加尔文生平的最后阶段乃是他最愉快的经验，往往称此为胜利时期。教会与政府在日内瓦互相合作，有一牧师团体照顾教会的属灵需要，予以相当领导，并以圣经的原则来训诲政府职员。政府有事往往来向加尔文请教。学校为有能干的基督徒教师所管理。日内瓦迅速地获得模范基督教社会的荣誉。
在此时期内值得人痛心的事就是加氏的健康逐日衰弱。他向来不是强壮的。他年轻的时候即患头痛病。他健康受影响也多半由于工作过多，而又缺乏运动。及至年长，头痛病更形加重。消化不良，往往使他日食一餐。他有胃溃疡，以后又患风湿神经痛、痔疮、膀胱结石、时常发昏、气喘。最后他患四日热(即每隔四天身体发烧)及肺病。他说他一生并无健康之日。
虽然如此，他却作了非常伟大的工作。除了重编《基督教要义》之外，他又写圣经注释，从事次数频繁的书信往来、演讲。他差不多每周讲道五、六次。据说他的讲道是简明、直接的，以诚恳来阐明圣经的教训。
一五**年二月二**在日内瓦学院讲完他最后的一堂课，二月六日则是他最后的一篇讲道。他讲时颇为困难，但终于完成了。三月市议会请求全市民为加氏恢复健康而祈祷。四月他被抬到教会举行圣餐礼拜，当他用颤抖的声音与会众同唱“主阿，让你仆人安然去世”的诗时，多人泪下。他日渐衰弱并求主早日接取灵魂。四月二十五日留下遗嘱。他身无积蓄，因他坚持拒受薪金。教皇比乌第四(PopePiusⅣ)有一次论到加尔文说：“新教异端的能力即在此，就是金钱在他身上也丝毫没有魔力。假如我有象他这样的臣仆，我的教国必扩展到四海之外。”加尔文所仅有的一些金钱他都捐给日内瓦学院、难民和他的亲属。
四、五月时举行了一连串的送别会，许多人受感动。他接待日内瓦的牧师团，并向他们述说为本城的宗教改革运动而有的斗争、困难与神所赐的最后胜利。他劝勉他们要支持他的后继者比沙如支持他自己一样。他最后的一封信是写给法勒尔的，劝他“留意我们的同工，那是与教会有益的”，又说：“我与基督同在，死活于我足矣，基督对那些属他的人，在生在死都毫无所失。”当法氏收到此信后，立刻离开牛查台，虽年逾八旬，仍步行全程，企图在他的朋友未死以前见他一面。
他对市议会代表的临终告辞颇令人受感。他们来向他表示敬爱，加尔文请求他们饶恕他往日的发怒(他容易犯的罪就是脾气，他说这是“我不易驯服的野兽”)。
论到此次的会面，比沙说：“任何的离别所留下的悲痛也不能胜过这些人的。由于他的职分，他们要仰望他，他对他们的训诲犹如来自父神，他们爱他如父亲一样，因为他从小就认识他们、训练他们。”
一五**年五月廿七日，在他背诵保罗的话“我现今的苦楚若比起将来要显于我们的荣耀就不足介意了”后，他便安睡于主怀，享年仅仅五十四岁。日内瓦与全抗罗宗均为其逝世举哀，并承认一位伟大的领袖荣返天家。如克拉登(Colladon)写着说：“当那天太阳西沉的时候，这世界的大光即被取入天。”在教会的记录中，在他的名字旁边写着几个简单的字：“二十七日礼拜六归天。”次日葬于公共墓地。墓碑石上仅刻有J.C.二字母以示埋葬之所。如此终结了这位伟大神仆的地上事工。