加尔文进而讨论因信称义的道理，对这道理，他和路德一样，认为非常重要。他的重点是在乎上帝无条件地宽赦了罪人的罪，由于上帝白白的恩典，罪人得以被称为义。这种义并不是我们所有的，而是属于基督；我们能够得到这义是因为我们和基督发生关系。基督把他的养分给我们，并奇妙地将上帝公义的权力灌输给我们(见第三卷第十一章第廿三节)。这道理绝非轻视善工，加尔文从圣经中得到许多引句，说明这是善工的真正条件。我们若不“爱那先爱我们的主”，就是最大的忘恩。我们的良心是从一切死的工作中摆脱出来，以事奉活的上帝。“若上帝这样爱我们，我们就得彼此相爱。”加尔文综合拯救的道理说：
“我们得救的基本原因乃是圣父上帝的爱；具体原因乃是圣子基督的顺服；功能原因乃是圣灵的光照——就是信；最后原因乃是上帝的无限良善的荣耀。”(见第三卷第十四章廿一节)。他不惮烦地攻击中世纪经院派的重视善工的学说，不免使一般读者厌烦。在某一灵巧的讨论中，他试行调和雅各和保罗的主张，但所提出的调和却显然是保罗所主张的。
在《基督教要义》初版，加尔文以六章中的一章篇幅讨论基督徒自由的问题，内容和最后订正版的第四卷相同。可是在第三卷第十九章他对这题目有较为精简的讨论，他的讨论比路德在《基督徒的自由》(LibertyofaChristianMan)一书中所说的较有系统，但力量不免稍逊。基督徒应当持守神的怜恤，放弃律法的义，除非律法的教训能帮助他们成圣。从律法的束缚释放出来，他们即可自动顺服于上帝的旨意之下。他们将听到上帝以父亲慈爱的声音呼召他们，并愉快迅速地顺从他的引导。对于无关紧要的事如衣食等，我们应避免过分的拘谨。愚蠢的拘谨足以伤害稚弱的心灵。有人定意餐桌上不用台布，以后觉得连手帕也该放弃。为着要避免珍肴美味，可能连烘面包也认为奢侈，而要求更劣等的食物。可是加尔文亦斥责任情纵恣，和故意在礼拜五饮宴食肉来污辱心灵软弱的弟兄，就是那些我们应该爱护帮助的弟兄。
加尔文以一整章的篇幅讨论祷祈问题(第三卷第二十章)。他认为祈祷是信的操练，并立下了一些原则：祷告的时候心须专注，以迫切需要之情，在顺服谦卑中祈求，并存确切的盼望及信心。从这里又讨论到公共崇拜，颂赞歌咏之适当应用，及对主祷文的详细解释。他说祷告时我们应当仰望上帝，但我们亦需要适当的祷告仪式和时间，好帮助激励我们。