一八二七年八月间，他的心更加倾向国外布道事业。经陶乐博士的介绍，他献身於不列颠大陆布道会，愿意受差遣赴卜克司特工作。虽然卜埠远在千里之外，他的父亲竟然出乎意外的同意了这件事。於是他重返哈勒，面向远方工场，专心准备自己，忍受未来的牺牲和艰辛。可是神另有安排，始终他未曾出发卜埠。十月间包贺门路过哈勒，参加穆勒室内的周会，告诉他，因著身体衰弱，无法继续波兰犹太人中间的工作。在穆勒的心里立刻涌起一个意念，何不取而代之。就在那里，他再访问陶乐博士，话还未出口，博士就先问他，是否有意赴犹太人中间工作？当伦敦布道会获悉他愿意被差遣之後，他们就建议他来伦敦受训六个月。翌年三月十九**抵达英京，进入新的神学院，虽然受到一般学生所受的束缚，然而这些规条并不妨害他的良心，所以他安心顺服。他每天约用十二小时读书，特别注重希伯来文和有关的课程。他知道用脑过多，会使他的心灵发生麻痹，因此他用祷告的灵来记忆许多希文旧约的章节，并且在日常每件事上，不论大小，都带到神面前，寻求帮助。
一八二九年五月中旬，穆勒得了重病，觉得不久人世。那时他特别发现自己的败坏。他在得救时所得的罪恶感觉太过肤浅，不够深刻。现在深深感觉自己的罪恶，只有仰望十字架，才叫他转忧为乐。在病中他学了几个宝贝的功课：
（一）“在属灵的事上，只有神的话才是我们的标准，同时也只有圣灵能够解释神的话；无论往日，或是现在，他是他百姓的惟一教师。主帮助我放下许多圣经注释，和差不多一切的书籍，单单阅读神的话语。结果我第一晚关在房内，专心祷告并默想圣经，在数小时内所学习的，比较几个月所研究的，还要丰富。主要的长处乃是从此我得到心灵上的力量。现今我开始用圣经来测量我所学习和看见的一切事，而且找出只有那些经得起圣经衡量的，才是真实有益的。”
（二）“还有一个真理，关於主的再来，我也部份得到教导。从前我相信事情愈过愈好，直到全世界都要焕然一新。但是现在我在神的话语内，找不到这种保证说，在主回来以前世界要更新。反而在圣经上我找到教会的荣耀和圣徒的喜乐，乃是主耶稣的再来；在他回来之先，事情总在纷乱之中。我在神的话语里找出使徒时代基督徒的盼望，不是死，乃是主耶稣的再来。所以我也应当仰望他的显现。”
（三）“此外，主也乐意给我看见一个更高的敬虔标准，这是我从未见过的。他引导我看出，我们在地上的真实荣耀，乃是被藐视，与基督同受苦贫。由此我看得更清楚，一个仆人不该寻求地上的富裕，伟大和荣耀，因为他的主在这里是贫穷，卑微和被轻视的。”
病愈後重返伦敦，因著过劳，未十日又病倒。他深深感觉不该用他残余的力量来读书，应当立刻出发去作工。他就请求布道会指定他工作的地点，并为著谨慎起见，另派一位比较有经验的人作他的同工和顾问。等了六周，未获答覆，就有一种坚强的信念抓住了他，他认为等候人来差派工作是不合乎圣经的，因此是错误的。在安提阿的教会有所举动之先，巴拿巴和扫罗就被圣灵提名差派。他觉得自己既受圣灵差遣，就该开始工作，不必等候人的命令。他何不在伦敦的犹太人中间作工呢？於是他开始散发单张，印上自己的姓名和地址，欢迎寻求主的人来寓所交通。他往他们**场所去找他们，在固定的时间内读经给五十几个犹太孩童听，并且在主日学担任教职。为了这些他受了很多小的试炼和逼迫，蒙召为基督的名忍受羞辱。
到了当年十二月十二日，他得著更多的亮光，知道他与伦敦布道会一切的关系必须全部解除。他告诉我们：“我能否与布道会维持正常的关系，这件事成了我的严重问题。我主要的理由乃是：
（一）如果我受布道会的差派，我大概必被差遣，赴大陆工作，然而我的健康不适於东方国家。即便我往大陆，我的用处也受到限制，因为我未经封立，不能自由作工。可是我又觉得不能安心的伏在未曾得救的人下面，接受封立。此外，我有其他原因反对与任何国教发生连系。当我现在著手将我所知道的英国国教并大陆上的国教，与神话语的标准较量之时，我找出一切的国教，因为他们是国教，都是世界和教会的混淆，其中非但有种种原则引人偏离神的话语，而且普遍的妨碍圣经的实行。
（二）我另有一种良心上的异议，在我布道的工作上不该受人的差遣和驱使。照我看来，一个基督的仆人在工作的时间和地点上，应当受圣灵的引导，不受人的支配，因为基督的仆人只有一个主人。
（三）我深爱犹太人，我也能证明这个爱，然而我不能安心的说，我能遵照布道会的指示，把我大部分的时间放在犹太人身上。因为照我看来，圣经的原则乃是，凡到一个地方，我应当先找犹太人，特别在他们中间作工，但是万一他们拒绝福音，我就应当往所谓的基督徒中间去。我愈考虑这些点，愈觉得应当把我心中的意念告诉布道会，否则我就是个假冒为善的人了。”