一八三○年春穆勒受邀在坦莫斯一個小禮拜堂內作工。會員只有十八人。他答應與他們同住一個時期，並不放棄他的原則，遵照主的引導，各地傳道。他們給他年俸五十五鎊，以後人數增加薪金亦隨時加增。四月間，他赴西慕斯講道，有三位信主的姊妹在他面前談論“信徒的浸”，當然她們徵求他的意見。他回答說，他是受嬰孩洗的，並不覺得需要重新受浸。她們就問他，對這件事曾否好好查考神的話語。他坦白承認沒有。其中有一位姊妹忠實的請求他說︰“那麼我請求你，從今以後不要再講論這件事，直到你查考清楚。”穆勒這樣的人不會生氣這個請求，也不能拒絕這種挑戰。他太過誠實和敏感，焉能輕易放松這件事？況且他當時所傳的，特別著重回到聖經的見證里去；他堅持所有的講台和基督徒的行為必須經過惟一的考證，就是神的話。
他決意查考這個題目，直到他找到且滿意，而且合乎聖經的答案。他考查的方法十分簡單，卻又非常徹底並認真。他先求神藉著聖靈開啟他的心眼，光照他的心思，使他能夠接受話語的見證；隨後他開始有系統的從頭至末仔細研究新約。他盡量放下一切的成見和意見，祈求神釋放他脫離所有人的遺傳，普通的習俗，和教會的裁可，尤其脫離那更詭詐的攔阻，就是個人的驕傲。他寧願悔改，不願貫徹。他采取這句格言︰“不要堅持，只要真實。”查考的結果，有兩段聖經特別顯著，即使徒行傳八章三十六至三十八節，和羅馬書六章三至五節。他找到一個結論，相信只有信徒才可受洗，只有浸才是合式。
信念要求行動，在他里面沒有妥協這件事，因此他很快的受了浸。他見證說，沒有一個真的主內朋友，因他受浸而反對他，反而幾乎所有的朋友後來都受了浸。
同年的夏季，因著更深查考神的話語，他覺得縱然沒有直接的命令，聖經上使徒的榜樣，乃是每逢主日擘餅記念主（使徒行傳二十章七節等）。同時神的靈應當獲得機會，自由的在信徒中間作工，按著他所賜的各種恩賜，互相供應。這明顯是羅馬書十二章，哥林多前書十二章，和以弗所書四章的教訓。這些結論又催促他去實行。
一八三二年穆勒和他的朋友克萊克同受引領赴不列斯鐸作工。八月十三日是個可記念的日子，因為在那晚穆勒，克萊克，另一位弟兄，和四位姊妹，一共七位，聚集在伯賽大會所內，遵守使徒的教訓，彼此交接。縱無任何規條，卻願意絕對遵照主在他的話語里所賜的亮光而行。“自始大家明白，靠著主的幫助，我們要用神的話試驗一切的事，而且只實行遵守那經過聖經所證明的事。當我們在一八三二年八月十三日這樣決定的時候，我們十分軟弱，而我們的心卻是正直的。”以下是他的日記，記載他們信心生活的經過。