慈运理的著作包括若干对自己信仰的说明，其中最重要的一部为《对真假的宗教的评议》(CommentaryonTrueandFalseReligion)(一五二五年)。这部书是应意大利及法国友人的要求而写的，并以之呈献给法王法兰西斯一世(当时慈运理希望争取法王对改教运动的同情)。继拉丁文原作之后有德文版问世。这部书在它的广泛性，深度及能力方面虽不能与加尔文的《基督教要义》一书相比，但不失为一部内容丰富的作品。在他向法王的致词中，他的语气是坦率和大胆的。他攻击当时一般人对教皇的崇拜，恰如可憎恶的偶像崇拜；他暴露政府的错误，由于这些错误，“人民因君王的罪而受鞭打”，并成为教牧界贪婪之食物。“全世界如此腐败、堕落、及无耻，绝对需要改革。”他鄙视那些所尔波恩学院(Sorbonne)的神学家们之以一些哲学的渣滓来代替圣道；他警告国王别以为可以因政治和平的目的而**福音的宣传。
慈运理认为“真”的宗教是那出乎圣经的，“假”的宗教是稚弱心灵的迷信及盲从。上帝和人在宗教之中相见，但亚当却因罪而羞耻，藏匿起来，不能追求恩典。人自己背离上帝，但上帝在“不可言说的恩典中”召人得救。“上帝使人认识自己，使他知道自己的悖逆、不忠、及愚拙”，好象亚当所行的一般。在慈运理的思想中，上帝是发动者，他谴责那些因为不知道人性之腐败，不知道依靠自己功绩之无望，因此“不愿意接受再生之道”的神学家们。基督之被差遣到人间来，是“代表及中保”，是要恢复那些因亚当犯罪而被遗弃者的地位的第二亚当。第一亚当想做上帝，第二亚当处在微贱的人的地位上，要导引他们归回于上帝。在他讨论罪与恩典的著作中，他驳斥那些为着担心人们松驰了善工因而不承认基督赎回一切凡信他者的罪的人：
基督教的信仰是信徒灵魂上的一种感觉，正如健康之于人身。人人都能辨明它是好是坏。一个基督徒因罪的重压而有悲惨的感觉，在另一方面，当他知道在基督里面可得医治，他的感觉又是何等愉快。那些素来健康的人，对于健康的重视，往往不如那些久历病痛者所感觉的那么深刻。同样，那些不觉灵魂有病的人，对基督的珍重，不如那些有此感觉且因此感受痛苦的人。我们既然不深知自己的底细(因为我们不知道自己的病症及其严重性)，我们就不了解基督是我们得救的途径，而他本身是无价之宝。但如果我们曾经因自己的疾病而有苦痛的经验，就是说，如果我们真的知道自己，知道自己正象是下贱污秽的牲畜，却在人前装作伟大、高贵、正直、神圣；是怎样地把自己完全交给邪恶的欲念，无论在何事上都让情欲牵引我们……如果我们能够感觉到我们自己的污秽残疾，且深受痛苦，那么，当医生解除了我们的疾病以后，我们决不至于要说：“我愿再有疾病”，就是说“我愿再入罪中”。一个跌断了腿而找到了好医生替他治好的人，不至于对自己说：“你的运道不错，能够找到好医生，那么尽可放心常常跌断你的腿，因为那医生什么都能治疗。”他的一生，无论到什么地方去，在什么地方走路，必小心谨慎，不再跌断自己的腿，因为他知道要治好一条跌断了的腿是多么痛苦的一回事，整个月躺在床上是何等的不舒服。同样，当听到说基督已为众人赎罪，便欢呼着说“我们可再犯罪，因为基督白白地赦免了一切的罪”的人，是未曾感觉到罪的痛苦。因为如果他们曾有此感觉，他们必尽力所能及，小心谨慎，不再陷入罪中。
