圣灵的运行有几样是特别显著的，圣经也给以特别的名称，都是圣灵非常重要的工作，应当认识和追求得着。人常对此有错误的解释和经历，虽然经历和讲解能有所不同，但基本的真理和原则不能彼此冲突、互相抵触。我们还要以圣经的教导为依据，并参照圣徒的经历，盼望不至陷入异端和混乱之中。
一、圣灵的居所
旧约时期虽然也与人同在（创41：38；民27：18；但4：8、18，5：11、4），但不是固定的和永久的，因为可能离开和收回（创6：3；撒上16：14；士16：20；诗51：11）。但新约因主耶稣的祈求，神所赐的保惠师，却不再离开，乃永远同在直到得赎的日子（约14：16；弗4：30）。这是指着圣灵在人信而归主的时候来住在人里面说的（约16：17，林前6：19，约壹2：27；林后1：27）。这是应当在信的时候就得到的。（徒2：38，19：2；加3：2、14，4：6；弗1：13）
如果一个人没有基督的灵，他就不是属基督的（罗8：9、11）。凡是神的儿女，必有神儿子的灵进入他的心，叫他呼叫阿爸、父。这样，圣灵才能和我们的灵同证我们是神的儿女（加4：6；罗8：14－16）。凡没有圣灵的人，就不是重生得救的人。可能因为他们没有真的悔改和相信。真正的信仰是信耶稣是基督，是神的儿子，信神叫他从死里复活（约20：31；罗10：9）。那也就是相信纯正的福音，即基督照圣经所说为我们的罪死了，而且埋葬了，又照圣经所说第三天复活了（林前15：1－4）。真为赦罪而信，接受耶稣为救主，就必定要悔改和受洗（路24：47；徒2：38，3：19，5：31，8：12，11：18，16：31－34，17：30，20：21）。没有悔改的心不能得到赦免，受洗是相信的具体表示。这与受圣灵都有关系（徒19：2－3、5－6）。可能当时未得机会，也要补受洗（徒10：44－48）。可能许多称为基督徒的却未真悔改相信，所以尚未得到圣灵。
基督应许保惠师来住在门徒的心中（约14：16）。当主复活的那天，他向门徒吹气，叫他们受圣灵，就应验了主的应许。这关系他们生命的改变，从此他们再没有纷争，而能同心祷告（徒1：14）。直到五旬节得到父所应许的圣灵的浇灌。这是浇灌在他们身上，与圣灵居住在他们里面有所不同。“里面”是为得生命，“外面”是为得能力。路加与约翰都讲到圣灵的工作。路加讲到“外面”的能力，约翰讲到“里面”的生命。许多人只注重外面圣灵显著的工作，只追求圣灵的浇灌、恩赐、能力等，而不注重圣灵在人里面的运行是不行的。因为圣灵与信徒同在。主要的要在人的里面（约14：16－17）。圣灵的感动、引导、光照、启示等都是神在我们心里运行（腓2：13；帖后3：5；加1：15；弗1：17－18）。恩膏的教训也是在我们心里（约壹2：27）。有人盼望肉体的耳朵从外面听见声音是不对的，那顶容易陷入欺骗和错误之中。乃是我们里面有圣灵的感动和指教，有时如同说话一样，很清楚。有时只是一种感觉叫我们明白圣灵的意思。如果只注重外面一时圣灵的显现，而忽略里面经常圣灵的工作，这样，灵性得不到更深造就，生命也不会更丰盛的。让我们的灵和住在里面的圣灵深深地结合，并让圣灵从我们身上彰显出来。
二、圣灵的浇灌
神在旧约曾应许将他的灵浇灌下来（赛32：15，44：3；结39：29；亚12：10；箴1：23）。在五旬节的时候，按彼得的讲解，是得到了应验（徒2：15－21、33），末后的日子，还要在以色列人身上得到应验。这里所提到的浇灌是指着如降雨一样，圣灵从上面倾倒下来，是同时遍地临到许多人，除了在五旬节和末后的日子，犹如秋雨春雨的大浇灌以外，还能有时雨，指在不同的时候，浇灌不同的人。教会历史上曾有多次看到圣灵的浇灌。在一个时期先从一个地方，以后延到别的地方，同时很多人得到圣灵的浇灌。教会得到大复兴，许多罪人悔改，大有能力地为主作见证。圣灵浇灌的地方犹如诗篇65篇所说的，属灵光景大大改变。（诗65：8－13）
