加爾文進而討論因信稱義的道理，對這道理，他和路德一樣，認為非常重要。他的重點是在乎上帝無條件地寬赦了罪人的罪，由于上帝白白的恩典，罪人得以被稱為義。這種義並不是我們所有的，而是屬于基督；我們能夠得到這義是因為我們和基督發生關系。基督把他的養分給我們，並奇妙地將上帝公義的權力灌輸給我們(見第三卷第十一章第廿三節)。這道理絕非輕視善工，加爾文從聖經中得到許多引句，說明這是善工的真正條件。我們若不“愛那先愛我們的主”，就是最大的忘恩。我們的良心是從一切死的工作中擺脫出來，以事奉活的上帝。“若上帝這樣愛我們，我們就得彼此相愛。”加爾文綜合拯救的道理說︰
“我們得救的基本原因乃是聖父上帝的愛；具體原因乃是聖子基督的順服；功能原因乃是聖靈的光照——就是信；最後原因乃是上帝的無限良善的榮耀。”(見第三卷第十四章廿一節)。他不憚煩地攻擊中世紀經院派的重視善工的學說，不免使一般讀者厭煩。在某一靈巧的討論中，他試行調和雅各和保羅的主張，但所提出的調和卻顯然是保羅所主張的。
在《基督教要義》初版，加爾文以六章中的一章篇幅討論基督徒自由的問題，內容和最後訂正版的第四卷相同。可是在第三卷第十九章他對這題目有較為精簡的討論，他的討論比路德在《基督徒的自由》(LibertyofaChristianMan)一書中所說的較有系統，但力量不免稍遜。基督徒應當持守神的憐恤，放棄律法的義，除非律法的教訓能幫助他們成聖。從律法的束縛釋放出來，他們即可自動順服于上帝的旨意之下。他們將听到上帝以父親慈愛的聲音呼召他們，並愉快迅速地順從他的引導。對于無關緊要的事如衣食等，我們應避免過分的拘謹。愚蠢的拘謹足以傷害稚弱的心靈。有人定意餐桌上不用台布，以後覺得連手帕也該放棄。為著要避免珍肴美味，可能連烘面包也認為奢侈，而要求更劣等的食物。可是加爾文亦斥責任情縱恣，和故意在禮拜五飲宴食肉來污辱心靈軟弱的弟兄，就是那些我們應該愛護幫助的弟兄。
加爾文以一整章的篇幅討論禱祈問題(第三卷第二十章)。他認為祈禱是信的操練，並立下了一些原則︰禱告的時候心須專注，以迫切需要之情，在順服謙卑中祈求，並存確切的盼望及信心。從這里又討論到公共崇拜，頌贊歌詠之適當應用，及對主禱文的詳細解釋。他說禱告時我們應當仰望上帝，但我們亦需要適當的禱告儀式和時間，好幫助激勵我們。