一七七三年耶稣会被罗马教皇解散以后，天主教在中国的传教工作，几乎陷于停顿；直到一八一四年在欧洲始行恢复。一八四二年由教皇选派巴黎南格禄(Gotteland)与艾方济(Esteve)李秀芳(Brueyre)三人重来上海。其时正值鸦片战争结束，中英条约上有：
『耶稣天主教原系为善之道，自后有传教者来至中国，一体保护」的话，于是教士来华设堂传教，为条约所许。从此基督教在中国，转入了一个新的时代。一八四六年道光又有上谕说：
「前据耆英等奏，学习天主教为善之人，请免治罪，其设立供奉处所，会同礼拜，供十字架图像，诵经讲说，毋庸查禁所有康熙年间，各省旧建之天主教堂，除改为庙宇民居毋庸查办外，其原有旧房屋，各勘明确实，准其给还该处奉教之人。』
因这道上谕与后来法国条约所规定，各省天主堂均得收回：例如上海南门的圣墓堂与老天主堂，皆归还天主教，北京的南堂，亦得启封。于是天主教工作，不但尽行恢复，抑且日见进展，各国天主教的修会，又纷纷派员来华。除耶稣会已于一八二四年重来分派在江苏安徽两省及河北省东南部传教外，不久，在上海徐家汇设立总部。由各修会认定地点工作：如传教于福建，则由西班牙多明尼会士，管辖四川贵州云南两广满洲和西藏的，则有巴黎外方传教会，在山东山西陕西湖北湖南五省工作的，则有方济各会士，至于遣使会的教士们，接管耶稣会在河北江西河南浙江等处工作。到十九世纪的下半期，更有其他修会来华，我们看见天主教在中国传教的修会，有三十余种之多，另外有八十多个女修会，可见他的派别也是很多的。不过德礼贤氏在他所著的中国天主教史十三章内这样声明说：『非天主教读者，宜注意此等传教会，都是天主会各种修会，并不是像圣公会长老会等各树一帜，不相统属的。天主教内传教会，不过是修士团体，都在唯一天主教公教教会以内。」
从鸦片战争以后，天主教事业的发展，固已不是已往所可比拟。然而在这发展的过程中，却又遭遇着不少的风波；其所遭遇的迫逼，实比更正教为大，且略举咸同以来的天主教教难如下：
一八五六年(咸丰六年)在广西西林法国神甫马奥斯定，为知县张凤鸣逮捕处死，同时，有教士贝满及女教师曹桂英皆一同丧命。经法领事交涉之后，乃将该知县革职了事。此后杀死外国人及教女的事，仍旧继续不断地发生，如两广总督叶铭琛捕杀了英国的水手，焚毁了工艺厂，便引起极大的交涉。同时法国亦因中国官吏屡次有杀死教士的事，英法两国便联合出兵，会帅于香港，移文两广总督？要求遵约保护，赔偿损失。不意叶铭琛竟置之不理，反而下令备战，结果，叶氏兵败被擒。这是咸丰七年的事。次年二月间联军移师北上，要求派遣大臣议约，清廷又不理。不得已率师进逼，于五月三十日入天津，清廷始派大学士桂良议和，订立天津条约，说定第二年换约，两国遂撤兵。清廷又复反悔，并出上论禁止传教。到了次年六月间换约时，不但拒而不行，反命僧格林沁封锁白河，伏兵攻杀英兵五百余人，并毁战舰三艘，清廷且嘉其忠勇。禁止传教，更甚于前。江西福建又有查奴教友的事。英兵中伏败呶，乃约同法国，派遣大队战舰，以图报复。兵至上海，下哀的美敦书，要求认罪赔偿，履行天津条约，这是咸丰年三月间事。北京接到哀的美敦书后，不知悔祸，反而下令宣战，任命僧格林沁经略战守事宜。