在加爾文時代有一名誠實，但卻走入極端錯誤里的西班牙醫生色維圖(MichaelServetus)無疑是一位多才多藝的人。他不但是醫學聖手(發明肺中的血液循環)，同時對術學與神學也有專攻。但他的心智反常，受人非議。加爾文初次與他相識是在巴黎，那是一五三四年。當有人把色維圖的見解告訴加爾文之後，他願意找機會和他討論一番。色氏同意了，但總未露面，反而到處奔走行醫，並特別對神學發生興趣。
他發現加爾文的神學觀點十分可憎。當加爾文的《基督教要義》出版以後，他即刻獲得一本，並在書中寫下許多更正的邊注，然後寄給加爾文。後來他又照著自己的見解寫了一本《基督教恢復》(ChristianRestitution)。在此書中他否認基督神性、嬰兒洗禮、因信稱義，以及其他重要的聖經教義。他認為三位一體的道理最為無味。三位合而為一對他簡直是荒誕至極。他用褻瀆的話語說︰“你的聖三位一體乃是三頭的地獄犬。”他自己的神觀則是泛神論的，亦即相信神即是萬物，萬物即是神。在他受審時，他說他坐的板凳也有神的本質。當有人問他︰“魔鬼呢?它也是神嗎?”他笑著說︰“當然也是神。萬物都是神的一部分。”
加爾文和其他改革家因听到此異端攻擊他們所寶貴的信仰而受震驚還有什麼希奇嗎?當一五四五年色維圖受威脅欲來日內瓦的消息傳出以後，加爾文給他的朋友範來特寫信說︰“我敢斷言，如果他來，我必不叫他活著離開日內瓦。”這也是天主教對此異端者的判決。事實上天主教已將他拘禁在維也納，並定死罪，處以焚刑，但他逃脫了。
他果然來到日內瓦。那是一五五三年春正當加爾文的權勢動搖時期。無疑色維圖想得自由派黨人的支持。如果他們能把加爾文推下台，或可舉他為該城的領袖。他到達日內瓦不久即被人偵出。當加爾文講道時，他還去參加禮拜，即被認出，立刻加以逮捕。從他的著述中找出三十八處作為控訴他的把柄。一五五三年八月十四日開始審訊。起初關于神學方面大肆辯論，言詞白熱化。市議會當局已特別留意處理此案件。市議會又致函給其他市區派代表參加︰請求他們的建議。大眾均一致表決此異端者該處以死刑，不可容忍。于十月二十六日被處焚刑。加爾文請求議會以斬首代之，但結果無效。法勒爾曾至獄中訪色維圖勸他悔改，但他拒絕悔改。次**被牽至火刑場，那時還勸他“求告神的永生之子”，只要說︰“耶穌，神永遠之子，你可憐我。”就可以，但他沒有說。
評論此悲慘之余，我們必須記得加爾文不過是反映他當日的觀點而已。雖然我們認為此事不當，但我們卻能加以解釋。自從聖奧古斯丁(St.Augustine,A.D.400)時代以來，人們都相信異端者應處以死刑，此觀念在法國革命以後(一七八九)方才改變。路德對于處異端者以死刑的利害發生疑問，這是不錯的。他寫著說︰“我不贊成把冒充醫生的處死。異端乃屬靈性之事，是無法伐之以斧，焚之以火，或息之以水。管轄人靈魂的，只有神自己。”但路德是在此事件發生的老早以前說這話。加爾文具有中古時代的觀點。如潘寧(Penning)所說“加爾文的翅翼被我們認為錯誤的觀念所捆綁。”以我們的判斷，加爾文是有罪的。一九○三年十月二十七日在色維圖被處火刑之地方立了一木牌，其上寫著︰“我們是改教者加爾文的忠實感恩之後裔，特定加爾文當代之錯誤的罪，但是我們根據改革運動與福音的真實教義，卻寶貴良心的自由超乎一切，特立此牌以表懺悔。”