縱然他仍舊軟弱，不時落入試探，他卻不再習慣性的沉溺在罪惡中，反而每次失敗都帶給他內心的痛悔。公開的罪惡越來越少，暗中的過犯也愈過愈減。他常常讀經，時時禱告，親愛眾聖徒，不停的參加聚會，勇敢的站在主的一邊，忍受同學的譏刺和羞辱。
一八二六年對於這個新生的靈魂，的確是個新年。他現在開始閱讀布道雜志，在內心燃起了一種新的火焰。他感覺里面起了一陣戀慕，雖然還未十分明了其中究竟，卻切望自己能作個福音使者，受差遣到萬國去布道。經不斷的禱告加深並且印證了這種意念。他對於世界的知識逐漸開廣，這些關於異邦人民荒涼的新知識猶如燃料一般，諉入布道的心靈，使火勢愈燒愈旺。
然而當時另有一個屬肉體的眷戀幾乎撲滅了這個火焰。他在周六晚的聚會里，遇到一位同年的女子，也是一個所謂的信徒。他戀愛她，雖然他明明知道她的父母必定不準她過國外布道的生活。他不知不覺的開始衡量事奉主的心和戀慕人的情。可憐肉體的傾向，勝過了屬靈的責任。禱告失去了能力，甚至有一個時期幾乎完全停止禱告，內心的喜樂也同時消減，他的心轉離遠方的布道，拒絕一切舍己的工作。有六周之久，他陷於這種屬靈的軟弱里，直到神用奇妙的方法挽回了他。
有一個青年的弟兄，名叫包賀門，出身於富有之家，受到高深的教育，眼看將來在世上的前途十分光明，可是他大大舍棄自己。他揀選波蘭作他的工場，願意向當地的猶太人傳揚福音，拒絕家中的舒服，和各樣奢華宴樂。他的決定在穆勒的心坎上打上印記。他不得不比較兩人的情形。為愛上一個女子，他竟然放棄的呼召，變成沒有喜樂，沒有禱告的人。反之，另外一個青年，世界對他更有吸引，卻因著選擇一項舍己的工作，撇棄了世上所有的歡樂和財寶。包賀門步了摩西的後塵，在生命的重要關頭，揀選了上好的福分；而穆勒自己卻像凡俗的以掃一般，為了一碗紅豆湯竟然出賣了長子的名分。相形之下，不禁見拙。於是他受了責備，重新獻上自己，放棄了他所愛的女子，割斷了這個未經禱告所結的緣。不用說，神的笑臉補償了他，神的平安充滿了他，因為有平安的神與他同在。
內心經歷更新的喜樂，他覺得應當作見證。於是寫信給他的父親和兄弟告訴他們他自己喜樂的經驗，請求他們尋找在神里面的同一安息。他滿心以為，只要他們知道這條喜樂的路，必定會同樣的竭力追求。然而結果卻得到父親惱怒的責備。
約在同一期間，著名的陶樂博士在哈勒大學擔任神學教職。這位虔誠的教授，吸引了不少各學校內敬虔的學生前來投奔他的門下，因此開廣了穆勒的交通圈，使他獲得很多益處。自然布道的靈火重新燃點，而且愈燒愈熾。他要求他的父親準許他參加一個德國的布道團體。他的父親不只生氣，而且大大失望，苛刻的責備他，題醒他說，如何為了栽培他，費了大筆金錢，正盼望他因此獲得良好的“生活”，使他可以安享晚年，不料這個盼望竟成泡影。在盛怒之下，宣布說，不再認他為兒子了。後來看到他的兒子安靜的忍受，不變初衷，他就改換口氣，由恫嚇轉為哀求，這些眼淚實在比責備更難抵擋。可是穆勒的心志已定，他願意付上任何代價來跟從主。因著這次的會面，反而叫他清楚看見，要脫離倚靠人，就得完全倚靠神，今後他不該再用他父親的錢。接受津貼，就有順服的義務。花人的錢財，而不答應人的期望，這件事明顯是錯的。假若他仍舊倚靠父親的錢來生活，他就是默許要遵照父親的計劃，將來在國內作一個牧師，度舒適的生活；但若要保持他的純潔，他就必須維持獨立。這一步的決定，並非輕而易舉的，因為在大學最後兩年的費用比較往年還要大。然而在他早年，他就發現神是信實的神，是患難之交。不久有三位美國教授，想學習德文，穆勒得到推薦擔任這項工作，所得的收入十分豐裕，非但是夠開支，而且有余。這一次的學習在他的心版上刻了一節金句︰“耶和華的聖民哪，你們當敬畏他，因敬畏他的一無所缺”（詩三十四9）。