说者谓教会正在顺利进行的时候，忽然发生内部的争端，为着礼仪问题而各执一辞，使教会受到很大的影响，不可谓非教会的不幸。其实这问题的起源，在耶稣会初入中国时，即已开端。耶稣会士利玛窦，为了便于推行教道的缘故，处处谋迎合中国固有风俗习惯，所以他最初便穿着和尚服装，以为可以借此不受中国人歧视,及至以后知道和尚并不为社会所重视，乃改为儒者的装束。在利玛窦以为凡不妨碍基督教本根信仰的各种习惯，不妨予以迁就。所以他在God的称谓上，与尊孔祭祖的问题上，都不十分固执。因为那时候，基督教初入中国，对于宗教上应用的名词，一时很难决定。God之名，起初便译音而为陡斯(Deus)，因为找不到一个新的适当名词。从前回教、犹太教、景教等对于这点都感困难。所以利玛窦起初用『天主』二字。后他从中国古书中，看见天或上帝的名称，是中国古圣贤用来指天地的主宰的，于是改变初志，便用天或上帝而不用天主了。后来又读到朱熹对天的解释，说天不过是一种义理：即上帝亦不必是独一的天地主宰。他又以天主或上帝并用。这便引起了后来的争论，即有一派人主张只许用天主，而不能用天与上帝之称。而耶稣会士一派以为三名不妨并用，因为中国古人曾以此解作天地主宰。这问题辩论得非常利害。后来更正教中在翻译圣经上也会经发生同样的讨论，有主张用神字代替上帝的。直到现在有些圣经封面上还是注出『神』或『上帝』字样，表明这书里把GOd译作『神』字的或译作『上帝』,不过没有像天主教当时那样的严重罢了。第二个问题，就是：关于祭祖敬孔，是否有罪？基督徒是否绝对不能参加？在这种礼节中是否含有宗教的意味？或者传教士虽认为有罪，而基督徒仍可以凭良心的裁断？因为这是中国几千年来的民众习惯，一旦欲完全把它排斥，势必在传教工作上将受莫大的阻力，一般人将以督教为破坏中国的家族主义与国家观念了。利玛窦对于这个问题，曾经采取一种折衷办法，以为基督徒认这不过是一种礼节，表示敬仰与孝思而已，不妨任他奉行，这原是一种不得已的从权办法。但当时已有耶稣会士加以反对，像龙华民等，曾经禁止祭祖拜孔，以为这与佛道讲宗的拜偶像无异，大有背于天主教教义的。
第三，关于一部分零碎问题，如：民问出会迎神等举动，基督徒应不应输钱与参加？或者一个基督徒，他的祖宗是非基督徒，是不是适用基督教的仪式？或者牧师为妇人施行洗礼，能否免去那些在中国习惯上所认为不甚合适的礼节?这一些小问题，是与上述问题有连带的关系，是附属的，而不是主要的。所以成为这次论争中的中心问题的，还是第一第二两点。教会在十七世纪外来的**，既然减少，而内部便起了争论。结果，从两派不同的意见，变为派别间的嫉妒，更影响到国际方面。不但在远东的传教士，都参与两方面的阵线，即欧洲教会亦因此而有剧烈的辩论。
在中国的耶稣会士，大部分是拥护利玛窦的主张，而多明尼与方济各会人，大都站在反对的地位。一六三一年时有多明尼会士到福建传道，他看见耶稣会士容任祭祖敬孔的事，便大不以为然。就连合方济各派，把这个问题禀告到马尼刺(Manila菲律宾首邑)总主教，总主教又把这禀告送到罗马教皇迁尔朋第八，这是一六三五年的事。一方面由教皇派员调查，而一方面耶稣会士向教皇辩诉，到一六三八年，遂由总主教撤回其诉状。
多明尼会士有名马拉来斯(Morales)的，从一六三三年来到中国，一六三七年被迫离开中国。他对耶稣会开始就反对。到了欧洲以后，在一**三年，把这情形告诉宣教会，提出十七条问题对耶稣会攻击。内中有几条比较重要的，如：
传教士在给妇女施洗时，是不是可以取消涂油礼？
是不是可以准许中国人出百分之三十的利息，靠放债过活的人做基督徒？既做基督徒后，是否仍旧可以继续这种职业？
基督徒是否可以捐钱给迎神赛会等迷信事情?国家举行祭祀时，基督徒是否可以参加此种仪式？基督徒可否参加祀孔典礼或其他葬礼？基督徒是否可称孔子为神？在礼拜堂可否置『万岁』一类的碑文或匾额？
