前面幾章已經提到，自從一八五九年達爾文發表《物種起源》（TheOriginofSpecies）後，進化的思想象野火一樣迅速在思想界、科學界蔓延，對《聖經》所啟示的創造論提出空前的嚴重挑戰。雖然《聖經》的歷史性已被考古學的證據充分證明，不少人仍把進化論當作科學真理，認為創造論不符合科學，是無法接受的。進化論成為許多知識分子接觸、接受基督教信仰的阻攔。在談論信仰時，不能不涉及創造論和進化論的論戰。
有關這方面的專著中，潘柏滔博士所著的《進化論-科學與聖經沖突嗎？》對進化思想的發展史、達爾文進化論的證據、基督徒對進化論應有的態度等都有詳盡、全面的論述，資料豐富，分析中肯，值得認真閱讀。由于創造論和進化論涉及面很廣，本章僅就筆者自己在思考過程中認為比較重要的層面加以闡述，與大家分享。
一、進化論是尚未被證實的假說
進化論被寫進很多書里，不少學校也在課堂上宣講進化論。人們自然會認為進化已是事實（thefactofevolution），認為進化論是科學定律。其實，這是一種誤解。進化論並不是科學規律，它只是達爾文基于他觀察到的一些現象而提出的一種假說。這個假說並沒有被證實，目前正受到嚴重的挑戰。
上一章談到，科學研究(尤其是實驗科學)的對象所必備的一個條件是重復性。宇宙、生命、人類的起源是已完成的事情，無法重復，故已超出科學研究的範疇。宇宙是進化來的還是由神創造的這一問題，科學無力作答。對此，進化論學者和創造論學者都有相當的共識。
亨利-莫瑞博士（Dr.HenryM.Morris）指出︰“最近再版的達爾文的《物種起源》的序言里，英國進化論領導人之一的生物學Mathews教授承認︰‘相信進化與相信特殊創造完全一樣——兩者都被信者確定為真，但至今卻沒有辦法能加以證實’”1。
所以，進化論只是一種假說，一種沒有被證實、也無法用科學研究的方法加以證實的假說。這一點是首先需要澄清的。
二、兩種模式
既然進化論和創造論不能用科學方法證明或否定，關于起源的看法是憑信心而不是憑眼見建立的。這並不意味著我們不能客觀地、合乎科學地來討論起源問題。因為我們的信心不應該是憑主觀意願或輕率、盲從的，而是基于對客觀事物的觀察、分析和思考而建立起來的。基督徒接受創造論是因為他們有充分的理由相信《聖經》是神的話語，相信《聖經》是完全無誤的。《聖經》明白地教導說，“起初神創造天地”(創一1)。同時，他們也確信，神啟示人類的兩本書——《聖經》和大自然決不會相互矛盾而是相輔相成的。隨著科學的發展，人們一定會越來越清楚地認識到，宇宙萬物是神創造的而非無目的地依機遇進化來的。
為便于分析比較，我們可以建立兩種關于起源的模式，即進化模式和創造模式。進化模式是︰宇宙是一個無始無終、自給自足的封閉體系；其中有自生自長的律，使一切可以由簡到繁、由紊亂到有序、由低級到高級不斷地進化、發展；這種進化、發展至今持續不斷。創造模式是︰宇宙萬物由超然的造物主所創造和維護；現在，創造過程已完成，進入了護持階段。本章將著重討論有關宇宙起源、生命起源和達爾文的“自然選擇”（或“物競天擇”）等方面的科學觀察及成果。現代科學的資料更符合哪一種模式，那麼，該模式可以作為較正確的模式予以接受。
三、熱力學定律
熱力學第一定律和第二定律是科學界公認的宇宙普遍規律。能量守恆定律是說，能量可以由一種形式變為另一種形式，但其總量既不能增加也不會減少，是恆定的。二十世紀初愛因斯坦發現能量和質量可以互變後，此定律改為能質守恆定律。這個定律應用到熱力學上，就是熱力學第一定律。這一定律指出物質和能量既不能被消滅也不能被創造，一度曾被無神論當作宇宙永恆的根據。
熱力學第二定律是描述熱量的傳遞方向的︰分子有規則運動的機械能可以完全轉化為分子無規則運動的熱能；熱能卻不能完全轉化為機械能。此定律的一種常用的表達方式是，每一個自發的物理或化學過程總是向著熵（entropy）增高的方向發展。熵是一種不能轉化為功的熱能。熵的改變量等于熱量的改變量除以絕對溫度。高、低溫度各自集中時，熵值很低；溫度均勻擴散時，熵值增高。物體有秩序時，熵值低；物體無序時，熵值便增高。現在整個宇宙正在由有序趨于無序，由有規則趨于無規則，宇宙間熵的總量在增加。
熱力學第二定律告訴我們，宇宙不是在進化，乃是在退化之中。曾長期在美國西北大學執教的物理學家貝克博士（Dr.EdsonPeck）指出，“我們的宇宙中熵值有增高的傾向”，“我們有充分的理由相信，宇宙象一個發條逐漸慢下來的大時鐘”2。誠然，我們也可以觀察到一些暫時逆熱力學的自然現象，如生命現象。動、植物由受精卵開始，從簡到繁、從不分化到分化，最後成為一完整的動物或植株。之所以說“暫時”，是因為這些動、植物最後也要衰老和、死亡和解體。
暫時逆熱力學的生命現象需要兩個必備條件。第一是要有藍圖或指令。這就是在**和卵子的DNA中所攜帶的來自父母雙方的遺傳基因。在這些基因的調控下，一顆綠豆發芽長成一株綠豆苗，雞蛋孵化後成為一只小雞。第二是要一個能量轉化系統，以供給發育時期所需的能量。光合作用、消化作用、血液循環和呼吸作用等都是這樣的轉化系統。
進化論者認為，地球是開放系統，可以不斷從太陽吸收能量以彌補在熵增高的過程中所消耗的能量，因而進化與熱力學第二定律並不矛盾。但是，他們把能量的多寡與能量的轉化相混淆了。問題不是太陽是否有足夠的能量維持進化過程，而在于太陽的能量怎樣用來維持進化過程。如果把一頭野牛放進一家瓷器店，野牛用它巨大的能量在店內作功的結果只能是一場破壞。同樣，如果蓋一座樓房沒有設計圖紙，沒有建築師統一指揮，乃是讓各種機器自由運作，讓人們把水泥、磚頭隨意堆砌，樓房根本無法蓋成。
如果進化是宇宙的普遍現象，那麼在宇宙中一定有宏大的指令系統和能量轉化系統，使萬物能逆熱力學第二定律，由無序到有序、由低級到高級不斷地進化。但是，人們在宇宙中找不到這樣的系統，故進化的模式是與熱力學第二定律直接相沖突的。