在圣灵大浇灌的时期中各人得到浇灌非常容易（徒10：44；多3：6；罗5：5）。得到的人如同浇灌的园子一样，又像水流不绝的泉源。不但得到滋润，也能结果不止（赛58：11；耶31：12）。在我们这个时代，不但有神的应许，教会工人和信徒都有极大的需要来得到圣灵的浇灌，千万的罪人需要悔改，很多的信徒心灵枯干，多少的传道人没有能力，教会的光景更是荒凉可怜。只有圣灵的浇灌能解决这一切问题。其他方法，组织活动，连各种的聚会讲道都无用。没有圣灵的浇灌，一切土地是干的，不能生长（申11：14）。人的心是硬的，不肯悔改，再下功夫劳力也无果效。
若要得圣灵的浇灌，必须有同心恳切的祷告（徒1：14；亚10：1；雅5：18；何10：12）。这种祷告，常是由于心中有很大负担的人，有共同的心愿，聚在一起向神倾心吐意。有时要禁食，等候多日，将全心全力全人都摆上，祈祷直到听见大雨的响声。但有谁肯这样付代价恳切地祷告呢？今天所需要的，就是求神兴起祷告的人来。传道的人还不算少，但肯献身为祷告的实在不多。所以教会是凄凉的，信徒是干渴的，结果是稀少的，见证是软弱的，然而到了神的灵要浇灌凡有血气的时候，圣灵的工作无人能拦阻。正如在天上，地下要显出奇事，有血、有灵、有烟柱一样。在地上也必有圣灵浇灌的现象。
圣灵的大浇灌的结果是使人外面被圣灵浸透，里面被圣灵充满，与灵界发生了密切关系，儿女们要说预言，少年人要作异梦，老年人要见异象（珥2：28－31）。不过也有假的异梦异象不可都信（徒5：7；申13：1、5；耶23：25、27，29：8；亚10：2；赛29：7；耶14：14，23：16；哀2：14；结13：7、9、22；弥3：6；亚13：4）。我们从圣经见到约瑟、但以理、彼得、保罗等并不是常有异象、异梦，一生不过几次。那些时常作梦、见象的、多半是不可靠的。而且用以代替圣经真理，随便指示别人该作什么，都是不对的。但愿追求圣灵浇灌的，不要陷入错误、假冒之中，不要被迷惑、受欺骗。有人以为得到了圣灵的浇灌，大哭、大笑不止，或每逢祷告就要大哭、大笑、是很有问题的，有的更狂欢跳舞，以及其他没有节制，不合圣徒体统的混乱现象，都不合真理。因为神不是叫人混乱，乃是叫人安静（林前14：32－33；加5：23）。人以得到圣灵总是喜乐的，却没有想到也可能是心中甚苦，灵性忿激，忱闷而坐，哑口无言的。（结3：14－15、26）
三、圣灵的洗
施洗约翰曾说到，基督“要用圣灵与火给你们施洗”（太3：1；可1：8；路3：16；约1：33）。主耶稣在升天前对门徒说。“要等候父所应许的……不多几日，你们要受圣灵的洗。”（徒1：4－5）这显然应验在五旬节的时候，这时门徒都聚集在一处。“忽然从天上有大响声下来，好像一阵大风吹过，充满了他们所坐的屋子，又有舌头如火焰显现出来，分开落在他们头上，他们就都被圣灵充满。”（徒2：2－4）
在主耶稣复活的那天晚上，和门徒在一起的时候，他曾向他们吹了一口气说：“你们受圣灵。”（约12：22）那不能说只是一个表号，而无实际。应当认为那天门徒是受了圣灵，可是却没有受圣灵的洗，那是要等候到五旬节应验的，所以复活那天所受的，乃是圣灵住在里面，如同气一样，是生命之气，关乎在重生方面，如彼得书上说，借着基督耶稣从死里复活。重生了我们（彼前1：3）。也没有说那天门徒外面有什么现象和大的改变，好像外面并无人知道，未引人注意。
