基督教所遭遇的第二次教難，就是一六五九至一六六五年間楊光先所興起的歷獄，離開第一次南京教難大約五十年？其起因也有一部分相同，就是以為西士治歷，破壞中國成法，在沈涔第一疏中也有這條理由，不過這一次卻完全為了關于治歷上所生的憤恨而起。楊光先是安徽翕縣人，在明朝為新安衛官生，以參劾大學士溫體仁給事中陳啟新而得名。他鑒于湯若望做欽天監監正，用西洋法來修中國歷，在歷書上寫著『依西洋新法』字樣；認為是暗竊正朔之權以予西洋；變成使中國奉西洋正朔了。所以在順治十七年十二月初三日上了一個奏章，參劾湯若望非中國聖人之教，未準。說者皆以為楊氏是回教人，監正一職，向為回人充任，中國歷算，向探回回歷法，今為西洋人所奪，因生嫉妒，想把西洋人**。最近陳援庵先生謂此未必可靠。楊氏是否是回教人？在中國書中沒有根據，這話很有理由。所以楊氏反對西洋人修歷，不過借題發揮，是完全出發于排外思想，與前述破邪集等人的立場差不多。看他後來參劾湯若望等的三大罪狀︰(一)潛謀**，(二)邪說惑眾，(三)歷法荒謬。還是注重于一二兩點。
因為順治帝于湯若望等教士，甚為寵眷，楊氏的參劾，當然不生效力。他只好改變方針，從事于運動權貴，乞靈于文字，來潛植勢力。于是著成闢邪論上下兩篇；印刷五千份，廣為散布。上篇是駁斥李祖白所著天學傳概一書。(李祖白是天主教**，任官于欽天監的。)以為依照天主教說，是率天下而無君臣父子。他更說︰
『若望借歷法以藏身金門，而棋布邪教之黨羽于大清十三省要害之地，其意欲何為乎？
大清因明之待西洋如此，習以為常，不察伏戎于莽，萬一竊發，百余年後，將有知予言之不得已者。』
這是他最大的理由，意思就是以邪說惑眾，潛謀**為教士們的罪狀。下篇是駁斥耶穌即天主之意，以為荒謬無稽。按天學傳概一書，本為利類思(Buglio)神甫所著，李祖白許之漸各作序文弁首，而闢邪論誤以為李祖白所著。而天主教歷史中？則謂利類思作此書為對闢邪論逐條辨明。說︰『楊光先見之，又作一書，名不得已，較闢邪論誣枉尤甚』。在不得已中說，天地萬物，系陰陽二氣所凝成，沒有什麼主宰的創造。以亞當為人類元祖，把中國人都變成西洋人的子孫了。並且西洋人來中國傳教，無非要謀我中國。又說︰澳門屯兵不少，湯若望實在是個頭腦，不可以不防備他。利類思乃作不得已辨以闢其誣。楊書流傳既廣，影響甚大。不但朝野人士有因而相信他的，即向來與教士們表同情的人，雖明知其言不實，也不敢得罪權貴，沒有仗義執言的人。恰值順治去世，教士們失了有力的保護，康熙年齡甚小，政權都操在輔政大臣手里。當時輔政大臣熬拜，本來不喜教士，現在又惑于楊光先的話，便有機會可乘。楊光先上了一個奏章，說湯若望等將潛謀**，于是便掀起大獄，把湯若望逮捕，發交禮部審問，這是康熙三年八月間事。湯若望這時年已七十有三歲。適患痿痹之癥，口舌結塞，由南懷仁(Verbiest)在旁，代為申說，審問圖謀不軌事，毫無證據。從此每日提審在京的湯若望南懷仁利類思安文思(Magalhaes)四神甫，一連審了十二堂。及至十月間，傳出諭旨，提審四神甫及奉教職官李祖白潘盡孝等盡行收監。南懷仁等皆瑯鐺入獄，惟湯若望監押禮部。過了兩月，判定湯若望邪說惑人，革職監候絞，其余有職的革職充軍。便將湯若望移押刑部大獄，這獄本為大盜著匪拘押之所，而湯若望以老年受此酷刑，痛苦已極。