慈運理的著作包括若干對自己信仰的說明，其中最重要的一部為《對真假的宗教的評議》(CommentaryonTrueandFalseReligion)(一五二五年)。這部書是應意大利及法國友人的要求而寫的，並以之呈獻給法王法蘭西斯一世(當時慈運理希望爭取法王對改教運動的同情)。繼拉丁文原作之後有德文版問世。這部書在它的廣泛性，深度及能力方面雖不能與加爾文的《基督教要義》一書相比，但不失為一部內容豐富的作品。在他向法王的致詞中，他的語氣是坦率和大膽的。他攻擊當時一般人對教皇的崇拜，恰如可憎惡的偶像崇拜；他暴露政府的錯誤，由于這些錯誤，“人民因君王的罪而受鞭打”，並成為教牧界貪婪之食物。“全世界如此腐敗、墮落、及無恥，絕對需要改革。”他鄙視那些所爾波恩學院(Sorbonne)的神學家們之以一些哲學的渣滓來代替聖道；他警告國王別以為可以因政治和平的目的而**福音的宣傳。
慈運理認為“真”的宗教是那出乎聖經的，“假”的宗教是稚弱心靈的迷信及盲從。上帝和人在宗教之中相見，但亞當卻因罪而羞恥，藏匿起來，不能追求恩典。人自己背離上帝，但上帝在“不可言說的恩典中”召人得救。“上帝使人認識自己，使他知道自己的悖逆、不忠、及愚拙”，好象亞當所行的一般。在慈運理的思想中，上帝是發動者，他譴責那些因為不知道人性之腐敗，不知道依靠自己功績之無望，因此“不願意接受再生之道”的神學家們。基督之被差遣到人間來，是“代表及中保”，是要恢復那些因亞當犯罪而被遺棄者的地位的第二亞當。第一亞當想做上帝，第二亞當處在微賤的人的地位上，要導引他們歸回于上帝。在他討論罪與恩典的著作中，他駁斥那些為著擔心人們松馳了善工因而不承認基督贖回一切凡信他者的罪的人︰
基督教的信仰是信徒靈魂上的一種感覺，正如健康之于人身。人人都能辨明它是好是壞。一個基督徒因罪的重壓而有悲慘的感覺，在另一方面，當他知道在基督里面可得醫治，他的感覺又是何等愉快。那些素來健康的人，對于健康的重視，往往不如那些久歷病痛者所感覺的那麼深刻。同樣，那些不覺靈魂有病的人，對基督的珍重，不如那些有此感覺且因此感受痛苦的人。我們既然不深知自己的底細(因為我們不知道自己的病癥及其嚴重性)，我們就不了解基督是我們得救的途徑，而他本身是無價之寶。但如果我們曾經因自己的疾病而有苦痛的經驗，就是說，如果我們真的知道自己，知道自己正象是下賤污穢的牲畜，卻在人前裝作偉大、高貴、正直、神聖；是怎樣地把自己完全交給邪惡的欲念，無論在何事上都讓情欲牽引我們……如果我們能夠感覺到我們自己的污穢殘疾，且深受痛苦，那麼，當醫生解除了我們的疾病以後，我們決不至于要說︰“我願再有疾病”，就是說“我願再入罪中”。一個跌斷了腿而找到了好醫生替他治好的人，不至于對自己說︰“你的運道不錯，能夠找到好醫生，那麼盡可放心常常跌斷你的腿，因為那醫生什麼都能治療。”他的一生，無論到什麼地方去，在什麼地方走路，必小心謹慎，不再跌斷自己的腿，因為他知道要治好一條跌斷了的腿是多麼痛苦的一回事，整個月躺在床上是何等的不舒服。同樣，當听到說基督已為眾人贖罪，便歡呼著說“我們可再犯罪，因為基督白白地赦免了一切的罪”的人，是未曾感覺到罪的痛苦。因為如果他們曾有此感覺，他們必盡力所能及，小心謹慎，不再陷入罪中。