但在五旬节时，门徒在受了圣灵的洗，那时有大风吹过，有火焰舌落在他们头上，他们如同浸在圣灵里，被圣灵所包围，也彼圣灵充满，圣灵的洗，不是指圣灵进入人的里面，而是临到人的身上，是人进入圣灵里，像被圣灵洗过一样的，目的是叫人活在圣灵里。
再一次提到圣灵的洗，是在哥尼流家里的事。当彼得讲道时，圣灵降在一切听道的人身上，同来的人都看见圣灵的恩赐也浇在外邦人身上，因听见他们说方言称赞神为大（徒10：44－46）。这次的经历，彼得说是一次圣灵的洗（徒15：16），他想起主的话说：“你们要受圣灵的洗”，是指升天前主的话（徒1：5），应验的五旬节。这样可以看出圣灵的洗乃是圣灵降在身上，别人可以察觉的，可能同时得到圣灵的恩赐。
又一处提到圣灵的洗，是说，我们“都从一位圣灵受洗，成了一个身体，饮于一位圣灵”（林前12：13；弗4：5）。这一处圣经，上文讲到圣灵的各种恩赐，下文讲到肢体的相互功用，中间提到受圣灵的洗，才成为一个身体，得到不同恩赐，发挥肢体的功用。对于有的教会，有的人是对的，也应当如此。可是对在撒玛利亚和以弗所的信徒就不是在这时，他们是在信主以后才得到的。（徒8：12、16，19：2、5－6）
受圣灵的洗现在不像五旬节前需要等候一定的日子，只要真正悔改，奉主的名受洗，罪得赦免，就可以得到（徒2：15－17，9：17，19：6）。按手是代表基督的施洗和教会的交通。但并非是绝对的，因五旬节和在哥尼流家中就没有人按手，是主自己和圣灵直接作的。至于为人按手的人，必须是主所拣选打发的人，自己应先有圣灵的充满和能力，才可分给别人（徒8：14，9：17；罗1：11）。急促为人按手是要避免的（提前5：22）。但有圣灵的同在，却借着按手能医治病人，分给恩赐，使人蒙福。（申34：9；可10：16，6：5，16：18；徒6：6，8：17；提前4：14；提后1：6）
四、圣灵充满
每一个信徒都有圣灵在里面，但不一定都被圣灵充满了（弗5：18）。每一个受圣灵的信徒，也不一定同时都被圣灵充满。虽然在五旬节的时候是如此（徒1：5，2：4）。在哥尼流家中，是提到圣灵降在他们身上，是受了圣灵的洗，却未说他们被圣灵充满（徒10：44，11：16）。一般说来，在受圣灵的同时，可以被圣灵充满，但非一定如此。圣灵的洗是一次，圣灵充满可能多次。就如彼得、司提反和保罗都曾多次被圣灵充满（徒2：4，4：8，6：3，7：55，9：17，13：9）。却未提一个人多次受圣灵的洗。我们是要浸于一位圣灵，也要饮于一位圣灵（林前12：13）。浸不能代替饮，饮也不等于浸。
圣灵充满是从里面充满到外面，与信徒属灵的生命和工作都有关系。圣灵充满使人有智慧、信心、喜乐、能力、恩赐为主作见证（徒2：4，4：8、31，6：5、10，11：24，13：52）。有时也看到异象，说预言行神迹（路1：67；徒7：55，13：9－11）。但圣灵充满最重要和经常的表现和标志是生命大有改变，软弱变为刚强，不义成为圣洁，失败转为得胜，并结出圣灵的果子来。生活上有了新的内容，不再是世俗的交往，肉体的娱乐，而是用诗章、颂词、灵歌、彼此对说，口唱心和的赞美主（弗5：18－20；西3：16－17），并且越过越被那充满万有者所充满，且流出活水江河，使别人也得到满足。要得到圣灵充满有几个步骤和条件，虽然不是绝对的，但多半是必要的。
（一）渴了（约6：37）：肉体情欲的渴，盼望从世界得到满足，那不是属灵的饥渴，但当人心灵感到渴了的时候，才会到主的面前来，寻求活水，那只有圣灵才能解人灵里的饥渴，渴的越深、得着就越近了。
（二）祈求：一切属灵的恩典和好处都是从祈求来的，因为祈求的就得着，得不着是因为不求（太7：7；雅4：2）。主耶稣说：“何况天父岂不更将圣灵赐给求他的人么。”（路11：13）“你要大大张口，我就给你充满。”（诗81：10）正如以利沙所求的，就得着了。（王下2：9）
