不少人認為，科學是基于事實的，是客觀、真實、可靠的，而信仰則是出自心念，是主觀臆測和不可靠的。因此，追求科學者必須揚棄虛無飄渺的信仰，虔誠信上帝的人則無法搞科學。不是魚死就是網破，兩者尖銳對立，不能兼蓄包容。持這種觀點的人有兩條強有力的依據。第一是中世紀的教會對天文學家哥白尼、伽利略等人的逼害，足以表明信仰對現代科學的阻礙作用。第二是達爾文的進化論，一個相信進化論的人，怎麼可能接受神用泥土造人的說法呢？我過去視這種觀點為天經地義，現在卻有了新的看法。
教會對哥白尼等人的**被當作教會因循守舊、反對科學的佐證，深深地印在許多人心上。哥白尼、伽利略受到壓抑和**是事實，但從這一事實中導出的結論卻有待商榷。對這些事實的經過及誘發因素作較詳細的了解和公正的分析，有助于澄清問題。
莊祖鯤博士在《基督教與現代科學的發展》（載于《海外校園》第二期）一文中較為詳細地分析了這一個案。其中有幾點值得在此指出。
第一，哥白尼（1473∼1543）是第一個提出地球繞太陽運轉的“日心說”的天文學家。但他本人並未遭受什麼**，因為他有意在臨終前才將他的書印妥出版。長時期來人們以為他這樣做是怕受教會的**︰近代歷史學家卻發現，哥白尼真正耽心的對象不是教會而是那些持亞里斯多德宇宙觀、堅信地心說的天文學家。事實上，極力鼓勵哥白尼出版著作的人士中就有一名樞機主教和一位基督教（新教）的天文學家。身為波蘭裔天主**的哥白尼，則在書的開端將此書獻給當時的教皇。
第二，真正受到**的是伽利略（1564∼1642）。他于1610年用望遠鏡的觀測結果來支持哥白尼的日心說後，當即受到其他大學教授的圍攻和教廷的警告。但因他的一位朋友繼位教皇烏班八世，他便有恃無恐地于1632年出版了他的巨著。結果他被定罪，被軟禁在意大利弗羅倫斯一座別墅里，度過了他人生的最後十年。但莊文指出，伽利略被定罪的主因並不是日心說（對此他事先已私下取得了教皇的默契），而在于他對教廷權威的挑戰。他堅持認為神同時用《聖經》和大自然啟示他自己，因此《聖經》中有關自然現象的經文應從科學觀點重新解釋，從而大大激怒了一直擁有解釋《聖經》的最高權威的教廷，被定罪就在所難免了。
我個人認為，伽利略受**的主因是否是日心說並不十分重要。當時地心說被科學界和教會人士普遍接受。問題的關鍵在于，這種以地球為宇宙中心的觀點，並非來自基督教或《聖經》，而是當時人們堅持的理性主義思潮的結果。《聖經》中根本沒有關于所謂地心說的論述，連一點這方面的暗示也沒有。所以，伽利略的受害與基督教信仰和《聖經》無關。乃是當時統治教會的人的失誤。與伽利略同時代的天文學家凱普勒（KePler）同樣公開支持哥白尼觀點，但他卻未遭到任何**。因為他住在馬丁路德領導的“新教”（即基督教）的勢力範圍之內，天主教鞭長莫及。伽利略和凱普勒的不同境遇是很能為基督教信仰在哥白尼、伽利略事件上的無辜申辯的。
毋容諱言，一些科學家歧視、誤解基督教信仰和《聖經》，確與一些神學家的失誤有關。除了哥白尼、伽利略事件外，金新宇博士在《科學與基督教》一書中還列舉了一些例子。比如，愛爾蘭主教烏雪（JamesUssher，1581∼1656）根據《聖經》中人類的家譜推算說，神造人發生在公元前4004年，但《聖經》中並沒有這樣說；當避雷針發明時，一些教會曾予以反對，認為這是不敬，打雷時應敲教堂的鐘；1870年當萊特主教（MitionWright）訪問美國一所基督教大學時，對該大學校長“我相信在未來五十年內人能象鳥高飛天上”的預言大為震驚︰“能飛翔天空的只有天使，請你千萬不要再提此事，不然你就會褻瀆神了！”但三十年後，正是萊特主教的兩個兒子發明了飛機，在北卡的上空飛行。……金新宇指出，過去一些教會領袖對科學缺乏認識，懷有成見，以為科學是反對《聖經》的，因此科學與基督教之間便有了不必要的鴻溝。
然而，這只是問題的一個方面。另一方面是，隨著現代科學的興起，相當一部分知識分子逐漸接受了人文主義（或自然主義）的世界觀。他們高舉人的理性，認為人是宇宙的主人，否定造物主的存在；他們崇尚科學主義和實證主義的哲學，以為科學是認識真理的唯一方法；強調真理的可經驗性，拼棄一切于物質世界以外的客觀實體，不承認任何超然的力量。正是在這種思潮的孕育下，達爾文的進化論迅速崛起，在短短的時間內席卷整個科學界、思想界。他們以這種世界觀、方**向基督教信仰和《聖經》提出嚴重挑戰，釀成了科學與信仰兩軍對壘之勢。
由于十九世紀下半葉和二十世紀初期一系列考古學上的重大發現的支持，《聖經》的歷史性、無誤性，至今不可動搖。可是，在進化論和創造性的對峙中，迷惑著、困惑者卻不乏其人，筆者就曾是其中之一。如果進化論是真理，《聖經》必為謬論。如果進化論是科學，創造論必然反科學。如果唯有科學才可靠、可信，基督教信仰必然不可靠、不可信。這是我過去深信不疑的邏輯推理。其實，這是似是而非的。當人們對進化論的立論、根據作一番比較深入的了解後，就不難發現進化論一直面臨著理論上、實踐上的許多難題，並不是科學真理，只是一種未經證實的假說。現代科學的許多重要發現都支持創造論而不利于進化論。這些，在第六章〈進化論與創造論〉中我將詳細討論。
如果不是因一些神學家的失誤和一些科學家的武斷，越過自身的領域和能力彼此干預的話，科學和信仰本該是和諧一致的。神是借著大自然和《聖經》啟示他的奧秘，科學則是研究神為大自然制定的各種規律。從根本上說，科學與《聖經》應是相輔相成，並行不悖的。根據蓋洛甫統計，前三個世紀的三百位著名的科學家中，92％是神的信徒，其中幾乎囊括了人們熟知的所有大科學家，如牛頓、焦爾、歐姆、法拉第、孟德爾、巴斯德、馬克士威爾、蒲朗克、愛因斯坦等。在當今，各個領域的杰出學者、科學家、諾貝爾獎金獲得者中，也不乏虔誠的基督徒。在他們身上，科學與信仰的和諧、統一得到了充分的彰顯。
所以，認為科學與基督教信仰水火不容的觀點雖有一定事實依據，而且在當今的知識界相當流行。但此種觀點流于表面，並未觸及事物的本質。