第三卷所讨论的主要内容是关于圣灵在被选召者心中的工作。圣灵传授信，就是对基督的认识。关于信，加尔文说：“从他的话来认识神对我们的旨意。”可是他又说，如果我们以“怜恤”这两字替代“旨意”，我们将更接近于信的性质。上帝“以他的怜恤呼召我们归向于他。”这样，信就是一种“对神的怜恤的稳固认识；这怜恤是基督所白白应许我们，由圣灵显明在我们的意念中，并在我们心中证实的。”(见第三卷第二章第六、七节)。它包含成圣的意义，且不能与爱分离。人尽管相信福音书中的事实，主张圣经是不可能错误的，却没有真正的信。信徒虽经历种种疑虑困扰，却不放弃基本信心；信使他在磨练中站立得住。基督徒或从微小信心开始，往往能逐渐进步，因信以上帝的话武装自己。
加尔文的看法，成圣(他常称之为重生)是一种过程，而非一时之事。它和称义是不可分的，因为二者都是从因信而有分于基督所产生的；它和信的长进一同长进，与诚实悔改之心相配合。悔改并非几天可以完成的事，好象重洗派和耶稣会派(Jesuits)所主张的那样，却是一件终身的事。他赞同一些不知名的古代作家所讲论的，认为“悔改”(poenitentia)的意义包括“旧人已死”(mortificatio)和“得新生命”(vivificatio)，而“得新生命”的含义不仅是在释放中的喜乐，亦是立志过圣洁的生活。
加尔文对“认罪”(confession)和“补赎”(penance)亦在这里加以检讨。有人认为早期复原派废除了中世纪的认罪制度而没有其他的替代，这是很大的错误。加尔文诚然反对中世纪那种强迫性的秘密认罪制度，可是他劝勉信徒当他们需要的时候可求教于他们的教牧；他赞同私下或公开的认罪，但认为必须非出于强迫性质的。在早期教会，基督徒对这事的决定是自由的。若有人为自己的罪所困扰，非他人帮助无法获得安慰，就应当私下向他的牧师认罪，但无须把过错逐一背出(见第三卷第三章第三节；第四章第十二节；第十六章第一节)。
加尔文说基督徒须得明白在他整个生命中他和上帝的关系。放弃一切，将本身奉献给上帝，这是基督徒生活的关键。其中绝不容许有骄傲、贪婪、或奢侈等。我们所施与的财物并不是我们自己的，不应因此自夸。我们应为邻舍谋福利，我们的对象是所有的人，并无例外。我们只是代管上帝所赐的财物，必须在爱的原则下，毫无保留地善用它们。异乡旅客或地位低微的人同样有上帝的形象。甚至对那些伤害我们的人，主命令我们宽恕他们，注视在他们里面的上帝形象，“这形象遮盖和消除了他们的过失，它的美和尊严吸引我们，叫我们伸出爱的手臂，来拥抱他们。”可是无论我们怎样尽力于慈善工作，如果这些工作非出自诚实的爱心，一切必归徒然。施舍而含侮辱是有罪的。我们不当争名夺利，对于一切得失，都能够象那些相信万事由上帝支配的人，以心平气和的态度加以接受(见第三卷第七章第二至十节)。在这冷酷的世界中，我们必须背负十架，为着卫护正义，情愿忍受各种苦难，在因正义的缘故而被**当中寻求安慰。当我们喜乐地仰望着来生，我们对今生须有节制，但不必过于苛刻；以上帝所给我们的恩赐来造就我们自己，不是来毁灭自己。