一五三六年在加尔文的生平中乃是多事之秋。就如我们以前所说的，他专心致志于研究和写作生活，以为这样能作有效的工作，于是决定瑞士的巴赛尔为最适当之所。在那里有几位著名的改革派领袖，并有一所兴盛的大学与印刷厂可以作出版工作。所以在那年八月加氏即起程赴巴赛尔。因当时法国法兰西斯一世与查理五世正在作战，所以他必得绕道而行，方可抵达。因此在神的护理之下(神用历史上的事件(如战争)来实现祂的目的)，加尔文抵达日内瓦城。
日内瓦以前是一个天主教的城市，改变为新教城市也不过是在一五三○年左右。那时抗罗宗的思想逐渐输入。李佛的学生法勒尔(WilliamFarel)是毫无恐惧、性如烈火的新教人士，于一五三二年开始传讲福音派的道理，惹起剧烈的反抗，甚至发生暴动，又有人在他的食物中下毒，强迫他离境。不久以后复返日内瓦，此次颇受欢迎。一般接受过抗罗宗主义的人都恳求法氏：“给我们讲道，给我们传讲神的话。”抗罗宗阵营逐渐强大起来，在一五三六年召开了一个辩论大会，参加这辩论的是天主教人士与抗罗宗人士，目的在表决本城的宗教(二者不能共存)。结果抗罗宗获胜，于是在一五三六年五月廿一日日内瓦总会时宣布，应许：“靠神的帮助他们要按照福音派的宗教与最近传布给他们的神的话语来生活，放弃弥撒、拜偶像、圣徒像以及其他教皇的错谬。”象希伯来人在迦南的边境与约书亚宣誓：“至于我和我的家，必要事奉耶和华。”
加尔文路过日内瓦，本意只打算住一夜，翌日即起程往巴赛尔。可是法勒尔从所读《基督教要义》中对加尔文颇为景仰，得知他来到本城认为是神垂听了他的祈祷。法氏判断加尔文正是领导日内瓦宗教改革的人。法氏本人脾气暴燥、无技巧、缺乏组织力，所以他马上到加尔文所住的旅馆邀请他留在日内瓦工作。但加尔文婉言拒绝，认为自己不克胜任。他是一个怕羞、勤奋与小心翼翼的人，并没有从事此工作的意向，认为此工作所需要的乃是活跃有进取心的领袖。但法氏坚持向他恳求并劝他接受此挑战性的邀请。当加尔文仍拒绝法氏的恳请时，法勒尔即以神的审判来威吓他：“我实在对你说，在神这一方面，如果你拒绝在这里与我们同作神工，神要咒诅你；因为你以求学作口实来弃绝我们，你把自己放在神以上。”加尔文深深受感于此“神召”，觉得有留在此地的本分。他尚未得到安置即患神经痛，医生谓此系当时一种通症，经调治后逐渐康复，开始工作。
加尔文并没有什么正式的头衔，或者有一个是“读圣经的人”。他的工作首先是教授。他根据保罗的书信发表了一连串的讲演。不久以后他就开始讲道。他的头一篇讲道就博得听众的好评，所以有人就请他为头一次无法参加的人第二天再重讲一次。不久加尔文与法勒尔共同草拟“信仰告白”(ConfessionofFaith)后经市议会(CityCouncil)采纳。其目的在于清楚树立抗罗宗的教训以与天主教对抗。除了声称基本的福音派要道，如完全堕落、惟独靠基督宝血得救赎以外，又制定教会圣礼(即立主的晚餐为圣礼，并非为献祭必得一年四次。加尔文个人以为愈多举行愈好)、遵守安息日，并咒诅天主教的仪式为偶像崇拜。他们也出版一《要理问答》，为加尔文所著，特为儿童的宗教训导。天主教的主教们并未注意到这种需要。此问答成为后来抗罗宗教理问答(如韦敏斯德与海德堡问答)的模型。
这不过是一个起头。困难即将来到。