（三）倒空：彻底认罪悔改，除去一切污秽不义，是绝对必须的。器皿里盛满了许多别的东西，圣灵不能充满，应当预备空器皿来盛油（王下4：3），倒空的越彻底，充满就越丰富。
（四）奉献：求圣灵充满的目的，不是要利用圣灵，乃是要被圣灵使用，目的不对是不行的，所以必须有一颗奉献的心，将自己完全放在祭坛上（罗12：1）。经过各各他，才到五旬节。先经约但河，才看到灵鸽降临，灵感加倍多。
（五）顺从：神要将圣灵赐给顺从他的人（徒5：32），可能先有所要求，指示和命令，也可能神要剥夺，打击倒空，看是否甘心顺服，若肯甘心顺从，就能得到圣灵充满。
（六）等候：五旬节前，门徒有一段等候时期（路24：49；徒1：4－5、12－14），今天不需等候一个特别的日子，但在神面前却应当有一个等候的态度。为着预备我们的心，等多少时候不一定，神看为够了，就必赐下圣灵来。
（七）相信：所有的祷告都需要有信心，主耶稣说，信他的人要受圣灵（约7：37－38）。不要以为神不愿赐给，圣灵不肯充满，乃当相信神愿意赐给，圣灵也必要充满我们，用信心等候接受。
我们不是只求一次一时被圣灵充满，乃是要多次，时时被圣灵充满，要作一个被圣灵充满的人。
五、圣灵的恩赐
在圣灵的洗和圣灵充满的同时，也能得到圣灵的恩赐，但并不是一定的。一般说来，圣灵不会空手来临，总要带给恩赐同来分赐给人，所给的恩赐不是同样的。因为恩赐原有分别，而且是圣灵随已意分给各人的（林前12：4－11）。这里提到圣灵的九样恩赐，多指特异的恩赐，就如智慧的言语和知识的言语、信心和医病的恩赐，行异能和先知，辨别诸灵和说方言以及翻方言。
这些恩赐可以求，但不可强求，其中更要羡慕的是作先知讲道，比起说方言更能造就教会。所以保罗在教会中宁可用悟性说五句教导人的话，强如说万句方言（林前14：1－19）。说方言乃列为末后的恩赐。而且也不都是说方言的（林前12：10、28－29）。即或能说万人方言，并天使的话语，却没有爱，不过如鸣的锣，响的跋一般（林前13：1）。有恩赐并不代表一个人就是灵性高尚，生命丰盛。就如哥林多信徒虽然口才、知识都全备，在恩赐上没有一样不及人的，然而保罗却不能将他们当作属灵的，只得把他们当作属肉体的，在基督里为婴孩的。（林前1：5、7，3：1）
有人在受圣灵洗或首次被圣灵充满时得到某种恩赐，可能以后圣灵充满失去了，而恩赐却仍保留。巴兰是坠落的先知，参孙是失败的士师，可能还保留一个时候原有的恩赐和能力（虽然最后是完全失去了）。在新约里，主耶稣曾提到将来有许多人对主说。“主啊，主啊，我们不是奉你的名传道，你的名赶鬼，奉你的名行许多异能么。”主却不承认他们，称他们为作恶的（太7：22－23）。所以不能从一个人是否有恩赐来断定一个人的属灵生命和与主的关系。
恩赐像受圣灵的洗一样，可能是由使徒和长老按手而得（徒8：17，9：17，19：6；提前4：14），也可能圣灵直接赐给（徒2：4，10：44、46），按手是代表基督和教会将恩赐分给肢体。圣灵也可以直接分给人。圣灵的恩赐和神的别样恩赐都是为主作见证，并为造就教会，供应肢体的需要（来2：4；林前12：27－28，14：5、12、22；弗7－12）。若没有恩赐，不能对教会有所供应，不能尽肢体的功用。但要紧的是连于元首，才能大得长进。（弗4：15－16；西2：19）