本書中關于教會問題的討論大半已在一五二四年分別出版的《答恩麥撒為彌撒祭辯護》(ReplytoJeromeEmer-sDefenseoftheMass)一書中發表。一五二三年在區利赫的第一次辯論中，慈運理曾喻教會為“基督無瑕疵的配偶，為上帝的靈所統治培養。”可是現在他抗議基督徒間的小數分子(修道士們)之應用“教會”這一名詞，這些人實際上是在“用盡方法要摧毀教會。”在給恩麥撒的答辯中，慈運理提出會眾(congregation)或群眾(assemblage)在希伯來文及七十譯本(Septuagint)上的意義，他說︰“從新約聖經我們知道教會(ecclesia)這一字適用在凡奉基督的名並在基督徒的團體中生活來往的人身上，包括那些並不十分虔信的。”又說︰“從這里我們知道那承認自己為信實的全體信徒是被稱為誠信之民——一教會，但尚未能稱為完全的教會，因為它有許多缺點，而這些缺點有的是基督所寬容的。”與這種有缺點，有形的，在名義上稱為信徒的團體對立的，慈運理認為有“第二種教會”，它包含那些信實的信徒，是“榮耀和尊貴的教會，基督的配偶，沒有任何污點或瑕疵的”。若說這種沒有缺點的教會是屬于幻想的，和柏拉圖(Plato)的共和國一樣，那是很大的錯誤，因為它確實存在于那些將他們的信——相信基督是上帝的被釘十架的兒子——建立在磐石上之人的心里。“它不能滿足于使少數人奪取了全體的榮耀，卻願伸展到全世界，到處接納會友；它的範圍更廣更大，它的美麗將更增加。”若和“羅馬教皇的教會”相比，這教會是只“建立于上帝的話”，所以不能有錯。它的會友的數目“不是人的眼目所能看出的。”每一個別的教會有負責當局來管理它的會友。“但所有這些教會都屬于同一教會，即基督的配偶，希臘人稱之為大公教會，我們稱之為普世教會。”
慈運理對聖禮的見解和路德的見解不同。他認為新約的“奧秘”(mysterion)這一字的主要意思是“開創”，而其所指非但是一種開始，亦是一種完成。希臘人比拉丁人“更虔誠，更博學”，他們往往稱主的晚餐為“祝謝”(Eucharistia)；喜樂地祝謝基督的死。基督的肉不能以肉身來吃，也不能以精神來吃。屬于肉身的就不屬于信仰。在“這是我的身體”這一句話中，“是”一字乃“表示”或“象征”的意思。靈魂由于信仰而從基督得到培養。在聖餐中相通的基督徒“見證他們同為一體的肢體”；那接受象征的餅的人必須有基督信徒的樣式，因為他已領受了信托基督的印記。他認為俄利根(Origen)的主張是對的，並解釋說︰“聖禮的基本意義是信仰，即相信基督為我們舍命，他是靈魂的糧食。”在以後發表的聲明中慈運理繼續堅持他的主張，認為基督的身體及血的出現，對于有信心的人，不是有形的，而是屬聖禮的——為了信心的默想。也許讀者願意知道這位瑞士改教領袖關于教義的簡要主張，來和加爾文對同類問題的看法作一比較。
德語區瑞士復原教派的性質從第一及第二種紇里微丟信條(HelveticConfessions)中可窺見其一部分(參歷代名著《歷代基督教信條》)。這二大文獻的主要擬稿人為布靈爾(HeinrichBullinger)，從一五三一年慈運理死後到一五七五年他自己過世這段時間，布靈爾是區利赫教會的杰出領袖。上述文獻對預定論(doctrineofpredestination)作了簡明的解釋，小心避免反律法主義及定名論的觀點。關于聖餐問題瑞士改革派與路德派主張不同，前者認餅與酒為標志，而不能轉變為它們所象征的；但亦不僅僅為標志而已，卻同時是“神聖事物的奧秘記號”，使參加的人由于信仰而在靈性上享受基督的奧秘的體及血。
在崇拜儀式方面，慈運理派所遵循的原則也與路德派不同。路德本人願意保留那些不為聖經教訓所反對的中世紀的崇拜儀式，而慈運理卻主張簡化崇拜儀式，擯除一切聖經所沒有指示或命令的儀式。因此在慈運理派的教會中，神象和樂器都移走了，代之以最簡單的公共崇拜方式。在這些和另外一些別的方面，復原教中的路德宗和改革宗到現在各自保留了它們的特殊主張。但卻明了十六世紀改革宗神學的最具權威的理論，我們不能不求之于加爾文的《基督教要義》一書。