在他的暢銷書《上帝的語言》(2006)[ 譯注︰中文版2010]中, 遺傳學家柯林斯聲稱人類DNA提供了"強有力的支持達爾文進化論的論據，即人與其他生物是從一個共同祖先借著自然選擇和隨機變異的操作進化而來。(注1) 具體地說, 他認為我們的DNA表明, 人類和類人猿有共同的祖先。
柯林斯是前任人類基因組計劃的負責人,也是一個眾所周知的福音派基督徒,他支持達爾文的進化論和胚胎干細胞的研究。(注2)。借著約翰.鄧普頓基金會2008年的二百萬美元贈款的幫助,柯林斯與他人共同創立生物與道(BioLogos)基金會,目的是要說服基督教領袖及普通民眾來接受生物進化論。(注3)柯林斯被奧巴馬總統任命為美國國立衛生研究院主任後辭去BioLogos主持人的職位, 但他的猿/人類有共同的祖先的立場還是在各界信徒中有廣泛的影響力。
柯林斯提供了兩個主要以DNA為基礎的論據,支持人類與猩猩等動物有共同的祖先的立場。首先,人類和其他哺乳動物共有的不編碼蛋白質的DNA是假想無功能的垃圾,根據柯林斯的立場, "一個人類和小鼠共同的祖先的結論是幾乎不可避免的。"(注4) 其次, 人類的第二號染色體是從像猿的兩種染色體融合的結果, 柯林斯聲稱這些證據的發現是"很難理解的……除非有一個人類和猿共同的祖先之假設。"(注5)
這些都是常見的人類和猿共同的祖先的論據, 但這一章將顯示,柯林斯的立場主要是基于過時的科學證據和有問題的假設。具體而言:
o 大量的研究已經發現大量證據支持不編碼蛋白質的DNA的功能, 表明它畢竟不是遺傳的"垃圾"。
o 人類染色體融合可能意味著人類的血統中經歷了一個融合過程, 但是這並沒有告訴我們是否我們的血統可以追溯到與猿分享的共同祖先。此外, 支持人類染色體融合的基因證據遠不如柯林斯和其他人所說的那樣充足。
總之，從DNA而來的證據沒有確定柯林斯有關人類進化的結論。
不編碼蛋白質的DNA畢竟不是遺傳的"垃圾"
柯林斯避免了通常的簡單說法: 兩個物種之間的共用遺傳功能相似性必然證明他們共用一個相同的祖先, 他承認遺傳功能的相似性"本身當然並不能證明有一個共同的祖先"。因為一位設計者可以重復地使用"成功的設計原則"。 (注6)。相反地，柯林斯提供一個不同的觀點: 他列舉了古老重復元素 (Ancient Repetitive Elements: AREs) , 被稱為沒有功能的垃圾 DNA, 在他看來, 這證實了達爾文的進化論和人/猿有共同的祖先。
在哺乳動物的基因組中常見重復的元素。我們, 猿, 和老鼠都有。它們在我們的基因組中常出現在同樣的位置上。柯林斯堅持這些AREs是"遺傳上漂流的廢物"(genetic flotsam and jetsam)並且是"對認為神從無中創造所有物種的想法有壓倒性的挑戰"。(注7) 在他看來, "除非人願意相信神將這些砍了頭的AREs元素放在這些精確的位置上來混淆和誤導我們, 這些AREs是來自一個人類和小鼠共同祖先的結論幾乎是不可避免的"。 (注8) 听起來柯林斯很像無神論達爾文學者理查。道金斯(Dawkins) 他同樣寫道, "創造論者應該花一些時間認真地猜測造物主何必在基因組中亂扔垃圾……這些串聯重復的 DNA垃圾"。(注9) 值得注意的是柯林斯和道金斯在基本上正在使用一個神學論點"上帝不會那樣做"作為科學的爭辯。他們的神學立論是否健全將留給他人去衡量, 但他們的科學觀點已被證據推翻。
科學文獻卻與柯林斯和道金斯的結論相反, 甚至粗略審查這些文件,都會表明簡單地假設重復的和不編碼蛋白質的DNA是無用的基因"垃圾",是極端不恰當的。
