加尔文一回到日内瓦即开始工作，他的伟大理想即在日内瓦基督教共和国里组织一个有秩序有规条的教会，于是他立刻起草一教会组织纲要，名为“教会法规”(EcclesiasticalOrdinances)。经市议会稍加修改后，被总会及两千市民所通过。其中包括一些律法的细节––那都是当日欧洲城市的普通情事––诸如亵渎和谈吐**的处以罚金，禁止奢华服装，除假日以外日用饮食不得超过两道，严禁夜宴等；大部分都是为建立教会而设。
教会内设四种职分。第一即牧师。以团体的牧师来说称之为“牧师团”(VenerableCompany)。虽然各牧师在城内各教会可以轮流讲道，但每人有自己牧养的教区。为使牧师多用时间在预备讲道并使信徒得益上，此乃良策。(加尔文每主日讲道，而且每隔一个礼拜天去教课，除此之外他还为牧师团举办三次解经讲座，一次对学院，又每周一次对公众演讲。)只遵守安息日为圣日；其他如圣诞节、复活节都被认为沾有罗马教的气息。加尔文主张在讲台上的祷告与讲道都应当简短。他说：“最好在家多用时间祈祷，在会众中要简短。”当有人对法勒尔的冗长讲道发怨言的时候，加尔文写信给他说：“主召我们上讲台既然不是为造就我们自己，乃为祂的百姓，我们就应当思考，不叫神的道受亏损，因为你使听众困倦。”唱诗篇也被介绍到崇拜中，为的是会众可以参与此崇拜的赞美本质。加尔文反对有口无心的歌颂，他说：“我们必须时时注意，免得我们的耳只听音调的和谐，内心却忽略字句中的隐意。”牧师团封立新牧师，但准试(即后补牧师)必须先受教义、圣经知识以及个人生活的考验，然后他要讲一篇试验的讲道，同时市议会也派有代表参加，如果他通过这一切的考试，就受按手礼，而成为牧师团中的一员，享有同等地位。
第二种职分为教师。此职分按加尔文对弗四11的解释乃是神所立的。他的职责乃在以要理问答要训导儿童。教师被认为是传道的职分之一，置于惩诫条例之下。教师经牧师团的推荐，在市议会受验，然后经牧师按立。
第三种职分为长老。这种职分在当日的教会中早已废止了。此次又把平信徒介绍到教会议会里，这就是牧师与信徒之间早已断绝的关系又得恢复。长老治理教会，特别在于监督圣餐的神圣。他们必须看管会众不许亵渎圣餐，因为圣餐乃基督教崇拜中的最高点。(那就是加尔文所以要一年多于四次守圣餐的缘故了。)牧师每年一次必须有长老和执事陪同拜访城中每一家庭。长老与执事在此拜访中就奉献问题有所教导。拜访的主要目的乃在询问信徒的个人信仰，看他有否资格领主的圣餐。长老是经市议会的委派领受此职。该市议会(其中包括三部分)从其会员中选举十二为教会的长老，作为此二治理机构的桥梁。教会与政府之间虽然分派，但也有密切关系。
第四种职分是执事，他们受托管理教会的财政事项。这就是所谓长老制教会的行政(Presbyterianism)，但晚近欧美诸国的改革宗教会在细节上多有出入。