纵然他仍旧软弱，不时落入试探，他却不再习惯性的沉溺在罪恶中，反而每次失败都带给他内心的痛悔。公开的罪恶越来越少，暗中的过犯也愈过愈减。他常常读经，时时祷告，亲爱众圣徒，不停的参加聚会，勇敢的站在主的一边，忍受同学的讥刺和羞辱。
一八二六年对於这个新生的灵魂，的确是个新年。他现在开始阅读布道杂志，在内心燃起了一种新的火焰。他感觉里面起了一阵恋慕，虽然还未十分明了其中究竟，却切望自己能作个福音使者，受差遣到万国去布道。经不断的祷告加深并且印证了这种意念。他对於世界的知识逐渐开广，这些关於异邦人民荒凉的新知识犹如燃料一般，诿入布道的心灵，使火势愈烧愈旺。
然而当时另有一个属肉体的眷恋几乎扑灭了这个火焰。他在周六晚的聚会里，遇到一位同年的女子，也是一个所谓的信徒。他恋爱她，虽然他明明知道她的父母必定不准她过国外布道的生活。他不知不觉的开始衡量事奉主的心和恋慕人的情。可怜肉体的倾向，胜过了属灵的责任。祷告失去了能力，甚至有一个时期几乎完全停止祷告，内心的喜乐也同时消减，他的心转离远方的布道，拒绝一切舍己的工作。有六周之久，他陷於这种属灵的软弱里，直到神用奇妙的方法挽回了他。
有一个青年的弟兄，名叫包贺门，出身於富有之家，受到高深的教育，眼看将来在世上的前途十分光明，可是他大大舍弃自己。他拣选波兰作他的工场，愿意向当地的犹太人传扬福音，拒绝家中的舒服，和各样奢华宴乐。他的决定在穆勒的心坎上打上印记。他不得不比较两人的情形。为爱上一个女子，他竟然放弃的呼召，变成没有喜乐，没有祷告的人。反之，另外一个青年，世界对他更有吸引，却因著选择一项舍己的工作，撇弃了世上所有的欢乐和财宝。包贺门步了摩西的後尘，在生命的重要关头，拣选了上好的福分；而穆勒自己却像凡俗的以扫一般，为了一碗红豆汤竟然出卖了长子的名分。相形之下，不禁见拙。於是他受了责备，重新献上自己，放弃了他所爱的女子，割断了这个未经祷告所结的缘。不用说，神的笑脸补偿了他，神的平安充满了他，因为有平安的神与他同在。
内心经历更新的喜乐，他觉得应当作见证。於是写信给他的父亲和兄弟告诉他们他自己喜乐的经验，请求他们寻找在神里面的同一安息。他满心以为，只要他们知道这条喜乐的路，必定会同样的竭力追求。然而结果却得到父亲恼怒的责备。
约在同一期间，著名的陶乐博士在哈勒大学担任神学教职。这位虔诚的教授，吸引了不少各学校内敬虔的学生前来投奔他的门下，因此开广了穆勒的交通圈，使他获得很多益处。自然布道的灵火重新燃点，而且愈烧愈炽。他要求他的父亲准许他参加一个德国的布道团体。他的父亲不只生气，而且大大失望，苛刻的责备他，题醒他说，如何为了栽培他，费了大笔金钱，正盼望他因此获得良好的“生活”，使他可以安享晚年，不料这个盼望竟成泡影。在盛怒之下，宣布说，不再认他为儿子了。後来看到他的儿子安静的忍受，不变初衷，他就改换口气，由恫吓转为哀求，这些眼泪实在比责备更难抵挡。可是穆勒的心志已定，他愿意付上任何代价来跟从主。因著这次的会面，反而叫他清楚看见，要脱离倚靠人，就得完全倚靠神，今後他不该再用他父亲的钱。接受津贴，就有顺服的义务。花人的钱财，而不答应人的期望，这件事明显是错的。假若他仍旧倚靠父亲的钱来生活，他就是默许要遵照父亲的计划，将来在国内作一个牧师，度舒适的生活；但若要保持他的纯洁，他就必须维持独立。这一步的决定，并非轻而易举的，因为在大学最後两年的费用比较往年还要大。然而在他早年，他就发现神是信实的神，是患难之交。不久有三位美国教授，想学习德文，穆勒得到推荐担任这项工作，所得的收入十分丰裕，非但是够开支，而且有余。这一次的学习在他的心版上刻了一节金句：“耶和华的圣民哪，你们当敬畏他，因敬畏他的一无所缺”（诗三十四9）。