加爾文生平的最後階段乃是他最愉快的經驗，往往稱此為勝利時期。教會與政府在日內瓦互相合作，有一牧師團體照顧教會的屬靈需要，予以相當領導，並以聖經的原則來訓誨政府職員。政府有事往往來向加爾文請教。學校為有能干的基督徒教師所管理。日內瓦迅速地獲得模範基督教社會的榮譽。
在此時期內值得人痛心的事就是加氏的健康逐日衰弱。他向來不是強壯的。他年輕的時候即患頭痛病。他健康受影響也多半由于工作過多，而又缺乏運動。及至年長，頭痛病更形加重。消化不良，往往使他日食一餐。他有胃潰瘍，以後又患風濕神經痛、痔瘡、膀胱結石、時常發昏、氣喘。最後他患四日熱(即每隔四天身體發燒)及肺病。他說他一生並無健康之日。
雖然如此，他卻作了非常偉大的工作。除了重編《基督教要義》之外，他又寫聖經注釋，從事次數頻繁的書信往來、演講。他差不多每周講道五、六次。據說他的講道是簡明、直接的，以誠懇來闡明聖經的教訓。
一五**年二月二**在日內瓦學院講完他最後的一堂課，二月六日則是他最後的一篇講道。他講時頗為困難，但終于完成了。三月市議會請求全市民為加氏恢復健康而祈禱。四月他被抬到教會舉行聖餐禮拜，當他用顫抖的聲音與會眾同唱“主阿，讓你僕人安然去世”的詩時，多人淚下。他日漸衰弱並求主早日接取靈魂。四月二十五日留下遺囑。他身無積蓄，因他堅持拒受薪金。教皇比烏第四(PopePiusⅣ)有一次論到加爾文說︰“新教異端的能力即在此，就是金錢在他身上也絲毫沒有魔力。假如我有象他這樣的臣僕，我的教國必擴展到四海之外。”加爾文所僅有的一些金錢他都捐給日內瓦學院、難民和他的親屬。
四、五月時舉行了一連串的送別會，許多人受感動。他接待日內瓦的牧師團，並向他們述說為本城的宗教改革運動而有的斗爭、困難與神所賜的最後勝利。他勸勉他們要支持他的後繼者比沙如支持他自己一樣。他最後的一封信是寫給法勒爾的，勸他“留意我們的同工，那是與教會有益的”，又說︰“我與基督同在，死活于我足矣，基督對那些屬他的人，在生在死都毫無所失。”當法氏收到此信後，立刻離開牛查台，雖年逾八旬，仍步行全程，企圖在他的朋友未死以前見他一面。
他對市議會代表的臨終告辭頗令人受感。他們來向他表示敬愛，加爾文請求他們饒恕他往日的發怒(他容易犯的罪就是脾氣，他說這是“我不易馴服的野獸”)。
論到此次的會面，比沙說︰“任何的離別所留下的悲痛也不能勝過這些人的。由于他的職分，他們要仰望他，他對他們的訓誨猶如來自父神，他們愛他如父親一樣，因為他從小就認識他們、訓練他們。”
一五**年五月廿七日，在他背誦保羅的話“我現今的苦楚若比起將來要顯于我們的榮耀就不足介意了”後，他便安睡于主懷，享年僅僅五十四歲。日內瓦與全抗羅宗均為其逝世舉哀，並承認一位偉大的領袖榮返天家。如克拉登(Colladon)寫著說︰“當那天太陽西沉的時候，這世界的大光即被取入天。”在教會的記錄中，在他的名字旁邊寫著幾個簡單的字︰“二十七日禮拜六歸天。”次日葬于公共墓地。墓碑石上僅刻有J.C.二字母以示埋葬之所。如此終結了這位偉大神僕的地上事工。