恩赐可能衰落，甚至完全失去，因此须常挑旺（提后1：6；来6：4－6）。恩赐虽然各人所得不同，也可能一人有多样恩赐，如彼得一样。他有方言的恩赐，先知讲道的恩赐，有信心和医病的恩赐，有行异能和辨别诸灵的恩赐（徒2：4、14－36，3：7，4：8－12，5：15）。保罗也是恩赐很丰富（罗1：11，15：29；林前14：18；林后12：12）。但约翰和亚波罗等未提及他们的恩赐有多种。如约翰一件神迹没有行过，但却是先知中最大的（约10：41；路7：26）。路加为主所重用却很隐藏。那些以恩赐夸耀，自高是愚昧的，有什么不是领受的呢？（林前4：6－7）夸口的应当指着主夸口（林前1：31；耶9：23－24），我们只能说，自己是无用的仆人（路16：10）。应当像保罗所说：“我今日成了何等人，是蒙神的恩才成的。”（林前15：10）
六、圣灵的启示
在圣灵显著的运行和工作中，启示也是一个重要的方面，因为有许多灵界的事和神的奥秘，以及未来的事都是人所无法知道的，所以需要圣灵的启示，好像将幕拉开，使人看到背后的事一样。旧约的先知是得到启示的人，能预言到将来的事，传讲神的救恩和基督的来临（彼前1：10－12）。西面得到圣灵的启示知道自己未死前，必看见神所立的基督（路2：26）。新约的使徒和先知都是得到特别启示才能知道福音的奥秘，和神的永远计划（弗3：3－11）。这些事无人能知道，只有圣灵能显明，因为圣灵能参透万事，就是神深奥的事也参透了。（林前2：7－12）
保罗说他所传的福音是从耶稣基督启示的，不是从人领受或教导的。最大和最中心的启示就是启示神的儿子基督。他深深的得到了、领会了、认识了（加1：11、12、15）。所以，他所传的有权威和把握，如果有人传的与他所传的不同要受咒诅（加1：8－9）。他曾被提到三层天上去得到启示（林后12：1－4、7）。他有重大的行动，也是要受到启示的（加2：2）。不但保罗讲道时有启示，其他圣徒也可以得到圣灵的启示（林前14：6、26、30）。我们都可以求神将那赐人智慧和启示的灵赏给我们，使我们真知道他（弗1：17）。不过我们一般信徒所得的启示不能越过基督和信徒的教训和圣经所记载的（约贰9节；彼后2：2；犹3、17节；林前4：6）。因为启示录是耶稣基督的最后启示。警告说不可再加添或删减（启1：1，22：18－19）。
旧约时曾有些假先知自称得了神的默示，其实不是出于神（耶5：31，14：14，23：25－26，27：10）。新约也有假使徒，假先知，假师傅（太7：14，24：11；林后11：13；启2：2；约壹4：1；彼后2：1），起来迷惑人，决不可轻信他们，虽能行神迹奇事一，也不足为凭（申13：1－3；太24：24）。
有人自称先知，得到了启示，常是异端错谬的根源，可能是他们自己也受了欺骗，也可能是故意欺骗人，他们创造新宗派，立侥沐，也有不少人跟从，但侥沐不合圣经，行为羞辱主名，凭着他们的果子，可以认出他们来（太7：20）。新约时代也不该有人代替神，指示神对个人的旨意。可以提出劝勉或指明有何事发生。但不能勉强人听从，各人须直接领受神的旨意，自己作出决定（罗14：6，林前16：13）。有的人喜欢作别人的先知，随便指示别人当作的事是不对的。因为新约的特点是律法放在人里面，不用别人教导说，你该认识主。因为从最小的至最大的都必认识神。（来8：10－1l；约17：3）
圣灵的启示并不是常有的，每一次的启示都是关系重大，非常清楚是出于神，内容必须完全合乎圣经真理。在得到启示之后，可能要受到撒但的攻击，像保罗似的。有一根刺加在他的肉体上，免得过于自高（林后12：1、7－8），人愿意得启示,却不愿意有一根刺。但这是一种属灵的平衡，必须有所认识。为了得着启示，有时须要付代价的，就如但以理为明白异象，曾祷告、禁食、悲伤受苦（但1：8，2：18，7：15－16，8：15、17、27，9：3、20－21，10：2、16－17）约翰也曾被放逐在拔摩海岛上，在孤单、受难的时候，看见天开，得着有关末后主再来的启示。（启1：1、9）
