)差会的援助，这对教会面临政治的转变自然造成很不利的影响。
在生计无着的情况下，社会动荡。农村各地屡有土匪劫掠的事件发生，治安极坏；教会也往往成为被抢掠的对象。在城市方面，民生困苦亦激起知识分子及学生的不满，学生运动非常蓬勃，他们以****来表达对政府腐败无能的抗议，并且提出了反饥饥反内战的口号。此时学生除将矛头指向政府外，也指向美国，认为是在美国的扶植纵容下，政府才致如此腐败。如在主后1946年12月便因北京大学先修班一名十九岁女生被美国军人**一案(沈崇事件)，引发了全国性的学生**，超过二十个城市的学生参加。民族主义情绪再度激扬起来。
学生运动的蓬勃发展与中共的策划及影响有莫大的关系。除成立外围组织，渗透并夺取社会和学生运动的领导权外，又派遣党员深入各大、中学校，发展地下党员及地下学联，以组织学生运动。教会学校亦不例外。就以岭南大学为例，据说在主后1949年前地下工作人员约有一百人，都是利用一些「家」(宗教活动小组)的名义来掩护其活动的。
主后1947年7月，国共和谈彻底失败，内战全面爆发。共产党军队节节胜利，未及一年已占领山东及辽西，换言之，耶稣家庭已在中共的统治下。主后1949年1月，中共势如破竹地攻陷徐州，自此江南门户洞开，国民政府政权岌岌可危。蒋中正辞总统职，改由李宗仁继任。2月，国府宣布南迁广州办公，国土大半已落入中共手中了。
教会对政治的形势并非毫无知觉。早在主后1946年8月，协进会已发表「中国基督教对时局的宣言」，表达他们对当前的政治危机的一些看法。12月，在召开第十三届年会时，又以基督教与共产主义为题，进行讨论。主后1948年，中共即将取代现政权的阴影已笼罩全国，差会及教会乃纷纷召开会议，制定各项应变措施。如1月中华基督教循道公会华南教区在香港举行年会，8月协进会广东分会亦召开「华南基督教事工检讨会」，11月初协进会召开全国会议等，皆将教会应变列为首要讨论议题。大致上，基督教会对于即将来临的无神论新政权均感到恐惧，认为必然会对教会及各项事业造成不利的影响，因此必须作出最坏打算。部分教会团体撤离中国，转移至香港续办；但亦有人主张留守岗位，以尽本份；更有少数人认为基督教必须采取新的策略，以适应新的时代。
就实际决策行动方面：首先是组织及人事的安排部署，如不少差会皆将其总部及重要机构迁来香港，将来华日子不久的年轻传教士调往香港及东南亚发展新的工作，年长而经验丰富的则留下紧守原职。其次，又积极巩固现有的工作，并坚固信徒、稳定人心；如加强传教工作，特别是针对学生和青年方面，李启荣和计志文等组织的「青年归主运动委员会」便积极要引领青年皈依。鼓励教会训练平信徒领袖、增加圣经知识的教导等，也是重要的方法。此外，协进会于3月及10月分别向信徒发表「中华全国基督教协进会致全国信徒书」，鼓励及安慰信徒。第三、是大量增加圣经的印刷与派发，以备将来不时之需。如华南圣经会(SouthChinaAgencyofChinaBibleHouse)决定在主后1949年一年内出版圣经及福音书七百五十万册，以配合传教的需要。最后，差会间也加强联系和合作，以便将来在任何不利的情况下都可以采取一致的步伐和行动。
主后1949年5月，离上海解放前一个月，穆德来华，由协进会主持中外领袖紧急会议。穆德鼓励信徒忍受苦难、坚持信仰。
当然也有少部分信徒对中共表示积极乐观的态度，主张**腐败的政权。如吴耀宗便早于主后1947年表示支持中共了。
夺权运动
主后1949年10月1日，中华人民共和国成立。是年底，除台湾及西藏外，全国已在新政权的统治之下。
由于中共在解放前已做了大量的部署，各机关由潜伏在其中的共产党员迅速接收，并维持秩序；加上激烈**的人皆在事前撤走，人民亦已有心理准备，故政权易手大致上并无太多的冲突和抵抗，一切都井井有条。
