初期经院哲学所贡献的，有神学上适切的讨论，诸如：原罪、基督论的问题、有关马利亚的教训、尤其澄清罗马天主教圣礼和教会等观念。在这时期，亦形成过两种剧烈的争论，即伯仁加尔与兰富南克两人之争和赎罪教理的争论。
第一节伯仁加尔与兰富南克之争（TheBerengar-LanfrancControversy）
1.拉波他斯的教训逐渐盛行。这时教会强调圣餐实在论的观念。但伯仁加尔却致力要改变教会的这种看法，结果他没有成功。
2.伯仁加尔的教训如下他认为圣餐的饼与酒仅是表明基督的身体与血而已。饼与酒仅是类似物、记号、象征和保证物。所谓实质上的改变，并不是送到手里，亦不是送到口里，乃是接受时在思想上的改变。圣餐的饼与酒仍然不变，仍保留着原来的实质与形状。不过，透过献为神圣，它们就有一种属灵的意义。通过我们的思想，我们便取得基督受苦与死亡的效果。依照他的看法，只有信能领受到基督的身体。他又说，基督的身体既然在天堂，他肉体的分子就不可能分开。亦不可能被分配在各个不同的圣餐中。伯氏注重各人亲自与基督交通的观念。因此，强调圣餐用的饼与酒之实质，并不改变。与基督联合是属乎内在的、属灵的。
3.伯仁加尔的教训曾引起多方的反对。主后一O五九年罗马天主教强迫伯仁加尔放弃他的主张，并要承认他们的化质说。因此，不久之后他就屈服于罗马天主教，但后来由于希勒得布兰(Hildebrand)的鼓励，他又恢复他原来的主张，就写了一本书，专论圣餐，并且成为他主要的著作。他以此书反驳兰富南克所着的「论主的身体与血」。有过几年，希勒得布兰是一直拥护伯仁加尔的。但当希勒得布兰自己成为教皇贵钩利第七时，希氏就不能再支持他了。结果于主后一O七九年伯氏就不得不再降服于罗马教会。
4.伯仁加尔的反对者解释了圣礼的新教理。诸神学家也都采纳主后一O五九年的告白书。因此化质说就成为教会正统的教训。化质说主张饼与酒真正改变为基督的身体与血，只有饼与酒附带的性质(包括颜色、味道、形状)仍然留着不变。但在每次圣餐中，历史上之基督的整个身体都临在其中，信徒与非信徒均领受到他。
5.基督无处不在的问题，在当时仍然未得解决。利治的亚尔加(AlgerofLiege)说：「由于神的无所不能，扩及到基督的身体，所以救主的身体能同时临到各处。」古德曼(Guitmund)亦强调说，在同一时间所举行的一千次弥撒中，所有圣餐用的饼与酒都包含有整体的基督在内。兰富南克也写道：「甚至连那不配领受圣餐者也领受到基督真正的身体。不过，非信徒仅领受到那圣餐的食品而已，却没有领受到拯救的能力。只有信徒在基督拯救的能力上领受到基督，并在属灵上与他交通。」以上是兰富南克对化质说所作的更进一步解释。在另一方面，伯仁加尔也有其跟随者。他们想要采取一种折衷的看法。他们说，基督的身体真正临在圣餐中。然而圣餐用的饼与酒没有改变。这种看法与合质说很相似。不过真正的合质说到宗教改革时期才产生。
第二节赎罪的教理
1.安瑟伦的看法
坎特伯里的安瑟伦是第一位提出一部完整赎罪教理的人。他拒绝基督的工作为一种付给魔鬼的赎价之观念。他为教会提供了一种新学说。
要了解安瑟伦思想的关键，就是要了解他对于神国的基本观念。他认为神就是世界的主与王。起初神创造天使，使天使住在他的国度里；天使堕落了以后，神便创造人，以弥补神所遭受的损失。但因亚当故意不顺服，并且犯罪破坏了神的目的，所以罪就存在于人的意念中。这样人便亏欠神的义，冒犯了神的尊严。神是公义的，他不能轻易怜悯，而赦免这罪。因为神若这样作，就会纷乱他自己的国度。所以就必须罚罪，或叫罪人偿债，以使神的公义得到满足。然而假若加予刑罚，人就要永远被定罪。这样一来，又会破坏神要拯救世人的那永远的计划，即为他国度所作的计划。因此，就必须另用得以满足的方法来补救。可是人怎样也不能提出适当的此类满足。因为人所能办到的，都不能达到同价数，以抵销人所犯的罪债。虽然如此，还是需要由人自己去补偿满足。因着这样的缘故，就需神的儿子道成肉身。因为只有亦神亦人的基督，才能代替我们付出那种满足。安瑟伦说：「真正的满足，是基督舍去他的生命。他没有义务这样作。因他无罪，不须要死。但基督自愿顺服，以至于死。因此他舍命的价值极大无比。由于这位无罪者乐意牺牲以至于死，神就要报偿他。可是神人却不须要任何的报偿。因圣父所有的，都是属于他的。所以他将所得的报偿，即他工作的果效，赐给凡须要他救恩的人，这些人是负有这种债务的人，不过，他还是称他们为弟兄」。在此，安瑟伦仅用理性来证明教理。不过，这却是他精华的著作。安氏的确明白这个问题。他清楚肯定基督的十架为得救的方法。他也向别人宣扬这个信息。他的思想根据德国人的公正原则或刑罚、或满足。可惜，安瑟伦的学说，也有些缺点。兹将其缺点陈述如下：
(1)他认识神与人之间的关系，仅是一种法庭上的关系，犹如君王与百姓间的关系一般。(2)论救赎则仅片面地根据于基督之死，而缺少提到基督的爱。(3)对于基督积极顺服的生活与基督之死的关系也没有交代清楚的说明。(4)更没有清楚陈述基督工作的益处如何转移给信徒。(5)也没有明确提出神对于罪人的态度之改变。
2.亚伯拉德对赎罪的看法
亚氏在其罗马书注释里，也提到赎罪的教理。他也否定那将赎价付给魔鬼的看法。亚氏说，基督的出世、受苦和死亡，都显明了他对人类的一种无比之爱。再者，在基督里、神的爱彰显出来。基督取了我们的本性，为要做我们的夫子及榜样、并为我们忠心至死。神的爱唤醒我们，叫我们也有爱。我们藉着信心，便能在神的慈爱里与基督联合。这是一种不可分离的爱。因此那唤醒我们的基督之爱，便是赦罪的根基。当基督在我们心中推动爱心的工作时，我们便从罪恶与惧怕当中获得释放。然而亚氏也犯了另一方面的错误。其错误刚好与安氏所犯的错误相反。亚氏的学说太主观，而且不强调真正满足上帝的要求，和挽回祭的思想。亚氏的思想全然忽略教会对原罪之教训。
3.伯尔拿的看法
克勒窝的伯尔拿最反对亚伯拉德的看法。伯尔拿也强调须要效法基督的爱，至使我们能被激发而生出一种应答之爱。不过，亚伯拉德的教训并没有为耶稣的血与他的十架留余地；这是他被人抨击的所在。再者，令人不可思议的，就是亚氏看基督仅是一位教师。亚氏说，既然不是亚当的坏榜样使我们成为罪人，那么耶稣的好榜样也不足于救赎我们。伯尔拿强调基督是第二亚当，是新属灵族类的元首。他代替我们受苦，并为我们完成救赎的工作。