加爾文在他的著作中往往把“上帝的話”和“正典聖經”作同義應用，其實這是一種換喻的用法。關于這一點克拉維爾(HenriClavier)所說的較為準確，他認為加爾文的意思是指上帝的話在聖經里面——不是一種統計上或有形的存在，而是生動地存在于它里面。聖經給我們關于上帝的話的真知識。常有人說加爾文把聖經看作是不可能有錯的。其實他所著重的是聖經為“完全可信和權威的”(見第一卷第七章第一節)。他和現代的那些以尋章摘句的方法，來支持某一神學論點或某一預言上的困惑的問題的人，完全不同。相反，他亦常常引用那些可能使反對者用來攻擊他的章節，不只引用有利于他自己觀點的章節，並以歷史和哲學的材料來顯示他的解釋為合理的。他承認聖經是上帝的話的表現，也承認它是一貫而非自相矛盾的。聖經的每一部分都具有權威，亦都能引來支持教義上的爭論。加爾文之引用舊約，似乎往往忽視聖經當中對上帝的觀念和道德教訓的一種進展。當然他有時候亦明白承認這種進展，並認為新約比舊約有更高的地位；關于這一點的證據以後將討論到。許多討論加爾文的作家都忽略了這種證據，那是不足為奇的，因為在加爾文的作品中多半找不到關于這種進展的觀點。另一方面，加爾文常作經文中不同句段的比較，把新舊約當中意義相近的句段聯系起來，這是有價值的。他很常引用詩篇及先知書的句子；為摩西乃五經作者而辯護。他很謹慎地否認舊約的律法已被廢棄之說，卻主張福音肯定和承認了舊約的應許(見第二卷第九章第四節)。他對聖經的解釋一向嚴格，認為那原有的和顯明的意思就是真的，可是卻主張以理智看聖經作者的借喻言詞；他亦常常應用預表論(typology)把新舊約聯在一起，例如說舊約時代的祭禮是新約屬靈崇拜的影子；要不是這樣，祭禮就毫無意義了。新約是舊約的實現，這一點從新約同樣把舊約傳達到天下萬邦，非獨一族一國，亦可證明。關于論新約地位比舊約高，在第二卷二章十一節有詳細的討論。
加爾文原相信聖經是不能錯誤的，但當他發現新約因應用七十譯本，對舊約的征引有誤，而體裁方面也有明顯分歧時，不免困惑。這些困難多數發生于經文釋義方面，我們在這里不必詳論。若有人從加爾文的釋義去研究聖經作者的體裁及語言學上的問題，即可看出他治學的認真和在某些問題上有令人驚異的大膽主張，例如在解釋彼得後書時(他對這書的體裁沒有好的批評)，他認為使徒彼得寫這部書時年紀已老邁，而他所聘用的書記比不上前書時所聘用的。
加爾文繼而申論聖經中的上帝，他說聖經中的上帝有三種屬性是我們所必須知道的，即慈愛(misericordia)、審判(施于不義的人；iudicium)、和公義(以之保守誠信的人；iustitia)。這些屬性亦包含他的權力、至善(bonitns)、和至聖。上帝是靈，他要求屬靈的崇拜。聖經嚴禁拜偶像的事。對這一點加爾文引用奧古斯丁所征引過的辛尼加的話，譴責那些把不朽之神裝作鬼怪形像，並使他們“披上人和獸的外衣”的人，來支持他的主張。他說教皇貴鉤利認神象為“文盲之書”的意見是先知們所反對的(見第一卷第十一章第五節)。制造偶像的結果必然令人有迷信的敬拜，而干犯上帝。加爾文猛烈攻擊那些主張神像崇拜者把服事(dulia)和崇拜(latria)說成為兩回事。他承認雕刻與繪畫也是上帝的恩賜，但它們有它們特定的用途。把它們當作上帝的有形代表是違法的，必然會貶損上帝的榮耀(見第一卷第十一章十至十二節)。
在《基督教要義》第一卷的其他各章作者對“三位一體”說有詳盡討論；對于創造的研究提供了討論善天使和惡天使的機會，並有幾節非常綺美的描寫，論及上帝在宇宙中的創造工程；另有一節論及當初人未犯罪時的情境；並討論神對一切事物的治理，上帝怎樣利用不義的人等。在這里我們可以看到加爾文的人性本善而因罪墮落的學說。但甚至在墮落以後，“人因有美麗身體及高尚天稟，仍然為上帝所有創造當中之最高貴的”(見第一卷第十四章第二十節)