教会在战兢恐惧中迎接新政权的来临。但出乎他们意料之外，在最初的数月间，新政权并未予教会太大的干扰，一切宗教活动，以至教会学校、医院等工作仍可继续。虽然各地零星地发生了地方干部**教会的事件，不过大体上仍不严重。人心稍安之下，教会遂欲起来积极地做一些事。
主后1950年1月，基督教协进会号召发起组织「基督教全国会议」，目的是要探讨如何使教会面对新的时代，并且组成了筹备委员会，以推动及筹划各工作。但此会议竟然在8月宣布停开，原因是吴耀宗等中共钦点的教会新领导人，已欲排除协进会等教会原有的领导组织，以取得教会的领导地位。他们的手法是：在教会既有的组织和会议的孔道外，推动一个宣言的签名运动。
这里我们必须重头说起：主后1949年9月，中共召开人民政治协商会议，通过组织新政府。是次会议，基督教人土有吴耀宗、刘良模等五人参加。这五个人是如何堆选出来的呢？据刘良模说：「那年8月，我在纽约收到周总理通过龚澎同志给我打来的电报，邀请我出席即将在北京召开的第一届中国人民政治协商会议。」可见吴耀宗及刘良模等作为基督教代表，是由中共高层亲自钦点的，他们日后也成为教会的领导人、改革的推动者。
但是在当时期，吴耀宗及刘良模二人在整个基督教会内的地位还不算高，吴氏是青年会的出版组主任，刘氏则为同会的事工组主任。他们要跳越现存的各种教会组织和架构，去推动一个新的运动，实在是非常困难的。于是在政协结束后，吴氏和刘氏便以政协宗教界民主人士代表的身份，邀请基督教青年会、女青年会，协进会及中华基督教会全国总会各派代表(涂羽卿、邓裕志、艾年三及崔宪详)组成一个访问团，到各地访问教会。这个访问团的目的有二：一是向各地教会传达政协会议及共同纲领的决议案，二是欲了解各地教会的情况。由于此访问团是由基督教的政协委员召集，故吴耀宗为当然的团长。他们曾到过杭州、南昌、长沙、武汉、开封、西安、济南等地，受到各地的政府首长热烈欢迎，以确立吴氏的声望和地位。访问团在主后1950年4月抵北京。5月，周恩来总理亲自三次接见他们，陪同被邀请谈话的还有京、津方面的基督教领袖，共十九人。据说吴耀宗等将在各地搜集得有关地方干部侵扰教会的一百多件个案向周总理提出，要求政府正视宗教问题的处理。但周总理却指出，教会目的存在的困难正反映了人民厌恶基督教，此与基督教同帝国主义在历史上的联系是分不开的；教会若不自己先消除此问题，面对的困难将无法消除。
吴耀宗等在「周总理的启发下，在政协宗教组负责人陈其瑷同志的支持下，经过反覆讨论研究，认识到基督教」是不平等条约的产物，故不为人民所接受。所以，教会必须进行内部的改革。于是便由吴耀宗等起草了「中国基督教在新中国建设中努力的途径」的宣言。宣言除指出中国教会必须彻底拥护共同纲领、支持政府各项政策，及尽快建设一个自治、自养、自传的教会外，又要求「使教会群众清楚地认识帝国主义在中国所造成的罪恶，认识过去帝国主义利用基督教的事实，肃清基督教内部的帝国主义影响，警惕帝国主义，尤其是美帝国主义，利用宗教以培养反动力量的阴谋……」。宣言起草后，邀请了四十位中国教会领袖作发起人，然后寄往各地，征求教会人士签名。如此便推动起一个签名运动来。
必须注意的是这份宣言并非经过任何现有的教会组织及沟通渠道来讨论、起草及发表的，即使四十位发起人也只是个别的邀请，并以个人的身份来参加。这种跳越现行常规制度的做法，只有两个可能的原因：一是教会领导层中反对势力太大，故宣言不可能在常规制度内获得通过；二是吴氏等欲透过这个宣言来凝聚属于他的群众力量，摆脱现有的教会组织，另起炉灶，展开夺权运动。往后的发展，可以见到两个原因都存在。
