一七七三年耶穌會被羅馬教皇解散以後，天主教在中國的傳教工作，幾乎陷于停頓；直到一八一四年在歐洲始行恢復。一八四二年由教皇選派巴黎南格祿(Gotteland)與艾方濟(Esteve)李秀芳(Brueyre)三人重來上海。其時正值鴉片戰爭結束，中英條約上有︰
『耶穌天主教原系為善之道，自後有傳教者來至中國，一體保護」的話，于是教士來華設堂傳教，為條約所許。從此基督教在中國，轉入了一個新的時代。一八四六年道光又有上諭說︰
「前據耆英等奏，學習天主教為善之人，請免治罪，其設立供奉處所，會同禮拜，供十字架圖像，誦經講說，毋庸查禁所有康熙年間，各省舊建之天主教堂，除改為廟宇民居毋庸查辦外，其原有舊房屋，各勘明確實，準其給還該處奉教之人。』
因這道上諭與後來法國條約所規定，各省天主堂均得收回︰例如上海南門的聖墓堂與老天主堂，皆歸還天主教，北京的南堂，亦得啟封。于是天主教工作，不但盡行恢復，抑且日見進展，各國天主教的修會，又紛紛派員來華。除耶穌會已于一八二四年重來分派在江甦安徽兩省及河北省東南部傳教外，不久，在上海徐家匯設立總部。由各修會認定地點工作︰如傳教于福建，則由西班牙多明尼會士，管轄四川貴州雲南兩廣滿洲和西藏的，則有巴黎外方傳教會，在山東山西陝西湖北湖南五省工作的，則有方濟各會士，至于遣使會的教士們，接管耶穌會在河北江西河南浙江等處工作。到十九世紀的下半期，更有其他修會來華，我們看見天主教在中國傳教的修會，有三十余種之多，另外有八十多個女修會，可見他的派別也是很多的。不過德禮賢氏在他所著的中國天主教史十三章內這樣聲明說︰ 『非天主教讀者，宜注意此等傳教會，都是天主會各種修會，並不是像聖公會長老會等各樹一幟，不相統屬的。天主教內傳教會，不過是修士團體，都在唯一天主教公教教會以內。」
從鴉片戰爭以後，天主教事業的發展，固已不是已往所可比擬。然而在這發展的過程中，卻又遭遇著不少的風波；其所遭遇的迫逼，實比更正教為大，且略舉咸同以來的天主教教難如下︰
一八五六年(咸豐六年)在廣西西林法國神甫馬奧斯定，為知縣張鳳鳴逮捕處死，同時，有教士貝滿及女教師曹桂英皆一同喪命。經法領事交涉之後，乃將該知縣革職了事。此後殺死外國人及教女的事，仍舊繼續不斷地發生，如兩廣總督葉銘琛捕殺了英國的水手，焚毀了工藝廠，便引起極大的交涉。同時法國亦因中國官吏屢次有殺死教士的事，英法兩國便聯合出兵，會帥于香港，移文兩廣總督？要求遵約保護，賠償損失。不意葉銘琛竟置之不理，反而下令備戰，結果，葉氏兵敗被擒。這是咸豐七年的事。次年二月間聯軍移師北上，要求派遣大臣議約，清廷又不理。不得已率師進逼，于五月三十日入天津，清廷始派大學士桂良議和，訂立天津條約，說定第二年換約，兩國遂撤兵。清廷又復反悔，並出上論禁止傳教。到了次年六月間換約時，不但拒而不行，反命僧格林沁封鎖白河，伏兵攻殺英兵五百余人，並毀戰艦三艘，清廷且嘉其忠勇。禁止傳教，更甚于前。江西福建又有查奴教友的事。英兵中伏敗呶，乃約同法國，派遣大隊戰艦，以圖報復。兵至上海，下哀的美敦書，要求認罪賠償，履行天津條約，這是咸豐年三月間事。北京接到哀的美敦書後，不知悔禍，反而下令宣戰，任命僧格林沁經略戰守事宜。