創造的模式則與熱力學第二定律相吻合。起初神創造天地時，“神看光是好的，就把光暗分開了”（創一4）。這告訴我們神起初創造的世界是冷熱分開的低熵世界。世界被創造後，即慢慢開始退化。熱力學第二定律的提出只是近一、二百年的事，但《聖經》早在兩千多年前清楚地指出了宇宙中熵不斷增高的自然趨勢，“天地都如外衣漸漸舊了”（詩一○二26）；“天必象煙雲消散，地必如衣服漸漸舊了”（賽五一6）。
熱力學第二定律還告訴我們，宇宙不是永恆的。因為按此定律，宇宙的熵值在不斷增高；總有一天，當宇宙各處的溫度完全均勻一致時，熵增到最大值，一切能量都不再能作功，只剩下分子的隨機運動。此時宇宙就到達等溫熱死階段，一片死寂荒涼。這就是宇宙的終點。現在宇宙還沒有進入最後階段，說明宇宙的過去還不夠長；即，宇宙必有一個起始點。宇宙必有起點和終點，不是永恆的。創造模式相信宇宙是神創造的，故宇宙不是永恆的。
如果把熱力學第一定律和熱力學第二定律結合起來，可以引伸出一個十分重要的結論。第一定律說︰質能不能被創造也不能被消滅，也就是說，宇宙不能自己開始；熱力學第二定律卻說宇宙必定有一個開始。這樣，宇宙只能有一個不受第一定律支配的超然的開始。這樣的開始不可能是自然進化而是神超然的創造。
四、宇宙的起源
雖然起源問題無法直接用科學的方法重演，但科學家們仍在觀察、推理的基礎上對宇宙的起源提出各種假說。現在，大爆炸論被廣泛地接受。李志航博士在《科學對基督教的挑戰》3和梁斐生博士在《真金不怕洪爐火》4兩本書中對此都有引人入勝的論述。
宇宙不是永恆的
十九世紀三十年代初期，德國醫生奧伯斯（Olbers）從一個簡單的觀察中提出宇宙不是處于衡定狀態的假說。大家都知道星與星之間的夜空是完全黑暗無光的。奧伯斯首先想到，這說明宇宙中星球的數目是有限的，不能使宇宙的每個角落都發光。其次他假設，由于星球之間的萬有引力，星球之間的距離會越來越小；或者由于什麼尚不清楚的原因，萬有引力會被抵消，使星球間的距離不斷加大，即宇宙可能在膨脹。但這種假說未引起當時科學界的注意。
本世紀二十年代，美國天文學家觀察到了紅移現象（redshift）。他們發現距地球很遠的星球或星系射到地球的光比離地球近的星的星光弱而且較偏紅色，即偏向可見光中的長波光譜。在聲學上有一種現象叫做都普勒轉移（DopplerShift）︰當一個運動物體接近我們時，我們收到的它的聲波頻率偏高；當它遠離我們而去時，我們收到的它的聲波則偏向低頻。一個最常見的例子是，當火車駛進站時，站在月台上的人听到它的鳴笛十分高亢；當它離站駛去時，笛聲則變得低沉。因此天文學家們把紅移現象解釋為︰遠處射出紅光的星球正在以高速度遠離地球。
幾年後，愛因斯坦于一九一七年發表了著名的普遍相對論，震動了科學界。一些科學家發現相對論的公式包含有宇宙不恆定的結論。但愛因斯坦不同意此見解，他當時以為自己的計算有誤差，于是在方程式中又加進一個常數，以抵消宇宙有不斷澎漲或收縮的可能性。
一九三一年，美國天文學家哈博（EdwinHubble）用當代最大的二百寸天文望遠鏡驚奇地發現在銀河系外還有千千萬萬個天河系，而且這些天河系明顯地不斷迅速向外擴張。在事實面前，愛因斯坦承認他在相對論公式中所加的宇宙常數是他一生中最大的失誤。盡管他感到有些刺激，並認為不盡合理，仍勉強地接受了“宇宙有個原始的必須性”的假說。由于理論和觀察都提供了充分的證據，此後科學界再不懷疑宇宙確實是在膨脹了。
大爆炸理論的確立
基于宇宙在不斷澎漲的事實，早在四十年代，旅美俄裔物理學家伽莫（GeorgeGamow）等科學家就預測說，只有一個從近于無限高溫迅速冷卻的宇宙，才能合理解釋質子和中子的融合，以致產生今天這個含73%的氫、24%的氦、和3%的重元素的宇宙；如果宇宙是由大爆炸產生的，在整個宇宙都可以測量到絕對溫度-273oC以上約五度的微光5。只是，他們的預測並未引起應有的重視。當時，一般實驗室沒有足夠精密的儀器在如此低溫下來偵測這種微波。
一九**年，美國電訊公司的貝爾（Bell）研究所的兩位科學家彭茲雅（ArnoPenzias）和威爾遜（RobertWilson）用一種敏感的天線裝置測量銀河系的電波時，記錄到很多雜音。他們一直以為天線有毛病。但天線經過徹底檢查、確保無誤後，這些雜音仍然存在，而且從各個方向測量的結果完全一樣。這種雜音的強度所代表的溫度是-270oC左右。
與此同時，以狄克（R.Dicke）為首的美國普林斯頓大學的一群物理學家也在尋找太空微波。他們理論計算的結果是，如果宇宙是由大爆炸而來，其遺留的爆炸微波所代表的溫度應是-263oC左右。有趣的是，這兩個研究小組並不相通，而且他們都不知道伽莫等人在1948年所作的計算。一個偶然的機會，他們得知了彼此的研究情況，並認為彭茲雅和威爾遜接收到的雜音正是大爆炸後余留至今的微波幅射！當他們的研究結果在天文物理學報上發表後，引起強烈震動。其他科學家隨後所從事的觀測和計算，也完全一樣。由于這一震驚世界的發現，彭茲雅等獲得1978年諾貝爾獎。美國太空總署發布的宇宙背景探測衛星(COBE)在大氣層以上測得的數據表明，宇宙是一個完全的幅射體，與大爆炸論相符。
此外，根據大爆炸理論，宇宙中最先形成的元素是原子量小于7的元素，主要是氫和氦。氫和氦在宇宙中的比例的理論推算與現今在宇宙中測定的是吻合的。二十年來，物理學家用核子加速器研究不同核子、粒子高速踫撞的結果，用以推測宇宙形成過程中不同核子的比例，其推測結果也與今天實際觀測的比例一致。
