一五二三年诺阳流行传染性的瘟疫，年轻的加尔文伴随孟特摩家赴巴黎而升入大学。因他准备将来作神甫(当时加尔文属天主教)，所以学神学乃是首先的基础工作。拉丁文、伦理学与哲学乃是加尔文的大学课程。加尔文深为教授器重。当时加尔文专攻拉丁文学，深悉拉丁文学的底蕴。在考第尔(Cordier)指导之下也学到如何写文章。他的伦理学课程帮助他有敏锐的心思，对于后来的辩论助益匪浅。
加尔文好学不倦，节制饮食，极少消遣，生性怕羞，以致给人一个无社交长才的印象。与他同时代的人论到加尔文写道：“他是一位禁食者，有时是为了集中心思于写作、研究与增进他的记忆力。加尔文不苟言笑，但是他的话时常带有份量，总不无的放矢；他从不出现于公共娱乐场所，总是退居斗室，从事写作。”
于一五二七年受父命转入奥林斯大学(UniversityofOrleans)专攻法律。加尔文写道：“当我年幼的时候父亲定规了叫我学神学。但后来他考虑到律师职业能使人致富，因之他改变了他的目的。”因加尔文是个考子(或者他对严父颇有敬畏之心，因他是个很有道义的老先生)所以唯父命是从。他在一位诉讼律师门下受教，不久即成绩卓绝，甚至教授缺席时，也由加尔文代课。一五三一年他转入波纪斯大学(UniversityofBourges)法学院在有名律法学家阿凯齐(Alciati)足前受教。法律的研究培养了加尔文的组织力与明了力，后来在日内瓦对政务的处理时能给予正当的建议。神使他这样在名师手下学法律也预备他对圣经的详细研究(如在他的注释中)，并对伟大的圣经原则的发展——神的主权，有莫大帮助。此时他也开始学习希腊文与希伯来文。
一五三一年加尔文的父亲去世。现在他可以随心所欲重返巴黎大学专攻文学与古典文学。明显可见这是他的第一爱好。次年他的头一本书出版问世。该书引证五十五位拉丁文著者和二十二位希腊文著者。那是幸尼加(Seneca)全集中标题为“仁慈论”的注释。有的学者认为该书系为宗教抗议者向当局的请愿；有的人则否认。此书并未立时博得社会的好评，著者多少有些失望。无论如何，这本书把加尔文的名字介绍给知识界，这也表示加尔文后来注释圣经的方法，即发掘著者的原意，然后述说自己的反应。加尔文也重视到异邦宗教与文化中的真善之点，所以在评价非基督教作品上并不将之丢弃如敝屣，其中有些教训，如仁慈、互助、怜悯都与基督教的美德相近。之后加尔文把这些价值追溯到神的普通恩典上。他写道：“真理(不拘是什么真理)总是有价值的，这是多人所承认的。但神乃众善之根源，如果你不欢迎真理的各部(不拘从那一方面而来)是从神那里来的，并接受为从天上来对你说话的声音，你就应该受不感恩之嫌的攻击。”