開明的科學家在柯林斯寫他的書很久以前已經理解這一點。2002年,生物學家理查德•斯滕伯格(Richard Sternberg)查閱科學的文獻, 發現了AREs有功能的大量證據。他在紐約科學院年鑒(Annals of the New York Academy of Sciences) 寫道: AREs現在的功能包括:
" 衛星重復DNA形成高階層的核結構
" 衛星重復DNA形成著絲粒(centromeres)
" 衛星重復DNA和其他重復元素參與染色質凝聚的過程
" 端粒(telomeric)串聯重復序列和散布核長元件(LINE: Long Interspersed Nuclear Elements)元素
" 次端粒核定位/染色質邊界元素(Subtelomeric nuclear positioning)
" 非轉座因子(TE: Transposable Elements)穿插染色質的邊界元素
" 散布核短元件(SINE: Short Interspersed Nuclear Elements)或重復序列為甲基化核成中心(nucleation centers for methylation)
" 散布核短元件作為染色質邊界/絕緣子元素
" 參與細胞增殖的散布核短元件
" 參與細胞應激反應的散布核短元件
" 參與基因表現的散布核短元件(可連接到應激反應)
" 參與結合黏合染色體的散布核短元件
" 參與DNA修復的散布核長元件(注10)
斯滕伯格認為,"自私的垃圾DNA和所有相關框架的敘述必須加入其他新達爾文的進化論"聖像"行列, 盡管他們與實證有差異, 卻繼續在科學文獻中出現。"(注11) 其他遺傳研究繼續發現各種類型重復DNA的功能，包括散布核短元件(注12)，散布核長元件(注13), 和Alu序列(注14), 一份研究報告甚至建議重復的Alu序列可能參與人體中的"高級腦功能的發展"。(注15)許多各類不編碼蛋白質的DNA的其他功能已被發現, 其中包括︰
" 修復DNA(注16)
" 協助DNA復制(注17)
" 調節DNA轉錄(注18)
" 協助染色體的折疊和維護(注19)
" 控制RNA編輯和剪接(注20)
" 幫助對抗疾病(注21)
" 調節胚胎發育(注22)
斯滕伯格,以及芝加哥大學遺傳學家詹姆斯•夏皮羅在2005年曾預言說:"有一天，我們會認為以前所謂的垃圾DNA?, 乃是真正細胞控制專家系統的重要組成部分。" (注23)
斯滕伯格和夏皮羅所預見的這一天, 可能比預期更快到來。 2007年, 《華盛頓郵報》報道，一個巨大的科學聯合項目ENCODE,發現"人類遺傳密碼的三十億字母",絕大多數在以前看不見的任務組中忙于勞作"。(注24)根據在《自然》 (Nature)雜志一篇關于該項目的報告︰
在不編碼蛋白質的DNA被生物學普遍稱為"垃圾"DNA的世界里, 我們有一個迷人的但令人迷惑的新認識。一個國際合作研究項目稱為DNA元素百科全書（ENCODE）的學者表示, 在含有很少量制造蛋白質的編碼序列的選定基因組部分, 介于74％和93％的DNA被轉錄成核醣核酸RNA。多量不編碼蛋白質的DNA具有調節作用, 不同品種的小RNA似乎用以控制基因的表達, 在DNA和RNA轉錄方式的研究上僅在漸露端倪的開端。(注25)
2007年在《自然遺傳學評論》(Nature Reviews of Genetics)名為"全基因組的轉錄和基因組結構的影響"的論文中，對這些不編碼蛋白質的DNA的神秘的廣泛復雜功能和重要性質作如下的解釋:
證據表明，大多數的人類基因組DNA的兩條鏈都可能被轉錄，這意味著基因組的轉錄單位和調節元件的大量重疊。這些觀察結果表明，基因組結構不是只有一個功能的，而是代替交織和模塊化，並且該相同的基因組序列具有多項功能︰即用作多個獨立調節的轉錄物和作為調節區。(注26)
同樣地，一篇《科學》 (Science)雜志2008年的報告發現, 幾乎所有被詳細研究的真核細胞基因組都被轉錄, 產生巨量不制造蛋白質的RNA, 其中很有可能是有功能的︰