圣灵最初中心和最后的启示，都是基督，叫我们将万事看作有损的，唯独以认识基督为至宝（腓3：8）。别的异象都消失了一幕一幕地都过去了。惟有剩下主在眼前，真是在天除他以外，还有谁呢？在地除他以外，也没有所爱慕。（诗73：25）
七、圣灵的果子
我们每一个信主的人就是圣灵所结的果子（罗8：23；雅1：18），另外，圣灵也要在我们身上结出果子来，这不是圣灵直接显出来的，乃是借着人所彰显的。然而却是很具体、明显、能为人所看见的，因为只有当顺从圣灵和被圣灵充满才能结出这丰满、成熟全备的果子来。所以称为圣灵的果子。没有圣灵的运行和工作是结不出来的，而且不是一下子就结出来的，是人常与圣灵联合和交通的结果。好像葡萄树的枝子与葡萄树的关系一样，枝子若不常在树上就不能结果子，不常在主里面的也不能结出圣灵的果子来，结果不是方法问题，乃是生命问题，什么树结什么果。（太12：33）
圣灵的果子像圣灵的恩赐也有九样。不过圣灵的恩赐是九样各自不同，可以分开不同的人身上。但圣灵的果子却是在一棵树上所结的，果子用单数字，表明是互相联系，彼此一致的。虽然可以在不同的人身上，某种果更为显著，但不会只有一样果而其他完全没有。圣灵的九样果子，就是仁爱、喜乐、和平、忍耐、恩慈、良善、信实、温柔、节制。（加5：22－23；弗5：9；雅3：17－18）
圣灵的头一个果子是仁爱。圣灵是有爱的（罗15：30；西1：8）。因为神就是爱，他也命令我们彼此相爱，可是人自己却没有爱，就是有爱，也是低级的，有条件的，自私的，有目的的，惟独从圣灵来的爱才是神那样的爱。（林前13：4－8）
喜乐是圣灵同在很重要的标记（徒13：52；罗14：17；帖前1：6）。这喜乐不是一时的高兴快乐，由外界、肉体的感受而引起的，乃是圣灵在里面运行的结果，由于有属天的盼望，和主爱的激励和信心的效果而大有喜乐（彼前1：6－8）。甚至在患难，试炼之中也能喜乐（雅1：2；彼前4：13），因为里面有喜乐的泉源。
和平，或作平安，不仅与人和睦，而是内心有平安。这是体贴圣灵的结果（罗8：6）。一般人可能有外面的稳妥、环境的顺利，然而内心却没有平安，里面犹如波浪翻腾、情感起伏不定，心思烦乱不宁。但圣灵在里面工作的效果，是将基督的平安放在我们心里，并作主统治。（约14：27，16：33）
忍耐，不是强忍压抑，乃是甘心忍受，顺服神的旨意，任凭人的苦待。（彼后3：15；帖后3：5）
恩慈是神所特有的（出33：19；亚9：17；罗2：4）。人的恩慈是很少而苛刻的，但圣灵在人心中充满时，人就有神的恩慈流出来了。良善，也只有神是（诗86：5；可10：18）。圣灵能除去我们一切邪恶、不义，使心中有良善。
信实，温柔和节制都是圣灵的果子。没有节制、表明圣灵在里面作的工作不深、不透。人肉体的力量还是很强，没有节制的人，都不是圣灵所结的果子。
让圣灵在我们身上结出果子来，必须先治死肉体，因为两者一直在那里相争。如同好种撒在荆棘里是被挤住，结不出果子来的。为此，在加拉太书几次提到与主同钉十字架的问题（加2：20，5：24，6：19）。倘若随从肉体及其情欲，自然结出肉体的果子（加5：19－21）。天然的生命不能结出圣灵的果子，主耶稣说：“一粒麦子不落在地里死了，仍旧是一粒，若是死了，就结出许多粒来。”（约12：24）必须先向下扎根，才能向上结果（王下19：30）。必须在主的死里深深扎根，将自己死透了，死绝了，同时也要在他的复活里深深的扎根，与他同活，以他为生命，完全被他所熔化，与他联合成一灵（罗6：5；腓3：10；西3：3－4；林前6：17）。这样才能多结果子荣耀神，并使果子长存。