一八三○年春穆勒受邀在坦莫斯一个小礼拜堂内作工。会员只有十八人。他答应与他们同住一个时期，并不放弃他的原则，遵照主的引导，各地传道。他们给他年俸五十五镑，以後人数增加薪金亦随时加增。四月间，他赴西慕斯讲道，有三位信主的姊妹在他面前谈论“信徒的浸”，当然她们徵求他的意见。他回答说，他是受婴孩洗的，并不觉得需要重新受浸。她们就问他，对这件事曾否好好查考神的话语。他坦白承认没有。其中有一位姊妹忠实的请求他说：“那么我请求你，从今以後不要再讲论这件事，直到你查考清楚。”穆勒这样的人不会生气这个请求，也不能拒绝这种挑战。他太过诚实和敏感，焉能轻易放松这件事？况且他当时所传的，特别著重回到圣经的见证里去；他坚持所有的讲台和基督徒的行为必须经过惟一的考证，就是神的话。
他决意查考这个题目，直到他找到且满意，而且合乎圣经的答案。他考查的方法十分简单，却又非常彻底并认真。他先求神藉著圣灵开启他的心眼，光照他的心思，使他能够接受话语的见证；随後他开始有系统的从头至末仔细研究新约。他尽量放下一切的成见和意见，祈求神释放他脱离所有人的遗传，普通的习俗，和教会的裁可，尤其脱离那更诡诈的拦阻，就是个人的骄傲。他宁愿悔改，不愿贯彻。他采取这句格言：“不要坚持，只要真实。”查考的结果，有两段圣经特别显著，即使徒行传八章三十六至三十八节，和罗马书六章三至五节。他找到一个结论，相信只有信徒才可受洗，只有浸才是合式。
信念要求行动，在他里面没有妥协这件事，因此他很快的受了浸。他见证说，没有一个真的主内朋友，因他受浸而反对他，反而几乎所有的朋友後来都受了浸。
同年的夏季，因著更深查考神的话语，他觉得纵然没有直接的命令，圣经上使徒的榜样，乃是每逢主日擘饼记念主（使徒行传二十章七节等）。同时神的灵应当获得机会，自由的在信徒中间作工，按著他所赐的各种恩赐，互相供应。这明显是罗马书十二章，哥林多前书十二章，和以弗所书四章的教训。这些结论又催促他去实行。
一八三二年穆勒和他的朋友克莱克同受引领赴不列斯铎作工。八月十三日是个可记念的日子，因为在那晚穆勒，克莱克，另一位弟兄，和四位姊妹，一共七位，聚集在伯赛大会所内，遵守使徒的教训，彼此交接。纵无任何规条，却愿意绝对遵照主在他的话语里所赐的亮光而行。“自始大家明白，靠著主的帮助，我们要用神的话试验一切的事，而且只实行遵守那经过圣经所证明的事。当我们在一八三二年八月十三日这样决定的时候，我们十分软弱，而我们的心却是正直的。”以下是他的日记，记载他们信心生活的经过。