科學在過去的幾年中已經表明, 所有被研究的真核細胞的基因組幾乎都完全被轉錄，產生巨量的非制造蛋白質的RNA（非編碼RNA ）。與此同時，人們越來越明顯了解，許多這些RNA都有調控功能。在這里我們強調最新的研究進展，說明非編碼RNA 控制的基因組動態，細胞生物學和多樣性的發展模範。 (注 27)
這報告接著具體地闡述重復元素如何發揮著細胞控制中的功能:"由于大量的重復序列被轉錄，這可能代表整個基因組控制染色質結構的策略, 並可能被保守貫穿真核生物界"。 (注28)
在2003年的一篇《科學》雜志一篇文章中作者承認, 類似柯林斯所使用的"垃圾DNA "的標簽, 實在阻礙了科學家尋索非編碼重復元素的功能︰
雖然朗朗上口，術語"垃圾DNA "多年來攔阻了主流的科 人員研究非編碼DNA，除了一小部分的基因組的"流浪漢"(clochard)以外, 誰想在基因組的垃圾堆中撿破爛？然而像平時一樣, 在科學界也有一些"流浪漢"冒被嘲笑的危險, 去探索不受歡迎的領域。因為他們的努力, 人們對垃圾DNA的看法 , 特別是重復元素，于20世紀90年代初開始改變。現在，越來越多的生物學家把重復元件當作為基因組的寶庫。 (注29)
盡管與普遍達爾文的假設相反，這文章得出的結論是,"重復元件不是無用的垃圾DNA,而是真核基因組的重要組成部分。"(注30)
除了重復元素，另一種柯林斯所引用的"垃圾DNA"來支持猿/人共同的祖先是"假基因"(pseudogene)。
柯林斯在《上帝的語言》中寫道，人類有一個假基因（胱天蛋白黴caspase-12）是無功能的，他問道: "為什麼上帝要煩勞在這個精確的位置插入這樣無功能的基因呢? "(注 31)。他在他後來的書《科學與信仰的語言》（2011年）引用同樣的數據, 所謂無功能的維生素C假基因。他說,"宣稱人類基因組是由上帝的獨立創造，而不是從一個共同的祖先進化而來，意味著神在我們的基因組中插入一個破碎的DNA片段, 這是無稽之談。"(注32)同樣,布朗大學的生物學家肯尼思.米勒援引這等假基因作為"壓倒性"的證據, 因為"共同的祖先, 是唯一在同一個基因中有那麼多的匹配誤差的可能解釋。"(注33)
但假基因真的是無功能的破碎的DNA嗎?
像AREs一樣，假基因的多種功能已經被發現了。(注34) 事實上，兩個權威生物學家在《遺傳學年度評論》(Annual Review of Genetics)寫道, "已經被適當調查的假基因常常表現出功能性的作用。"(注35) 同樣 2011年在RNA雜志的論文，標題為"假基因:偽功能或在健康和疾病中的重點監管"，辯稱假基因不應該再被假定為"垃圾"。"假基因早已被貼上'垃圾'DNA的標簽，是基因組在進化過程中產生的基因失敗拷貝。然而，最近的結果正在挑戰這個稱呼;事實上一些假基因, 似乎有調節編碼蛋白質表兄弟基因的潛能。"(注36)
事實上，一項研究表明，即使是柯林斯引用的胱天蛋白黴(caspase-12)假基因(注37)也可產生一類在人體中的功能蛋白質，"CARD-only protein"。(注38,39) 這研究還表明，人類的胱天蛋白黴在某些生物途徑中有相互作用, 並鼓勵科學家去研究胱天蛋白黴12假基因,以了解它的功能:"因為人類的胱天蛋白黴假基因在結構上堪比ICEBERG和COP/假ICE [CARD-only蛋白質]( 譯注 都是某些蛋白質的簡稱), 它們在類似的生物途徑中的參與將是有趣的研究"。(注40)