大爆炸理論是否符合客觀實際，需要進一步被檢驗；宇宙是否有百億年的歷史，也值得商榷；該理論在細節上也存在不少問題。但因它合理地解釋了宇宙的膨脹，找到了大爆炸的直接證據；加之，按此理論推算的結論和在加速器中得到的數據，大都與在宇宙中觀測的實際情況相符。因此，大爆炸理論已成為現今被廣泛接受的理論。
大爆炸理論的超然性質
大爆炸理論的觀點、推論和實際觀測結果中，包含了許多奇特、不可思議和超越自然律的部分。對此，梁斐生博士在《真金不怕洪爐火》一書中有詳盡論述。我這里只簡要地舉出幾點。
第一，現在多數宇宙學家都認為，在大爆炸之前，只有虛無，連時間和空間也沒有。可是，如果什麼都沒有，爆炸怎麼會發生呢？而且，宇宙這種“無中生有”的起源是與熱力學第一定律不相符的。
第二，前面提到，當一個過程處于初始階段時，冷熱不均衡，熵質很低，然後冷熱趨于均勻，熵值不斷增高。但英國著名天文學家彭羅斯（RogerPenrose）卻提醒人們，原始爆炸的火球原是處于熱膨脹平衡狀態，具有極高的熵值。這又與熱力學第二定律尖銳地對立。
第三，根據宇宙新膨脹論，在大爆炸發生後的1023秒的一瞬間，宇宙膨脹了10倍，其膨脹速度每秒可高達1031米，遠遠地超越了相對論中的光速極限(每秒3乘109米)。
第四，現在大多數學者對大爆炸後10-35秒以後的過程已有不少共識，但對大爆炸後10-35秒之內的情況卻根本無法窺測。因為在這段時間內，溫度極高，可達攝氏1032度，一切自然律都失去了功效。換句話說，宇宙是在超自然的狀況中產生的。
另外，我們一般人都會認為，如此劇烈的大爆炸的結果，一定是雜亂無章的，就象炸彈的爆炸一樣。然而實際情況卻大出人的預料。美國太空總署為偵測大爆炸遺留的背景微波幅射而特別發射的衛星于一九八九年十一月升空後兩年內收集到的資料表明，宇宙每一個方向的背景溫度幾乎完全一致，只相差萬分之一凱爾溫度！到一九九二年，科學家從該衛星收集到的幾億個測量數據中發現，它們只相差萬分之三度！也就是說，大爆炸所產生的微波細浪是出奇地均勻、平滑！這是大大超乎人們的想像的。更奇妙的是，正是從這極微小的不均勻中，各種元素、星雲、星系得以產生，形成今日的宇宙！
加拿大天文學家HughRoss指出︰科學家們發現，為在宇宙中形成生命所需的必須物質，宇宙中的很多特徵一定要被精細微調。他在書中列舉了人們已發現的二十五種特徵。這些特徵之精確，使人瞠目。比如，宇宙的膨脹率不能與現今的膨脹率相差1055分之一！又比如，宇宙中電子與質子數目相等的精確度的誤差是1037分之一，否則宇宙的電磁力就將克服各種引力，使星體不能形成。1037分之一是什麼概念呢？HughRoss有一個形像的比喻。把十億個北美洲大小的面積鋪上硬幣，從地球一直鋪到月亮那麼高，其硬幣的總數就約為1037。把其中一個硬幣涂上紅漆後，再混到硬幣堆里去。在這個堆里找到這枚紅漆硬幣的可能性就是1037分之一！隨著對宇宙精妙的不斷認識，科學家們不能不面對宇宙的創造者。“某人精調大自然”、“超智慧”、“耍弄”、“無可抗拒的設計”、“上帝的手”、“最終的目的”、“上帝的思想”、“優美的秩序”、“非常精密的平衡”、“超然聰穎”、“超自然結構“、“超自然機制”、“合身裁剪”、“超然存在者”、“神工斧鑿”等等，已成為天文學家們描述這位造物主的常用語6。宇宙必有一個開始，一個超越自然律的開始。這個結論與進化的模式無法協調，卻與神創造宇宙的創造模式完全吻合。
宇宙的起源和科學家的信仰
筆者過去以為，並相信現在很多學生、學者仍然以為，科學研究的結果是最客觀、可靠的，因為科學家是不偏不倚、完全公允地從實驗、觀測數據中得出結論的。可惜，事實並非如此。這里姑且不論那些不時被曝光的偽造實驗數據的丑聞。對一般科學家而言，由于世界觀和信仰不同，在科學研究中總會有意無意地、或多或少地重視或偏愛自己所預期的結果，會接受和堅持那些證據並不十分充分、但符合自己世界觀和信仰的假說或理論。真正要做到客觀、公正，敢于在真實面前修正自己的觀點是相當不容易的。這在宇宙起源的研究中也看得很清楚。
不少受人文主義影響的科學家堅持宇宙永恆、自然演化的無神論觀點。在紅移現象被發現、推測宇宙在不斷膨脹的假說提出後不久，愛因斯坦推出相對論。當別人指出相對的公式中含有宇宙膨脹結論時，愛因斯坦不接受，以為自己的計算有誤，所以特引進一個宇宙常數以消除宇宙膨脹或收縮的可能性。雖然現在有些科學家認為，作為一種反重力的因素，愛因斯坦的這個宇宙常數是可能存在的（參見《Reason’stoBelieve》,ThirdQuarter/1999,Vol/lNo/3,P.3），但當年愛因斯坦加上這一宇宙常數，並非出于科學的洞見，而是信仰的支配。因為他不願意相信宇宙有個開始。所以，在他公開承認失誤，接受了宇宙在膨脹、宇宙必有個開始後，心里仍感到別扭。他在和朋友的通信中說︰“宇宙膨脹之說，對我有點刺激。”“承認這些證據的可能性，似乎不合理。”不過，這位科學巨匠是值得欽佩的，他畢竟有承認錯誤的勇氣。
宇宙膨脹獲得充分證據後，伽莫等科學家早在本世紀四十年代就提出大爆炸論的假說，但不受科學界青睞。一九四八年三位英國天文物理學家邦迪(HermanBondi)、高特(ThomasGold)、和荷爾(FredHoyle)提出宇宙衡態論（SteadyState），認為宇宙雖在膨脹，但宇宙可以從一個尚不知曉的地方不斷產生新物質（可能是氫），以填補宇宙膨脹後留下的空間，使宇宙的平均密度保持不變。此假說並無充分的事實依據，但因它既能解釋宇宙的膨脹這個事實，又表明宇宙不需要有個開始，因此立即獲得科學界的廣泛支持。可見，世界觀有時比事實更重要。
