法勒尔与加尔文担任日内瓦的领袖这件事不久即遭遇反抗，因本城古老的仕绅家族不愿甘居次要地位，居民中生活散漫、不道德的分子都对律法的严厉执行颇抱愤慨。这些律法已经多年记载在册，但从未执行。结果日内瓦获得一个放荡不羁、下流城市的臭名。此外，有些加尔文的论敌是自由思想派，也不再接受教会的纯正教义。于是由于不肯失去威望的日内瓦的爱国者，抱怨一切律例与规条的不道德分子，与受约束的自由思想家的联合，结果组成自由思想派(Libertines)。他们都反对法勒尔与加尔文所领导的新政府。
抗拒的态势渐增并扩延。有些叛党反对律法禁止跳舞，关闭赌场，并限制酒楼营业时间。多人憎恨的一件事实就是加尔文坚持所有市民接纳“公认信条”。他们要求有赞成者签字和不赞成者拒绝的自由。有的人以为加尔文在控制圣餐的纪念，因为有长老在举行圣餐之前到各家拜访，查问教友的行为，看有否分领圣餐的资格，他们认为这是过于严格。大多数的教友不愿把开除教籍的权柄交给教会。但加尔文却坚持这是教会的权柄，唯有教会能决定谁在教会中有好名声。市议会中多人仍要保留这个权柄。
反对加尔文的这一党派势力渐强。他们在市议会中逐渐取得更多的席位。及至一五三八年二月三日的选举中，他们占大多数而获胜。磨擦达于最高潮，在加尔文派与市议会当局之间发生争执。市议会开始为教会下了规条，又介绍了些礼仪，例如在圣餐中用无酵饼、在教会中放施洗盆，并决定遵守圣日。这些实行的条例对于加尔文这一派来说，似乎太近似天主教。此外，政府方面以高压手段来介绍这些变革，并未与教会的牧师商量。于是市政当局进行设立“公开圣餐制”(opencommunion)，命令牧师向所有的人施圣餐。这就是当局与加尔文等人绝裂的最后原因。加尔文及其同仁坚决反对，因为这对他们乃是亵渎圣礼，圣餐必须施给那些悔改与有真信心的人。
议会看牧师们不肯默认就禁止他们讲道。这争执达于白热化，市内起了暴动，捣乱分子向加尔文的住宅丢石头，并于夜间向他的卧室开枪，大声喊叫：“把卖国贼丢在鲁恩河中(鲁恩河系瑞士南部一河流)。”又对着街上的杂种狗呼叫加尔文的名字。虽然如此牧师们仍寸步不让，主张必须传讲神的道，在他们被禁讲道的下个礼拜天他们又步上讲台。那是复活节礼拜，礼拜仪式受扰而变为暴动，人们带着枪到教会去，法勒尔被护卫离开礼拜堂。那是非常紧张的一天。
礼拜一议会召开紧急会议并潦草通过放逐的判决。加尔文、法勒尔以及他们的盲人同事柯罗德(Coraud)必须于三日内离境，永不准返回。改革家们匆忙地整理行装离开日内瓦。加尔文觉得很得释放。他说：“如果我们服事人，这就是最不值得的报酬；但我们所服事的乃是主，他将要赏赐我们。”正如使徒行传的话说：他们“离开公会，心里欢喜，因被算是配为基督的缘故受辱”。