雖然有許多非編碼DNA我們仍然不知道它們的功能，但柯林斯是錯誤的，因為他簡單地認為重復DNA絕大多數是無功能的是"遺傳上漂流的廢物 (genetic flotsam and jetsam)"或假基因是"破"的DNA。在過去的5 - 10年的基因組革命, 已發現非編碼DNA元素的眾多功能, 具有諷刺意味的是柯林斯本人作為前人類基因組計劃帶頭者, 曾參加過一些這方面的研究。也許這就是為什麼在柯林斯《上帝的語言》一書面世後一年, 他開始收回到他對公眾推廣垃圾DNA的想法, 他甚至告訴一名記者，他"已停止使用這名詞。"(注41)
盡管柯林斯明顯地收回這想法，他參與創立的BioLogos基金會仍繼續以垃圾DNA的範式來勸導信仰團體的成員, 促使他們接納生物進化論。(注42)。實際上以垃圾DNA來看待非編碼的DNA是一個日益過時的方式，並且它在證明常見的人類與猿有共同祖先理論上的用處是值得懷疑。
染色體融合，無共同祖先
柯林斯要證明人/猿共同的祖先的第二個主要論點, 是他所宣稱的人類2號染色體具有類似兩個黑猩猩染色體末端對末端融合而成的結構。人類有23對染色體，而黑猩猩和其他類人猿有24對。在《上帝的語言》中柯林斯認為，這種染色體融合解釋了為什麼人類比猿少了一對染色體，聲稱"要是沒有一個共同的祖先假設, 這種觀察是很難理解的"。(注 43)
相反，這是很容易理解的證據，不需要假定一個共同的祖先。
就算我們接受柯林斯的聲稱: 人類2號染色體是融合的產品。它只是表明在我們的譜系中的某個時刻，兩條染色體融合成了一條。從邏輯上來說，這方面的證據沒有告訴我們任何關于我們人類的血統是否來自人與猿一個共同的祖先。它也沒有告訴我們最早的人類是否像猿一樣。
即使我們的祖先也曾經有過24個對染色體，他們仍然可能是基本上就像完全的現代人類。北卡羅來納州大學夏洛特分校的人類學家喬納森•馬克斯指出,"染色體融合不是給了我們的語言，或者兩足行走，或大的大腦，或藝術，或無糖口香糖。這只是一些中性變化之一，缺乏外在表現, 既不好, 也不壞。"(注44)人類染色體融合的證據充其量表明我們祖先之一經歷過染色體融合事件, 這變化後來得以遺留在人群中。但是這方面的證據並非告訴我們人類是否與猿有共同的祖先。
人類染色體的融合, 沒有提供特別證據, 表明人類與黑猩猩有共同的祖先。這個證據與兩個立場同樣兼容:(A)共同祖先, 或(B)共同設計:物種之間沒有共同的祖先。
如果我們跳出達爾文框架之外，以下的情形與有共同的祖先的假設同樣的可能︰
1.人的血統與猿的血統是分開設計的。
2.發生過染色體融合事件。
3.這事件借著遺傳瓶頸(當人口規模突然變得相當小)傳遍人類。
在這種情況下，證據似乎正如我們所發現的事實，沒有任何與猿的共同祖先, 可由圖4.1中所述的兩個模式來解釋。
在A模式，人類和黑猩猩有共同的祖先, 而人的血統經歷了染色體融合事件, 這是柯林斯所 吹的標準進化模式。但是模式B是與觀察數據同樣兼容。在模式B 中,人類和類人猿不共享一個共同的祖先，而人的血統經歷了染色體融合事件。這個模式表明，染色體融合的證據很容易被解釋, 而不需要假定一個共同的祖先，沒有任何共同的祖先猿。
圖4.1: 兩個解釋染色體融合的模式
Illustration: Casey Luskin.
為了進一步說明為什麼染色體融合, 並不能證明人類和類人猿有共同祖先，請考慮以下的假想情況:
試想一下, 在2050年，一個小型的孤立的人類部落經歷到第二次染色體融合事件(他們保持生育性能和其他的正常生活)。我們稱他們為"二次染色體融合"的人。在2100年，戰爭、疾病和饑荒毀滅了其余的人類。但"二次染色體融合"的人繼續生存和重新充滿地球，再度發現遺傳和進化。最終,"二次染色體融合"的人開發技術來審視自己的染色體, 他們的科學家驚呼,"我們'二次染色體融合'的人有22對染色體，包括2對融合染色體。由于猩猩有24個對染色體, 我們必須是有48條染色體的類猿生物的後代!"