八月間交戰數次，大沽炮台失陷，英法兵復入天津，清廷方始惶懼，復遣桂良議和，仍圖虛與委蛇，一面求和，一面整頓軍隊，出其不意，將通州兩國使臣三十八人擄掠而去。聯軍不得已乃繼續進攻，清兵傷亡甚眾，僧格林沁率部北逃。皇帝赤摧後妃逃至熱河，命皇弟恭王留守京師，遣使求和。聯軍要求先行釋放被擄三十八人，不意這三十八人，已被處死過半，聯軍聞信，憤怒異常，乃焚燒圓明圓，情勢愈趨緊張。恭王遂被任為全權議和大臣，簽訂數十條和約。在第十三條之中，有幾句是關于傳教問題的，略舉如下︰
『天主教原以勸人行善為本，凡奉教之人，皆得保其身家，其會同禮拜誦經等事，概听其便。
凡按第八款備有蓋印執照，入內地傳教之人，地方官務必厚待保護。
凡中國人願信祟天主教，而循規蹈矩者，毫無查禁，皆免懲治。』
從此美俄義葡等國，皆沿例要求通商傳教，中國門戶，于是洞開。時洪秀全領導太平天國，尚與清廷爭持；同時，河南張總愚的捻匪，四川雲南的回匪，相繼騷擾，全國鼎沸，人民涂炭，教會亦遭波及。而仇教官吏，往往借端陷害；證教友為匪，離京較遠的地方，又往往任意慘殺。咸豐十一年有貴州教友張有揚等四人被殺，同治元年又有文神甫與教友吳學聖等四人被殺，皆誣以通匪之罪。這一年南昌重慶也有搗毀教堂等事。各省仇教之事，仍不斷發生。
四川西陽以巨紳張丕昭作謗教書，人民為所蠱惑，群起仇教。在同治四年，又有殺死教友與馬神甫的事。到同治七年鬧的更凶了，仇教者聚眾搜殺洋人，被殺者有李神甫與教友等四十人，堂尾盡毀。彭水地方亦有焚掠教友七八百家之多。四川鬧教，影響貴州，在遵義地方，亦起仇教風波。知府陳光璧放任人民劫掠教堂，教友家被搶劫者不下七八百家，教士雖未遇害，而遭打受辱，亦有多人。
江甦省中鎮江淮安揚州等處，謠言『教士迷拐幼孩，摘心挖眼」；乃至演成驅逐教士，焚毀教堂等慘劇。安徽省城安慶亦然，紳民為謠言所惑，亦有驅逐教士，焚毀教堂之事，教友家之被掠者，八十余家，死于非命者，二十五人。
湖北亦有仇教事，天門縣地方，有莠民聚眾仇教，焚毀教堂四五座，焚掠教友數十家。利川縣知縣拘捕教友，毀其廬舍。湖南更甚，藍月旺神甫在長沙罹難後，竟不許西人駐足。江西河南廣東陝西直隸皆有同樣的遭遇，教士教友，有死于鬧教中的，也有死于兵亂中的，不勝列舉。而當時最大的教案，要算同治九年的天津事件。
天津教案，由陳國瑞一人煽動而成。陳國瑞本是僧格林沁的義子，疾惡洋人特甚。當他在南京時撒播謠言，希圖煽起仇教事件，因計不得售，乃北上至天津，偏貼謗教**。果于六月二十二日發生暴動，圍攻天主教堂。官府不加彈壓，亂民愈聚愈多，謝吳兩神甫即報告法領事豐大業，豐領事即請北洋大臣崇厚保護。崇厚百端推諉，領事與隨員及神甫均因而遇害，領事署天主堂亦付之一炬。又焚燒『仁愛堂』，『仁愛堂』乃一修女院，內有修女十名，收養孤兒**，並施藥施診，行種種慈善事業。是日屋宇被焚，修女被殺，孤兒亦多死傷，並波及鄰居法商及俄僑多人喪命，英美福音堂亦遭焚掠。結果，賠償撫恤，懲辦官吏了事。