首先，当时教会内部的确有不少人反对这个宣言。协进会在主后1950年10月中在上海召开第十四届年会，会上有不少代表反对吴氏的签名运动，他们企图通过一份告全国信徒书来抵制签名运动的力量，并且已推选出一个起草委员会来执笔草拟。「可是在当时『三自革新宣言』的签名运动蓬勃开展的形势下，被派参加起草的几个人也有了戒心，不敢轻举妄动，每次开会都推脱有事不来。参加年会的多数代表也已有了一定的觉悟，传教士策动的那个反革新的『告全国信徒书。未能得逞。」请恕笔者愚昧，完全无法明白什么叫「形势」，如何产生「戒心」、「觉悟」；明明在大会上同意了草拟告全国信徒书，并且被选入起草的小组，竟然会「不敢轻举妄动」、连会也不敢开。唯一可能的解释是，政府已对协进会及教会领袖们施以重大的政治压力，迫使他们噤口、也不再有作为，好让路给要扶植起来的新领导层。会议结果通过支持三自革新宣言，并选举吴耀宗为副主席。但嗣后协进会已再无功能了。
其次，政府确实刻意要透过三自革新宣言的签名运动来扶植吴耀宗等的。在宣言公布后，「人民日报」在9月23日予以刊登，并且发表「基督教人士的爱国运动」，表示剀签名运动的支持，认为「一切宗教的信徒们都可以由此得到一个正确的方向，只有朝这个方向走，宗教界才可能建立自己的正常的宗教事业。」
宣言的签名运动，以令人惊奇的迅速展开著，从主后1950年8月至主后1951年4月的八个月内，签名人数已达十八万；主后1951年年底，更达卅二万多人(即全国教会连老弱妇孺及文盲在内的45％以上)。
三自革新
主后1950年11月韩战爆发，中国与美国在朝鲜半岛上全面军事对抗。美国政府且没收中国在美的财产，中国报复，也没收美国在华的财产。惟是美国在华的财产，绝大多数为教会所有，故直接牵涉教会在内。主后1951年4月，中共政务院宗教事务处召开「处理接受美国津贴的基督教团体会议」，全国各地教会均派代表参加，其中包括聚会所的倪柝声、耶稣家庭的敬奠瀛。会议通过「对接受美国津贴的基督教团体处理办法」，所有接受美国经济支持的基督教团体必须登记，并尽快达成自养。会议又发表「中国基督教各教会各团体代表联合宣言」，较三自革新宣言更进一步的是，此宣言指出「帝国主义却一贯阴险地利用基督教来做它的侵略工具」。宣言的结论是，教会必须拥护政府的政策，积极参与抗美援朝运动，拥护共同纲领及加强爱国主义教育。
由于宣言要求基督徒「协助政府检举潜伏在基督教中的**分子和败类，坚决揭穿帝国主义和反动派破坏三自运动的阴谋，积极展开各地基督教教会及团体对帝国主义分子和**败类的控诉运动」；故教会内的控诉运动随即展开。大会首先控诉了传教士毕范宇(F.W.Price)、骆爱华(E．H．Lockwood)、中国教会领袖陈文渊、梁小初、顾仁恩、朱友渔等，指控他们与美国差会的关系。
会议又成立「抗美援朝三自革新运动委员会筹备委员会」，吴耀宗为主席。一个原为政府召开的会议，竟成立了日后中国教会的唯一领导组织，「三自」的自发性程度，于此可见。无论如何，吴耀宗在这次基督教全国会议之上，正式成了中国教会的领导人。
由于三自筹委会发出「搞好传达、搞好控诉」的号召，对他人的控诉就成了基督徒的任务。在他们的积极推动下，各地纷纷举行控诉大会，控诉传教士为美帝国主义者、中国牧师为教会败类、美帝特务。5月至8月，全国举行了控诉大会的共63处，是年年底增至108处(单计算规模较大的)，其中以上海、南京、青岛等处较为成功。在控诉大会召开后，各地组成了三自分会，主后1951年年底共有170处。
除控诉大会外，各地教会亦纷纷开展政治学习，举办三自革新学习班，学习了解时代局势、政治路线及教牧人员的自我批判。主后1953年8月以后，所有牧师传道都要参加教牧人员学习班。
这时候，一方面由于中断了外国援助后，许多教会机构无法维持；二方面机构领导人受到批判控诉(如燕京大学校长陆志韦及宗教学院院长赵紫宸)后失去自由，机构顿然领导权真空；三方面因政治压力及机构内某些人士的积极要求下(按：这一点最耐人寻味，如广州的真光中学及美华中学，均是校内有老师发起将学校报效及捐献给政府，无人敢反对，于是一致通过而成事实)，许多教会学校、医院等机构纷纷由政府接办，或合并、或取消。
