加爾文一回到日內瓦即開始工作，他的偉大理想即在日內瓦基督教共和國里組織一個有秩序有規條的教會，于是他立刻起草一教會組織綱要，名為“教會法規”(EcclesiasticalOrdinances)。經市議會稍加修改後，被總會及兩千市民所通過。其中包括一些律法的細節 那都是當日歐洲城市的普通情事 諸如褻瀆和談吐**的處以罰金，禁止奢華服裝，除假日以外日用飲食不得超過兩道，嚴禁夜宴等；大部分都是為建立教會而設。
教會內設四種職分。第一即牧師。以團體的牧師來說稱之為“牧師團”(VenerableCompany)。雖然各牧師在城內各教會可以輪流講道，但每人有自己牧養的教區。為使牧師多用時間在預備講道並使信徒得益上，此乃良策。(加爾文每主日講道，而且每隔一個禮拜天去教課，除此之外他還為牧師團舉辦三次解經講座，一次對學院，又每周一次對公眾演講。)只遵守安息日為聖日；其他如聖誕節、復活節都被認為沾有羅馬教的氣息。加爾文主張在講台上的禱告與講道都應當簡短。他說︰“最好在家多用時間祈禱，在會眾中要簡短。”當有人對法勒爾的冗長講道發怨言的時候，加爾文寫信給他說︰“主召我們上講台既然不是為造就我們自己，乃為 的百姓，我們就應當思考，不叫神的道受虧損，因為你使听眾困倦。”唱詩篇也被介紹到崇拜中，為的是會眾可以參與此崇拜的贊美本質。加爾文反對有口無心的歌頌，他說︰“我們必須時時注意，免得我們的耳只听音調的和諧，內心卻忽略字句中的隱意。”牧師團封立新牧師，但準試(即後補牧師)必須先受教義、聖經知識以及個人生活的考驗，然後他要講一篇試驗的講道，同時市議會也派有代表參加，如果他通過這一切的考試，就受按手禮，而成為牧師團中的一員，享有同等地位。
第二種職分為教師。此職分按加爾文對弗四11的解釋乃是神所立的。他的職責乃在以要理問答要訓導兒童。教師被認為是傳道的職分之一，置于懲誡條例之下。教師經牧師團的推薦，在市議會受驗，然後經牧師按立。
第三種職分為長老。這種職分在當日的教會中早已廢止了。此次又把平信徒介紹到教會議會里，這就是牧師與信徒之間早已斷絕的關系又得恢復。長老治理教會，特別在于監督聖餐的神聖。他們必須看管會眾不許褻瀆聖餐，因為聖餐乃基督教崇拜中的最高點。(那就是加爾文所以要一年多于四次守聖餐的緣故了。)牧師每年一次必須有長老和執事陪同拜訪城中每一家庭。長老與執事在此拜訪中就奉獻問題有所教導。拜訪的主要目的乃在詢問信徒的個人信仰，看他有否資格領主的聖餐。長老是經市議會的委派領受此職。該市議會(其中包括三部分)從其會員中選舉十二為教會的長老，作為此二治理機構的橋梁。教會與政府之間雖然分派，但也有密切關系。
第四種職分是執事，他們受托管理教會的財政事項。這就是所謂長老制教會的行政(Presbyterianism)，但晚近歐美諸國的改革宗教會在細節上多有出入。