在加尔文回到日内瓦的时候本以为工作的情形仍如在斯塔斯堡一样。但事实并非如此。在他归来时日内瓦人所得的喜乐止息以后，又发生了新的难题。一波未平，一波继起。在自由思想派中有些是加尔文的旧日仇敌又起来找他的麻烦。他们在严格的法律之下心怀不平，暗发怒气。当他们因拒绝参加崇拜，批评牧师讲道，称教皇为“好人”，穿着奇特衣衫等而被惩收罚金时，他们都置之不理。他们都认为这是过于干涉他们个人的自由。
自由派的领袖之一波林(AmiPerrin)，是一名军官，从前与加尔文颇友善，事实上他也是极力劝加尔文回来的一位，但现在他却反对加尔文。他是小议会(LittleCouncil)中的会员(日内瓦市议会分三部：一部为二百人；一部为六十人；一部为二十五人)，道德不甚好。在他家中时常举行狂欢舞会。明显可见他深恐教会对他非基督徒的行为采取行动，所以尽力想把开除教籍的权柄从教会手中夺去而交给政府。此外还有个领袖名叫阿妙斯(PierreAmeaux)，也是小议会的会员。他是纸牌制造者，当此纸牌被禁止的时候，他的营业受到影响。还有教会对他要求与妻子离婚的事件迟迟不准。这种种的因素都令阿氏对加尔文心怀成见，并到处散布流言蜚语，毁谤加尔文。他说加尔文是传假道理的，并说他的生活颇有指摘之处。在街头巷尾的小群众中，他时常对加尔说些咒骂的话。例如：“喂!你看他来啦。我宁肯去听三只狗咬架，也不愿听他讲道”。
自由派中第三位有势力的人物是伯提勒(Berthelier)。他是德国一位为自由而殉道者的儿子。他的生活也是放荡，不满教会的法规。他不明白为什么他不得领圣餐。事实上他在这一点上与教会争执不已。在赴圣餐的礼拜日，他与他的党羽身披武装进到教会。加尔文讲完短篇道理，诵读圣餐仪式文之后走下讲台，来到桌前。由伯提勒所率领的自由派等人剑拔弓张，大步走入堂内。那是紧张的一霎那。加尔文并未受威吓。他伸出双手在桌子以上说：“我绝不施这圣礼给你们……这两只手你们可以打碎，两臂可断；生命可取，血可流；但你们却绝无法强迫我将此圣礼施给不敬虔的人，来污辱我神的桌子。”自由派党羽默然无声，退出会堂。加尔文想他一定会再次被逐，所以当日下午他对哭泣的会众讲了一篇临别的信息，以“如今我把你们交托神和他恩惠的道”为经题。虽然如此，并没有放逐的谕令下来。
此外尚有别样的难题。有一后补牧师卡斯提留(Castellio)，他请求被封立为牧师遭到拒绝，因他怀疑雅歌属于正典，且也不同意当是对“主下入阴间”的解释。他未能了解基督在客西马尼园中以及在十字架上所受的乃是地狱的痛苦。加尔文和他的同事都认为卡氏是把他自己的理性驾乎神的启示之上。预定论的道理也是遭至人批评与仇视的原因。其中之一即医生巴尔色克(Bolsec)，前此为白袍僧。他不但称此教义为不合圣经，也是不能支持的，因为他说，这样使神成为一个暴君，他又毁谤加尔文有不道德的行为。
争斗层出不穷。一次暴民走向前来面对加尔文。他们对他喊骂不已，加尔文对他们说：“我知道我就是你们争吵的原因，如果流我的血可止息你们的争斗，就取我的生命，我求神给我作见证，我来是不怕死的。”这诚然是多事之秋。若不是同保罗一样说：“有主与我同在”(提后四17)，不然胆怯的加尔文是无法承受的。