早在主后1950年，在政府的要求下，教会学校已改组了领导层，并修订了课程，增加政治课如「辩证法唯物论与历史唯物论」、「新民主主义论」等。是年12月，政府发布决定，在一年之内将帝国主义在中国所办的教育事业接收，将教会学校改造成人民的教育事业。1951年，政府委派党员进驻教会学校，充任校长及教务主任。此时期教会学校已逐一改组，并主动并入政府的教青制度内。至主后1953年，政府正式下令全面取缔教会学校。基督教教育乃告结束。
神学院方面，由于政府不同意大学附设神学院，故基督教大学内的神学院或宗教学院首先要分离出来叫蜀立办理。其后，入学人数大幅下降，加上各公会亦无力支付神学院的经费，不少乃宣布停课，或由数间合并为一间。例如主后1953年8月吴耀宗促使了上海十一间神学院合并成金陵协和神学院。
在出版事业方面也有类似的合并情况。主后1951年，广学会、青年协会书局、浸礼书局及中国主日学协会合并而成「中华基督教出版协会」，由吴耀宗出任总干事。令人费解地，这个协会竟代表政府担任教会内部出版审查的工作。据吴氏透露，他们在主后1951年年底已审查了上海、汉口、成都等地几个主要基督教出版机构的书籍1，750种，并认为其中一半以上含有超政治、亲美崇美及反苏**毒素；而三自筹委会的宣传组也拥有审查书籍的权力，审查了在上海出版的四十余种基督教期刊，并认为其中十一种应停刊，已提交政府有关部门参考。在这样严格的审查下，教会的出版工作自面临严重的打击。
此时期三自筹委会透过「天风」杂志，发表了不少文章，重新诠释圣经，以切合政治的需要。今日三自会常说：这是中国教会神学反省最蓬勃的时代。
政治形势的变化，使得在主后1950年年底，绝大多数传教士都已被迫离开中国，有少数则被政府逮捕。至主后1957年为止，仍留在中国的传教士不足五人。
主后1954年，经历了多次控诉会和改组之后，教会大致上已在三自的控制之下。7月，三自革新运动委员会筹备委员会在北京召开「中国基督教全国会议」。吴耀宗在会上发言，指出三自革新宣言的签名人数已达41万4千多人，占全国70万信徒的三份之二，外国传教士已全部撤离回国，差会驻华机构已完全结束。会上正式成立了「中国基督教三自爱国运动委员会」，这便是中国教会的官方御准机构。
大宗派的教会由于拥有大量的教会事业(教育、医疗等)，自冶自养的能力极低，向来均仰赖外国差会的援助；一旦传教士撤走和拨款中止后，很快便全面崩溃，被纳入三自的阵营内。但少数中国自立的教会，却仍然以信仰的理由来反对三自，故三自会在此时期的矛头乃指向此等教会。不过，他们既早已自治自养，帝国主义分子、美帝走狗等指控对他们全不生效，因此必须另辟蹊径。主后1955年8月，一直反对加入三自的王明道被捕，罪名是「**」。10月29日，政府宣布，三自以外任何基督教活动皆属违法，此即表示三自会为唯一合法的基督教会，所有三自会以外的教会皆已构成被捕的理由。主后1956年1月，政府宣布破获倪柝声**集团；其实早在主后1952年4月，倪氏已被捕，至四年后才被提控，指他支持帝国主义及国民政府、反对民众运动、败坏青年、破坏生产、犯**等罪，被判刑十五年4月，小群教会改组，正式加入三自会。
至此，改造教会运动在组织上已告完成。不过，个别信徒的反抗与抵制却未尝或遏，三自会之外的非法宗教聚会亦非常普遍。更重要的是，即使在积极推动三自运动的人当中，其实是包含了相当多不同看法的人，例如前重庆神学院院长、六位副主席之一的陈崇桂，便是基于对帝国主义侵华反感的民族感情而投入三自的；他并不认同三自会的所有做法，对某些官员侮辱及**基督教更表示极大的反感。故此在主后1957年3月鸣放运动期间，公开的指责政府的行为；其后在反右运动中受到吴耀宗等人的批判。笔者相信，要是我们不先设定一个二分法的善恶标准，又不预设某种阴谋理论、认定所有参加三自的人皆为撒但的话；则对此阶段不同基督徒的政治和宗教的抉择的研究，将会更有助我们了解整个三自历史的真相。但此已是后话了。