現在，大爆炸理論已站住腳跟，衡態論已失去優勢。但仍有科學家不願接受宇宙有個開始的結論。于是又有人提出一種新的假說︰循環論（OscillatingTheory）。這個假說承認宇宙是由大爆炸而來，宇宙在膨脹之中；但由于萬有引力，有一天宇宙不再膨脹，進而開始收縮，密度和溫度不斷增高後，復變成原始火球，于是又發生大爆炸。如此膨脹、收縮，周而復始，所以宇宙仍然不需要有開始。循環論也並沒有什麼事實根據。李志航博士在《科學對基督教的挑戰》一書中指出，循環論面對兩大難題。第一，除非宇宙的物質再增加十倍，否則沒有足夠的萬有引力可以阻止宇宙的膨脹。第二，根據物理學和熱力學的理論計算，如果宇宙真有不斷膨脹收縮的周期，每一周期中光子對核子的比例會越來越大；如果宇宙無盡地膨脹——收縮循環，今天光子對核子的比例應是無限大，但這顯然與事實不符。
當然，也確有不少科學家在研究宇宙起源中進一步認識了神。因發現大爆炸余留的微波幅射而獲得諾貝爾獎的彭茲雅（Penzias）就公開表示，《聖經》的記載和當前天文學的最佳科學佐證不謀而合。當美國著名的LawrenceBerkeley實驗室的科學家于1992年發現大爆炸遺留的微波幅射是那樣均勻雅致，那樣精美絕倫時，他們說這好象是親眼看到了神一樣！如第五章所述，戴維斯(PaulDavies)、荷爾(FredHoyle)等科學家的無神論世界觀正在改變之中。神一直藉著《聖經》和大自然向人們啟示他自己。凡真誠尋求真理的科學家都能認識他。
五、生命的起源
在生命起源問題上，創造論和進化論的觀點也截然不同。創造的模式認為從原始到高級的各種生物都是由大能的神各從其類造出來的；生命只能源于生命，各種生命皆來自永生的神。但進化模式卻認為生命是在漫長的進化過程中，由無機物變成有機物，由有機物演化出氨基酸、蛋白質，最後演化為最簡單的單細胞生物，產生了生命。和宇宙的起源一樣，地球上生命的起源已經完成，無法重復，故已超出了科學研究的範疇，無法直接用科學方法闡明。現在我們從以下幾個方面來比較一下這兩種模式在生命起源方面的合理性。
米勒的實驗
一九五三年，生物界發生了兩件大事。一是JamesWatson和FrancisCrick發現了去氧核醣核酸（DNA）的雙螺旋結構，揭開了生物遺傳的秘密。另一件事是米勒（StanleyL.Miller）從無機物中制造了氨基酸等重要的生命所必須的物質，被認為是支持生命由無機物逐漸進化而來的“無生源論”的重要科學證據。
米勒當時是芝加哥大學的研究生。他模擬人們認為的在生命出現以前的原始地面氣層的成分，在一個燒瓶中加入氫氣、甲烷和氨等還原性氣體和水蒸氣。將燒瓶密閉後插入兩支電極，通電後可以產生電火花。七天後，他從燒瓶中收集到一些有機物，其中竟有幾種氨基酸！他的實驗結果轟動了科學界。因為蛋白質是由氨基酸組成的；按恩格斯的說法，“蛋白質是生命存在的形式”。有了蛋白質，生命的產生就指日可待了。因此，人們以為米勒的實驗所揭示的也許就是生命從無機物起源過程中的重要一步，證明生命是進化論而來的。四十多年來，米勒和其他人用類似的實驗方法，利用不同的能源，如紫外光、高溫、震動波等，從還原性氣體中獲得了更多種類的氨基酸、葡萄醣、核醣、以及核酸所含的幾種鹼基等生物體內的重要有機物。
然而米勒的實驗並不象當時許多人預想的那樣，拉開了創造生命的序幕。相反，對米勒的實驗的意義，人們提出愈來愈多的質疑。比如，關于反應物的濃度問題。米勒實驗中所加入的反應物（各種還原性氣體）的濃度遠遠高于原始氣層中這些氣體的實際濃度。反應物濃度低，則這種由無機物生成有機物的合成反應就難于進行，或者一旦合成後立即又會分解。
有人指出，按米勒和他的同事們所假設的原始氣層環境計算，米勒實驗中制成最多的甘氨酸的分解速度比合成速度快，因此在原始大氣層中形成的甘氨酸的97%在抵達地面之前就分解了，剩下的少量甘氨酸要擴散到三十英尺深的深海中才不致被紫外光破壞。
再則，有人推算，米勒實驗中的電火花在兩天內提供的能量相當于原始地球表面四千萬年所接受的能量的總合。也就是說，米勒在燒瓶中觀察到的化學反應，在實際原始氣層中是難于發生的。
李志航博士指出，“怪不得連從事此項研究的Brooks與Shaw兩人都得承認︰‘這些實驗宣稱是無生物的合成結果，實際上卻是借著有高度智慧與活生生的人精心設計而成功的。’”堅持進化論觀點的美國國家科學院在一九八四年出版的一本書內也坦承地說道︰“我們能不能有一天研究出導致生命來源的化學進化過程？這個問題可能沒有答案。就算一個活細胞在實驗室里制造出來，仍不能證明自然界在數十億年前采用同樣的步驟”7。
另外，許多生命所需的物質都有旋光性(光通過這些物質時會被折射)。醣類都是右旋的，生物所必需的二十種氨基酸全是左旋的。但米勒等人得到的氨基酸卻是右旋和左旋各佔一半。由對等的左、右旋的氨基酸變成全部左旋的氨基酸，很難用隨機機制來解釋。
然而，米勒實驗遇到的最嚴重挑戰卻是關于原始大氣層的性質問題。長期以來人們認為原始大氣是還原性的，沒有氧氣存在。由無機物合成氨基酸等的實驗也是在無氧狀態下進行的。如果有氧氣存在，這種合成作用或者不能發生，或者分解作用超過合成作用。
近一、二十年來關于原始岩石及太空研究的資料指出，地球的大氣層中不一定含有大量的甲烷、氨氣等還原性氣體，而且有含氧的可能性。特別值得指出的是，無人駕駛的海盜號（Viking）太空船在火星登陸後發現，火星沒有生物存在，但火星卻有氧化性的氣層。因此，地球的原始氣層中含氧的可能性是不能排除的。雖然對于大氣中含多少氧氣才能完全阻止氨基酸等有機物的形成尚無定論，若地球的原始大氣層中確實含有氧氣的話，米勒等人的實驗的意義就當完全重估了。
DNA的形成
退一步說，即使米勒等人的實驗確實在原始大氣中實際發生過，也就是說，假定氨基酸等能在原始大氣中由無機物產生，這離生命的起源仍然還有遙遠的距離。生命有許多特點，最主要的是要有新陳代謝（metabolism）和繁衍後代（reproduction）的能力。這兩種能力都來自于DNA的功能。生物的新陳代謝是由基因調控的。基因是DNA的片斷。除少數原核生物（主要是植物病毒）靠RNA繁殖外，絕大部分生物都由DNA的復制進行繁殖。所以，要產生生命，首先要產生DNA（或RNA）。最簡單的生物噬菌體（專門吃細菌的病毒）就主要是由一個外殼和內含的DNA分子組成的。但DNA的自然形成面臨著兩大難關。