從我們的角度來看，我們可以曉得"二次染色體融合"的人的第二個染色體融合事件是最近發生的，遠離人類和黑猩猩之間的共同祖先世代，並沒有提供邏輯上的原因來推斷人類與黑猩猩是否有共同的祖先。為什麼我們應該認為在這個情況下，必須與我們的現在的一次融合染色體不同？然而許多達爾文進化論者錯誤地觀看我們的一對染色體的融合, 正如"二次染色體融合"的人查看他們的兩對融合的染色體一樣。
達爾文論者可能會這樣回答:"染色體融合的證據表明我們的祖先曾經有48條染色體，像黑猩猩和其他類人猿今天所有的一樣。此外，我們融合後的2號染色體甚至包含類似猿染色體2a和2b的片段。共同的祖先論就已經預料到這一切的證據。"但是，達爾文論者的反駁僅僅是重申一個事實，即人類和類人猿有著高度相似的基因結構。高度的人類/黑猩猩功能基因相似性並不能說明他們有共同的祖先。在本書第一章，高杰已經闡述了為何共享的人類/黑猩猩功能和遺傳相似性, 並不必然演示共同的祖先, 功能性基因的相似可能是功能性的需求或是共同設計，而不是從一個共同的祖先繼承而來。事實上，正如我們已經說明過的，即使柯林斯也承認，功能基因相似性"當然本身並不能證明一個共同的祖先", 因為設計師可以"重復使用成功的設計原則。"
染色體融合的證據充其量增強我們已經知道了的理念: 黑猩猩和人類具有較高的遺傳相似性。這種功能的相似性可以很容易地被解釋, 是基于共同設計所實現功能需求的結果。
到目前為止我們都假設真有人類遺傳史上的染色體融合事件。但是，這一論點的實際證據真是那麼強嗎？
生物學家肯尼斯•米勒認為, 當使用染色體融合來鼓吹人類/黑猩猩的共同血統時,"人類丟失了的染色體, 在法醫檢查情況下毫無疑問地得到解決。"(注45) 但事實上，染色體融合的證據不像進化論者米勒聲稱的那麼明確。
在我們的染色體末端的端粒DNA(telomeric DNA)通常有數千個6堿基對序列TTAGGG的重復。但是，如果兩條染色體融合是終端對終端︰在人類2號染色體涉嫌融合點所包含的序列, 遠少于它應該有的端粒DNA, 進化論生物學家丹尼爾•費爾班克斯坦言，這位置上只有158個重復序列，其中只有"44個是完美的復制品"。(注46)
此外，在《基因組研究》(Genome Research)期刊的論文中發現，我們確實有所謂融合點的端粒序列"顯著地多元化"(degenerate)和"與原型(未融合前)端粒重復序列的高度分歧(diverged)"。作者驚訝于這一發現，因為融合事件據稱是在人類進化史上最近才發生的事件----沒有足夠時間可以引致太多太新的序列，和這種戲劇性的分歧。這篇論文問道︰"如果端粒重復陣列融合事件發生的時間低于約6百萬年前，為什麼陣列的融合點發生這麼多的分歧？"(注47)所得到的結論是這樣的︰如果兩條人的染色體融合是終端對終端，那麼大量的所謂的端粒DNA已被遺失或出現亂碼。
最後，端粒DNA存在于哺乳動物染色體中, 並不是特別不尋常的事，不一定代表兩個古代染色體的某些融合點。進化生物學家理查德•斯滕恩伯格指出，間質性端粒序列（ITSs: Insterstitial telomeric sequences）通常散布在整個哺乳動物的基因組中，但人類2號染色體中的端粒序列, 是進化論者特別采摘引為染色體融合事件證據︰
在所有已知ITSs中(許多在黑猩猩和人，以及小鼠和大鼠和牛的基因組)……。。。其中的2q13 ITS是可與進化斷點或融合相關聯的唯一的一個片段。我要趕緊補充指出, 其他的ITSs不與靈長類動物的染色體斷點有關聯。總之，要想將2q13 ITS裝備作為典型的人類和黑猩猩的基因組的片段, 似乎就像采摘櫻桃一樣的挑選數據。大多數ITSs是不被他們描繪的DNA融合疤痕。(注48)
因此，至少有三個理由來評論這些DNA證據, 不符合染色體融合理論所預測的結果︰
" 在2號染色體涉嫌融合點包含端粒DNA量比它應該有的少得多。
" 我們確實有所謂融合端粒點序列"高度多元化"和"高度分歧化"，超乎我們對較近古代發生的染色體融合事件所期望的。
" 在哺乳動物基因組的中間質發現端粒DNA不是那麼的不尋常，它們並不一定表明是染色體融合事件的後果。
但是關鍵的一點: 即使人類2號染色體是其中兩個其他染色體融合的結果，這並不是人/猿共同的祖先證據。這數據充其量說明我們人類的血統中經歷了染色體融合事件，但它並沒有告訴我們，我們的血統是否來自一個與猿共有的祖先。
結論
近年來，遺傳數據已經被提供給公眾作為明確的新證據，證明人類與猩猩等動物共享一個共同的祖先。弗朗西斯•柯林斯一直積極的推廣這種論調, 尤其是在信仰團體。據柯林斯所言, 是不再有任何意見分歧的空間: "基因組研究無情地導致我們人類與其他生物共享一個共同祖先的結論。"(注49)。事實上, 人/猿具有共同祖先的想法不單是不容置疑，更是"一個人類和小鼠的共同的祖先的結論幾乎是不可避免。"(注50)
然而，盡管所有的柯林斯的用語，是"無情"和"不可避免的", 但事實上，他所提出基于遺傳學的證據根本沒有顯示像他所聲稱的那樣。
在最好的情況之下，本章中所討論的證據，重申了一些我們已經知道的事實︰人類和黑猩猩有著類似功能的DNA序列。但是，這可以通過共同的設計或共同祖先的假設, 一樣可以說明。除此之外還有什麼其他證據呢？不多!
