很多人听到黑暗时代这名词，便立刻联想到教会在中古时期的腐败、黑暗。其实这是一种误解，黑暗时代是指在五世纪开始到九世纪初神圣罗马帝国成立这段时期，这段时期正是罗马帝国全面崩溃的时期，在文化上也是一段黑暗混乱的日子，故称为黑暗时代。
君士坦丁大帝登位后，他立刻将罗马帝国的首都从罗马城迁到接近小亚细亚的君士坦丁堡，以罗马帝国的东部作为统治的重心。在政治上这显然是一重大错误。经他一迁都，罗马帝国西部便开始衰落，军事实力大大削弱，使现在欧洲的蛮夷及北非的蛮夷可以乘虚而入，蹂躏意大利、西班牙等地。再加上君士坦丁大帝死后，他三位儿子将帝国瓜分，时常手足相残，使罗马帝国的军事力量分散，并且彼此消耗，罗马军队便从此一蹶不振。
主后四百一十年，罗马帝国衰亡的征兆终于出现。哥特人从北而下，如入无人之境，最后攻入罗马城，大事屠杀、劫掠、破坏并焚烧罗马城。消息传出，整个罗马帝国的人都震惊不已，看为世界末日的征兆。当时在伯利恒忙于写以西结书注释的教父耶柔米(Jerome，347～420A．D．)听到此项消息，焦虑得不能继续工作，他相信敌基督将会出现，他悲戚的说：「世界恐怕快要毁灭了。这伟大的城都，罗马帝国的首都，意付诸一炬……谁会料到，一度征服世界的罗马帝国的基石，竟会如此袁亡……。」从耶柔米这几句话，我们可以看到当时的人是多么的震惊。然而，这只是开始而已。主后四百五十年，罗马城再度被攻陷，而不久，整个罗马帝国的西部－－意大利、北非、西班牙，现时的德国与法国境，几乎完全陷入蛮族手中。那些蛮夷人四出抢掠、屠杀，弄得民不聊主，而罗马皇帝也无力照顾他们。
这样一来，社会、文化处于混乱的状态中，教会所负的责任便越来越重了。在罗马城被焚后，罗马的主教领导信徒，用教会的资源重建罗马城，并照顾那些受兵乱所害的人。罗马皇帝无暇西顾，治理西部的责任也渐渐落在罗马主教的手中。例如主后四百七十五年，蛮族围困罗马城，主教便要出城与蛮族和谈，愿意打开城门让他们劫掠，只是要求他们不可伤人及纵火。于是罗马的主教不单是西方的属灵领袖，也同时成了政治领袖，带领教会在动荡和混乱的局面中，保存一些基本的社会、经济秩序。
在另一方面，由于蛮族经常入侵，不少农庄受到蹂躏，农夫不是死亡，便是逃掉，于是很多农庄都荒废了，而当时农耕技术也因此失传。就在这时候，修道院的修士便负起农耕和保存农耕技术的责任。同时，很多文化的遗产、著作也在这时候散失，文化创作活动几乎停顿。要不是修士们保存那些文化遗产，并继续维持文化创造与教育工作，恐怕拉丁文化会在这时期衰落而消失，而欧洲文化的发展，便大受影响。所以，从教会对欧洲文化的贡献来说，这黑暗时代其实是教会参与文化创建相当光明的时代。
教会一方面尽力创建文化事业，一方面却不忘向蛮族传福音。这时期也是西方教会扩展最快的时期。从第五世纪开始，教会便积极地差派传教士到意大利以北及以西的地区传福音，到主后七百年左右，除了瑞典、丹麦、挪威及俄国以外，几乎整个欧洲都已归化基督。
正当西方教会不断扩展的时候，东方的教会，即是希腊小亚细亚、巴勒斯坦及以东的教会却日渐萎缩。东方教会在外面充满危机的时刻，没有面对挑战，肩负起责任，反而过份内顾，为永无休止的神学争论消耗精力，不单荒弃了宣教的责任，更令教会**，使教会受到严重的伤害。这时期的神学争论集中在基督到底有一个意志抑或两个意志，在此之俭便集中在是否应敬拜图像的争论上。
东方的教会不单受到内部**的困扰，外来的挑战更大了。主后六百三十年左右，穆罕默德率领信众攻入麦加，回教便从此兴盛，不到几十年更席卷巴勒斯坦，北非、小亚细亚、希腊，更有直捣欧洲之势。于是几乎整个东罗马帝国都落在回教的手中，这地区大部份的信徒在生命的威胁下，改奉回教，而教会仅残留于君士坦丁堡一带及零星不同的地区存在。这情景真令人心痛。在东方教会的经历中，我们学到一个功课，就是过于内顾和过份看重神学思辩而忽略宣教使命的教会，一定是缺乏活力和感染力的教会。穆罕默德便是看到教会的**，抽象的神学概念及对图像的崇拜，因而拒绝基督教，并且对教会有极深的成见，以消灭教会为己任。
与东方教会相对比起来，西方教会便显得强大，亦因这缘故，西方教会成了日后基督教的主流，而东方教会的影响力，几乎等于零。所谓西方教会，亦即是我们所熟悉的罗马天主教了。罗马天主教的兴起，便是在这时期。
正如前面说过，罗马的主教不单是教会在西方的属灵领袖，也同时领导罗马人巩固西罗马帝国，因此在政治上也有相当的地位。政治的权力与属灵权柄的结合就是这样渐渐形成。罗马主教的影响，不单限于意大利的教区，因为往欧洲宣教的传教士都是受罗马主教差派的，故欧洲成立的教会都以罗马教会为母会，视罗马主教为他们的属灵领袖。这样一来，罗马主教的权力便西达英国，北至北欧的教会。再加上过往三百年中，东方教会因神学争论，常要罗马主教出面调停，而罗马主教的神学观点往往举足轻重，决定争论者谁胜谁败，因此，罗马主教便有一种超然的地位。这些因素结合在一起，便形成罗马教皇的兴起。教皇一字其实是指父亲，也是平信徒对主教的称呼；但渐渐，教皇这名词不再是指主教那么简单，而是指众主教之父。其实在东方教会，主教之上，也有主教长。从教会的组织上来看，东方的主教长基本上与西方的教皇是同等地位的，但由于七世纪末东方教会极度委缩，东方主教长与庞大的西方教会的教皇相比，其影响力以至地位的对比，真是相差得太远了，故此，西方教会的教皇便日渐看重自己的位置，进一步更看自己为整个大公教会的最高领袖。
教皇的兴起，很有效地在精神和政治上统一了西罗马帝国，然而，日后所造成的问题也非常复杂，在西元九世纪以后，教皇的腐败，对教会造成的伤害，真是无法估计。下一章，我们将介绍教皇皇权的兴衰。