楊光先意猶未足，再三上書，說西洋歷法，種種不善，舉數年前順治幼子榮親王之死，欽天監所選殯葬時刻，大為不吉，以致累及順治之喪。輔政大臣以此為情節重大，命六部九卿會勘。廷臣們已惑于楊光先先入為主之言，以為湯若望罪同弒逆，應得肢解之刑，其余如李祖白等七人，罪應斬決。乃于康熙四年四月初一日大會朝臣二百余人，公同定案，不意案方議定，地忽大震，朝臣莫不驚惶散出、相顧失色，及至重復入堂坐定，地又大震，屋宇搖蕩，牆壁傾倒。大家以為上天示警，應減輕罪名，以回天意，次日，便將南懷仁等三神甫釋出，湯若望肢解之刑，改為監候斬。接著又一連地震三日；人皆露宿，惴惴不安。該輔政大臣以此案呈請太皇太後定奪，而太皇太後覽奏不悅，擲摺于地，嚴責諸輔政大臣，對他們說，『湯若望向為先帝所信任，禮待極隆，爾等欲置之死地，毋乃太過』。遂命速即開釋，惟李祖白等以榮親王事應當斬決。于是湯若望得蒙開釋，而李祖白宋可成宋發朱光顯劉有泰五人，均被冤殺。其他奉教大員，如御史許之漸，臬台許鑽曾，撫台佟國器，均遭革職。
湯若望蒙赦以後，即歸宣武門內天主堂(即南堂)，而楊光先既得勝利，便做了欽天監監正，同時，把南堂奪為自己的住宅，湯若望遷到東堂與南懷仁等同住，到第二年湯若望即因病去世，時年七十五歲，在中國為道工作，已有四十四年。
當京中這件案子鬧得利害的時候，各省督撫，也奉旨拘拿西洋教士，解京審辦，並禁止天主教的傳習，堂宇查封，經像焚毀。然而各地方長官，很有許多同情于教士們的，不忍加以拘拿，如江甦福建湖廣等省，都很優待教士，到期派兵護送進京。松江知府，甚至為潘國光(Brancati)神甫設筵餞行，南京劉迪我(LeFarre)神窗，亦蒙官廳優待。惟在山西陝西山東江西等省，教士卻備受凌虐。山西金尼閣(Trignult)陝西李方西(Ferrariis)以及山東汪儒望，江西聶伯多(Caneveri)浙江洪度貞(Auzeri)等，均被鎖押，教友亦遭苦刑，甚至有因而喪命的。各省解京神甫，共計三十個人，內有耶穌會二十五人，多明尼會四人，方濟各會一人。五月間先後到京，即有一人棄世。諸神甫大半皆年齒高邁，須眉皓白，他們在中國有已歷四十余年的，卻從來沒有會面的機會，如今反可以會東堂，末始非窘難中的樂事。這樣居留了兩個月，方奉旨定斷︰除南懷仁等四教士仍得留居京師外，其余俱遣發廣東交該省總督看管。于是有二十五位神甫，均圈禁廣州老城耶穌會堂之內，不準出城，不準傳教，幸有奉教紳士蚓戛為之照管。這時各省教務，端賴中國神甫羅文藻所照料，北省有教友許謙往來行教，教務得以維持。
教會這一回所遭迫難，正有如暴風驟雨，陰霾蔽日，至此方風停雨止，不久，便光明復現。因康熙帝年事稍長，臨朝親政，兩官皇太後曾屢稱湯若望為人，與其所推算歷法之善，向為先帝所信任，二十年並無過犯，今遭讒人陷害，深為可惜。康熙知道其間委曲，乃欲考其真相。其時楊光先既為欽天監監正，然對于天文學識，實無所知。康熙五六七年日歷，本為湯若望等所造就，故無問題，及所造康熙八年之歷，乃有不少差誤。康熙命近侍持以訪問西士，經南懷仁等指出錯謬多端。帝即于次日召南懷仁等入朝，時禮部尚書名布顏與欽天監人員咸在。侍臣乃宣讀上諭︰『歷法關系國家要務，爾等勿懷夙仇，各執己見，以己為是，以人為非，務當平心考察，誰是誰非，是者從之，非者改之，以成至善之法。』