DNA本身並不復雜，是由四種不同的核亙酸相聯而形成的長鏈。復雜的是DNA分子中這幾種核亙酸排列的順序（Sequence）。DNA正是借著這四種核亙酸的不同排列順序產生了不同的基因，並由此產生不同的蛋白質及其他生命所必須的化合物，進而發展出不同的生物性狀。正如在第一章提到的那樣，這四種核亙酸在DNA分子中不同排列組合的可能性之巨大，遠遠超出人們的想象。然而這些巨大的排列組合的可能性中，只有一種可能性是可以產生第一個生命的。隨機產生這一正確組合的可能性之小就不難明了了。
梁斐生博士曾引用過一九六七年諾貝爾化學獎獲得者愛根博士（ManfredEigen）的演講中所說的話︰“一個含有221個核亙酸的分子，其復雜程度的數學量等于這些核亙酸所能形成的不同排列的總和一共是4221（4的221次方）或者是10133（10的133次方）”，而“10105個這樣的分子就足以充滿整個宇宙！”這10133次隨機組合之中，只有一次組合是可以產生第一個生命的。這是什麼意思呢？如果讓這10105個分子隨機組合，令組合的速率為每秒一萬次（104），假設宇宙的年齡為三百億年（1018秒），那麼，從宇宙形成到現在，一共可以產生的組合方式是10127次（10105x1018x104），還不足以產生一個有正確核亙酸排列組合序列的DNA分子8!
根據美國太空總署的資料，最簡單而“有生命”的蛋白質分子至少含有四百個氨基酸。也就是說，需要至少由一千二百個核亙酸組成的DNA分子使該蛋白質能夠產生。人們在最簡單的原核生物中看到的DNA分子，含有幾千個、而不是221核亙酸。可見，無論宇宙的年齡有多長，“進化”速率有多快，單靠隨機組合而產生第一個生命所必須的DNA分子的可能性幾乎等于零。
其次，DNA分子形成時，需要各種霉的參與;而霉是一種蛋白質。但是，蛋白質要在DNA鏈上的基因的指控下才能合成。象“先有蛋還是先有雞”的問題一樣，在第一個生命產生之際是先有DNA分子呢，還是先有這種DNA形成時所必須的蛋白質（霉）呢？答案是，必須兩者同時形成，缺一不可。憑機遇單是形成DNA分子已幾乎無可能，更何況還要靠機遇同時形成各種霉聚合。如果一定要用進化的、隨機產生的觀點來解釋第一個DNA分子的形成，未免太牽強了。
化石的證據
如果生命真是從無機物逐漸進化而產生，然後由簡單到復雜，由低級到高級不斷進化的話，化石中一定可以找到這種進化的證據。可是化石的證據對進化論的觀點是非常不利的。在地質和古生物學界，把寒武紀早期（約5.7億年前）作為“隱生宇”和“顯生宇”的分界。因為在寒武紀之前的地層幾乎找不到生物的化石，而寒武紀早期，幾十個門（Phylum）的動物的化石突然同時出現，被稱之為“寒武紀生命大爆炸”。這是進化論無法解開的一個死結。
詹腓力博士（Dr.PhillipE.Johnson）在他的著作中指出︰“化石記錄問題之中使達爾文主義者最頭痛的難處是‘寒武紀大爆炸’（CambrianExplosion）。大約在六億年之前，幾乎所有動物的‘門’（Phylum）同時在地層中出現，完全沒有達爾文主義者必須有的祖先的痕跡。正如道斯所說，‘這些動物化石就好象有人故意放進去的一樣，完全沒有進化的歷史可以追尋。’達爾文在世時還沒有證據顯示寒武紀之前有任何生物存在。他在《物種起源》中承認‘這現象目前仍未能解釋，而且的確可以用來作為有力的證據打擊我現在要討論的觀點。’達爾文又說，如果我的學說是確鑿的話，‘寒武紀之前的世界必定充滿各種活物’”9。
但古生物學研究的結果正與達爾文所預期的相反。本世紀以來在加拿大哥倫比亞省發現的伯基斯（BurgessShaleofBritishColumbia）動物群，澳大利亞弗林斯德山脈發現的埃迪卡拉（Ediacarans）動物群和一九八四年在中國雲南省昆明市附近的澄江縣發現的澄江化石生物群，都進一步證實，在寒武紀，大量的動物門類同時突然出現，展示了地球上生命的形式的爆炸性的突變，無進化痕跡可尋。一些古生物學家報導說，他們在古老的岩石中（被認為在三十億年以前）找到一些原核生物（如細菌、藍綠藻等）的化石。此類化石有時是難以分辨真假的。即使這些化石是可靠的，這些原核生物與寒武紀突然出現的復雜的真核動物之間無任何進化關系。
進化論者的一種推測是，寒武紀動物群的祖先可能是軟體動物，很難形成化石。但這種推論是站不住腳的。因為，在伯基斯頁岩中有很多軟體動物的化石。在澄江化石群中，許多動物的軟體組織如胃腸、口腔、神經等都保存完好，清晰可辨。
一九九五年四月在中國南京召開了“寒武紀生命演化大爆炸、環境和資源國際討論會”。與會者高度評價了我國澄江化石生物群的研究成果。同時，《人民日報》（海外版）于一九九五年五月二十五日發表了紐惟恭的題為〈澄江化石生物群研究成果矚目〉的評論文章。文中寫道︰“近十年來，該所（指中國科學院南京地質古生物研究所-筆者注）對澄江化石生物群進行了系統的綜合性研究，采集了成千上萬的珍貴化石標本，發表了許多重要論文，引起全球古生物學界的轟動。研究表明︰寒武紀生命‘大爆炸’是全球生命演化史上突發性重大事件，現代生命的多樣性起源于此，又經過幾次重大突變演化而成。對其進行深入研究，可能對傳統的進化論是個動搖。”