经宣教会讨论的结果，并呈请教皇依诺增爵第七的同意，于一**五年九月十二日发表一道禁止的命令。在这命令中声明此项禁止，在未有别项决议前，须暂时遵守。而在中国的耶稣会士，对于这决议，自然非常惊奇，决定向当局陈述他们这方面的意见。于是在一六五一年派了一代表，就是卫匡国神甫(Martini)到罗马去解释。他们认为马拉来斯对于他们的制度，不曾有正确的了解。迨一六五四年卫氏到了罗马，把耶稣会一方面的陈述送交『异**裁判所』，经过相当的考虑，由教皇亚历山大第七裁定，准许耶稣会照他们的意见去做，让基督徒自己决定这范围内的事，无论含有迷信的礼节与丧礼等事，只要不妨害他们根本的信仰，均可自由参加。这是一六五六年的命令，表面上好像与一**五年的命令冲突的，实际上都是一种暂时性质，并没有绝对肯定的话。多明尼会对于第一次命令，本来已经不很满意，马拉来斯曾经提出了责问。这时候马氏已去世，同会就有鲍郎高(Palanco)继马氏而起，向教廷询问：是否取消一**五年的法令？等到一六六九年教皇格来孟第九答覆他一道公文，说两个法令，在依照环境情形下都当遵守，这似乎是使耶稣会得了点胜利。
当第二次教难发生，各省教士都被禁押在广州，包括耶稣会、多明尼会、方济各会人员,其问以耶稣会人数为最多，这是一个很好的合作机会。他们用了四十天工夫，充分讨论着教会各方面的问题，共同议决了四十二个问题，中间有一条『当遵守一六五六年法令』。当议决时，与议诸教士一一签押遵守。而多明尼会有名那槐来脱(Navarrette)的不能同意，潜逃至澳门，又乘船回到欧洲。他在欧洲发表了些著作，大大地攻击耶稣会，所以当时的耶稣会不但天主教中攻击他，就是欧洲的更正教也攻击他。不过在中国的情形却两样，所有的方济各会奥斯定会人大都附和着耶稣会，即站在反对地位的多明尼会中，也有替利玛窦当时的境地而辩护的。只有那位福建主教名叫满家乐(Maigrot)，他是大不满意于耶稣会的制度，也有些耶稣会中的法国人，与满氏表同情。那位满主教曾经公布了一条命令，禁止应用耶稣会制度，不许称天主为天或上帝，也不准在礼拜堂里悬挂写『青天』字样的匾额，以为一六五六年教皇的法令，在良心上没有遵守的责任，指斥卫匡国所呈诉的理由毫无根据,所以绝对不允许教友可以自由祀孔与祭祖。因为若不把这些异端从礼拜堂中除掉，便不能使教友们专心崇拜上帝，传教士更不能把基督的道理去牵合中国古书里的教训，应当注意到基督教所称的God，乃是一个创造天地万物的主宰。他为了要实行这道命令的缘故，用断然的手段开除了两个耶稣会信徒，于是激起了耶稣会会众的反响，发生了很大的冲突。他因此派了两位教士，名叫管末南尔(Guemener)与雅尔马(Charmot)到欧洲去把这问题请求教皇依诺增爵第十二重新审查。一六九七年教皇把原案交付『异**裁判所』研究。这问题又变成了宗教界极有兴趣的辩论，一时出版许多辩论的书籍。有一位更正教的哲学家名叫莱伯尼志(Leibniz)，也替耶稣会著了一篇辩护书。直到一七○○O年巴黎大学神学系教授发表宣言，不赞成耶稣会的主张，并且批评耶稣会方面的书籍，才转移了一般人的目光。
这问题既在欧洲闹得满城风雨，教廷便组织一个委员会去研究，这个委员会中，没有耶稣会多明尼会人参与其间，以期有公允的解决。而此时在中国的耶稣会士，适有把『祭祖与祀孔是否含有宗教性质』的问题去请问康熙皇帝，康熙皇帝便于一七○○年十一月三十日正式宣言，说中国的祭祖祀孔，不过是一种崇敬的礼节，纪念其过去的善行，并没有宗教性质。然在反对耶稣会的人，更得了一种借口，说关于教会的事，不请求教廷解决，反而去请求教外皇帝决定，实在不当。这实足以挑起教皇对耶稣会的恶感。到一七○四年『异**裁判所』印成一件公文，得教皇格来孟第十一(ClementXI)的批准，于十一月二十日公布，其条文有：禁止以『天或上帝』称天主。