並將南懷仁在楊光先歷上，指出的錯誤，亦朗誦一遍，問楊光先何以自解？楊乃大恚，憤然與辯，而教士們卻和顏悅色，侃侃而談。次日又大會朝臣，命南懷仁楊光先測驗日影，法立直木于平地，預測正午日影所至，而南懷仁推算不差分亳。又命測星象，亦悉如南懷仁所預言，而楊光先與欽天監監副吳明 竟茫然不知。諸大臣乃以試驗經過。報告皇帝。楊光先知事不妙，深恐南懷仁進用，將于己不利，即上一奏章，言『中國乃堯舜之歷，安有去堯舜之聖君而采用天主教歷？且中國以百刻椎算，西歷以九十六推算！若用西洋歷，必至短促國祚，不利子孫。』他原想把這些聳人動聞的話打動皇帝，可以不用西洋歷；卻不料康熙早有平反前案之意，故意用這試驗之法，使一般大臣，明知其曲直優劣所在，而且楊光先這幾句話更激起了反應！便斥為妄言，著即革職。署南懷仁為欽天監正，南懷仁固辭不受，惟願布衣終身，在監效勞。
當時學者，曾有對楊光先的批評，王士禎池北偶談卷四說︰
『楊光先者，新安人，明末居京師，以劾陳啟新，妄得敢言名，實市儈之魁也。康熙六年，疏言西洋歷法之弊，遂發大難，逐欽天監監正加通政使湯若望，而奪其位。然光先實于歷法毫無所解，所言皆舛謬。如謂戊申歲當閏十二月，尋覺其非，自行檢舉，時已頒行來歲歷，至下詔停止閏月。光先尋事敗，論大闢。光先刻一書日不得已自附于亞聖之闢異端，可謂無忌憚矣。』
阮元疇人傳卷三十六亦有同樣的批評︰
『光先于步天之學，本不甚深，其不旋踵而敗，宜哉！元所藏不得已，卷末有雜記數條，不署撰人名氏，中一條雲︰欽人言，光先南歸，至山東暴卒，蓋為西人毒死，而池北偶談則論大闢，其實光先蓋論大闢免死歸卒者也。』
王士禎說光先論大闢，固非事實，而阮元所舉歙人言，為西人毒死，更不可信。蓋西教士以道德勸世，決無此種仇恨陰險的舉動。同書記錢大昕說︰
『吾友戴東原，嘗言歐羅巴人，以重價購不得已而焚之。』同樣是不可信的傳說。但是楊光先究竟怎樣死的呢？據天主教傳教史所載是患發背而死的。先是楊光先既去官失勢，同時，那些同惡相濟的同黨，皆一一傾倒，如︰甦克薩哈是一個仇教最厲害的人，當時曾力主處湯若望于死刑的。但是他在湯若望死後兩年，為他人告發二十四款大罪，乃罹絞刑，其子佷亦皆棄市。熬拜，遏必隆二人，亦于楊光先失敗之年，削職罷黜。康熙帝知道當時湯若望一案的冤抑，暗暗地叫利類思等三神甫上書訴冤，許以平反，神甫等便遵諭上疏，略曰︰『臣等同鄉遠臣湯若望，來自西洋，住京三十八載，在故明時，即奉旨修歷。恭逢我朝鼎新，荷蒙皇恩，勒修歷二十余載，允合天行，頒行無異。不料遭棍徒楊光先，倚恃權奸，指為新法舛錯，將先帝數十年成法妄行更張。幸諸王大臣，秉公考察，古法件件誤舛，而新法則無不合，蒙恩命懷仁仍維新歷、此已無庸置辯。惟是天主一教，即詩經所說︰『皇矣上帝，臨下有赫，』而為萬物之宗主也。在故明萬歷年間，其著書立言，大要以敬天主，愛疇人為宗旨。總不外克己盡性，忠孝廉節諸大端，往往為名公卿所敬慕。世祖章皇帝數幸堂宇，賜銀修造，御制碑文，錫若望嘉名。若系邪教，先帝聖明，豈能如此表章？乃為光先所誣，火其書而毀其居，捏造闢邪論，蠱惑人心，臣等亦著有不得已辨可質。且其並將佟國器許之漸許纘曾等誣告，以致為教革職，此臣等抱不平之嗚者一也。