法勒爾與加爾文擔任日內瓦的領袖這件事不久即遭遇反抗，因本城古老的仕紳家族不願甘居次要地位，居民中生活散漫、不道德的分子都對律法的嚴厲執行頗抱憤慨。這些律法已經多年記載在冊，但從未執行。結果日內瓦獲得一個放蕩不羈、下流城市的臭名。此外，有些加爾文的論敵是自由思想派，也不再接受教會的純正教義。于是由于不肯失去威望的日內瓦的愛國者，抱怨一切律例與規條的不道德分子，與受約束的自由思想家的聯合，結果組成自由思想派(Libertines)。他們都反對法勒爾與加爾文所領導的新政府。
抗拒的態勢漸增並擴延。有些叛黨反對律法禁止跳舞，關閉賭場，並限制酒樓營業時間。多人憎恨的一件事實就是加爾文堅持所有市民接納“公認信條”。他們要求有贊成者簽字和不贊成者拒絕的自由。有的人以為加爾文在控制聖餐的紀念，因為有長老在舉行聖餐之前到各家拜訪，查問教友的行為，看有否分領聖餐的資格，他們認為這是過于嚴格。大多數的教友不願把開除教籍的權柄交給教會。但加爾文卻堅持這是教會的權柄，唯有教會能決定誰在教會中有好名聲。市議會中多人仍要保留這個權柄。
反對加爾文的這一黨派勢力漸強。他們在市議會中逐漸取得更多的席位。及至一五三八年二月三日的選舉中，他們佔大多數而獲勝。磨擦達于最高潮，在加爾文派與市議會當局之間發生爭執。市議會開始為教會下了規條，又介紹了些禮儀，例如在聖餐中用無酵餅、在教會中放施洗盆，並決定遵守聖日。這些實行的條例對于加爾文這一派來說，似乎太近似天主教。此外，政府方面以高壓手段來介紹這些變革，並未與教會的牧師商量。于是市政當局進行設立“公開聖餐制”(opencommunion)，命令牧師向所有的人施聖餐。這就是當局與加爾文等人絕裂的最後原因。加爾文及其同仁堅決反對，因為這對他們乃是褻瀆聖禮，聖餐必須施給那些悔改與有真信心的人。
議會看牧師們不肯默認就禁止他們講道。這爭執達于白熱化，市內起了暴動，搗亂分子向加爾文的住宅丟石頭，並于夜間向他的臥室開槍，大聲喊叫︰“把賣國賊丟在魯恩河中(魯恩河系瑞士南部一河流)。”又對著街上的雜種狗呼叫加爾文的名字。雖然如此牧師們仍寸步不讓，主張必須傳講神的道，在他們被禁講道的下個禮拜天他們又步上講台。那是復活節禮拜，禮拜儀式受擾而變為暴動，人們帶著槍到教會去，法勒爾被護衛離開禮拜堂。那是非常緊張的一天。
禮拜一議會召開緊急會議並潦草通過放逐的判決。加爾文、法勒爾以及他們的盲人同事柯羅德(Coraud)必須于三日內離境，永不準返回。改革家們匆忙地整理行裝離開日內瓦。加爾文覺得很得釋放。他說︰“如果我們服事人，這就是最不值得的報酬；但我們所服事的乃是主，他將要賞賜我們。”正如使徒行傳的話說︰他們“離開公會，心里歡喜，因被算是配為基督的緣故受辱”。