正如我們前面所討論的，柯林斯所引用的"垃圾DNA"數據, 通過新的研究, 正在逐漸被瓦解, 因為它們揭示了非編碼DNA萬千個特別的功能(注51)，生物學家發現豐富的數據，證實非編碼DNA像古代的重復元素甚至是假基因的功能---這些DNA就是弗朗西斯•柯林斯等人, 用作支持人/猿共同的祖先理論所聲稱為無用的"遺傳上漂流的廢物"。
柯林斯基于染色體融合的說法也未能成立。即使染色體融合事件確實發生過，它並不告訴我們人類的血統是否源自一個與猿分享的共同祖先。當然，我們也不能完全確定染色體融合已發生了。間質性端粒DNA並不一定表明染色體融合事件，在人類第2號染色體間隙端粒序列的"高度分化"是超越了我們對最近染色體融合事件的期望。
我支持關于自然的許多方面最好的解釋, 都是智慧設計, 而不是機遇過程，但是我想指出，智慧設計與人類與其他物種共享祖先的原則不相抵觸。在它的核心，智慧設計並非挑戰共同的祖先的理念，而是聲稱生命的復雜性，通過類似隨機突變和自然選擇的非引導過程中出現了的立場。所以按照被指導的形式而來的人類與物種的共同祖先的理論與智慧設計兼容。
然而，智慧設計論者與達爾文進化論的支持者不同的地方，是他們沒有義務接受人/猿共同的祖先作為一個大前題。他們可以跟隨證據的導引來作中肯的衡量。而且這些證據並不支持弗朗西斯•柯林斯所鼓吹的結論。正如我們前面所討論的，對于人/猿共同的祖先的遺傳辯論更多是基于達爾文的假設和過時的數據, 而不是從仔細分析證據而來的結論。
注釋:
1. Francis Collins, The Language of God: A Scientist Presents Evidence for Belief (New York: Free Press, 2006), 127-28.
2. See: David Klinghoffer, "Francis Collins: A Biography." Wesley J. Smith, "Collins Heads NIH," To the Point (July 30, 2009). David Klinghoffer, "Francis Collins on Abortion," BeliefNet (July 8, 2009).
3. For information about the Templeton grant to launch BioLogos, see "The Language of God: BioLogos Website and Workshop," John Templeton Foundation, accessed March 19, 2012, http://www.templeton.org/what-wefund/grants/the-language-of-god-biologos-website-and-workshop.
4. Collins, Language of God, 136-37.
5. Ibid., 138.
6. Ibid., 134.
7. Ibid., 136-37.
8. Ibid.
9. Richard Dawkins, "The Information Challenge," The Skeptic, 18 (December, 1998).
10. Richard Sternberg, "On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic-Epigenetic System," Annals of the New York Academy of Sciences, 981 (2002): 154-88.
11. Ibid.
12. Sternberg, "On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic-Epigenetic System," 154-88.
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16. Morrish et al., "DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition," 159-65; Annie Tremblay, Maria Jasin, and Pierre Chartrand, "A Double-Strand Break in a Chromosomal LINE Element Can Be Repaired by Gene Conversion with Various Endogenous LINE Elements in Mouse Cells," Molecular and Cellular Biology, 20 (January, 2000): 54-60; Ulf Grawunder, Matthias Wilm, Xiantuo Wu, Peter Kulesza, Thomas E. Wilson, Matthias Mann, and Michael R. Lieber, "Activity of DNAligase IV
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23. Sternberg Shapiro, "How Repeated Retroelements format genome function," 108-16.
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28. Ibid.
