加尔文改宗后法国福音派面临极其困难的情势。罗马教的领袖(本部于索波恩大学)及法王法兰西斯一世(他本人在与查理皇争权上需要教皇的协助)，都越发坚决铲除新教。于是发展至强烈的反抗。事情的暴发临到克普的头上。克普(NicholasCop)是加尔文的至友，亦痛感当日教会于教义和生活方面的败坏，新近被选为巴黎大学校长。按当日的习惯，新选校长要对公众发表就职演说。克氏于一五三三年十一月一日发表此演说，题目为“基督教哲学”，但其中充满了福音主义的观念。该演说内容高举神的恩典，提到因信称义，非难靠赖人的功德作为得救的条件，并希望神“开通我们的心窍，得信福音”。
究竟这篇演说词是否为加尔文所撰述，吾人不可确知。据说加尔文手抄的这篇讲词的原稿现仍存于日内瓦图书馆内。但此演说词确实表达了他的信念。这一篇演讲惹起了当局反抗的风潮。克普被控为传播异端，并决定将他和他的同志加以逮捕。克氏逃往瑞士的巴赛尔(Basel)，于是当局悬赏三百法郎，只要将其带返巴黎，生死不拘。有警官至加尔文住处搜捉，但被朋友通知，他象使徒保罗一样，由朋友用绳子从窗户把他放出，化装成一园丁逃出城外。
加尔文于是开始他的亡命生涯。当局一直设法捉拿他，他则用查理戴斯威尔(Charlesd-Espeville)以及其他假名到处奔走。他在奈瑞克(Nerac)那瓦瑞女皇玛格利的宫中避了一些时候。女皇系法兰西斯之妹，但她本人却倾向改革运动。在她宫中有位传道师罗赛尔(Roussel)，乃法国改教运动先锋的子弟。预备这道路的是李佛(LeFevre)，他对路德的观念早有研究。一五一二年(在路德与罗马教破裂前五年)李氏由学习保罗书信的结果而教导因信称义的要道。他也否认抹大拉的马利亚与拉撒路的姊妹马利亚和膏耶稣脚的那个马利亚是同一个人。这看来好象是件小事，但却是打破教会传统的教训，行使“私人解经”的原则。加尔文与李佛有过数次的商谈。李氏明显主张从教会内部着手改革，然而加尔文却认为教会败坏到如此地步，非脱离教会另起炉灶不可。无论如何，李佛预言加尔文乃是“在法国恢复神国的杰出工具”。
离奈瑞克不远处即是昂皋林(Angouleme)，在该处加尔文暂居一天主教神甫第莱特(LouisduTillet)家中，第氏极欲参加改教运动。他藏书甚丰，汗牛充栋，加尔文从此得益匪浅，无疑加氏由此开始他的名著《基督教要义》——抗罗宗信仰的伟大教义课本——的基础工作。
六个月后加氏移居至包蒂尔(Poitiers)，在那里有福音派的人士。他们在洞穴内聚集，加尔文对他们讲道，弃绝弥撒而守主的圣餐。这或许是首次在法国举行的圣餐礼拜。后又旅行至诺阳，在那里他拒收“圣俸”，如此令自己与罗马教完全脱离关系。后至奥林斯，在该处他完成他的第一部神学著作“灵眠”(Psychopannychia)。该书目的在反对重洗派(浸信会派的先锋)，该派主张“睡了的人，从死时至审判日是无记忆、无理智、无知觉的，直等到他从睡中被惊醒”。明显见出加尔文认为自己是基督教教义的导师。该书的特点即在于绝对高举圣经。毫无疑问的，加尔文乃在成为抗罗宗伟大圣经解释家的途上跃进。