又光先誣告若望謀反，臣等遠籍西洋，跋涉三年，歷程九萬里，在中國者不過二十余人，俱生于西而卒于東，有何羽翼，足以謀國？今遭橫口誣蔑，將無辜遠人栗安當等二十五名，押禁廣州府，不容進退。且若望等無抄沒之罪，而房屋被人居住，墳地被人侵佔，況若望為先帝數十年勛勞藎忠，羅織擬死，使忠魂含冤，此臣等抱不平之嗚者二也。臣等與若望俱天涯孤蹤，免死狐悲，情難容已。今權奸敗露之日，正奇冤暴白之時，冒懇天恩，俯鑒覆盆，恩賜昭雪，以表忠魂，生死餃恩。』康熙即把這呈文交六部九卿詳議，議得湯若望李祖白等的確被誣，應照原品賜邱，並給葬銀賜祭。其因奉教而被革職的佟國器許之漸許纘曾潘盡孝等十余人，俱應開復原官。宣武門內天主堂房屋，應給還南懷仁等。而楊光先則因誣告反坐，情罪重大，應即處斬，妻子流徙甯古塔，王公大臣等把這議案，呈報皇帝，即批依議施行。惟念楊光先年紀已老，故免死罪，著即驅逐回籍。楊光先使狼狽出京，舟行至山東德州，背上生一惡疽(俗叫發背)，不久，便死了。講到楊光先的失敗，實在可以說是咎由自取。他既然對于歷算之學，本不甚深，要在這上頭與有專門研究的教士們爭長短，同時，強詞奪理地攻擊到基督教道，這顯得他的不自量，不識時，抱著憤憤之氣來圖一時快意。阮元說他『不旋踵而敗，宜哉！』實在是很確切的批評。
湯若望這件案子，果然平反了過來，但那些被拘押在廣州的神甫們，還沒有釋放，傳教之禁令，還沒有解除。這是在京三神甫的主要問題。修治歷法，本不過是為輔助傳道的一種方法，傳道既不能得到公開，豈不是變成舍本而逐末麼？于是他們便決意辭去歷官的職務。皇帝知道他們的隱意，便派國舅佟國綱慰留，並且告訴他們欲弛傳教禁令的困難，因為朝臣中尚有許多反對的人，叫他們姑且忍耐等待。神甫們始知皇帝並無仇教之意，頗得諒解，遂勉強打消辭意。一面在北京修葺東南兩教堂，天天在內獻祭講道，朝臣們亦知皇帝意思，對于他們傳教工作，並不加以阻止，所以這一年中有三千人受洗進教。第二年三神甫再上疏請求開釋廣州二十五位神甫並弛教禁。結果，仍為部議所不許。等到康熙九年方才獲得開釋教士的上諭，該上諭中因欲調停部議，一方面準許廣州二十五教士各歸本堂，一方面不準添立教堂與中國人入教。二十五人中如有通曉歷法的，令即來京幫同治歷，並御書『奉旨歸堂』四大字，囑分送廣州二十五神甫。在廣州被禁諸神甫，這時生存的只十九人，重返各省工作，各省封禁教堂，一律交還，被人拆毀的，責令賠償，地方官莫不優禮相待。其時閔明我神甫已死，格里瑪弟(Grimaldi)乃冒稱其名，由澳門來華。然以其通曉天文歷法，便奉召與恩理格(Herdtricht)徐日升(Pereyra)三人一同進京修歷。南懷仁即著成永年歷書共三十二卷，推算至二千年之外。又奉命鑄炮數百尊，皇帝親臨炮場試放，大得褒獎。康熙之于南懷仁，正如順治之于湯若望，屢加官職，升至工部侍郎，然皆固辭不就。康熙且日與南懷仁徐日升閔明我講求西學，對于教會發生極大興趣。當時法國皇帝路易十四，因聞中國皇帝雅好西學，南懷仁等神甫，又蒙優遇，乃派教士五人來華。此五人皆精通天文之學。南懷仁乃言于帝，奉召進京，便是法國教士初入中國之始。此後巴黎傳教會士，相繼而來，四川兩廣教務賴以發展。不意該教士在來京途中，忽接南懷仁去世消息，及至京，由徐日升帶領引見，著留張誠(Gerbillon)白晉(Bouvet)二人在京供職，余三人任令在中國傳教。