光緒二年，長江下游又起謠言，說天主教教友楊琴錫等，散放紙人，夜間剪人發辮。仇教者乘機鼓惑，安徽建平宣城富國等處又演成焚毀教堂，殺死教友等事。光緒十年中法戰爭，廣東等省竟有遷怒于教會，多處教堂遭受毀損。越南東京國王下令屠殺教友三萬八千多人。光緒十四年長江流域又有仇教排外之謠，引起騷動。到十七年湖南有周漢者編印書籍圖書，煽起教禍，影響及于安徽的蕪湖廣德，江甦的丹陽無錫，湖北的武穴宜昌，江西的九江等處，又有焚毀教會和各種房屋，劫掠財物等暴舉，惟幸未傷人。此後更有庚子的大屠殺，當另述。
總之，此種教案之起，純由于民智未開，以天主教所舉辦的育嬰事業，誤為誘拐小孩，發生種種謠言，說什麼挖眼剖心，制為藥材，不獨愚民無智，盲目听信，即士大夫中知識階級，亦多相信，見于文章著述之中。試看梁章鉅所著浪跡叢談的話︰
『自西洋人設立天主教，細民有歸教者，必先自斧其祖先神主及五祀神位，而後主教者受之，名日吃教，按名與白銀四兩有疾病不得如常醫藥，必其教中人來施針灸，婦女亦**受治。死時主人遣人來殮，盡驅死者血屬，無一人在前，方臨門行殮。殮畢以膏藥二紙掩尸目，後裹以紅巾囊曰衣胞，紉其頂以入棺，或曰借事以刳死人楮，作鏈銀藥。』(陳恭祿中國近代史上卷二九二。下卷四九一)
如此愚昧之言，見之于記載者，固屬不一而足。闢邪紀實書中捏造事實，尤為荒謬絕倫，此皆引起教案的唯一原因。在此種教案之中，往往波及更正教堂，特別是庚子之變。不過教會往往在苦難中生長的，每過一次苦難，便有更進一步的發展，因為在苦難中，不但可以增強奮斗精神且可以從反省覺悟自身的缺點，以資改進。所以這時候的教會當局，覺得在外人領導下的教會，很容易引起誤會。因而有基督教的『本色』運動。『本色教會』這個名稱，雖然產生于最近更正教會中，但也是天主教多年來所注重的一件事。他們最初便注意到『本籍神職班』的造就，希望有多數中國人出來負擔中國教會的各項職司。當一八九三年教皇宗良十三世會頒布過這樣的話︰
『要是沒有國籍神職和國籍主教，那麼，教外國中的天主教信仰，不會有確定的將來。』後來像本篤十五世都發表同樣的意見，如說『每一個國家，應該培養自己的神職班』。『耶穌的神國，假使沒有本籍神職班做基礎，不能有穩固的進展』。可見他們把『本籍神職班』的培植，看做一件重要的事。當利瑪竇最初傳教時，便領導鐘鳴仁黃明沙進耶穌會為修士，他曾經這樣記著說︰
『在我們各處的住院中，除了本會會士以外，還有其他許多的學生們，都是生長在中國的，他們正在預備著進耶穌會』。(見利瑪竇二冊)據一九一一年北京出版的一六九七年以來傳教中國遣使會司鐸修士目錄說到『從一六九七年至一九一一年間。在中國傳教的五百九十三名會士中，有十一個蒙古人都是司鐸，一百八十五個中國人，除了八人外，其余都是司鐸。』其中有二人，在一九二六年，祝聖為主教。這是單從遣使會一會而言，其他修會也可以此為比例的。最有名的，要算一六八五年在廣州祝聖的主教，名叫羅文藻，他是第一個中國主教，後來由他所祝聖的三個司鐸，一個叫萬其淵號三泉，一個叫吳歷號漁山，別號叫墨井道人，是清代六大名畫家之一，現在有墨井集流傳。一個叫劉蘊德號素公，做過『欽天監』監副。此後華籍教士一天天的增加，有些地方，反比外籍教士超過許多。尤其女修士們的數量，很快的增加。庚子以後，其進展更不以道里計，下章當另述。