接著，《人民日報》（海外版）在一九九五年七月十九日又發表了另一篇署名為丁邦杰的評論文章︰《向進化論挑戰的澄江化石》。文章說，“十九世紀，英國科學家達爾文創立了著名的生物進化論。其中一個核心論點便是︰生物物種是逐漸變異的。但是，經科學家長期研究發現距今5.3億年的寒武紀早期，地球的生命存在形式突然出現了從單樣性到多樣性的飛躍。于是，‘寒武紀生命大爆炸’的命題被提出來了，只是由于種種原因，在過去相當長的時間里，這一命題難以被充分認識。”
最近，《人民日報》(海外版)(一九九九年十一月五日)在頭版新聞報導說，中國古生物學家在“寒武紀生命大爆發”的研究中取得重大突破︰發現了地球上最古老的脊椎動物“昆明魚”和“海口魚”。報導說︰“寒武紀生命大爆發是地球三十八億年生命演化歷史上規模最為宏大、影響最為深遠的生物創新事件，它在不到地球生命發展史1%的‘瞬間’創生出了90%以上的動物門類。”(可詳見Nature雜志一九九九年十一月四日號所載的專文)
多年來，達爾文的進化論在中國被視為不容質疑的科學真理。今天這種“闖禁區”的文章能在中國最權威的報紙《人民日報》登載出來，意義深遠。這說明，一批誠實、嚴肅的科學家基于研究結果，已開始沖破各種思想束縛，勇敢地向不符合客觀事實的權威理論挑戰。我相信，這僅僅是開始。
地球的生命來自外星球？
由于生命由無生物逐漸進化而來的“無生源論”或“生物自生論”的觀點遇到上述許多無法逾越的難題，不少科學家開始放棄了這種觀點。李志航說︰“怪不得因發現核酸DNA結構而世界聞名的Crick氏這樣說︰‘每次當我寫一篇關于生命來源的文章後，總發誓以後絕不再寫這類文章，因為猜想的東西太多，確知的事實太少了。’(可惜，發了誓以後他還繼續寫！)”10但其中一些人仍不願接受神創造生命的創造模式，轉而提出“生物外來論”（Panspermia）的假說。FrancisCrick也說過︰“若生命沒有藉自然程序來開始，除非我們贊成特別創造的論點，否則生命必始于他處，並將地球殖民地化”11。科學家們一直在隕石中找微生物，但至今沒有成功。原以為火星很可能有生命，但無人駕駛的太空飛船一九七六年在火星登陸後發現火星是生命的荒漠，連水都沒有。美國太空總署並不灰心，又先後向月亮、金星、水星、土星和海王星等發射了飛船，結果仍使人失望。即使如此，科學家們又把希望寄托在太陽系以外的外太空。不少人相信，外太空可能有高級智慧生物，並由他們把原始生命送給地球的。美國國會于一九八九年撥款一億美元，用以“尋找外太空智慧”（SearchforExtraterrestrialIntelligence）的計劃。
尋找外太空智慧並非無稽，筆者對UFO等也有濃厚興趣。但是，如果在諸多事實面前仍堅持排除生命有超然起源的創造論的觀點，轉而求助于外太空生物，並不能解釋生命起源的終極原因。即使有一天科學家真的證明了地球上的原始生命來自外星球，我們仍會面對我們今天所面對的難題︰外星球的原始生命又是如何起源的呢？
六、自然選擇面對的困難
達爾文進化論的中心思想是自然選擇或物競天擇。它主要是說，生物都不斷發生變異，不斷產生新的性狀。有的變異更具有競爭能力，有的則不利于生存。這樣，在眾多的變異中，適合環境的物種就被保留下來，不適應者就被淘汰，即所謂適者生存。久而久之，生物就不斷由低級向高級進化。可是，達爾文關于自然選擇的觀點面臨著越來越多的理論上和實踐中的難題。
進化的原料和動力
分子生物學興起後，一些學者開始尋求進化論的理論基礎。他們認為，因為在自然界，生物的基因在不斷發生突變（mutation），基因突變導致生物性狀發生變異。也就是說，基因突變是進化的原料，自然選擇則是進化的動力。這種被稱之為“新達爾文主義”的論點乍听之下很有道理，但卻經不住推敲。的確，基因突變的現象是普遍存在的，但突變的速率很低，在每一代中只有10-4∼10-6。更重要的是，這些突變中99%以上都是致死的或有害的。這種有害的突變為何能成為進化的原料呢？
有人會爭辯說，雖然99%的突變有害，總有1%或千分之一的基因突變是有益的；這些有益的基因突變經漫長歲月即可導致進化。這種爭議是缺乏根據的。前面已談到，即使以每秒鐘十萬次的重組速率，三百億年中尚無法自然形成一個最原始的生命的DNA分子，在短短的幾十億年的地球歷史（姑且說有幾十億年之久）中，以這樣低的無害的基因突變速率怎麼可能完成從細胞到人的進化過程呢？
把自然選擇作為進化的動力，理論上也講不通。自然選擇只是使適者生存。自然選擇只是一個被動的“篩”而已，並無主動的導向的功能。物種變異加上自然選擇，可能增加物種橫向的多樣性。如象一支白毛雞演化為黃毛、花毛雞等。這些雞處于同一“進化”水平，只在橫向增加了亞種、變種等。但自然選擇沒有把生物縱向地由低等進化到高等的功能。正象前文談到的，這種由單到繁的進化過程是違反熱力學第二定律的。自然選擇本身既沒有能量轉換系統又無藍圖或指令系統，故暫時逆熱力學定律而導致生物進化是不可能的。
進化的方式︰連續式還是跳躍式？
按照達爾文的自然選擇思想，物種的變化是各種微小變化的累積，進化應該是連續不斷的。但這種設想顯然與實際情況不符。在自然界，各類生物之間都是有明顯區別的。如果進化是連續的，生物分類將無法進行。現行的分類法就是根據各生物類群間差異的大小將它們分為門、綱、科、屬、種等類的。這種分類單位不完全是分類學家主觀的意念，也有一定的客觀標準。比如說，關于“種”的生物學定義，其中一條便是，種間雜交不能產生後代或即使產生後代，後代卻沒有**能力。雖然在植物中有遠緣雜交的實例，這一條在動物中似比較嚴格。比如，馬和驢**後可以生騾子，獅、虎雜交也可生子，但其子皆無生育能力。所以，馬和驢，獅和虎屬于不同生物種。現存生物類種間的明顯區別與連續進化的學說是矛盾的。
