—、来历
本书是保罗写给个人的一封短信。腓利门乃歌罗西的一位信徒，阿尼西母是他家的逃奴，在罗马遇见保罗，悔改归主，并服事被囚的保罗。但保罗不愿未得他主人的同意而将他留下，所以打发他回到腓利门那里去，并写此信请他收纳。此书应与写歌罗西书同时（西四9），在保罗第一次坐监时写于罗马，约为主后62-63年，与以弗所、腓立比、歌罗西合称「狱中书信」。
二、主旨
本书指出基督徒在基督里的新关系，不论是自主的、为奴的，都在基督里合为一了（加三28；西三11），都是亲爱的弟兄，不再是奴仆。当时的逃奴可受死刑，所以保罗为阿尼西母代求，让腓利门所作的善事是出于爱，非出于勉强。此信对使世基督徒影响很大，后来提倡解放奴隶制度的人，有些就是从此得到启发和动力，使千万受到**的人得到自由。同时我们看到保罗谦虚、温柔、爱心、体谅、文雅、礼貌，特别是为逃奴罪犯代求很像我们的主耶稣基督。他超过时代，达到人际关系的顶峰，为以后万代树立了榜样。
三、分段
（一）问安（门1-3）
（二）感恩（门4-7）
（三）请求（门8-14）
（四）劝勉（门15-17）
（五）应许（门18-20）
（六）盼望（门21-22）
（七）结语（门23-25）
（一）问安（门1-3）
保罗此时在罗马是为基督耶稣被囚的（弗三1，六20）。写此信时有提摩太同在，故连带提名问候腓利门，但全信都用「我」自称。他称腓利门为同工，因腓利门可能是歌罗西教会的信徒，甚至是负责人，有教会在他家中，如百基拉和亚居拉的家一样（罗十六3-5；林前十六19；西四15）。亚腓亚可能是腓利门的妻子，和腓利门一同在家庭教会中服事主，亚基布是歌罗西教会的传道人（西四17），但不一定是腓利门的儿子，他们一同在腓利门的家中聚会。
（二）感恩（门4-7）
保罗听到人的爱心和信心，就为人感谢神（腓一3；西一3-4；帕前一2-3），并因他的爱心大得快乐、安慰和畅快。有人以为保罗并非直接认识腓利门，只是听说而已，因保罗并没有去过歌罗西和老底嘉（西二1）。但信中，保罗提到腓利门是他的同工、同伴，阿尼西母若欠腓利门什么可以归到他帐上，以及腓利门也亏欠了他，口气看来，保罗是见过腓利门，而且与他有相当的认识和来往。
（三）请求（门8-14）
保罗不是凭着使徒的身分来吩咐腓利门，他乃是因上了年纪和为主被囚的缘故，凭爱心来求他，并为着在捆锁中所生的儿子阿尼西母代求。本来逃奴对主人是没有益处的，但现在因信主得救了，对于他们就都有益处。保罗称他为「心上的人」，可见他大有改变。保罗虽有意将他留下，代替腓利门伺候他，但不愿自行决定，仍尊重腓利门为主人的地位，使他的善行不是出于勉强，乃是出于甘心，像捐输和奉献一样，不要勉强，乃是出于乐意才能蒙悦纳。（林后八5、7、12）
（四）劝勉（门15-17）
保罗劝勉腓利门说，「他暂时离开你，或者叫你永远得着他。」这正是神叫「万事都互相效力，叫爱神的人得益处。」（罗八28）应当看他不再是奴仆，乃是亲爱的弟兄了。保罗已接纳他了，别人还有什么话说呢？若以保罗为同伴就要收纳他，如收纳保罗一样。
（五）应许（门18-20）
保罗应许说阿尼西母若亏欠腓利门，都可以归到保罗的帐上，他必偿还，并以亲笔为证。其实连腓利门也是亏欠他，盼望能使他得着快乐，好像主为我们所立的保证一样，他必还清我们一切的债。
（六）盼望（门21-22）
保罗相信腓利门必顺服他所吩咐劝勉的，并要求腓利门还要给他预备住处，因为盼望藉着他们的祷告，必能再去见他们，所以这信也是预告他将访问，请他们有所准备。
（七）结语（门23-25）
以巴弗是与保罗一同坐监的（西四12），马可、亚里达古、底马、路加都与保罗在一起同受患难、不肯相离，有这几位忠心的同工是很好的，可惜底马以后离开保罗往帖撒罗尼迦去了。