關于知識問題加爾文的立場剛剛是在奧古斯丁和笛卡兒(Descartes)二人之間。他說︰真的智慧存在于對上帝和對我們自己的知識。我們的天稟非出于自己，審察自己可引領我們到對上帝的默想，同樣，我們的卑劣、無助、墮落都促使我們去追求上帝。另一方面，除非我們審察上帝，我們無法了解自己，而我們的智慧將顯得是愚拙，我們的德行是墮落。對上帝的知識包括兩方面，即造物主上帝和救主上帝。對于一班敬神的人，認識上帝是為要崇拜他，服從他。無論何人對上帝都天然有些知識，西色柔(Cicero)肯定地認為沒有一個種族會愚笨到對上帝全然無知；浦魯他克(Plutarch)說人若沒有宗教，要比禽獸更為卑劣；他們這樣說是對的。那些否認上帝的人常處在恐懼中，因為他們不能擺脫神的觀念。可是許多人對神的觀念是低下的，他們從和他們相同的階層，並依照他們自己的虛妄和迷信的幻想，去尋求上帝；再不然，為著尋求他們屬世的保障，他們干脆否認有一位上帝，或拒絕服從他們所畏懼的上帝，甚或虛偽地以狂妄方法企圖贖罪討好。
加爾文在內容豐富的一章中申論造物主上帝，有如彌爾頓(Milton)的敘事詩，或音樂大師所奏出的名曲。天與地都充滿著上帝的證據，非但對科學家如此，對愚庸的農夫亦然。天上星辰齊整的排列，人體構造的均稱美麗，都說明了造物主的智慧。異教詩人歌頌上帝為人類之父，而只有那些感受到他的父愛者情願奉獻本身服役于他。可嘆仍有些人忘恩殊深，利用他們從神所受的能力來否認上帝的存在，和以彼古羅派(Epicureans)同一主張，把從神所得到的一切益惠都歸之于機遇或自然(見《基督教要義》第一卷第五章第三、四節)。加爾文對于那些因間接傾向于亞里斯多德(Aristotle)學說而反對永生及搶奪上帝特權的人，痛加攻擊。那些人使靈魂附屬于身體，頌揚自然，貶低上帝聖名。加爾文說︰
“心靈的各種巧妙變化，都觀測天地，能結合過去與將來，能保留已往的記憶，能運用想象而知有所選擇，並能發明及創作各種藝術，這都可以證明在人里面確有神的動作……這豈不是人有不朽的印記，不可涂抹的嗎?人既然出自于神，又怎能不承認他的創造者?我們既具有判斷力，能分別義與不義，難道在天上沒有可判斷的嗎?”(見第一卷第五章第五節)
說“自然就是上帝”是不正確的︰自然是上帝所建立的秩序。加爾文描繪上帝在自然中的作為，並說明他的永恆及自存為一切生命的源頭，他的至善“普及于一切他所造的。”在人事上他是無辜者的至親，是罪的懲罰者。如果他對罪未加懲罰，他的懲罰將留待適當的時候；或則他這樣做為的是以無窮仁慈來克服罪人的邪惡。上帝公義的行為及憐恤引領我們去獲取有關于他的知識。可嘆當我們仰望滿天閃爍的星斗，俯視彩色斑爛的大地，竟未憶念造物主宰，或竟將上帝權能的神跡當作自然的軌道!我們固有的知識因罪而受損害，我們不能在自然指示之下找到上帝︰“造化指示創造者之榮耀的許多亮光，對我們均屬徒然。”證據放在我們面前，但我們因罪墮落，難以明白，若非有聖經的啟示，我們將不可避免，亦不可原諒地“以我們自己腦中的幻夢和幻想”，來構成崇拜的對象(見第一卷第五章第十四、十五節)。
我對這一章詳加論述，因為加爾文討論上帝及他待人之道的經義是以這一章為出發點。我們既然喪失了由默察上帝的工作而認識他的能力，他就慈悲地藉著聖經把他的話賜給我們。因加爾文相信新舊約聖經是從上帝來的。上帝是其作者。從聖經，上帝“開啟他神聖的口。”(見第一卷第六章第一節)。這一事實並非由教會權威證實的，卻由聖經本身的內容證明出是上帝的話。理性無法證明，只有聖靈的內在證明可使我們確信(見第一卷第七章第四節)；是一種不需理性證明的確信，雖然它和最高理性是相符的。真教義的開始是喜悅聆听上帝的話。可是加爾文仍認為值得思索十三種支持聖靈之證明的理由，並譴責那班狂妄之徒，他們把聖經棄置一旁，以自己的幻想作為權威。