是不是那些在連續進化中產生的中間類型，因不適合環境而死亡，因而導致現存生物之間性狀的不連續性？假如果真如此，一定會有相當數量的中間類型的生物的遺體在化石中保存下來。然而，化石記錄中所看到的，也同樣是物種性狀的不連續性。地質學中各種地層和地質時代的劃分主要是根據所謂“標準化石”。標準化石的特點是數量多、分布廣、易于認別和只存在于較短的地質時期之中。由于不同地層的標準化石全然不同，地層的劃分、不同國家、地區的地層之間的比較、等同才有可能。如果化石的性狀是連續性漸變的，地層和地質年代的劃分就無從談起。
除了在實踐中暴露出的無法調和的矛盾外，進化的方式問題的爭論更反映了進化論者在進化理論方面的嚴重分歧。大家都知道，很多生物器官都需要各種恰到好處的配合才能正常發揮功能。眼楮就是最好的例子。眼楮由眼瞼、眼毛、眼膜、晶狀體、視網膜等精細的結構組成，有感光細胞將光刺激轉化為電訊號並將它們迅速傳到腦部，在腦的指揮下使眼能迅速和準確地對外界刺激作出反應。眼楮的功能是任何最高級的照相機無法企及的。但按進化論的觀點，眼楮的結構與功能也是一點點地進化來的。可是，眼楮的各部分以及它與大腦的聯系等怎麼都那麼湊巧地同時進化到這樣準確的程度使眼楮有正常的功能呢？其中任何一部分配合稍差一點，眼楮就無法起作用。試想，在進化過程中，10%，50%，甚至99%進化程度的眼楮如何發揮功能呢？眼楮的形成，是很難用進化來解釋的。
達爾文本人對此也相當困惑。在他的著名的《物種起源》（OriginofSpecies）一書的第六章〈理論的難題〉（DifficultiesoftheTheory）的“極其完美和復雜的器官”（OrgansofExtremePerfectionandComplication）這一節中，他直言不諱地寫到，“眼楮有調節焦距、允許不同采光量和糾正球面象差和色差的無與倫比的設計。我坦白地承認，認為眼楮是通過自然選擇而形成的假說似乎是最荒謬可笑的。”（Tosupposethattheeyewithallitsinimitablecontrivancesforadjustingthefocustodifferentdistances,foradmittingdifferentamountsoflight,andforthecorrectionofsphericalandchromaticaberration,couldhavebeenformedbynaturalselection,seems,Ifreelyconfess,absurdinthehighestdegree.）
在《物種起源》發表以後，他仍坦誠道，“到目前為止，每次想到眼楮，我都感到震駭。”其實精妙器官何止是眼楮！腦部、心髒、消化系統、循環系統、神經系統、肌肉系統、骨骼系統、**系統等也都是非常精密、復雜的，也是一點差錯也不允許的，同樣也很難用自然選擇來解釋。
基于這種理論上的困難和中間型物種的缺乏，全力支持達爾文的赫胥黎（ThomasH.Huxley）曾私下多次勸告達爾文接受跳躍式的進化觀點，並警告說，“你這樣毫無保留地接受自然界絕無大躍進的觀點，使你陷入不必要的困難之中”12。但按達爾文的看法，大躍進（或大突變）進化，如眼楮的突然形成，就等于是一個神跡。而達爾文深知，他的學說最具吸引力、最獨到的地方乃是比較科學化、拒絕一切科學無法解釋的超然主義，用純自然的觀點解釋生物的起源；他只有用漸進、微小的變化來解釋復雜的大變化，才能持守他這種徹底的唯物主義立場。他明確地說︰“如果有人能證明，任何現有的復雜器官，不可能是從無數連續的、微小的突變而來，我的學說就得完全瓦解了”13。他給他的朋友、著名地質學家賴爾（CharlesLyell）的信中對跳躍式進化的觀點持嚴厲批評的態度，“如果我的自然選擇理論必須借重這種突然進化的過程才能說得通，我將棄之為糞土。……如果在任何一個步驟中，需要加上神奇的進步，那自然選擇理論就不值分文了”14。
達爾文用滅種的假說使自己擺脫困境，堅持連續進化的觀點。他說，那些進化的中間環節的生物因不適應環境而滅亡，保留下來的生物之間則顯示出進化的不連續性。倘若達爾文的這種解釋是正確的，一定可以找到許多被絕滅的中間環節的生物的遺體。如果說當年因化石資料尚不充分，可以使這種假說勉強過關的話，那麼一百多年後，在充分的化石證據中根本找不到大量的絕滅的中間類型的痕跡的今天，達爾文的連續進化思想，進一步被進化論者置疑就在情理之中了。
然而，如果是跳躍式的大突變的進化，一方面自然選擇的漸變理論將被推倒，另一方面卻無人能對這種大突變的原因找出令人滿意的答案。詹腓力指出，“細察之下，大突變主義的最大問題，在于它本身只不過是進化論與特別創造論之間毫無意義的中間路線。正如道斯所說，你可將《聖經》中記載的人在塵土中被造看作大突變。從化石的證據看，大突變就是說新物種不知為何從無變有。以科學理論來評價，‘大突變式的進化”就是當年達爾文首先指稱的︰垃圾！”15連續、漸進的自然選擇理論既站立不住，跳躍的大突變主義又缺乏立論依據。進化論正陷入空前的危機中。
進化的過程︰均變還是突變？
十八世紀末期，哈頓（JamesHutton）出版的《地球概論》（TheoryoftheEarth）一書標志著近代地質學的開端。哈頓在該書中系統地闡述了“自然劃一原則”（ThePrincipleofUniformitarianism）。他的一句名言是︰“今天乃是解釋過去的鑰匙。”也就是說，藉著對現今地質現象的觀察來解釋地球發展的歷史。現代地質學的奠基人、英國地質學家賴爾（CharlesLyell）在他的著名的《地質學綱要》（PrincipleofGeology）一書中進一步完善了“自然劃一原則”，認為所有地球的變遷乃是由現今的自然過程經過漫長的時間逐漸積累而成。