八月间交战数次，大沽炮台失陷，英法兵复入天津，清廷方始惶惧，复遣桂良议和，仍图虚与委蛇，一面求和，一面整顿军队，出其不意，将通州两国使臣三十八人掳掠而去。联军不得已乃继续进攻，清兵伤亡甚众，僧格林沁率部北逃。皇帝赤摧后妃逃至热河，命皇弟恭王留守京师，遣使求和。联军要求先行释放被掳三十八人，不意这三十八人，已被处死过半，联军闻信，愤怒异常，乃焚烧圆明圆，情势愈趋紧张。恭王遂被任为全权议和大臣，签订数十条和约。在第十三条之中，有几句是关于传教问题的，略举如下：
『天主教原以劝人行善为本，凡奉教之人，皆得保其身家，其会同礼拜诵经等事，概听其便。
凡按第八款备有盖印执照，入内地传教之人，地方官务必厚待保护。
凡中国人愿信祟天主教，而循规蹈矩者，毫无查禁，皆免惩治。』
从此美俄义葡等国，皆沿例要求通商传教，中国门户，于是洞开。时洪秀全领导太平天国，尚与清廷争持；同时，河南张总愚的捻匪，四川云南的回匪，相继骚扰，全国鼎沸，人民涂炭，教会亦遭波及。而仇教官吏，往往借端陷害；证教友为匪，离京较远的地方，又往往任意惨杀。咸丰十一年有贵州教友张有扬等四人被杀，同治元年又有文神甫与教友吴学圣等四人被杀，皆诬以通匪之罪。这一年南昌重庆也有捣毁教堂等事。各省仇教之事，仍不断发生。
四川西阳以巨绅张丕昭作谤教书，人民为所蛊惑，群起仇教。在同治四年，又有杀死教友与马神甫的事。到同治七年闹的更凶了，仇教者聚众搜杀洋人，被杀者有李神甫与教友等四十人，堂尾尽毁。彭水地方亦有焚掠教友七八百家之多。四川闹教，影响贵州，在遵义地方，亦起仇教风波。知府陈光璧放任人民劫掠教堂，教友家被抢劫者不下七八百家，教士虽未遇害，而遭打受辱，亦有多人。
江苏省中镇江淮安扬州等处，谣言『教士迷拐幼孩，摘心挖眼」；乃至演成驱逐教士，焚毁教堂等惨剧。安徽省城安庆亦然，绅民为谣言所惑，亦有驱逐教士，焚毁教堂之事，教友家之被掠者，八十余家，死于非命者，二十五人。
湖北亦有仇教事，天门县地方，有莠民聚众仇教，焚毁教堂四五座，焚掠教友数十家。利川县知县拘捕教友，毁其庐舍。湖南更甚，蓝月旺神甫在长沙罹难后，竟不许西人驻足。江西河南广东陕西直隶皆有同样的遭遇，教士教友，有死于闹教中的，也有死于兵乱中的，不胜列举。而当时最大的教案，要算同治九年的天津事件。
天津教案，由陈国瑞一人煽动而成。陈国瑞本是僧格林沁的义子，疾恶洋人特甚。当他在南京时撒播谣言，希图煽起仇教事件，因计不得售，乃北上至天津，偏贴谤教**。果于六月二十二日发生暴动，围攻天主教堂。官府不加弹压，乱民愈聚愈多，谢吴两神甫即报告法领事丰大业，丰领事即请北洋大臣崇厚保护。崇厚百端推诿，领事与随员及神甫均因而遇害，领事署天主堂亦付之一炬。又焚烧『仁爱堂』，『仁爱堂』乃一修女院，内有修女十名，收养孤儿**，并施药施诊，行种种慈善事业。是日屋宇被焚，修女被杀，孤儿亦多死伤，并波及邻居法商及俄侨多人丧命，英美福音堂亦遭焚掠。结果，赔偿抚恤，惩办官吏了事。