禁止礼拜堂里悬挂有『青天』字样的匾额。禁止基督徒祀孔与祭祖。
禁止牌位上有灵魂等字样。教廷因欲推行这公文，第恐发生什么不良的影响，就决定派一个特别代表，来调停东方的争端。因为当时在印度马拉巴(Malaber)也有同样的事件发生，所以这个代表，必须要灵敏强干，不但要使教士和当地**满意，并且希望中国能谅解到教皇的法令。负着这样重大使令的人选，一时很难获得，最后乃决派多罗(CharlesMaillarddeTournon)主教带着这道法令到中国来。先到了印度，预备在那里解决马拉巴的争执，结果，给匍萄牙主教与耶稣会人反对，没有什发效能。乃在一七○五年四月到了广州，十二月四日到了北京。耶稣会里的匍萄牙人，对于他的委任，根本起了怀疑，因为那些传教士费了一生的精力在中国做工，建造起许多房子，现在被一个年青的并不懂得中国情形的人来辖制，当然不能表示十分的服从。康熙帝起初很以优礼相待，后来这位青年的代表，与皇帝的观念站在反对的地位，对于康熙前此所发出的谕旨，不能略为迁就，使康熙大大地不悦，乃下逐客令，命其速离京师。多罗不得已离开北京，到达南京。于是康熙帝便在一七○六年十二月间发出一道上谕，说明凡传教士非领得朝廷准予传教的印票，及许可服从中国的礼仪的，不准在中国传教。
多罗主教听到了这个命令，他想到自己所负的使命，便在南京宣布的教皇的命令，并且加上自已的解释，谴责那些用上帝和天的称呼与那些牌位表示阴云的。并且说凡违反这种禁令的，必须赶出教会；这显然与康熙皇帝反对了，因此，有些法国教士，因为不服从康熙帝的命令，被驱逐出境。惟有多数的奥斯定和耶稣会人，接受皇帝的话，不过他们很希望将来去请求教皇，修改多罗的宣言。康熙帝因为多罗的反抗，就把他送到澳门看管起来，一面由耶稣会的提议选派两教士到罗马去申说，希望对于多罗在南京的宣言与一七○四年的法令有所变更。多罗既监禁在澳门，澳门的主教对于他也发生了反抗，但是多罗仍旧行使他代表的职权，赶出几个教士，声明凡未得代表的允许，都不能在中国传教，也不许澳门的学院奥修道院容纳，于是事情闹得更利害了。结果，在澳门的葡国官员，也起来反对多罗。不过罗马教皇却嘉许他的忠心。升他为红衣主教，可惜这升职的公文还没有到达之前，他已经在澳门去世了。
多罗在南京所发表的宣言和耶稣会的请求，到了罗马，不但没有被教皇接受，反而重行申明南京宣言与一七○四年的法令，是同样的效力。方济各会教士，把这篇申明公布在北京的礼拜堂里，耶稣会人因此就感到极大的不安。罗马教廷预备更有力的举动，教皇格来孟十一又颁布了一道正式的谕旨，重新述说前此的禁令，必须绝对遵守，否则将受逐出教会的处罚。凡传教士必须宣誓服从。不过对于一切纯粹属于政治范围而不含迷信的礼节，许予容纳，若有一个新礼节产生时，不能决定它是否属于迷信的，须送教皇审查后实行。这一道严厉的教谕，教士们都不敢把它公布在教堂里，等到主教在教堂里宣读出来，就被康熙帝捉去监禁。耶稣会因此仍得继续工作。在这种情形之下，教廷方面不得不再派一个比较重要的人到中国来，调解这极端的争执，于是选派了一位主教名满柴尔排(Mezzabarba)做代表，于一七一九年离开罗马，第二年九月到了澳门。这次葡萄牙人却很优礼的接待他。十二月间到了北京觐见康熙皇帝。康熙皇帝对他非常冷淡，因为过去的争执，本来很不高兴，及至看见教皇的公文，更加觉得生气，就在公文上批着这样的话：『欧洲人没有资格批评中国的礼节！』耶稣会人很为这事耽忧，因为这样下去，恐怕要毁坏了过去的工作，所以他们请求满主教不要把教皇的谕旨宣布。但是不能得他的允许，仍旧宣布出来，不过在教谕的下面，加上几条变通的办法：基督徒可以有牌位，也可以允许基督徒不迷信的拜祖宗，为守礼节而祭孔也可以，用香烛食物陈设在牌位前面，在棺材前叩头，葬礼中用香烛等等，皆可以权宜从事。这是一种对中国皇帝的让步，但是康熙皇帝仍不满意，所以与皇帝间不能有较进步的感情，不得已只好离开北京预备回欧洲去。在还没有离开之前，他写了八条宽免的办法给教会，与前述的变通办法差不多，用来作一般传教士工作上的指导，但不许把它译成中文或满文。这办法不但在拥护教皇方面的人并不看重，耶稣会人亦不守他的嘱咐，仍旧把它译成了中文。那时他已带了多罗的尸骨回罗马去了。这位满主教，比较其他的人果然圆通得多，但在这复杂的情形下，却仍没有带什么平安给中国的基督徒。