與均變說相反，以法國古生物學家居維頁（BaronGeorgeCuvier）為代表的災變學說（Catastrophism）認為，地質記錄所顯示的乃是多次因天災引發的突然劇變而非連續的均變。賴爾與達爾文是同代人。賴爾的均變論能提供達爾文的自然選擇理論所需要的漫長的歷史時間。達爾文推出《物種起源》後，賴爾的均變論逐漸被普遍接受。然而，化石的證據對均變論是相當不利的。
化石記錄顯示，很多生物突然同時絕滅，然後很多新種突然同時出現，接著是一段長期穩定的時期。其中最著名的兩次物種大絕滅是二疊紀大絕滅(PermianExtinction)和“K-T”大絕滅。二疊紀是一個地質時期（被認為約在2.5億年前）。在那次絕滅中，海洋中百分之五十的無脊椎動物的“科”（Family），百分之九十以上的動物的“種”一同絕滅。K-T表示白堊紀（Cretaceous）和第三紀（Tertiary）這兩個地質時期的交界處。恐龍在白堊紀（被認為約在六千五百萬年前）非常多，但進入第三紀立即消失得無影無蹤。到現在為止，恐龍絕滅之謎仍未解開。多數證據趨向于認為是天災（如大量的殞石撞擊地球等）所致。人們的常識也不利于均變論。比如說，煤是植物的遺體形成的，而石油是動物的遺體變成的。世界各地都常常發現大片大片的煤田和含油的岩層。說明在這些區域，動、植物是同時大量死亡、同時被埋藏在地下的。物種形成後是相對穩定的。“活化石”清楚表明這一點。“活化石”是指人們先在化石中發現，其後方知至今仍然活著的生物。銀杏(GinkgoBiloba)和水杉屬植物(Metasequoia)是中生代(TheMesozoic)的著名松柏類植物，有完整的化石記錄。幾十年前才知道，這兩類樹在中國仍然活著!這些活樹與化石相距一、兩億年(按同位素測年法)之遙，兩者的性狀卻無差異。腔棘魚(Coelacath)也是這樣的活化石(見後述)。
中間環節的缺失
一般人都以為，化石為進化論提供了充分依據。其實，達爾文主義的最大困難正是化石的證據。進化論最大的敵人不是宗教領袖而是研究化石的專家們。達爾文發表《物種起源》不久，在德國的一個石灰岩層發現一個動物化石，被取名為“始祖鳥”（Archaeopteryx），兼具爬行動物和鳥類的特征，被認為是由爬行類進化到鳥類的中間類型。進化論者為之雀躍，以為進化論已找到充分的證據。然而達爾文本人十分清楚，化石的證據顯明中間類型的缺失，對他的理論是致命傷。但他推諉于化石記錄的不完全。
經過一百多年的努力，科學家們已發現許多保存相當完整的地層，對其中所保存的化石也作了深入而系統的研究，中間類型的化石仍難尋覓。如果動物真是從無脊椎到脊椎動物，從魚類到兩棲類、爬行類，然後再到鳥類和哺乳類這樣進化來的，那麼中間類型的活物或化石應該隨處可見，俯首皆拾才對。如果說達爾文當年尚有借口，那麼今天的進化論者面對化石的難題再不能自圓其說了。
更有甚者，像始祖鳥、腔棘魚(Coelacath)這兩種著名的中間類型的化石現已得而復失了。始祖鳥的某些爬行動物的特徵(如前肢有爪)，已在今天的活鳥中發現16。其次，原以為始祖鳥是半爬半飛的；現據其爪的形狀，已被認為是一種已能棲息在樹上的鳥17。第三，中國科學家近年在遼寧省發現了與始祖鳥同期的現代鳥的化石，說明始祖鳥並非鳥類的祖先18。由上述發現，始祖鳥已失去鳥的祖先的地位。腔棘魚化石的骨骼粗壯，而且胸鰭中有小骨；古生物學家推想︰一旦胸鰭變為前肢，就可以登陸，變成兩棲類了。一九三八年，漁夫在西印度洋捕獲一種魚，其骨骼與腔棘魚化石幾乎完全一樣。然而，它根本沒有適應陸地生活的任何生理特徵(如肺等)19。
不管怎說，始祖鳥、腔棘魚多少沾一點“中間類型”的邊兒。相比之下，骨骼在外、肉質部分在內的軟體動物（如蝸牛、蛤蚌等）是如何翻個個兒變成骨骼在內、肉質部分在外的脊椎動物的，一點線索都沒有。由單細胞生物進化到軟體動物的證據也找不到，連借口也難尋。
按自然選擇理論，適者生存。達爾文說︰“如果我們看每一種生物都是從另一種不知名的生物傳下來的話，那麼它的父母及其它過渡期的中間型應該被這新的更完美的新種消滅了。制造新種的同時就消滅了舊種”20。按此，始祖鳥應該比爬行類更進化，而鳥類又較始祖鳥的適應力強。可為什麼比始祖鳥原始的爬行類和比始祖鳥更進化的鳥類現在都存活于世，而唯獨始祖鳥被淘汰了呢？推而廣之，在現今的地球，從最原始的病毒到最高級的人類，各種類型的動、植物都共存著，恰恰中間類型都沒有了；在現存的物種中沒有，在化石中也找不到。這是進化論違反常理之處。符合邏輯的解釋是，這些中間類型的生物也許根本沒有出現過。
分子生物學的證據
分子生物學的發展，使人們可以詳盡比較生物間的大分子的分子結構。基于進化時間與分子差異成正比的假設，提出了“分子鐘”的概念。然而，分子鐘並不支持進化的預期。潘伯滔博士說︰“從人類和猩猩中提煉出來的四十三種蛋白質被上述的核酸雜交法、免疫法測驗、電泳測度法和比較氨基酸排列的方法測量後，所得的結論乃是︰在同科(Family)不同屬(Genera)的種(Species)中，其遺傳距離比猩猩與人類之間的距離還大得多；而猩猩與人類乃是屬于兩個不同的科”21。錢錕博士也指出︰“可惜，除了在微進化上稍微能應用之外，分子時鐘反而使進化論者之間產生極大的矛盾。例如，蛙類形態相似，但蛙彼此之間巨分子的差異，竟然等于蛙類與多類哺乳動物之間的距離。細胞色素C(Cytochrome)是被人研究得最詳盡的蛋白。應用在廣進化上，發現細菌與魚類、昆蟲、植物、甚至與人幾乎等距；與進化的預期完全不符”22。
綜上所述，達爾文的自然選擇的假說與事實之間有很多矛盾。隨著時間的推移和研究的深入，這些矛盾變得更加尖銳而不可調和。詹腓力尖銳地指出︰“在此我要提出一個最基本的問題。既然達爾文主義有這麼多問題，進化論又缺乏更理論的構架來取代，為什麼我們不重估整個構架？科學家有什麼理由絕對確知所有的生物真是從唯一的簡單生物開始的呢”23?