當康熙十六年，安文思病歿，至二十六年南懷仁又病歿，皆蒙帝命賜葬。南懷仁享年六十六歲，皇帝派員致祭，御制碑文，勒石紀念，碑文︰
『朕維古者立太史之官，守典奉法，所以考天行而定歲紀也。苟稱厥職司，授時之典，實嘉賴之。況克殫藝能，有資軍國，則生膺榮秩，歿示褒崇，豈有靳焉。爾南懷仁，秉心質樸，肄業淹通，遠泛海以輸忱，久服官而宣力，明時正度，歷象無訛，望氣佔雲，星躔式敘，既協靈台之掌，復儲武庫之需。覃運巧思，督成大器，用摧堅壘，克裨戎行，可謂蒞事惟精，奉職弗懈者矣。遽聞溘逝，深切悼傷，追念成勞，賜名勤敏。嗚呼！錫命永光手重壤，紀功廣示于遐陬，勒以貞 ，用壅弗替。』
這里可以看見康熙于南懷仁的寵眷，盛稱他治歷鑄炮之功，實則南懷仁最大的貢獻，並不在此，乃在于以一身系教會之安危。自楊光先教難以來，二十多年間，教會幾經困難，從黑暗勢力籠罩之下，平反冤獄，這是他的大事。但是教難雖平，傳教之禁仍未解除，西士不能傳教，華人不準進教，排外仇教的官吏，往往借為口實，橫加**，然卒能安然無大風波，都是靠著他的力量。越三年，浙江便發生搶掠教堂，**教友之事，蓋因巡撫張鵬翮出示禁習天主教而起。杭州神甫殷鐸澤告急于北京神甫，徐日升張誠乃面見皇帝，求弛教禁，命禮部議奏，禮部不符上意，復命內大臣滿與官再議，國舅佟國綱迎合上意，具題如下︰
『臣等會議，查得西洋人仰慕聖化，由數萬里航海而來，現今治理歷法，用兵之際，力進軍器火炮，差往俄羅斯，誠心效力，克成其事，勞績甚多。各省歷住之西洋人，並無為惡亂行之處，又並非左道惑眾，異端生事。喇嘛僧等寺廟，尚容人燒香行走，西洋人並無違法之事，反行禁止，實屬不宜。相應將各處天主堂俱照舊存留，凡進香供奉之人，仍許照常行走，不必禁止，臣等未敢擅便，謹具題請旨。』帝即批示『依議』，此旨一出，全國教堂，莫不歡欣歌舞。杭州殷神甫預備進京謝恩，不意，方欲起程，教堂忽毀于火，事聞于帝，飭浙江巡撫重行建造，張巡撫心雖不願，然亦無可如何。康熙三十二年，皇帝偶患瘧疾，太醫束手無策；張誠獻上西藥，一服而愈。皇帝大悅，遂賜張誠住宅，(該宅即前輔政大臣甦克隆哈舊府)並賜地建築天主堂一所，親題『萬有真原』匾額，並題一聯︰無始無終，先作形聲真主宰。宣仁宣義，聿昭拯濟大權衡。又作律詩一首送至堂中。詩曰︰森森萬象眼輪中，須識由來是化工。體一何終而何始，位三非寂亦非空。地堂久為初人閉，天路新憑聖子通。除卻異端無忌憚，真儒若個不欽崇。當南懷仁過世以後，由閔明我繼其職，到康熙四十六年，閔明我去世，又由紀理安補欽天監。這時張誠已先去世，徐日升已于次年病故。在京教士，除白晉外，有巴多明(Pavennin)憑秉正(deMailla)雷孝思(J．B．Regis)等人，奉命赴蒙古及各省，用西洋三角測量方法，繪畫地圖。參加此工作者，另有神甫十余人。先從關外起頭，依次及各省內地，為時歷九年之外，圖始告成，名曰皇輿全覽圖，還有各省分圖。這圖實在比當時利瑪竇所繪的，詳盡得多，可以說中國最科學的第一幅地圖。白晉等進呈康熙，大得贊賞。康熙在位六十年，對于教士，實有非常的好感，教會便因此日臻發達。
但在這四十年間，至少可以見得增加了一倍以上，亦足以證明在十七世紀康熙時代教會的發達了。但是不幸因著禮儀問題的爭端，使中國教會遭受很大的打擊。