当满主教回罗马报告教皇之后，教皇便发了一个命令给耶稣会，责备他们不能领导教友服从教令，即是对教皇的不忠，因为不服从教令就得处罚。恰巧这时候换了几个教皇，所以暂时搁置。直到一七四二年本笃十四(BenedictXIV)乃旧事重提，发了一道命令，取消满主教所自定的八条允许，维持格来孟十一的禁令，声明凡不服从这法令的，必须回欧洲处罚。这个强硬的法令，却暂时压住了长期的争执，虽然有不表赞成的人，却也无可如何，只好默尔而息。继承康熙之后的雍正，他本不很赞成基督教，所以更固执着康熙的主张。恰巧那时候又另外产生一种争端，即有些基督徒在父母去世时，把父母的姓名职衔写在一块白缎上，让教外人叩拜，在福建有些教士并不加以禁阻。北京主教觉得这是违反一七四二年的教令的，便通令各教堂，说明向死人叩拜是有罪的。不意这命令在各教堂发表的时候，引起了一种骚动，其至有人大叫说『叩头是不是迷信？』主教便选定了这个题目讲道，希望借以安定教友，却不料反而增加了纷扰。因为有些官家或贵族的基督徒，不能容忍这种限制，又回复到反抗的态度，争端又复活了。教皇鉴于这种纷争，长此不已，实非教会之福，便毅然的一七七五年把耶稣会解散。这可见教廷当局，宁可牺牲在中国的已往工作，不愿和中国的风俗习惯有丝毫妥协，这种守正不阿不肯枉尺直寻的精神，实在是无可厚非的。但是我们看看这故事的经过情形，并不能叫我们欢喜，因为我们看见里面有许多妒忌，攻击，仗势等等不良的因素，实在违反基督教到中国来的精神。所以有以为这种争执，实在是自己毁坏了传教工作，若是没有这次争执，若是不因争执而触怒了中国的皇帝，十八或十九世纪的中国，或者可以变成天主教的国家。康熙对于教士，本来有很好的感情，为了与教皇发生意见，就一反从前的态度。本来因为皇帝的倾向，使那些反对教会的人，不敢有什么动作，等到皇帝的态度一变，这种反对的势力，也就渐渐的活动起来，造成了反教的风潮，这全是由于这次争端所召来的恶果。但依我看来，这批评实在是知其一而不知其二的。基督教为求推行上的便利，对于社会风俗的迁就，在有限制的条件下，并非绝对的不可能，然而因此将影响到基督教的精神，不能不予以纠正。利玛窦的主张，本有他的苦衷，但后来的耶稣会士变本加厉，一味迁就，反而失去了自己的立场，宜乎有人要起来反对。不过这种反对或掩护的方式，有点不智，以致影响到整个的大局，果然可惜。但是要说没有这些争执，教会便会达到怎样的程度，而且不会引起反教的风潮，这却不可以认为定论的。相反的，教会若然单靠着某一种势力，他的后患必定更大，因为某种势力有夫掉的时候，那时，反动的力量更利害。所以有人以为康熙本来有做基督徒的可能，只因这一次争执阻当了他。要知道康熙做不做基督徒，于教会原无关系，正如上面所说的道理，反而于教会无益而有损的。
现在言归正传，要联带的说到康熙以后的教难，虽然不能说完全由于这次争论的结果，但多少也有几分关系，应当在这里叙述一二。