光绪二年，长江下游又起谣言，说天主教教友杨琴锡等，散放纸人，夜间剪人发辫。仇教者乘机鼓惑，安徽建平宣城富国等处又演成焚毁教堂，杀死教友等事。光绪十年中法战争，广东等省竟有迁怒于教会，多处教堂遭受毁损。越南东京国王下令屠杀教友三万八千多人。光绪十四年长江流域又有仇教排外之谣，引起骚动。到十七年湖南有周汉者编印书籍图书，煽起教祸，影响及于安徽的芜湖广德，江苏的丹阳无锡，湖北的武穴宜昌，江西的九江等处，又有焚毁教会和各种房屋，劫掠财物等暴举，惟幸未伤人。此后更有庚子的大屠杀，当另述。
总之，此种教案之起，纯由于民智未开，以天主教所举办的育婴事业，误为诱拐小孩，发生种种谣言，说什么挖眼剖心，制为药材，不独愚民无智，盲目听信，即士大夫中知识阶级，亦多相信，见于文章著述之中。试看梁章钜所著浪迹丛谈的话：
『自西洋人设立天主教，细民有归教者，必先自斧其祖先神主及五祀神位，而后主教者受之，名日吃教，按名与白银四两有疾病不得如常医药，必其教中人来施针灸，妇女亦**受治。死时主人遣人来殓，尽驱死者血属，无一人在前，方临门行殓。殓毕以膏药二纸掩尸目，后裹以红巾囊曰衣胞，纫其顶以入棺，或曰借事以刳死人睛，作链银药。』(陈恭禄中国近代史上卷二九二。下卷四九一)
如此愚昧之言，见之于记载者，固属不一而足。辟邪纪实书中捏造事实，尤为荒谬绝伦，此皆引起教案的唯一原因。在此种教案之中，往往波及更正教堂，特别是庚子之变。不过教会往往在苦难中生长的，每过一次苦难，便有更进一步的发展，因为在苦难中，不但可以增强奋斗精神且可以从反省觉悟自身的缺点，以资改进。所以这时候的教会当局，觉得在外人领导下的教会，很容易引起误会。因而有基督教的『本色』运动。『本色教会』这个名称，虽然产生于最近更正教会中，但也是天主教多年来所注重的一件事。他们最初便注意到『本籍神职班』的造就，希望有多数中国人出来负担中国教会的各项职司。当一八九三年教皇宗良十三世会颁布过这样的话：
『要是没有国籍神职和国籍主教，那么，教外国中的天主教信仰，不会有确定的将来。』后来像本笃十五世都发表同样的意见，如说『每一个国家，应该培养自己的神职班』。『耶稣的神国，假使没有本籍神职班做基础，不能有稳固的进展』。可见他们把『本籍神职班』的培植，看做一件重要的事。当利玛窦最初传教时，便领导钟鸣仁黄明沙进耶稣会为修士，他曾经这样记着说：
『在我们各处的住院中，除了本会会士以外，还有其他许多的学生们，都是生长在中国的，他们正在预备着进耶稣会』。(见利玛窦二册)据一九一一年北京出版的一六九七年以来传教中国遣使会司铎修士目录说到『从一六九七年至一九一一年间。在中国传教的五百九十三名会士中，有十一个蒙古人都是司铎，一百八十五个中国人，除了八人外，其余都是司铎。』其中有二人，在一九二六年，祝圣为主教。这是单从遣使会一会而言，其他修会也可以此为比例的。最有名的，要算一六八五年在广州祝圣的主教，名叫罗文藻，他是第一个中国主教，后来由他所祝圣的三个司铎，一个叫万其渊号三泉，一个叫吴历号渔山，别号叫墨井道人，是清代六大名画家之一，现在有墨井集流传。一个叫刘蕴德号素公，做过『钦天监』监副。此后华籍教士一天天的增加，有些地方，反比外籍教士超过许多。尤其女修士们的数量，很快的增加。庚子以后，其进展更不以道里计，下章当另述。