首先在禁食之前，应该立下清楚、具体的祷告目标，并在禁食期间以更多的祷告、赞美、读经、敬拜来亲近神。在禁食期间通常可分为三个阶段来祷告：
第一阶段：感谢和赞美的祷告(诗22:3；帖前5:18)。
第二阶段：悔改、认罪的祷告(诗50篇；诗66:18；赛58:1-14，59:1-2)。
第三阶段：祈求的祷告。按着自己所定的目标祷告。在神面前具体祈求或代祷。
有关禁食祷告的经文：
珥二12-13；赛五八5-6；尼九1；帖四16；但九3；出卅四28；撒上一7；撒下三35；士廿26；代下廿3；太十六18；太十七19-21；可一12-13；徒九9；徒十四23；林后十一27。