虽然加尔文在日内瓦不为主教们留下余地，但当他讨论教皇专制制度兴起以前的教政历史时(见第四卷第四章)，他并不反对初期的主教区制度。他根据圣耶柔米和其他教父的意见，主张长老被其他长老推选升任主教区长作为领袖的，其各种职务和其他充任为上帝圣道及圣礼教牧的人相同。他赞同“神品阶级”(hierarchy)(虽说他不喜这名词)之进步发展，这种发展产生了省主教及主教长；他们对于教会法规的维持，以及作为中间人，把各种纠纷问题提出于省级议会等，都是需要的。圣灵努力保守这些教牧，使他们不作“诸侯和统治者”之梦。在这一时期，教会所有产业都保留为救济贫穷的基金。贞忠纯洁的主教及执事各负职责，献身作为教牧的人都在虔敬中受教育训练，并从最低级如看门等职务逐渐提升，预备他们终身的工作。民选教牧的事，由老底嘉会议(CouncilofLaodicea)(约在主后三四三至三八一年之间)加以限制，这是良好次序所必需要。到大贵钩利(死于主后六○四年)为止的整个期间，加尔文认为并没有象以后流行于教牧界的那种野心和腐败的现象。
在第五章(本书未译此章)加尔文猛烈攻击中世纪教皇制度及以后的所谓“尊严的神品阶级”之非，认为是等于“敌基督的暴政”。第六章攻击罗马教廷“首座”之说，和那些用以支持教皇特权的经文释义。马太第十六章十八节不能按照教皇的解释：圣彼得或者可居首位，但他不是超越众使徒的权威。他亦曾经被差遣从耶路撒冷到撒玛利亚去(参徒8：14)。假定彼得比别人崇高，他也不是全教会的头，只有基督是教会的头。初期教会并无以人为首的证据可寻。再者，如果权威是赐给彼得，这和罗马又有什么关系?为什么不把彼得初期工作的地方安提阿当作首座?在历史上安提阿的教会反而处在没有使徒传统的教区治下。其实罗马主教在历史上之所以有优越地位不只因为彼得曾经在罗马住过，也因为罗马在帝国的重要地位，而且比较上未受神学斗争的影响。对教皇的攻击另见以下两章，不包括在本选集里面。加尔文广泛地应用历史材料，说明教皇之自认为基督代表及教会的头“非但是不敬和污辱基督，而且是完全无稽和违反常识”(见第四卷第七章第廿九节)。教会毫无权威可言，除非它完全顺服圣灵，接受上帝的话所教导的(见第四卷第八章第十二节)。
关于早期教会的会议，加尔文说：“我从心底里尊崇它们”；但并不是所有的会议都受圣灵的引领。近期的会议比不上早期的；甚至早期的会议，如爱任依女王(EmpressIrene)所召开关于神像问题的会议(七八七年)也发出了不敬的谕令。其他有些徒事争论，连尼西亚会议(CouncilofNicea)若不是为着皇帝的缘故，恐怕将演成惨局。虽然如此，会议若以圣经为根据来解决争论的问题，往往得到了优异及可贵的成绩(见第四卷第九章)。