自前次沈涔杨光先之难平息以后，靠着康熙帝的保护，有五六十年的安宁。现在因礼仪之争激恼了康熙，使康熙改变以前的态度，从此历雍正乾隆嘉庆以至道光，又遭遇着不少的困难。第一件惨案，要算苏努全家的蒙难。苏努为雍正的从兄弟，说他有帮助允祀(康熙第八子)谋立之嫌，便因此获罪。原来康熙有二十三子，末年诸皇子皆谋继帝位，各树党派，互相倾害。四皇子胤祯以诈术取得帝位，是为雍正，借故治诸弟以罪。苏努全家也被牵连在内。苏努之子苏尔金书尔陈勒什亭乌尔陈木耳陈等均失后受洗进教，至是勒什亭乌尔陈均随允唐允祀充军西宁，葡籍耶稣会士穆经远(Mouras)神甫素为允祀所敬爱，邀与同往。勒什亭乌尔陈既到西宁，不特专务灵修，亦且热心传道。据耶稣会士巴多明(Parrenin)致书同会函中有云：『川陕总督年羹尧递摺控类思(勒什亭)若瑟(乌尔陈)同入天主教，并捐资建教堂，又与教士穆经远相善。』雍正大怒，立召二人回京收押，允祀与穆经远神甫亦因此得罪。并且祸及苏努，发往右卫充军，除长子及妻皆病死途中外，自己亦病殁。朝臣中之希旨者，又一再告揭，苏努被削除宗籍，又遭戮尸，其子孙分禁各省，备受酷刑，三四年间相继死亡。据巴西所述，苏努一家致死的原因，纯为信教之故。当时右卫将军曾迫令出教，而其子孙等皆众口一词，甯死不愿背教。是可知信教实为他们致死原因之一。穆神甫本为雍正所恶，又诬以兴起革命，为允祀党援，乃至入狱。葡国遣使来中国营救，雍正不待葡使之至，先令人毒杀之。
先是，闽浙总督满实深知雍正疾恶教会，适福安有建筑教堂事，乃出示禁止，并将传教士驱逐出境，以禁绝天主教事奏闻皇帝。雍正元年十二月有『远夷住居各省，已历有年所，今令其迁移，可给限半年，委官照看』的上谕。各省官吏得此禁教之令，遂迎合上意，大肆仇教手段：教士五十多人，悉遭驱逐，甚至百般凌虐。浙江总督李卫奏毁杭州天主教改为天后宫，福建巡抚刘世明请禁人民习天主教，两广总督把居留广州之教士逐至澳门，广州教堂被毁，教友蒙难，各处教堂有改为公廨或书院，或庙宇的，南京教堂住宅均变为积谷仓，上海天主堂改为关帝庙，不数年间，全国教堂尽遭废毁，惟在京教士二十余人，以服务钦天监之故，得安然居留。这时全国三十万信徒，因教士被逐！乃至如羊无政，困苦可知。雍正在位仅十三年，其子弘历继位，是为乾隆。乾隆赋性懦弱，常被左右包围，故教难更形严重。福建多明尼会桑主教(Sanz)等竟为巡抚所杀。桑主教西班牙人，雍正时既被放逐至澳门，一七三八年乃潜回福建至福安县行坚振礼，与回会费(Alcober)德(Serrano)华(Royo)施(Diaz)四神甫相会于某村，为奸人告发，被捕解省。巡抚周学健素恶天主教，乃请旨**，桑主教及四神甫竟先后被杀。
次年在苏州有同样事件，多明尼会葡人黄安多(Henriquesz)与意人汉方济(Athemis)二神甫，以『洋人散布邪说，煽惑良民』之罪，绞死于苏州。教友被牵连者甚多，唐德光死于狱中，汪斐理出狱却死。
自福建苏州之事发生后，各省皆起而仇教，南京有神甫被囚，已定经罪，后蒙释解澳门。北京发生谣言，说教友用邪术剪人发辫，被剪数日即死，影响及于湖北，在谷成县被捕教友有一百五十人之多。四川刘神甫因而被拘押有八年之久。各处皆搜捕教士，虐待教友，于是四川冯主教与李吴彭三神甫，山西马吉主教，陕川高主教，山东四神甫，江西二神甫，广西一神甫，湖广二神父，以及其他教友神甫，均被押解至京，经部臣审问，将中国神甫七人，与教友十一人，刺字于额，充军伊犁，另有教友三四十人枷号示众，西洋教士，一律从宽开释。嘉庆朝也有中国教士教友被难丧命之事。这时西教士除在京师有职务关系的，有钦天监监正戴进贤(Kogler)监副徐茂德(Pereira)继戴进贤的有刘松龄(Hallersteni)鲍友管(Crogeisl)高慎思(d’Eespinha)索德超(d’Almeida)等。其他有郎世宁(Castglione)在内延绘画，林济谷(Stadlm)为表匠，罗怀忠(daCosta)为药师，安泰(Rousset)为御医。彼等仍得居留，故北京教务，仍有相当进展。其他各处，西教士均难立足，皆由中国神甫主持，在这样艰险的情形下，继续进行工作。此不绝如缕的教会，直至鸦片战争以后，方得重见光明，而另入一个新的时代。