本书中关于教会问题的讨论大半已在一五二四年分别出版的《答恩麦撒为弥撒祭辩护》(ReplytoJeromeEmer'sDefenseoftheMass)一书中发表。一五二三年在区利赫的第一次辩论中，慈运理曾喻教会为“基督无瑕疵的配偶，为上帝的灵所统治培养。”可是现在他抗议基督徒间的小数分子(修道士们)之应用“教会”这一名词，这些人实际上是在“用尽方法要摧毁教会。”在给恩麦撒的答辩中，慈运理提出会众(congregation)或群众(assemblage)在希伯来文及七十译本(Septuagint)上的意义，他说：“从新约圣经我们知道教会(ecclesia)这一字适用在凡奉基督的名并在基督徒的团体中生活来往的人身上，包括那些并不十分虔信的。”又说：“从这里我们知道那承认自己为信实的全体信徒是被称为诚信之民––一教会，但尚未能称为完全的教会，因为它有许多缺点，而这些缺点有的是基督所宽容的。”与这种有缺点，有形的，在名义上称为信徒的团体对立的，慈运理认为有“第二种教会”，它包含那些信实的信徒，是“荣耀和尊贵的教会，基督的配偶，没有任何污点或瑕疵的”。若说这种没有缺点的教会是属于幻想的，和柏拉图(Plato)的共和国一样，那是很大的错误，因为它确实存在于那些将他们的信––相信基督是上帝的被钉十架的儿子––建立在磐石上之人的心里。“它不能满足于使少数人夺取了全体的荣耀，却愿伸展到全世界，到处接纳会友；它的范围更广更大，它的美丽将更增加。”若和“罗马教皇的教会”相比，这教会是只“建立于上帝的话”，所以不能有错。它的会友的数目“不是人的眼目所能看出的。”每一个别的教会有负责当局来管理它的会友。“但所有这些教会都属于同一教会，即基督的配偶，希腊人称之为大公教会，我们称之为普世教会。”
慈运理对圣礼的见解和路德的见解不同。他认为新约的“奥秘”(mysterion)这一字的主要意思是“开创”，而其所指非但是一种开始，亦是一种完成。希腊人比拉丁人“更虔诚，更博学”，他们往往称主的晚餐为“祝谢”(Eucharistia)；喜乐地祝谢基督的死。基督的肉不能以肉身来吃，也不能以精神来吃。属于肉身的就不属于信仰。在“这是我的身体”这一句话中，“是”一字乃“表示”或“象征”的意思。灵魂由于信仰而从基督得到培养。在圣餐中相通的基督徒“见证他们同为一体的肢体”；那接受象征的饼的人必须有基督信徒的样式，因为他已领受了信托基督的印记。他认为俄利根(Origen)的主张是对的，并解释说：“圣礼的基本意义是信仰，即相信基督为我们舍命，他是灵魂的粮食。”在以后发表的声明中慈运理继续坚持他的主张，认为基督的身体及血的出现，对于有信心的人，不是有形的，而是属圣礼的––为了信心的默想。也许读者愿意知道这位瑞士改教领袖关于教义的简要主张，来和加尔文对同类问题的看法作一比较。
德语区瑞士复原教派的性质从第一及第二种纥里微丢信条(HelveticConfessions)中可窥见其一部分(参历代名著《历代基督教信条》)。这二大文献的主要拟稿人为布灵尔(HeinrichBullinger)，从一五三一年慈运理死后到一五七五年他自己过世这段时间，布灵尔是区利赫教会的杰出领袖。上述文献对预定论(doctrineofpredestination)作了简明的解释，小心避免反律法主义及定名论的观点。关于圣餐问题瑞士改革派与路德派主张不同，前者认饼与酒为标志，而不能转变为它们所象征的；但亦不仅仅为标志而已，却同时是“神圣事物的奥秘记号”，使参加的人由于信仰而在灵性上享受基督的奥秘的体及血。
在崇拜仪式方面，慈运理派所遵循的原则也与路德派不同。路德本人愿意保留那些不为圣经教训所反对的中世纪的崇拜仪式，而慈运理却主张简化崇拜仪式，摈除一切圣经所没有指示或命令的仪式。因此在慈运理派的教会中，神象和乐器都移走了，代之以最简单的公共崇拜方式。在这些和另外一些别的方面，复原教中的路德宗和改革宗到现在各自保留了它们的特殊主张。但却明了十六世纪改革宗神学的最具权威的理论，我们不能不求之于加尔文的《基督教要义》一书。