加尔文和其他改教者一样特别重视教育。为了促进真宗教(因人的信仰必须有理智)，并为社会一般福利，教育乃为当务之急。所有社会上的领袖均需受教与受训。
过去于一四二八年在日内瓦曾设立一所大学，创始者为一位富翁名佛逊迪(FrancoisdeVersonnary)，他说过：“我视教导为有益之工作；它驱散愚蒙，使人得智慧，彬彬有礼，培植美德，而且对于公务的处理也是方便的。”他捐了一笔巨款，于是开办了学校，但经过数年以后因内争与缺乏经费遂于一五三一年停办。
所以当加尔文一五四二年回到日内瓦的时候，他的特殊趣旨之一即在办教育。在他的制度中教师具有尊荣地位。他主张初等教育包括七年，大学四年。但在那风暴之年，他的宿愿未能克遂。此外还要唤起人们的注意并筹备所需之款。
他于一五五二年开始行动。市议会为设立学校购置了一块地皮。一五五八年加尔文要求他们筹款。市议会委托公证人劝说雇主把他们的遗产捐给这所兴办中的大学。他们也决定将民事法庭所得的罚金留为建校使用。加尔文亲自到各家募款，结果收到一万金币。然后开始兴工建造。加尔文特别注意建校事宜，逐日监工。一五五九年六月五日校舍举行献堂礼。从前多病，以后献身基督教教育的比莎(TheodoreBeza)被派为初任校长。在他对已注册的一百六十二位学员致词中说：“我奉神的名劝勉你们不要对自己不忠。在柏拉图足资纪念的话语中说，离弃正义与道德的知识不过是技巧而非真理……诸君集于一堂，并非如希腊人为求知识的修养，体力的夸示，乃为学习最高的真理和极优越的科学，造就自己，以荣神名，以致将来造福你们的国家；不但如此，你终须记得末**们要在主前为你们所领受的神圣使命交帐。”
最初的校舍颇为简单，以木板充当桌椅，室内无暖气装置，窗上的玻璃也是等到一五**年才安装的。因为学校经费不足，所以教授的俸给不佳，教员都与学生共同食宿，以节省开销。
加尔文明显是从斯特恩得到他的教育观点，斯氏系与加尔文在斯塔斯堡同工的一位著名教育家。斯氏的学校成为日内瓦大学的模范。董事部乃为本城的牧师团，他们委派校长教授，经市议会的通过而任命之。学校是免费的。学生并不因年龄或班次而分优劣，乃在于他的智力与进步的程度。学生上课是从午前七时至十时，午后一时至四时，每年授课十一个月。课程表里充满了圣经研究与诗篇歌颂。学生必须参加主日的三次崇拜和周间的每日早礼拜。礼拜六下午还有要理问答之研究。
学校的发展突飞猛进。五年内有学生一千五百人，来自欧洲各国。苏格兰的改教者诺克斯约翰(JohnKnox)即于此受教，他说：“这是从使徒时代以来最优良的基督学校。”当这些学者毕业以后回到他们的本教会去，在传播加尔文主义的观点上都有莫大的感化力。加尔文逝世数年后，因缺乏经费，学校的行政逐渐恶化。