现在我们再看看另一个奇妙的事实，这就是人的良心。在文里，"良"字有两重涵义；（一）它涉及是非善恶，良是指"是"和"善"的一面：（二）它是与生俱来的，与人的出身、地位、教育等后天因素无关（对照所谓"良知"），即"生而知之"良心有如人心灵深处的检察官和法官。当人的的行为和意念符合"是"和"善"的要求时，良心的嘉许，使人恬然自安，即所谓"问心无愧"。但当人的行为意念违背"是"和"善"的准则时，就会以遇到良心的谴现，使人感到"于心有亏"。人心不同，有如其面，但良心的功能却是一致的。这一事实实在令人惊奇。有人把良心称为人内心的"是非律"。它是一切道德观念的最终依据。
有人以为未必人人都有良心，否则，为什么有些人会如此无法无天，无恶不作？但实际上除了那些有心智障碍的人以外，即使用那些罪大恶极的人也不例外。这可以从两方面得到验证：（一）尽管那些人自己坏事做尽，但当别人以其人之道还治其人之身时，他们会立即表示反对，认为别人不该这样对待他们。这个"不该"就是"是非"，尽管他们的是非观念是歪曲了的。偶尔也会有人认为自己是罪有应得，甘愿承受。这种情况通常就叫做"良心发现"；（二）一切恶人，即使希特勒和日本侵略军阀之流，在他们把坏事做绝之后，总要再加上一条，那就是说谎。他们总想用谎言来欺骗人们的是非判断，以让人们相信他们的行径是"对"的。他们为什么要这样做？无非是因为他们相信人们都有是非之心，并不等于他们的行为符合是非之心的要求。
这一事实说明了良心作用的一个特点，那就是良心虽然对人的行为意念作出是非判断，但它对人的行为却没有强制作用。这是人内心的"是非律"不同于物理或生物定律之处。物理学的引力定律决定了人如果从高楼的窗口跳出去，就一定会向下跌落，生物学的代谢定律决定了人如果不呼吸就一定会窒息，不吃饭一定会饿死，谁都不能违反。但唯独对内心的是非律人可以遵从，也可以不遵从。而且遵从对本身未必有利（舍生取义）不遵从对本身未必有害。事实上二者往往互相冲实，很多人正是出于本身利害的考虑而做出违背良心的事（见利忘义）。良心只对人作出是非判断，何去可从，完全取决于本人的主观意志。人不是机器或低等生物，人有自由意志，因此，人必须对自己的行为负责。
现在的问题是，良心是哪里来的？首先，我们可以肯定一点，那就是良心不是一个自然物质现象，因为自然物质本身无所谓是非善恶。两个星体互相撞击，雷电引起森林大火，核**或核聚变引起巨大的能量爆发，其后果者都可能是惊心动魄，极端严重的，但并不涉及是非善恶。亘古以来这类现象就在不断进行着，谁也不必为此感到内疚。然而如果说你把一颗小小的子弹射入别人的身体，或放一把火烧掉别人的房子，又或是把一颗小小的原子弹投到无辜的城市，便立即涉及是非及良心的责任问题，可见良心的反应与"人"密切相关。从良心的角度看，人和其它动物有本质的差别，人并不仅仅是一堆物质，人有超乎其它生物之上的生命的灵性，任何人都无权去无故伤害他人，否则，必将受到良心的谴责。但就唯物论和进化论看来，则人不过是比较进化了的猿猴，和其它动物并无本质的不同。而且动物和植物，生物与非生物，也没有不可逾越的界限。什么是生命？生命不过是"蛋白质存在的形式"而已。什么是蛋白质？蛋白质不过是由多种氨基酸合成的大分子物质。什么是氨基酸？那更不过是一些碳氢氧的链状化合物加上若干氮氢基而已，和良心有什么相干？难道从碳、氢和氮中能产生良心的反应吗？从唯物论进化论的观点看来，砍掉一只猴子与杀死一个人，只是程度的差别，并无本质的不同，或者只不过是改变了一些蛋白质存在的形式而已。何况既然宇宙当中除物质之外别无所有，那么不管何种生物，包括人的在内，除物质之外也不可能有任何更高贵的成份，那么他们的生与死便无关紧要。而且任何生物个体的死，都不等于物质的毁灭，物质仍是永恒的，不过换了另一种存在形式而已，何足道哉？上述论调，听来未免荒诞不经，但仅就唯物主义而言，却是无可避免的结论。有句话说，"彻底的唯物论者是无所畏惧的"。诚然，因为一般人或相信神明鉴察（举头三尺有神明），或相信因果报应（善恶到头终有报），或相信天理昭彰（天网恢恢疏而不漏），或不愿受良心的谴责等等。总之多数人相信天地间存在着超乎人类之上的是非标准和赏善罚恶的超然力量。因此，他们对自己的行为后果不能不有所忌惮。但对一个"彻底的"唯物论者而言，所有这一切全是无稽之谈。既然宇宙间除物质之外一无所有，那么人便是物质存在的最高形式，当然便可以为所欲为，可惧之有？所谓良心，充其量不过是一种社会心理而已，大可不必为此庸人自扰。自然当被消灭者不是别人，而且那些唯物论者自己时，他们是否还能如此潇洒，就大成疑问了。因为如此"彻底的"唯物论者毕竟是不多的，君不见有些相当彻底的唯物论者在被另一些唯物论者逼到无可奈何的境地时，也转而谈起善恶报应来。因为正是在这种处境中他们才能体会，善恶是非毕竟需要一个独立于人之上的标准，并不能取决于权势和哲学信条。否则将根本无所谓善恶是非。只有良心，才是善恶是非的最后裁决者。而良心的存在，则是一个客观的事实。只要我们反躬自省，就不能不承认，在我们每一个人的心灵深处，存在着一个不以我们的主观意志为转移的是非判断，它并不是任何人凭空虚构出来的，也不是任何人能随意否定抹杀的。否则，恐怕不少人早已把它连根拔除了。不管有些人怎样故意去压抑它、逃避它，它还是在那里。这说明良心有一个超乎人本身之上的来源。这个来源唯物论者不可能给出一个满意的解释。但如果看看圣经，这个答案却是最明确不过的。圣经上说，人是照着神的形象造的。（#24）这个"形象"更多是指心灵和性格方面。人不但有身体、有魂（思想、感情、意志之所由生），还有灵。这便是人不同于其它动物，而与神相似之处，因为神是灵，而良心便是人灵的功能之一。因此，我们可以说，但这个印记却是不可磨灭的。人虽然在堕落中，但良心却仍然不断告诫人们，人性本来应当是什么样子。而且它也告诉人们，那位创造人并赐给人生命气息的神是公义的，他憎恶一切的邪恶。不管人们会为自己的坠落行为制造什么样的藉口和遁词都有无济于事，良心并不徇情。圣经上说："这显明律法的功用刻在他们心里，他们的良心作证。"（#25）可见良心乃是所造的人性的一部分，是人所不能改变的。
综上所述，我们可以看到两个方面的事实：（一）宇宙的奇妙彰显神大能的作为；（二）良心的功能显明神公义的性格。这两个事实，说明在人和万物之上，有一位至高无上的主宰，就是创造天体万物的神。
然而所有这一切，只能使人间接理解到神的存在，却不能像做科学实验一样直接将神自己显示出来，所以仍然不足以使人与神有直接的交通，真正认识神自己。要真正认识神自己。要真正认识神，单凭这些还是不够的。