一五四二年至一五四四年，加爾文密切注意日耳曼內部的復雜糾紛。當時復原派的諸侯不能團結。克里維大公(DukeofCleves) 一位復原教信徒 被皇帝查理第五擊敗；而查理第五，一直到一五四四年九月為止，和法蘭西斯一世處在交戰狀態中，和教皇保羅第三之間亦有嚴重沖突，且時時恐懼土耳其人之襲擊。所以他不得不對復原派教會的要求讓步。一五四四年二月帝國議會在斯拜爾舉行，開會時間延長到半年之久。議會和路德派所作的妥協招致了教皇對皇帝政策的嚴重譴責。當議會開會時加爾文“在所有願意基督統治的人名下”寫了一篇謙虛的勸諭文章，呈獻給議會議員。該文題為《教會改革之必要》(TheNecessityofReformingtheChurch)，文中加爾文說當上帝興起路德的那時候，真的教理和真的崇拜正在被普遍忽略。他更討論當時流行的邪惡和改教家的補救之道，並強調在日耳曼廣泛革新之迫切需要。在論真崇拜那一部分，他以明確積極的議論為根據，嚴厲攻擊改革以前的崇拜情形。他說，崇拜應該以承認上帝為“一切德行、公義、聖潔、智慧、真理、權力、至善、仁慈、生命、和拯救的獨一源頭開始。”禱告、贊美、謝恩、敬拜等，是崇拜中的部分，而儀式之事則處于附屬地位。我們在禮拜中高舉上帝，即所以謙卑自己，並學習順服他的旨意。加爾文堅持凡上帝所沒有明白命令的崇拜方式，都不是他所喜歡的。這是他用以檢舉錯誤崇拜方式的準則。
在這一篇論文中加爾文熱烈贊許路德的話是值得注意的。他說︰“我們都還在追求能與路德同一目標”，正在尋求教會的潔淨。他在文中一貫用“我們”兩字，他希望他的主張能夠和路德派的主張聯系起來。當時路德還活著，他和加爾文同樣希望促使日耳曼皇帝和羅馬教廷分離。但路德不會贊同加爾文對崇拜所下的狹窄定義，他認為凡沒有敗壞了的儀式都應該保留，而加爾文卻願廢除凡聖經所沒有直接命令或例證過的儀式。在實行上這是一大差別。加爾文當然會知道日耳曼的路德派在這件事上不能和他同意，可是他對路德派改教的主要原則備極推尊，這從他所發表的許多言論中可以證明出來。
加爾文對一切弊端如彌撒及神甫制度等仍繼續暴露攻擊。在說明復原教對這些弊端之糾正的那一部分，對此亦未忽略。加爾文說︰“我們以比慣常所用更崇高的辭語宣布上帝的榮耀。”在廢除迷信性的崇拜這件事上他認為不只眾先知，即眾教父亦贊同他的意見。對于禱告問題，已見效果的糾正有三事︰即貶損基督地位的聖徒代禱制已被廢棄；人得以依靠信心親近上帝；信徒學習以所熟識的方言禱告。對比較屬教義性的問題，加爾文極力為“因信稱義”的道理辯護︰“我們之所以能得稱義，在乎上帝因基督的緣故使我們與他復和，與我們的善工無關。由于白白的恩賜我們不再作罪惡的兒女，而稱為神的兒女。”
關于聖禮，都以人民所熟識的語言解釋及舉行。中世紀時代剝奪人民選舉教牧之權，依任命方式指派教牧的制度，今已代之以古代教會所采用的方法，即非有人民同意，上級不得委派教牧。宗教改革已解除了那破壞上帝榮耀以及保羅所衛護之良心自由的那種人為律例的枷鎖。加爾文攻擊獨身的法律，和私下認罪的弊端。星期五日嘗一嘗肉味也不該受比過一年荒淫生活更重要的懲罰!
有人指責改教領袖奪取教會財產以自肥，加爾文對這種指責並不完全否認，他惋惜宗教改革在處理教會財產方面未能免于弊端；但認為並不如那些懶怠教士之濫用教會基金及掠奪人民財產的情形那樣壞。
在這里，如在《答沙杜里多》一文中一樣，加爾文堅持復原派教會並非主張**者。可是許多世紀以來，羅馬教廷的腐敗已使基督聖名為人嘲笑，怎能成為眾教會之母?當路德還未脫離教廷的時候，他謙虛地要求教會的改革，終歸徒然。而改革的障礙即教廷自身。教皇在力所能及的時候，從不準許各教會聯合舉行會議。現在教會面臨完全破裂的危機，而教廷卻告訴我們等待一個實際上沒有實現希望的全體會議。讓日耳曼皇帝及諸侯在即將到來的帝國議會上以國家的改革方案來打破這僵局吧!“眼見基督的配偶遭受**，……哀求你們的保護，你們還要等多久呢?”加爾文強調危機的急迫︰如果日耳曼的掌權者听從那“不祥的話”，以為改革可以從緩，那麼日耳曼教會的存在，甚至帝國的存在，就要成問題了。