29. Makalowski, "Not Junk After All," 1246-47.
30. Ibid.
31. Collins, The Language of God, pg. 139.
32. Karl Giberson and Francis Collins, The Language of Science and Faith: Straight Answers to Genuine Questions (Downers Grove, IL: InterVarsity Press, 2011), 43.
33. Private correspondence with Dr. Miller.
34. See for example D. Zheng and M. B. Gerstein, "The ambiguous boundary between genes and pseudogenes: the dead rise up, or do they?," Trends in Genetics, 23 (May, 2007): 219-24; S. Hirotsune et al., "An expressed pseudogene regulates the messenger-RNA stability of its homologous coding gene," Nature, 423 (May 1, 2003): 91-96; O. H. Tam et al., "Pseudogene-derived small interfering RNAs regulate gene expression in mouse oocytes," Nature, 453 (May 22, 2008): 534-38; D. Pain et al., Multiple Retropseudogenes from Pluripotent Cell-specific Gene Expression Indicates a Potential Signature for
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36. Ryan Charles Pink, Kate Wicks, Daniel Paul Caley, Emma Kathleen Punch, Laura Jacobs, and David Paul Francisco Carter, "Pseudogenes: Pseudo-functional or key regulators in health and disease?," RNA, 17 (2011): 792-98.
37. Collins acknowledges that the caspase-12 gene produces a full-fledged protein in chimps, so this is not a case where humans share a non-functional stretch of DNA with another species. In fact, the gene is not always a pseudogene in humans. According to a paper in The American Journal of Human Genetics,28% of people in sub-Saharan Africa have a functioning copy of the caspase-12 gene, as do lower percentages in some other human populations. Collins ignores the obvious possibility that caspase-12 was originally designed to produce a functional protein in humans but was rendered noncoding bya mutation in some human populations at some point the recent past. See Yali Xue, Allan Daly, BryndisYngvadottir, Mengning Liu, Graham Coop, Yuseob Kim, Pardis Sabeti, Yuan Chen, Jim Stalker, Elizabeth Huckle, John Burton, Steven Leonard, Jane Rogers, and Chris Tyler-Smith, "Spread of an Inactive Form of Caspase-12 in Humans Is Due to Recent Positive Selection," The American Journal of Human Genetics, 78 (April, 2006): 659-70.
38. M. Lamkanfi, M. Kalai, and P. Vandenabeele, "Caspase-12: an overview," Cell Death and Differentiation, 11: (2004)365-68.
39. Sug Hyung Lee, Christian Stehlik, and John C. Reed, "COP, a Caspase Recruitment Domain-containing Protein and Inhibitor of Caspase-1 Activation Processing," The Journal of Biological Chemistry, 276 (September 14, 2001): 34495-500.
40. Lamkanfi, Kalai, and Vandenabeele, "Caspase-12: an overview," 365-68.
41. Collins, quoted in Catherine Shaffer, "One Scientist's Junk Is a Creationist's Treasure," Wired Magazine Blog (June 13, 2007), accessed March 6, 2012.
42. See discussion in Jonathan Wells, The Myth of Junk DNA (Seattle: Discovery Institute Press, 2011), 98-100.
43. Collins, The Language of God, 138.
44. Jonathan Marks, What it means to be 98% Chimpanzee: Apes, People, and their Genes (Los Angeles: University of California Press, 2003), 39.
45. Kenneth R. Miller, Only a Theory: Evolution and the Battle for America's Soul (New York: Viking, 2008), 107.
46. Daniel Fairbanks, Relics of Eden: The Powerful Evidence of Evolution in Human DNA (Amherst, NY: Prometheus, 2007), 27.
47. Yuxin Fan, Elena Linardopoulou, Cynthia Friedman, Eleanor Williams, and Barbara J. Trask, "Genomic Structure and Evolution of the Ancestral Chromosome Fusion Site in 2q13-2q14.1 and Paralogous Regions on Other Human Chromosomes," Genome Research, 12 (2002): 1651-62.
48. Richard Sternberg, "Guy Walks Into a Bar and Thinks He's a Chimpanzee:The Unbearable Lightness of Chimp-Human Genome Similarity," Evolution News & Views (May 14, 2009), accessed March 6, 2012.http://www.evolutionnews.org/2009/05/guy_walks_into_a_bar_and_think020401.html (internal citations removed).
49. Collins, The Language of God, 133-34.
50. Ibid., 136-37.
51. For an in-depth discussion of these studies, see Wells, The Myth of Junk DNA.
